Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  17  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4914547--4914663
41
2.8
40
78
10
119
31
28
20
19
1.97
4915111--4915137
7
3.9
7
100
0
54
74
25
0
0
0.83
4933907--4934044
69
2.0
69
95
0
249
26
23
13
36
1.91
4934097--4934140
22
2.0
22
100
0
88
27
22
4
45
1.72
4937804--4937829
11
2.4
11
100
0
52
26
19
26
26
1.99
4942998--4943043
23
2.0
23
95
0
83
39
23
8
28
1.84
4944562--4944628
31
2.2
31
97
0
125
52
5
19
22
1.67
4945553--4945594
18
2.3
18
87
0
57
21
2
7
69
1.25
4948900--4948936
19
1.9
19
88
0
56
27
2
0
70
1.01
4951712--4951736
11
2.3
11
100
0
50
56
0
0
44
0.99
4954063--4954101
19
2.0
20
95
5
71
17
0
5
76
0.96
4954063--4954101
20
2.0
19
90
5
60
17
0
5
76
0.96
4954064--4954128
19
2.9
23
84
13
66
26
0
6
67
1.13
4960434--4960467
12
2.8
12
90
0
50
70
2
0
26
1.01
4960624--4960675
27
1.9
27
96
0
95
32
19
3
44
1.69
4961205--4961233
15
1.9
15
100
0
58
34
17
34
13
1.89
4965190--4965242
26
2.0
26
100
0
106
35
15
11
37
1.83
4971962--4971986
13
1.9
13
100
0
50
36
0
16
48
1.46
4972474--4972632
85
1.9
85
93
0
273
40
15
18
25
1.89
4972987--4973015
15
1.9
15
100
0
58
34
17
34
13
1.89
4982521--4982547
14
1.9
14
100
0
54
74
0
0
25
0.83
4987129--4987166
19
2.0
19
100
0
76
36
15
10
36
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4996931--4997204
46
6.0
46
88
1
354
41
14
23
20
1.89
4996927--4997199
92
3.0
92
89
1
395
41
13
23
20
1.89
4997485--4997517
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
5016736--5016882
67
2.2
67
85
2
195
36
7
2
53
1.44
5017712--5018325
310
2.0
315
92
2
1033
27
24
17
31
1.97
5018754--5018787
15
2.3
15
90
5
52
29
5
0
64
1.17
5019277--5019350
26
2.8
24
74
22
60
32
6
4
56
1.44
5019276--5019350
25
2.8
26
73
20
66
33
6
4
56
1.44
5019286--5019336
25
2.1
24
85
10
68
31
7
3
56
1.46
5027196--5027292
47
2.0
48
88
2
142
27
17
22
31
1.97
5027225--5027264
19
2.1
19
90
0
62
27
12
27
32
1.93
5035413--5035473
16
3.9
16
78
4
61
29
0
14
55
1.40
5035428--5035466
15
2.5
16
83
8
53
35
0
5
58
1.20
5036201--5036339
71
2.0
71
95
0
251
29
28
12
28
1.94
5042741--5042789
26
2.0
26
88
8
75
30
0
6
63
1.19
5045709--5045784
38
2.0
38
97
0
143
25
28
11
34
1.91
5046747--5046791
10
4.8
10
78
13
51
31
0
0
68
0.89
5048742--5048798
30
1.9
29
85
3
78
45
3
1
49
1.29
5054073--5054134
30
2.1
30
90
0
97
24
48
3
24
1.66
5054083--5054185
51
2.0
51
90
0
161
23
48
1
26
1.61
5054111--5054155
21
2.1
21
88
8
65
22
48
0
28
1.50
5054132--5054205
30
2.5
30
86
0
112
24
48
2
24
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5054694--5054821
23
5.5
23
67
19
70
35
4
3
57
1.36
5054769--5054910
25
5.5
26
72
12
71
34
6
4
54
1.45
5054773--5054831
14
4.1
15
75
18
54
35
3
1
59
1.24
5054746--5054894
79
1.9
79
81
5
185
34
6
4
55
1.45
5055062--5055109
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
5055062--5055113
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
5055868--5055914
24
2.0
24
82
0
58
42
4
2
51
1.33
5077099--5077138
20
2.1
19
85
4
53
40
5
7
47
1.54
5077762--5077804
21
2.0
21
95
0
77
27
0
37
34
1.57
5077785--5077817
16
2.1
16
94
0
57
33
0
36
30
1.58
5077796--5077890
45
2.1
44
88
1
136
34
5
27
32
1.79
5078052--5078086
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
5078010--5078082
27
2.7
27
76
8
76
52
2
0
45
1.15
5077971--5078242
144
1.9
147
92
3
469
47
2
3
46
1.34
5078196--5078230
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
5084507--5084539
14
2.3
15
89
5
50
54
0
0
45
0.99
5087886--5087917
16
2.0
16
100
0
64
68
0
0
31
0.90
5087886--5087975
9
10.0
9
68
11
51
63
2
1
33
1.14
5087887--5087918
8
4.0
8
91
0
55
71
0
0
28
0.86
5090184--5090219
17
2.1
17
89
0
54
16
5
0
77
0.94
5093894--5093947
16
3.5
16
73
16
60
50
0
5
44
1.25
5094983--5095032
15
3.0
15
83
16
55
44
2
14
40
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5095000--5095039
20
2.0
20
90
9
64
42
5
12
40
1.64
5095165--5095191
6
4.5
6
100
0
54
18
18
14
48
1.82
5095365--5095475
18
6.2
18
77
6
91
42
10
11
35
1.76
5095367--5095457
36
2.5
36
80
7
112
43
9
9
36
1.71
5097304--5097384
40
2.0
40
100
0
162
38
14
17
29
1.90
5112093--5112126
17
2.0
17
88
11
52
70
0
0
29
0.87
5112646--5112673
10
2.8
10
100
0
56
57
0
0
42
0.99
5117384--5117424
15
2.6
17
77
14
52
48
14
4
31
1.65
5122462--5122506
19
2.4
19
88
3
65
46
4
0
48
1.22
5123744--5123821
39
2.0
39
82
0
93
37
12
14
35
1.84
5132271--5132295
13
1.9
13
100
0
50
72
4
0
24
1.02
5132499--5132545
25
1.9
24
91
4
76
65
2
6
25
1.27
5140524--5140565
15
2.7
15
82
10
50
54
2
2
40
1.26
5141597--5141637
17
2.5
17
80
15
50
36
0
0
63
0.95
5145556--5145582
11
2.5
11
100
0
54
92
0
7
0
0.38
5145550--5145582
11
2.8
12
86
9
50
90
3
6
0
0.52
5145550--5145585
17
2.1
17
89
0
54
88
2
8
0
0.59
5158840--5158892
3
16.7
3
77
11
52
58
3
1
35
1.27
5158840--5158923
14
5.9
14
75
10
64
57
3
3
35
1.34
5159213--5159329
3
39.3
3
70
11
71
58
1
9
29
1.39
5163883--5163990
44
2.4
44
85
3
135
29
22
13
34
1.93
5171138--5171245
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5177037--5177080
19
2.2
20
96
4
81
65
29
0
4
1.12
5179427--5179473
24
2.0
24
83
8
60
23
4
42
29
1.73
5179589--5179842
72
3.5
72
84
11
363
23
5
35
35
1.78
5179964--5179990
6
4.5
6
100
0
54
14
0
66
18
1.25
5185863--5185898
16
2.2
17
90
5
56
41
0
0
58
0.98
5185846--5185901
27
2.0
28
86
3
78
46
1
0
51
1.11
5188321--5188371
20
2.6
20
93
3
86
9
5
5
78
1.08
5190476--5190520
19
2.4
18
85
3
63
33
6
4
55
1.46
5191783--5191816
3
11.7
3
93
6
61
29
0
0
70
0.87
5196580--5196698
58
2.1
58
100
0
238
60
1
5
32
1.28
5196622--5196671
22
2.3
22
82
10
66
62
2
2
34
1.18
5196615--5196699
21
4.3
20
70
17
70
60
1
5
32
1.29
5202235--5202501
41
6.5
41
89
1
394
35
26
19
17
1.94
5202451--5202555
54
2.0
54
90
1
167
40
25
19
15
1.90
5202409--5202590
94
1.9
95
92
1
303
36
26
19
16
1.93
5202508--5202588
41
2.0
41
97
0
153
29
29
22
18
1.97
5203688--5203738
24
2.1
24
82
7
59
58
1
1
37
1.20
5204699--5204741
18
2.4
17
84
7
59
23
6
27
41
1.80
5205187--5205366
60
3.0
62
93
4
321
18
6
18
56
1.63
5221995--5222031
13
2.8
13
91
0
65
81
0
0
18
0.70
5222149--5222188
15
2.6
15
88
4
53
42
0
0
57
0.98
5224546--5224594
18
2.6
19
87
9
66
10
6
6
77
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5224544--5224590
19
2.4
20
85
3
69
12
4
4
78
1.04
5226670--5226714
19
2.4
18
85
3
63
33
6
4
55
1.46
5227956--5227989
3
11.7
3
93
6
61
29
0
0
70
0.87
5232734--5232852
58
2.1
58
100
0
238
60
1
5
32
1.28
5232776--5232825
22
2.3
22
82
10
66
62
2
2
34
1.18
5232769--5232853
21
4.3
20
70
17
70
60
1
5
32
1.29
5238357--5238710
41
8.4
41
81
10
399
35
27
20
17
1.94
5238573--5238676
53
2.0
53
92
0
172
40
25
19
14
1.89
5238531--5238710
94
1.9
94
91
2
299
36
27
20
16
1.93
5239815--5239865
24
2.1
24
82
7
59
58
1
1
37
1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333