genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77013230--77013435	104	2.0	104	92	1	342	56	13	0	29	1.41
77013892--77013941	23	2.2	23	81	0	55	2	34	2	62	1.18
77014070--77014108	17	2.2	18	90	4	62	58	0	0	41	0.98
77014070--77014109	18	2.2	18	86	8	55	60	0	0	40	0.97
77014392--77014456	31	2.1	31	85	0	85	30	15	27	26	1.96
77014765--77014828	29	2.3	28	76	12	69	45	1	3	50	1.27
77018039--77018084	19	2.3	20	88	3	67	39	17	6	36	1.76
77030594--77030673	32	2.5	32	83	4	99	52	18	2	26	1.58
77032823--77032929	55	1.9	55	86	0	151	21	33	24	20	1.97
77032825--77032941	55	2.1	55	83	0	144	22	34	23	20	1.97
77033364--77033398	11	3.2	11	87	0	52	65	0	31	2	1.07
77033688--77034003	47	6.7	45	73	10	199	23	29	19	27	1.98
77033688--77034003	141	2.2	140	79	7	345	23	29	19	27	1.98
77034305--77034408	52	2.0	52	98	0	199	43	20	5	30	1.75
77034394--77034451	30	1.9	30	92	0	98	29	27	12	31	1.92
77036346--77036411	28	2.3	30	89	5	100	54	19	7	18	1.67
77036429--77036534	3	35.3	3	98	0	203	67	0	32	0	0.91
77047192--77047309	28	4.2	28	78	8	114	28	21	25	24	1.99
77047186--77047314	57	2.3	58	81	10	151	29	20	25	24	1.99
77054692--77054818	28	4.5	28	78	9	132	28	18	28	24	1.98
77054686--77054819	57	2.4	57	85	6	166	30	17	27	23	1.97
77059482--77059698	49	4.6	47	77	7	215	23	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77059526--77059704	93	1.9	93	91	0	295	23	31	18	26	1.97
77061648--77061796	28	5.4	28	83	3	167	31	28	13	26	1.94
77061647--77061771	55	2.3	54	86	5	162	30	28	13	28	1.94
77082414--77082459	19	2.3	22	78	17	55	45	0	4	50	1.21
77084622--77084838	46	4.7	46	80	10	212	27	19	29	23	1.98
77085310--77085401	46	2.0	46	91	0	148	25	18	23	32	1.97
77092276--77092574	43	7.0	43	86	1	339	29	24	17	28	1.97
77101006--77101046	22	2.0	22	85	9	59	48	19	21	9	1.77
77109482--77109520	18	2.2	18	90	9	62	35	0	2	61	1.10
77109572--77109611	20	2.0	21	85	9	57	47	2	0	50	1.14
77112280--77112327	11	4.2	11	78	17	53	75	0	25	0	0.81
77112267--77112319	14	4.0	14	76	14	58	67	0	32	0	0.91
77112491--77112608	60	2.0	60	91	0	191	34	0	12	51	1.46
77113098--77113134	18	2.1	18	85	14	51	48	0	0	51	1.00
77113110--77113165	26	2.1	27	83	9	71	37	0	0	62	0.95
77119346--77119414	36	1.9	36	90	0	111	28	24	18	27	1.98
77121054--77121078	13	1.9	13	100	0	50	40	24	16	20	1.91
77122362--77122576	47	4.6	46	79	9	179	28	18	28	24	1.98
77122448--77122576	47	2.8	47	85	11	185	29	17	28	24	1.97
77127040--77127118	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
77127281--77127759	47	10.1	47	94	0	769	28	30	10	30	1.89
77133698--77133794	47	2.1	47	86	0	131	49	2	15	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77134886--77134931	24	1.9	24	86	8	67	30	4	4	60	1.35
77138192--77138291	49	2.0	49	96	0	182	33	8	27	32	1.86
77138270--77138311	20	2.1	20	95	0	75	33	9	19	38	1.84
77138221--77138358	69	2.0	67	95	2	249	33	8	25	32	1.86
77138290--77138784	96	5.2	96	93	3	831	32	8	29	30	1.86
77138192--77138407	116	1.8	117	97	2	407	33	8	26	31	1.86
77138290--77138784	47	10.3	49	94	3	825	32	8	29	30	1.86
77138415--77138493	25	3.3	25	64	16	67	34	3	27	34	1.75
77142942--77143212	48	5.6	48	79	3	278	28	17	28	25	1.98
77142945--77143212	96	2.8	96	83	2	306	28	17	28	25	1.98
77142931--77143212	144	2.0	143	85	4	390	28	17	29	25	1.97
77147331--77147378	20	2.4	20	96	0	87	29	27	14	29	1.95
77148279--77148322	17	2.6	17	82	3	54	45	4	0	50	1.22
77148485--77148522	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
77154927--77154955	14	2.0	15	93	6	51	13	6	17	62	1.52
77159238--77159390	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
77159238--77159390	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
77167393--77167543	27	5.6	27	91	1	230	25	13	29	30	1.94
77182150--77182333	67	2.8	64	75	8	176	29	16	29	23	1.97
77186361--77186516	42	3.7	42	84	5	199	28	25	16	30	1.96
77192833--77192982	42	3.5	42	83	3	185	28	24	16	32	1.96
77195283--77195352	26	2.7	26	73	8	70	34	15	8	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77196229--77196261	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
77197325--77197389	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
77197495--77197584	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
77197505--77197595	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
77197495--77197609	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
77203182--77203423	69	3.5	68	75	6	211	38	22	16	21	1.93
77204960--77205323	69	5.3	69	85	0	467	35	21	21	21	1.96
77208251--77208390	46	3.2	46	60	12	112	44	7	15	32	1.74
77208181--77208439	86	3.0	86	97	1	484	45	8	14	31	1.74
77219681--77219735	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
77220644--77220673	4	7.8	4	92	7	53	26	0	0	73	0.84
77221115--77221139	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
77221272--77221312	20	2.0	20	85	9	55	34	4	7	53	1.50
77223285--77223315	16	1.9	16	93	0	53	58	3	3	35	1.31
77226827--77226932	28	3.8	28	82	1	113	29	15	32	23	1.95
77227232--77227518	27	10.7	27	82	1	317	38	21	10	29	1.86
77227473--77227550	27	2.9	27	86	3	95	39	20	14	25	1.90
77227483--77227561	27	2.9	27	86	3	106	37	20	17	24	1.93
77231748--77231816	34	2.0	34	91	0	111	39	8	15	36	1.79
77233654--77233963	47	6.7	45	76	11	209	23	29	20	26	1.99
77233604--77233960	94	3.8	95	82	7	401	22	29	20	27	1.99
77233604--77233963	141	2.6	138	77	10	365	22	29	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77242237--77242299	26	2.4	26	86	0	81	14	22	26	36	1.92
77242281--77242346	25	2.6	25	100	0	132	19	15	31	33	1.93
77243948--77244021	37	2.0	37	100	0	148	43	8	21	27	1.80
77250715--77250794	33	2.5	31	79	16	83	45	12	22	20	1.84
77250771--77250883	33	3.5	32	75	9	104	38	13	24	23	1.91
77250876--77251151	31	8.8	31	82	9	310	28	17	27	26	1.98
77250876--77251151	62	4.4	62	85	6	344	28	17	27	26	1.98
77251208--77251272	27	2.4	27	89	0	94	38	13	24	23	1.91
77251327--77251408	34	2.4	34	85	2	112	24	12	29	34	1.91
77252547--77252577	15	2.1	15	100	0	62	61	19	6	12	1.53
77255654--77255693	13	3.1	13	96	0	71	15	30	37	17	1.90
77258447--77258603	43	3.7	42	79	9	142	29	25	19	25	1.99
77260846--77260886	19	2.2	19	100	0	82	48	21	4	24	1.69
77267862--77268031	46	3.7	46	77	10	193	30	29	18	21	1.97
77267870--77268041	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
77267913--77268056	46	3.1	46	67	21	111	30	27	18	22	1.98
77270915--77270939	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
77286135--77286566	178	2.5	172	84	6	564	26	22	20	30	1.98
77295611--77295774	75	2.3	71	84	8	219	30	20	29	20	1.97
77308669--77308697	8	3.6	8	100	0	58	37	0	24	37	1.56
77309025--77309077	26	2.1	26	86	10	74	50	0	11	37	1.38
77321214--77321431	40	5.5	40	88	2	289	22	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77329404--77329619	40	5.4	40	87	2	285	22	21	28	26	1.99
77343389--77343430	12	3.5	12	93	0	75	26	14	26	33	1.94
77346650--77346677	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
77364116--77364255	27	5.2	27	85	0	181	38	17	17	26	1.92
77364574--77364629	18	3.1	18	70	10	51	19	19	19	41	1.91
77364619--77364716	34	2.9	34	84	3	126	29	22	22	25	1.99
77368694--77368729	19	1.9	18	88	5	54	27	25	36	11	1.90
77373376--77373550	46	3.8	45	76	13	194	21	20	29	29	1.98
77373373--77373543	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
77379173--77379211	15	2.6	15	87	0	60	41	33	7	17	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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