genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12543194--12543245	10	4.8	11	77	20	56	36	1	0	61	1.07
12543189--12543245	21	2.7	21	86	8	71	33	3	0	63	1.12
12543194--12543245	22	2.4	21	87	9	70	36	1	0	61	1.07
12543273--12543360	9	9.4	9	71	11	61	36	2	1	60	1.17
12543407--12543452	19	2.4	19	85	7	58	30	6	2	60	1.34
12544292--12544387	37	2.6	37	81	5	104	36	10	23	29	1.88
12544320--12544395	38	2.0	37	84	2	98	36	10	22	30	1.88
12545852--12545886	17	2.1	17	100	0	70	62	0	11	25	1.28
12546797--12546855	20	2.9	19	78	12	57	40	10	10	38	1.73
12549090--12549135	22	2.1	22	100	0	92	36	15	17	30	1.91
12560158--12560420	94	2.8	91	78	7	235	27	20	27	25	1.99
12567239--12567282	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
12572690--12572847	79	2.0	79	96	0	289	36	15	18	28	1.92
12587858--12587887	13	2.3	13	94	0	51	10	30	43	16	1.81
12602352--12602524	94	1.8	94	87	2	258	30	19	27	23	1.98
12602352--12602522	46	3.7	46	82	7	202	30	18	27	23	1.98
12602349--12602555	94	2.2	94	82	1	254	29	19	26	23	1.98
12602349--12602555	46	4.4	48	80	3	197	29	19	26	23	1.98
12602582--12602691	49	2.2	49	90	3	168	30	23	25	20	1.98
12604836--12604953	34	3.5	34	84	2	148	34	31	12	21	1.91
12612277--12612302	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
12619172--12619328	65	2.4	65	98	0	305	24	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12620430--12620458	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
12622196--12622228	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
12625623--12625812	26	7.2	26	83	9	201	43	20	16	20	1.88
12625827--12625927	25	4.0	25	78	10	114	24	14	17	42	1.88
12625805--12625916	52	2.2	52	91	0	179	28	13	15	42	1.84
12627358--12627463	53	2.0	53	100	0	212	26	18	16	37	1.93
12628429--12628512	26	3.2	25	85	6	105	38	13	19	29	1.89
12628429--12628528	26	3.8	25	80	7	101	38	11	19	32	1.86
12639289--12639344	28	2.0	28	83	13	71	41	0	25	33	1.56
12645920--12645952	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12648862--12648945	6	14.7	6	80	7	86	77	1	4	16	1.00
12648847--12648947	22	4.5	23	77	15	88	75	0	5	17	1.06
12648887--12648947	16	3.7	16	85	12	79	77	0	4	18	0.95
12648870--12648945	28	2.7	28	80	15	93	76	1	5	17	1.04
12653832--12653859	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
12654331--12654381	27	1.9	26	84	4	66	35	21	25	17	1.95
12654706--12654762	28	2.0	28	96	0	105	33	35	5	26	1.79
12656447--12656471	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
12656754--12656786	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12662413--12662524	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
12662413--12662524	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
12667588--12667741	56	2.7	57	90	1	229	27	12	24	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12671791--12671872	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
12676550--12676810	41	6.4	41	81	4	278	36	22	22	18	1.95
12676954--12676993	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
12677870--12677928	13	5.0	11	78	17	57	57	0	1	40	1.09
12679487--12679529	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
12680581--12680624	23	1.9	23	95	0	79	18	18	13	50	1.79
12682991--12683030	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
12682605--12684350	467	3.7	467	98	0	3350	36	11	11	41	1.76
12683925--12683964	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
12684361--12684413	9	5.6	9	76	12	52	49	18	1	30	1.59
12689961--12690008	21	2.3	21	96	0	87	22	18	56	2	1.52
12690307--12690509	43	4.7	43	81	6	241	28	19	22	29	1.98
12690305--12690509	87	2.4	85	90	2	320	28	19	22	29	1.98
12690552--12690664	33	3.4	33	98	0	217	18	23	30	27	1.98
12690552--12690677	33	3.9	31	94	3	173	21	24	28	25	1.99
12712427--12712453	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
12713611--12713719	23	4.7	23	77	16	84	25	24	17	32	1.97
12721009--12721058	25	2.1	25	85	7	68	56	2	4	38	1.30
12722020--12722110	10	9.0	10	69	17	55	38	4	3	53	1.37
12722050--12722111	32	2.0	30	84	6	79	40	4	3	51	1.39
12723548--12723603	30	1.9	28	82	13	69	46	1	0	51	1.11
12727805--12727914	15	7.4	15	72	6	89	29	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12732253--12732292	21	2.0	20	85	5	53	47	2	17	32	1.61
12732602--12732660	24	2.4	25	80	2	66	20	28	18	32	1.96
12745079--12745139	19	3.3	19	83	2	70	16	27	27	27	1.97
12754479--12754509	13	2.4	13	94	0	53	16	9	9	64	1.48
12755566--12755942	48	7.9	48	85	2	461	27	31	16	24	1.97
12760804--12760870	28	2.4	28	100	0	134	22	16	10	50	1.75
12761896--12762211	95	3.3	95	86	2	420	30	29	14	25	1.95
12761898--12762212	142	2.2	142	86	1	434	30	29	14	25	1.95
12761898--12762258	48	7.6	48	81	2	377	29	29	15	26	1.96
12773778--12773802	11	2.3	11	100	0	50	28	28	0	44	1.55
12775094--12775147	23	2.3	23	96	0	99	25	18	9	46	1.79
12785173--12785218	23	2.0	23	100	0	92	52	8	0	39	1.33
12792252--12792307	21	2.6	21	86	8	69	33	0	3	62	1.12
12793927--12793955	15	2.0	15	93	6	51	27	3	0	68	1.05
12796773--12796814	22	2.0	21	81	13	50	47	0	9	42	1.36
12796988--12797132	48	3.0	48	100	0	290	40	4	2	53	1.32
12797008--12797133	24	5.2	24	71	21	120	38	4	1	54	1.31
12817644--12817719	20	3.4	24	77	19	67	68	3	1	26	1.15
12817673--12817732	22	2.8	22	82	9	63	68	6	1	23	1.22
12820106--12820247	56	2.5	56	88	4	196	30	16	21	31	1.95
12820338--12820532	97	2.0	97	92	0	327	32	7	23	36	1.82
12823067--12823501	216	2.0	216	99	0	852	36	16	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12823749--12823813	18	3.6	18	85	0	94	43	18	9	29	1.81
12823730--12823783	28	1.9	28	81	7	65	38	20	9	31	1.84
12823747--12823828	36	2.3	36	84	0	110	39	18	10	31	1.85
12825310--12825359	19	2.6	19	87	3	64	54	2	0	44	1.11
12825662--12825701	13	3.1	13	82	10	55	57	0	2	40	1.12
12825833--12825879	19	2.4	19	76	20	51	36	19	4	40	1.71
12826146--12826177	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
12826147--12826177	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
12830532--12830559	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
12838043--12838129	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
12838501--12838558	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
12839807--12839841	5	7.0	5	100	0	70	60	0	0	40	0.97
12839866--12839894	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
12840810--12840867	17	3.4	17	76	7	64	51	6	3	37	1.46
12841682--12841730	25	2.0	25	87	0	71	38	2	8	51	1.43
12847613--12847645	17	1.9	17	88	11	50	45	33	0	21	1.52
12854015--12854044	14	2.1	14	93	0	51	30	3	26	40	1.72
12875360--12875401	20	2.0	22	86	9	61	35	11	4	47	1.61
12883686--12883724	20	2.0	20	89	0	60	46	15	5	33	1.68
12884015--12884061	19	2.4	20	89	3	69	44	12	4	38	1.62
12885689--12885970	48	5.9	48	76	6	212	23	27	19	29	1.98
12893234--12893368	48	2.8	46	81	8	130	22	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12893287--12893469	96	1.9	96	82	0	231	24	28	18	29	1.98
12893285--12893502	96	2.3	93	78	7	229	24	27	18	30	1.98
12893443--12893554	48	2.3	48	84	6	138	23	24	17	34	1.96
12893475--12893566	48	1.9	48	82	8	116	23	23	18	33	1.97
12899672--12899705	11	3.1	11	95	0	59	35	0	20	44	1.52
12900083--12900402	46	7.0	45	82	7	331	43	14	21	20	1.87
12900083--12900387	92	3.3	92	85	3	384	44	13	21	20	1.86
12900093--12900377	138	2.1	138	85	1	374	43	14	21	20	1.87
12903616--12903708	7	13.0	7	79	4	105	47	34	2	16	1.58
12903616--12903708	22	4.3	21	80	4	105	47	34	2	16	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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