genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65880517--65880779	40	6.6	40	88	3	316	24	20	27	26	1.99
65882175--65882278	45	2.3	44	83	3	127	34	17	30	17	1.93
65882239--65882321	28	3.0	28	85	0	112	36	20	27	15	1.93
65883305--65883349	18	2.5	19	85	7	58	33	0	2	64	1.06
65891059--65891153	40	2.3	40	87	7	129	38	22	22	16	1.93
65892355--65892385	15	2.1	15	94	5	55	45	38	3	12	1.59
65892453--65892499	14	3.4	14	96	0	85	25	34	0	40	1.56
65896756--65896841	43	2.0	43	90	0	136	22	18	32	26	1.97
65898153--65898262	12	8.0	12	66	28	51	13	21	23	40	1.89
65898071--65898275	28	7.2	29	84	4	222	12	19	22	44	1.84
65898071--65898259	57	3.3	57	82	2	220	13	19	23	43	1.86
65900394--65900461	16	4.2	16	90	0	109	26	2	33	36	1.72
65900697--65900731	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
65900591--65900899	157	2.0	156	96	0	564	44	2	4	47	1.38
65900834--65900875	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
65900843--65900881	15	2.7	15	88	7	55	53	0	0	46	1.00
65900952--65901003	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
65900837--65901350	120	4.3	120	96	1	919	49	5	2	42	1.38
65901072--65901243	15	11.6	15	65	21	60	50	4	1	43	1.31
65913029--65913056	7	4.0	7	100	0	56	71	28	0	0	0.86
65916341--65916505	89	1.9	89	93	0	285	37	8	23	30	1.84
65917001--65917076	29	2.7	29	91	2	118	14	21	21	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65917453--65917481	8	3.6	8	100	0	58	37	27	10	24	1.88
65921173--65921200	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
65921789--65921818	4	7.5	4	92	0	51	26	26	0	46	1.53
65921784--65921818	12	2.8	12	91	4	52	28	28	0	42	1.56
65924239--65924352	35	3.3	35	83	2	140	14	12	30	42	1.82
65925001--65925033	15	2.3	14	94	5	57	57	0	24	18	1.40
65925297--65925330	17	2.1	16	88	5	50	29	14	29	26	1.95
65927064--65927332	48	5.6	48	85	1	324	20	28	21	28	1.98
65927664--65927721	30	1.9	31	85	3	82	31	20	6	41	1.79
65934782--65935055	48	5.7	48	74	7	218	22	27	20	29	1.98
65934783--65935067	96	3.0	97	81	6	296	23	27	19	29	1.98
65934782--65935055	144	1.9	144	81	3	336	22	27	20	29	1.98
65942891--65942949	23	2.5	23	80	2	73	35	18	20	25	1.95
65945878--65945947	22	3.2	22	65	15	63	30	15	20	34	1.93
65945860--65945948	44	2.0	44	100	0	178	31	13	21	33	1.92
65945862--65945932	22	3.2	23	65	15	67	32	12	21	33	1.91
65946141--65946234	39	2.4	38	82	5	109	14	9	39	36	1.79
65962629--65962686	28	2.0	28	87	9	82	15	37	22	24	1.93
65967880--65968114	37	5.9	40	84	9	231	35	15	21	27	1.93
65967882--65968075	37	5.0	37	84	8	244	35	13	21	28	1.92
65967991--65968114	46	2.8	46	90	3	191	33	16	21	27	1.95
65980608--65980658	23	2.2	23	100	0	102	39	15	23	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65990532--65990583	21	2.5	21	93	0	86	42	9	23	25	1.84
65997285--65997314	9	3.4	9	95	4	53	50	13	10	26	1.73
66000375--66000435	20	3.0	20	65	9	52	21	21	16	40	1.91
66002253--66002282	13	2.3	13	100	0	60	40	46	6	6	1.56
66011642--66011742	39	2.6	39	87	0	139	38	22	24	13	1.91
66013821--66014370	275	2.0	275	98	0	1073	35	12	22	30	1.90
66016998--66017056	30	2.0	30	86	0	82	32	15	25	27	1.95
66017391--66017612	46	4.7	46	80	10	227	28	20	28	21	1.98
66017393--66017612	94	2.3	94	83	10	265	28	20	28	21	1.98
66023015--66023237	47	4.8	46	79	5	220	28	18	29	23	1.98
66023014--66023182	46	3.6	46	80	6	144	28	18	29	23	1.98
66023013--66023237	93	2.4	93	80	5	258	28	18	29	24	1.98
66024593--66024768	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
66024590--66024761	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
66028904--66028998	38	2.5	39	87	1	138	49	0	3	47	1.17
66029367--66029400	15	2.3	15	89	0	50	17	41	5	35	1.74
66029933--66029974	14	2.8	15	82	10	50	45	0	0	54	0.99
66029935--66029997	29	2.1	30	91	2	101	44	0	1	53	1.10
66031622--66031687	33	2.0	33	100	0	132	12	21	18	48	1.80
66033184--66033424	43	5.6	43	74	2	196	20	15	23	40	1.91
66034035--66034059	13	1.9	13	100	0	50	52	16	16	16	1.76
66034542--66034700	84	1.9	84	84	0	210	18	34	25	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66037865--66037927	2	31.5	2	100	0	126	0	0	49	50	1.00
66038385--66038442	29	2.0	29	89	0	89	27	29	27	15	1.96
66042594--66042783	95	2.0	95	97	0	362	36	12	16	33	1.87
66051884--66051925	21	2.0	21	85	4	57	4	26	0	69	1.08
66056826--66056873	25	1.9	25	91	0	78	31	22	16	29	1.96
66072726--66072769	21	2.1	21	95	0	79	54	20	0	25	1.45
66076271--66076434	74	2.2	74	81	2	195	51	15	6	26	1.68
66076613--66076684	33	2.2	33	89	0	108	30	12	38	18	1.87
66078705--66079032	103	3.3	102	83	12	421	53	13	0	32	1.43
66078743--66079119	92	4.1	90	83	12	457	52	13	0	33	1.43
66078770--66078921	47	3.4	43	68	15	119	51	9	0	38	1.35
66079028--66079261	95	2.5	93	84	5	296	55	14	0	29	1.43
66078706--66079168	195	2.4	190	88	5	670	53	13	0	32	1.44
66078903--66079261	90	3.9	93	75	8	320	54	14	0	30	1.43
66084305--66084348	5	9.0	5	82	12	56	63	0	0	36	0.95
66084315--66084361	13	3.6	13	86	11	69	61	2	0	36	1.08
66084306--66084356	18	2.8	18	90	0	84	62	1	0	35	1.06
66085300--66085337	17	2.2	17	86	9	51	42	2	2	52	1.29
66087573--66087631	29	2.0	29	100	0	118	44	6	11	37	1.68
66092742--66092992	35	7.2	35	78	8	233	31	21	14	31	1.94
66092753--66092992	105	2.3	105	92	0	399	31	21	15	31	1.94
66094917--66094999	41	2.0	41	92	0	139	39	20	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66096021--66096046	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
66097997--66098261	35	7.6	35	78	6	259	34	22	12	29	1.92
66097983--66098264	105	2.7	105	87	0	420	34	22	13	30	1.92
66104042--66104173	10	13.6	10	73	12	71	64	3	2	29	1.23
66104138--66104163	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
66104567--66104591	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
66104782--66104839	21	2.8	21	80	12	50	41	1	3	53	1.28
66104840--66104949	46	2.3	46	77	16	109	37	2	2	57	1.27
66105478--66105538	30	2.0	30	93	0	104	24	4	14	55	1.59
66109411--66109450	20	1.9	20	85	10	53	57	5	2	35	1.34
66109410--66109457	21	2.3	20	79	10	53	62	4	2	31	1.26
66109409--66109456	22	2.3	20	75	7	51	64	4	2	29	1.23
66109500--66109559	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
66116586--66116618	13	2.6	13	85	4	50	84	0	6	9	0.76
66117246--66117486	121	2.0	121	93	0	410	14	27	29	28	1.95
66122345--66122402	30	1.9	31	82	10	75	32	18	6	41	1.78
66130619--66130670	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
66130557--66130786	120	1.9	120	98	0	442	41	1	6	49	1.40
66130567--66130754	61	3.1	61	70	14	199	41	1	7	48	1.42
66130748--66130789	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
66130739--66130780	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
66130915--66131024	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66131005--66131056	16	3.2	16	91	0	86	34	36	0	28	1.58
66137311--66137784	44	10.6	44	75	6	337	32	16	21	30	1.95
66138287--66138336	22	2.3	22	83	13	59	58	8	18	16	1.62
66144737--66144942	37	5.6	37	85	1	272	17	11	30	40	1.86
66145966--66146046	42	1.9	43	85	7	112	20	25	19	33	1.97
66152671--66152715	18	2.4	19	79	13	58	73	8	13	4	1.23
66153013--66153053	17	2.6	15	85	11	55	80	0	9	9	0.91
66156373--66156479	51	2.1	51	96	0	196	30	23	13	32	1.92
66156467--66156507	14	2.9	14	81	0	55	14	29	12	43	1.82
66159930--66159967	19	2.0	19	100	0	76	15	10	5	68	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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