genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904874--2904942	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
2904874--2904942	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
2904923--2905013	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
2905178--2905212	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2905161--2905423	120	2.2	120	99	0	517	48	6	1	44	1.37
2909951--2910053	42	2.5	40	76	19	104	40	5	0	52	1.32
2915277--2915310	16	2.1	16	94	0	59	35	0	2	61	1.11
2917412--2917455	24	1.9	22	81	9	52	50	0	6	43	1.29
2926442--2926476	12	2.8	12	86	4	52	0	0	14	85	0.59
2926444--2926476	8	4.2	8	88	3	50	0	0	12	87	0.53
2932434--2932701	133	2.0	133	94	0	473	40	22	13	24	1.89
2938087--2938142	29	1.9	29	85	0	76	28	0	41	30	1.57
2938468--2938494	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2938579--2938641	19	3.4	19	76	14	69	33	3	3	60	1.28
2938583--2938615	16	2.1	16	94	0	57	39	6	3	51	1.42
2939692--2939755	16	3.8	17	81	8	76	59	3	3	34	1.29
2940290--2940371	30	2.7	30	92	0	128	24	7	51	17	1.70
2945745--2945791	24	2.0	24	84	12	62	46	10	6	36	1.64
2947420--2947664	120	2.0	121	90	2	384	29	16	12	41	1.85
2953194--2954977	889	2.0	889	99	0	3541	25	17	20	37	1.94
2961649--2961698	17	3.4	17	65	35	51	70	4	4	22	1.21
2961638--2961733	27	3.4	27	84	10	122	68	3	2	26	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2961698--2961758	16	3.9	15	76	16	61	65	0	1	32	1.02
2961687--2961792	34	2.9	35	80	16	101	66	0	4	29	1.12
2961660--2961790	32	4.2	31	76	15	101	67	0	4	27	1.16
2961639--2961786	15	10.6	14	72	23	73	66	2	4	27	1.21
2961637--2961782	11	13.9	10	73	26	85	66	2	3	28	1.19
2961806--2961889	26	3.6	23	69	13	64	53	3	0	42	1.18
2961810--2961898	23	3.7	26	71	13	82	51	4	1	42	1.29
2963678--2963728	16	3.2	16	94	0	84	54	11	11	21	1.68
2964645--2964678	16	2.1	17	94	5	61	23	11	0	64	1.26
2967845--2967870	11	2.4	11	100	0	52	30	0	15	53	1.42
2968964--2969022	27	2.2	28	78	9	68	50	3	1	44	1.28
2969008--2969036	15	2.0	15	93	6	51	31	6	6	55	1.53
2969096--2969126	13	2.4	13	94	0	53	74	0	0	25	0.82
2969115--2969168	21	2.6	20	75	18	56	42	5	11	40	1.64
2970664--2970710	22	2.1	22	96	0	85	38	0	19	42	1.51
2971409--2971463	7	6.9	8	82	14	53	74	0	0	25	0.82
2971409--2971446	7	5.3	7	90	3	58	78	0	0	21	0.74
2971438--2971487	20	2.5	20	79	17	52	66	4	0	30	1.10
2972116--2972340	108	2.1	108	90	1	353	27	33	12	27	1.92
2972305--2972370	30	2.2	30	89	5	98	18	42	10	28	1.83
2974001--2974060	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
2976558--2976718	42	3.7	42	80	9	153	30	24	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2976599--2976762	49	3.6	46	81	12	178	29	26	14	29	1.95
2976784--2976963	31	5.8	31	90	2	281	26	27	19	26	1.99
2976939--2977115	50	3.5	50	90	0	273	25	22	16	35	1.94
2987478--2987568	27	3.1	27	65	17	74	38	25	1	35	1.63
2998749--2998793	23	2.0	23	86	8	65	40	0	0	60	0.97
2999732--2999793	29	2.1	29	100	0	124	59	9	3	27	1.44
2999993--3001162	589	2.0	589	100	0	2340	37	12	14	35	1.85
3002474--3002603	61	2.1	62	85	4	183	43	3	12	40	1.60
3003404--3003463	22	2.6	22	89	7	84	33	8	20	38	1.82
3006437--3006595	44	3.7	45	77	5	141	33	22	13	30	1.93
3006483--3006595	41	2.7	42	79	4	129	34	23	13	29	1.92
3006566--3006967	137	2.9	137	89	0	597	29	23	17	30	1.97
3006994--3007230	44	5.3	44	70	8	194	28	22	20	29	1.98
3007017--3007233	45	4.9	45	73	8	183	28	23	18	29	1.98
3006994--3007233	89	2.7	89	91	0	390	28	22	20	29	1.98
3008937--3008979	20	2.2	20	83	8	52	62	18	0	18	1.32
3011651--3011998	52	6.9	52	85	7	468	34	14	22	28	1.93
3011703--3012009	98	3.1	98	91	1	438	35	14	22	28	1.93
3011637--3011998	150	2.4	144	92	5	580	34	14	22	28	1.93
3011973--3012081	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
3013202--3013255	23	2.5	20	77	13	54	37	1	7	53	1.40
3013302--3013364	24	2.6	24	83	11	76	38	4	4	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3013361--3013398	14	2.7	14	76	15	51	34	5	0	60	1.19
3013344--3013435	37	2.4	37	83	9	103	35	4	2	57	1.31
3013316--3013450	66	2.0	67	85	4	184	36	5	2	56	1.34
3013377--3013582	25	8.2	25	71	15	122	34	6	3	54	1.45
3013377--3013482	52	2.0	53	87	10	153	36	4	1	56	1.31
3013399--3013527	55	2.4	55	80	13	144	34	6	4	54	1.46
3016317--3016413	28	3.2	28	71	19	88	46	2	10	41	1.49
3016317--3016495	61	2.9	61	83	4	191	41	3	13	40	1.61
3019266--3019353	46	1.9	46	82	13	110	42	0	4	53	1.21
3026628--3026784	79	2.0	79	87	0	224	33	29	21	15	1.94
3032760--3032794	18	2.0	18	88	5	54	28	5	14	51	1.65
3033608--3033651	14	3.4	14	76	23	60	27	0	31	40	1.56
3042863--3042924	31	2.0	31	87	0	88	40	11	11	37	1.77
3044713--3044810	49	2.0	49	92	4	162	31	11	21	35	1.89
3053741--3053816	30	2.5	30	79	10	84	42	5	9	43	1.59
3054620--3054654	5	7.4	5	87	12	56	80	0	0	20	0.72
3054620--3054654	13	2.5	13	90	9	52	80	0	0	20	0.72
3054617--3054658	11	3.7	11	82	17	50	76	0	0	23	0.79
3056163--3056236	31	2.4	30	80	6	85	37	6	16	39	1.75
3063622--3063792	85	2.0	85	93	0	288	29	18	11	41	1.84
3071743--3071790	24	2.0	23	84	11	62	37	4	4	54	1.39
3081096--3081310	109	2.0	108	97	0	403	33	25	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3082272--3082315	22	2.0	22	95	0	79	36	11	25	27	1.90
3082831--3082862	5	6.6	5	92	7	57	81	0	18	0	0.70
3087505--3087564	16	3.8	16	77	2	59	38	23	10	28	1.87
3087509--3087543	12	2.9	12	82	0	52	37	25	8	28	1.85
3088296--3088411	58	2.0	58	100	0	232	37	13	25	22	1.91
3091238--3091282	18	2.5	17	86	10	63	64	0	0	35	0.94
3093607--3093715	53	2.1	53	100	0	218	25	18	17	38	1.92
3097642--3097677	17	2.1	17	94	0	63	27	19	13	38	1.90
3098422--3098467	22	2.1	22	95	0	83	41	17	19	21	1.90
3098657--3098877	26	8.6	26	77	8	211	61	5	4	28	1.38
3098657--3099023	50	7.2	50	72	13	250	60	4	4	29	1.39
3098902--3099023	25	4.7	26	77	6	104	58	2	4	34	1.33
3098869--3098953	43	1.9	44	83	4	109	57	4	5	31	1.43
3098982--3099022	15	2.8	16	82	10	52	68	0	0	31	0.90
3105293--3105324	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
3105944--3105982	20	2.0	21	85	10	55	10	0	35	53	1.35
3115943--3115970	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
3116528--3116565	17	2.2	17	90	0	58	34	2	7	55	1.43
3125197--3125239	16	2.7	16	88	0	59	53	4	2	39	1.34
3128639--3128807	41	4.1	42	79	8	161	27	25	18	28	1.98
3136170--3136339	41	4.1	42	78	8	161	27	25	18	28	1.98
3146508--3146576	29	2.2	32	87	10	99	37	2	13	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3148322--3148366	21	2.1	22	87	4	65	15	8	0	75	1.03
3149060--3149095	15	2.4	14	86	13	54	38	2	2	55	1.29
3149502--3149548	23	2.0	24	83	8	60	21	8	4	65	1.37
3149694--3149743	23	2.1	23	82	14	57	24	12	2	62	1.40
3149808--3149859	3	17.3	3	82	7	52	32	7	0	59	1.26
3149807--3149862	21	2.7	21	86	10	71	32	8	0	58	1.29
3149775--3149868	18	5.1	18	68	24	63	32	8	0	58	1.28
3150073--3150123	3	17.3	3	77	18	54	33	3	0	62	1.13
3150073--3150119	16	3.1	15	85	11	60	34	4	0	61	1.15
3154588--3154691	52	2.0	52	98	0	199	26	22	13	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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