genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88261798--88261906	40	2.7	40	90	5	159	22	22	24	30	1.99
88267585--88267683	28	3.4	27	69	24	67	26	28	19	26	1.99
88267585--88267719	60	2.2	60	85	6	175	27	25	18	28	1.98
88267712--88267767	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
88268057--88268119	26	2.4	26	81	7	74	28	9	25	36	1.87
88269054--88269093	19	2.1	19	100	0	80	57	5	22	15	1.57
88269944--88269973	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
88278081--88278146	23	2.9	23	86	11	91	77	0	3	19	0.90
88278102--88278144	5	8.0	5	85	14	59	81	0	0	18	0.69
88278086--88278143	18	3.2	18	79	20	68	79	0	1	18	0.82
88278081--88278165	23	3.4	25	80	18	90	74	2	2	21	1.05
88279229--88279279	26	2.0	26	92	0	84	17	25	29	27	1.98
88281635--88281688	24	2.2	24	83	0	63	40	9	7	42	1.65
88291150--88291381	50	4.6	50	73	6	193	28	18	25	28	1.98
88291098--88291382	150	1.9	152	83	5	344	27	17	25	30	1.97
88297811--88297918	26	4.2	26	90	0	171	32	9	23	35	1.86
88299539--88299643	27	3.9	27	81	7	115	19	22	20	37	1.95
88304876--88304983	26	4.2	26	92	0	180	32	8	24	35	1.85
88306597--88306701	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
88308142--88308391	50	5.0	50	76	3	225	27	16	24	31	1.96
88308589--88308618	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
88310664--88310743	24	3.3	24	85	0	106	38	6	5	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88317641--88317718	30	2.6	30	82	10	88	25	10	14	50	1.74
88319311--88319359	17	2.8	19	82	17	70	67	4	14	14	1.37
88319317--88319369	17	3.1	17	77	2	61	69	1	15	13	1.27
88319319--88319369	18	2.9	18	82	2	59	70	1	13	13	1.25
88319367--88319408	21	2.0	21	90	4	66	38	0	0	61	0.96
88319365--88319414	22	2.3	22	82	6	66	42	0	2	56	1.11
88321999--88322028	3	10.0	3	92	0	51	3	33	0	63	1.11
88327035--88327091	27	2.1	27	87	12	82	40	24	0	35	1.56
88327036--88327077	16	2.6	16	81	7	50	40	23	0	35	1.55
88327781--88327816	17	2.3	15	90	9	54	0	33	0	66	0.92
88327787--88327844	21	2.7	21	78	19	57	3	27	1	67	1.17
88327894--88327932	16	2.4	16	91	4	60	48	2	0	48	1.15
88329648--88329673	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
88341615--88341645	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
88350319--88350348	15	2.0	15	100	0	60	13	40	13	33	1.83
88355663--88356006	50	6.9	50	79	2	375	29	26	17	27	1.98
88356355--88356401	19	2.3	20	82	10	60	46	17	0	36	1.48
88357941--88357987	23	2.0	23	83	4	58	25	4	51	19	1.65
88361274--88361305	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
88361505--88361899	50	7.9	50	75	3	353	29	25	18	26	1.98
88361566--88361747	101	1.8	101	86	0	265	29	24	19	26	1.98
88361508--88361900	151	2.6	151	91	0	633	30	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88362248--88362294	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
88364987--88365059	32	2.3	33	90	6	109	26	8	12	53	1.66
88364996--88365059	32	2.0	32	96	0	119	23	9	14	53	1.69
88377179--88377222	23	1.9	23	95	0	79	31	4	13	50	1.62
88381078--88381120	21	2.0	21	82	8	52	6	11	9	72	1.29
88386687--88386735	20	2.4	20	86	10	64	46	0	4	48	1.20
88386661--88386801	24	6.3	22	69	16	69	47	2	1	48	1.25
88390776--88391216	220	2.0	220	97	0	828	33	20	12	34	1.90
88393419--88393457	18	2.2	18	100	0	78	23	15	20	41	1.90
88396916--88396977	30	2.1	29	93	3	106	22	1	16	59	1.45
88399370--88399489	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
88401346--88401519	47	3.7	47	92	0	267	32	8	31	27	1.87
88401642--88401720	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
88404077--88404297	46	4.8	45	76	11	173	23	28	20	27	1.99
88412461--88412654	37	5.2	37	79	8	162	23	15	18	42	1.88
88414529--88414822	50	5.8	50	75	5	236	26	16	25	31	1.96
88414585--88414767	101	1.8	101	86	2	269	25	18	25	30	1.98
88416951--88417000	25	2.0	25	100	0	100	40	24	12	24	1.88
88433235--88433287	23	2.3	23	83	3	63	56	15	16	11	1.67
88434684--88434717	17	2.0	17	94	0	59	52	8	5	32	1.56
88437062--88437100	20	2.0	20	85	10	53	69	5	7	17	1.32
88445367--88445399	16	2.1	16	88	11	50	33	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88447960--88447986	10	2.7	10	100	0	54	85	0	0	14	0.61
88454675--88454708	17	1.9	18	88	5	52	52	2	2	41	1.31
88467528--88467570	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
88476317--88476377	27	2.3	27	85	0	86	36	24	4	34	1.77
88476518--88476563	4	12.2	4	82	17	55	0	26	0	73	0.83
88480116--88480148	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
88480429--88480931	46	11.0	46	89	0	695	21	23	14	40	1.90
88487522--88487822	44	6.8	44	70	9	195	24	24	21	29	1.99
88487591--88488172	132	4.4	132	83	3	695	24	23	21	30	1.99
88487522--88487820	88	3.4	88	77	8	234	24	24	22	29	1.99
88487988--88488072	44	1.9	44	83	4	109	25	24	16	32	1.96
88498238--88498275	19	2.0	20	84	5	51	31	18	15	34	1.92
88506455--88506520	21	3.2	21	77	8	73	42	30	6	21	1.77
88520804--88520859	25	2.2	25	100	0	112	19	28	19	32	1.97
88520869--88521033	25	6.6	25	73	8	113	17	27	20	35	1.95
88520939--88521051	50	2.3	49	83	3	136	18	23	23	34	1.96
88524189--88524256	9	7.6	9	73	6	57	45	17	7	29	1.75
88524188--88524256	27	2.6	27	78	0	75	46	17	7	28	1.75
88524277--88524317	6	6.5	6	89	10	64	19	0	0	80	0.71
88524277--88524314	14	2.9	13	88	11	60	21	0	0	78	0.74
88524282--88524325	20	2.1	21	95	4	81	27	0	0	72	0.85
88524342--88524366	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88524343--88524380	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
88537344--88537379	16	2.2	17	90	5	56	41	0	0	58	0.98
88537303--88537474	87	2.0	87	96	1	317	41	4	2	51	1.36
88537425--88537495	21	3.8	20	68	26	57	47	0	0	52	1.00
88537431--88537466	16	2.2	17	90	5	56	41	0	0	58	0.98
88538931--88538979	24	2.0	24	84	0	62	34	6	22	36	1.79
88542192--88542299	55	2.0	55	96	0	198	31	9	18	40	1.82
88562128--88562180	26	2.0	26	82	7	63	39	20	13	26	1.89
88563358--88563416	30	2.0	29	86	3	73	45	3	6	44	1.47
88566576--88566605	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
88566576--88566615	18	2.2	18	90	0	62	2	42	2	52	1.28
88566766--88566812	24	2.0	23	88	12	69	2	10	14	72	1.21
88578353--88578390	19	2.0	19	100	0	76	26	21	10	42	1.85
88578550--88578579	15	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
88580031--88580114	38	2.1	40	89	6	127	28	0	16	54	1.42
88580051--88580111	19	3.0	22	62	26	53	27	0	16	55	1.41
88587399--88587622	94	2.3	95	85	6	292	27	19	31	22	1.98
88587397--88587621	47	4.7	49	78	9	234	27	19	31	22	1.98
88588868--88588913	21	2.2	21	92	0	74	8	26	30	34	1.86
88589693--88589792	45	2.2	45	94	0	173	38	14	24	24	1.92
88597133--88597354	48	4.6	48	72	2	185	23	25	19	31	1.98
88598941--88599000	30	2.0	30	100	0	120	16	23	13	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88604702--88605019	48	6.6	48	75	4	255	23	27	19	29	1.98
88604700--88605019	96	3.3	96	79	1	284	23	28	19	29	1.98
88604700--88605021	144	2.2	144	83	3	398	23	27	19	29	1.98
88607245--88607277	14	2.3	15	90	10	52	33	0	3	63	1.10
88611483--88611945	155	3.0	156	98	0	894	34	19	13	32	1.91
88613879--88613934	25	2.4	22	77	14	58	30	3	5	60	1.36
88620856--88620891	16	2.3	16	90	4	56	58	0	22	19	1.40
88622257--88622298	22	1.9	22	85	0	57	54	0	2	42	1.13
88622463--88622507	22	2.0	22	86	0	63	42	2	2	53	1.25
88624292--88624343	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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