genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78555848--78555880	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
78559338--78559600	47	5.6	47	90	1	400	29	30	8	32	1.87
78567804--78567863	8	7.6	8	75	16	54	70	1	25	3	1.12
78567804--78567863	15	3.8	16	75	14	54	70	1	25	3	1.12
78572256--78572323	28	2.4	27	90	4	100	25	23	10	41	1.86
78574268--78574306	19	2.1	19	100	0	78	33	20	15	30	1.94
78578625--78578651	13	2.1	13	100	0	54	66	0	14	18	1.25
78585919--78585951	11	3.1	11	91	8	59	54	0	0	45	0.99
78597138--78597174	19	2.0	20	89	10	60	29	0	13	56	1.37
78604087--78604138	4	13.0	4	87	0	50	44	26	7	21	1.79
78605309--78605357	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
78613949--78614055	56	1.9	56	90	0	169	27	28	15	28	1.96
78616139--78616180	20	2.2	20	91	4	68	9	19	23	47	1.78
78617375--78617446	36	2.0	36	91	0	117	30	18	16	34	1.93
78618061--78618118	21	2.8	21	72	0	62	22	1	8	67	1.27
78619245--78619331	39	2.2	40	82	10	99	51	2	2	43	1.26
78630029--78630141	55	2.1	55	100	0	226	31	15	23	28	1.96
78630742--78630774	17	1.9	17	93	0	57	48	3	18	30	1.63
78631092--78631289	97	2.0	97	85	5	267	45	2	3	48	1.31
78641652--78641748	3	32.7	3	71	6	72	58	5	4	31	1.39
78641760--78641824	29	2.2	29	78	13	71	61	6	13	18	1.52
78642553--78642591	10	3.9	10	83	12	53	79	0	7	12	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78642553--78642591	20	1.9	21	89	5	62	79	0	7	12	0.93
78643944--78643998	17	3.4	17	72	18	55	70	0	3	25	1.03
78644012--78644139	10	13.2	9	73	14	87	60	3	0	35	1.18
78644004--78644063	29	2.1	28	81	3	66	60	8	0	31	1.27
78644012--78644139	19	6.6	19	72	16	68	60	3	0	35	1.18
78644053--78644105	12	4.0	12	73	21	52	67	1	0	30	1.01
78644094--78644161	29	2.4	27	80	9	75	57	1	1	39	1.17
78645622--78645660	21	1.9	21	89	5	62	53	0	10	35	1.35
78663425--78663459	18	1.9	18	94	0	61	25	40	28	5	1.78
78670410--78670444	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
78670798--78670839	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
78670792--78670846	26	2.1	27	86	3	76	61	3	1	32	1.24
78670803--78670857	26	2.1	26	83	6	67	67	3	1	27	1.17
78670884--78670933	25	2.0	26	88	11	77	66	2	0	32	1.03
78672422--78672918	90	5.5	90	90	0	737	26	26	15	30	1.96
78685522--78685584	30	2.1	30	93	0	108	42	14	3	39	1.61
78686212--78686248	18	2.1	18	100	0	74	24	27	37	10	1.88
78686932--78687055	3	42.0	3	75	10	96	29	5	2	62	1.30
78698417--78698493	18	4.3	18	86	5	111	37	11	14	36	1.82
78698423--78698490	35	1.9	36	90	3	111	36	13	13	36	1.83
78698950--78699001	14	3.6	14	76	19	52	38	1	0	59	1.08
78704923--78704992	6	11.8	6	76	14	65	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78704911--78704986	16	5.1	15	79	13	77	81	0	18	0	0.69
78704911--78704992	26	3.2	25	79	17	105	81	0	18	0	0.69
78705905--78706084	44	4.1	44	75	8	195	30	16	25	27	1.96
78706195--78706620	83	5.1	83	93	0	701	32	18	20	27	1.96
78707389--78707478	18	4.9	18	90	5	137	37	11	14	36	1.82
78707389--78707478	35	2.5	36	92	7	155	37	11	14	36	1.82
78707960--78708018	16	3.5	16	74	23	50	35	1	0	62	1.05
78707953--78708027	30	2.6	29	76	17	75	36	1	0	62	1.04
78707995--78708044	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
78710915--78710944	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
78713538--78713597	28	2.1	28	100	0	120	40	6	13	40	1.71
78714623--78714687	32	2.0	32	100	0	130	41	24	9	24	1.84
78715961--78716178	118	1.8	118	85	3	305	39	6	5	48	1.53
78716190--78716226	17	2.2	17	90	9	58	37	5	0	56	1.22
78718542--78718692	43	3.5	43	81	9	191	30	22	15	31	1.95
78724644--78724676	17	1.9	17	93	0	57	39	0	18	42	1.50
78731198--78731309	56	2.0	56	100	0	224	39	8	1	50	1.44
78732242--78732305	19	3.4	19	80	8	69	34	0	4	60	1.17
78732244--78732306	20	3.2	20	74	12	60	31	0	4	63	1.15
78735677--78735884	40	5.2	40	91	0	292	24	21	28	25	1.99
78743602--78743810	40	5.3	40	91	1	296	23	21	28	26	1.99
78759811--78759853	17	2.6	16	79	13	52	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78760413--78760523	37	3.0	37	87	0	168	28	32	18	20	1.96
78760413--78760551	74	1.9	74	84	3	190	27	30	17	23	1.97
78760416--78760551	37	3.7	37	82	4	150	25	31	18	24	1.97
78760706--78760842	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
78760816--78761104	47	6.1	47	88	3	389	26	29	11	33	1.91
78766153--78766186	13	2.4	14	90	9	52	73	0	5	20	1.04
78767270--78767467	39	5.1	39	82	6	224	17	20	30	30	1.96
78767278--78767521	78	3.1	76	80	9	235	18	21	29	30	1.97
78767415--78767564	39	3.8	39	86	3	185	21	20	28	30	1.98
78771417--78771468	16	3.2	16	91	0	59	48	3	23	25	1.68
78773051--78773228	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78773072--78773227	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78773710--78773736	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
78777369--78777426	30	2.0	29	96	3	107	31	25	17	25	1.97
78777803--78777882	39	2.1	39	95	0	142	30	25	2	42	1.68
78783796--78783830	18	1.9	18	88	0	52	65	8	8	17	1.44
78793862--78793895	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
78793964--78794047	38	2.1	41	82	10	104	52	5	4	36	1.47
78794595--78794650	28	2.0	28	100	0	112	46	3	17	32	1.66
78794784--78794837	24	2.3	22	81	12	63	62	0	3	33	1.12
78797242--78797322	39	2.1	39	95	0	144	40	2	14	41	1.59
78800146--78800740	47	12.6	47	93	2	894	27	29	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78802000--78802178	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
78804174--78804271	49	2.0	49	95	0	178	33	7	17	41	1.77
78806883--78807067	40	4.7	39	84	4	228	24	27	23	24	2.00
78806883--78807070	79	2.4	80	84	2	245	25	27	22	25	2.00
78817517--78817563	23	2.0	23	84	8	60	70	6	4	19	1.26
78821534--78821711	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78821555--78821710	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78821534--78821723	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
78829615--78829765	27	5.6	27	81	4	151	29	28	15	27	1.96
78832888--78833031	47	3.1	47	90	0	198	33	9	29	28	1.88
78832932--78833009	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
78834592--78834785	40	4.8	40	94	0	334	19	23	31	25	1.98
78838656--78838846	47	4.1	47	93	0	292	33	9	28	27	1.89
78838700--78838824	25	5.2	25	62	30	76	31	11	29	28	1.91
78838725--78838799	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
78838656--78838892	94	2.5	93	85	2	305	33	9	29	27	1.89
78850237--78850266	15	2.0	15	93	0	51	60	20	3	16	1.50
78851526--78851721	48	4.1	47	91	1	124	31	30	6	31	1.83
78851548--78851743	48	4.0	48	94	1	302	30	29	6	33	1.83
78865702--78865865	41	3.9	42	73	4	125	31	24	13	31	1.93
78882070--78882179	27	4.1	27	81	6	134	39	18	16	26	1.91
78882491--78882709	73	3.0	73	95	0	375	20	28	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78882766--78882822	8	7.1	8	75	0	60	10	26	12	50	1.72
78882758--78882826	24	2.9	24	81	10	88	10	24	11	53	1.68
78883740--78883765	10	2.6	10	100	0	52	42	23	0	34	1.54
78897833--78897881	20	2.4	21	76	10	57	24	38	14	22	1.91
78899414--78899620	46	4.4	47	77	7	181	29	18	27	24	1.98
78901030--78901142	41	2.7	40	79	8	102	26	16	27	29	1.97
78901918--78901959	19	2.3	19	83	4	50	21	7	35	35	1.81
78902328--78902394	20	3.3	20	68	19	59	35	1	14	47	1.54
78935164--78935504	170	2.0	171	95	0	621	36	20	19	23	1.95
78935991--78936078	45	2.0	45	86	0	122	35	25	15	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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