genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  72  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22120433--22120541	25	4.4	25	85	8	111	27	22	22	26	1.99
22120749--22120831	30	2.7	31	87	3	125	31	18	26	24	1.97
22120749--22120826	31	2.6	30	89	2	120	30	19	26	23	1.98
22122469--22122549	35	2.3	35	86	0	117	33	25	18	22	1.97
22122533--22122562	6	5.0	6	91	0	51	53	16	13	16	1.73
22124117--22124279	43	3.8	43	78	9	172	31	23	18	25	1.97
22124117--22124275	86	1.9	85	82	6	205	31	24	18	25	1.97
22129596--22129734	25	5.6	25	75	3	145	38	25	17	18	1.92
22129568--22129743	50	3.5	50	88	1	255	39	23	17	19	1.92
22129885--22130005	41	3.0	41	86	0	161	30	28	19	21	1.98
22130243--22130561	27	11.8	27	83	3	284	30	8	20	40	1.82
22130246--22130560	81	3.9	81	80	3	321	30	8	20	41	1.82
22133615--22133737	41	3.0	41	86	0	183	26	27	21	23	1.99
22133963--22134018	26	2.1	27	86	3	78	32	12	16	39	1.85
22133956--22134288	27	12.4	27	78	8	225	30	8	19	41	1.81
22133985--22134288	81	3.8	81	79	8	298	29	7	19	42	1.79
22134238--22134296	26	2.2	27	90	3	93	33	10	18	37	1.85
22134285--22134388	27	3.9	27	87	0	145	27	20	17	34	1.95
22136549--22136598	25	2.0	25	88	0	73	28	22	22	28	1.99
22136634--22136680	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
22136730--22136879	27	5.8	26	92	4	243	26	19	23	30	1.98
22136730--22136879	53	2.9	52	92	3	243	26	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22139504--22139603	39	2.4	40	81	9	112	28	26	16	30	1.96
22143174--22143216	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
22148923--22149108	40	4.7	40	85	5	225	23	21	27	26	1.99
22148976--22149141	40	4.2	40	83	6	196	26	19	26	27	1.99
22156890--22157075	40	4.7	40	85	5	225	23	21	27	26	1.99
22156943--22157108	40	4.2	40	83	6	196	26	19	26	27	1.99
22159777--22159814	19	2.0	19	90	10	60	60	15	5	18	1.53
22160008--22160057	26	1.9	26	95	0	91	34	10	4	52	1.54
22161208--22161238	11	2.9	11	95	4	55	83	0	16	0	0.64
22170345--22170538	55	3.6	54	81	4	221	36	18	23	22	1.95
22170345--22170552	53	3.9	54	82	4	213	36	17	23	22	1.95
22174491--22174550	30	2.0	30	83	0	75	30	23	8	38	1.84
22179833--22179888	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
22180666--22180807	43	3.3	43	90	2	214	28	29	16	24	1.97
22183454--22183567	48	2.4	48	92	0	201	38	5	23	32	1.77
22183546--22183591	24	1.9	24	95	0	83	34	0	23	41	1.55
22183498--22183639	72	2.0	72	97	0	266	38	4	23	33	1.76
22183454--22183687	120	2.0	120	92	0	387	37	5	23	33	1.78
22183570--22183721	48	3.2	48	91	0	241	36	6	25	31	1.82
22183862--22183964	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
22185257--22185532	40	7.2	40	85	9	387	24	19	28	27	1.99
22185417--22185471	28	2.0	28	100	0	110	21	21	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22185377--22185508	68	1.9	68	96	0	246	25	20	28	26	1.99
22185337--22185532	108	1.8	108	94	0	347	25	19	28	27	1.99
22185445--22185552	40	2.7	40	88	4	139	25	21	25	26	1.99
22185560--22185691	57	2.3	57	83	3	160	21	18	30	29	1.97
22188984--22189097	48	2.4	48	92	0	201	38	5	23	32	1.77
22189076--22189121	24	1.9	24	95	0	83	34	0	23	41	1.55
22189028--22189169	72	2.0	72	97	0	266	38	4	23	33	1.76
22188984--22189217	120	2.0	120	92	0	387	37	5	23	33	1.78
22189100--22189251	48	3.2	48	91	0	241	36	6	25	31	1.82
22189392--22189494	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
22191596--22191626	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
22194543--22194567	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
22194566--22194614	14	3.4	14	85	2	62	22	0	2	75	0.90
22194575--22194615	7	5.9	7	88	0	55	19	0	0	80	0.71
22195832--22196052	41	5.4	42	83	5	249	23	23	20	33	1.97
22195832--22196018	83	2.3	82	87	1	259	24	22	20	32	1.98
22196971--22197046	26	2.8	26	86	4	89	34	19	13	32	1.90
22197169--22197227	27	2.2	26	81	3	64	20	22	18	38	1.93
22197180--22197236	27	2.1	27	87	6	80	17	19	22	40	1.91
22203487--22203594	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
22205038--22205113	26	2.8	26	88	4	98	34	21	13	31	1.91
22205217--22205331	27	4.2	28	81	12	150	19	23	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22205217--22205349	27	4.9	26	81	12	135	20	24	21	34	1.96
22205230--22205349	55	2.2	55	97	2	226	21	24	19	35	1.96
22216860--22217030	86	2.0	86	96	0	315	38	22	5	32	1.78
22221093--22221192	26	3.8	25	80	10	110	37	21	24	18	1.94
22221095--22221199	53	2.0	53	85	7	142	38	20	22	18	1.94
22222597--22222643	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
22228902--22229012	27	4.2	26	79	8	116	36	22	23	17	1.94
22230430--22230476	24	2.0	24	95	0	85	25	38	0	36	1.56
22233085--22233329	40	6.2	40	89	2	309	23	22	28	26	1.99
22241444--22241648	40	5.2	40	92	2	274	23	21	28	26	1.99
22244018--22244085	32	2.1	32	97	0	127	33	29	4	32	1.77
22244164--22244263	28	3.5	28	73	1	92	29	27	16	28	1.97
22244147--22244290	57	2.5	55	81	5	162	27	30	16	25	1.97
22249793--22249976	49	3.7	49	76	5	208	28	17	25	28	1.98
22249788--22249971	100	1.8	100	89	0	287	26	17	26	29	1.98
22252947--22253001	15	3.7	15	75	20	62	12	14	10	61	1.56
22255666--22255832	47	3.6	47	78	10	182	28	16	25	29	1.97
22276225--22276282	30	1.9	31	86	10	84	0	39	0	60	0.97
22276288--22276347	26	2.3	26	77	13	70	3	38	0	58	1.15
22281631--22281679	14	3.5	14	83	5	55	14	6	38	40	1.71
22281711--22281770	17	3.3	17	67	24	50	58	0	3	38	1.15
22281710--22281783	36	2.0	38	94	5	134	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22283717--22283799	39	2.2	39	93	2	141	24	12	15	48	1.79
22285274--22285399	60	2.1	60	98	0	243	34	7	13	45	1.71
22285726--22286263	106	5.2	105	89	4	777	34	7	4	53	1.49
22286348--22286631	9	30.7	9	66	20	72	46	15	3	35	1.63
22286351--22286614	74	3.5	74	85	5	359	45	14	3	35	1.63
22291967--22292007	13	3.2	13	85	0	55	21	29	29	19	1.98
22293129--22293245	41	2.8	42	85	3	157	22	25	13	38	1.91
22293134--22293274	41	3.4	41	83	1	149	22	28	13	35	1.92
22294126--22294188	23	2.6	24	73	12	58	60	6	0	33	1.22
22295170--22295229	25	2.4	25	83	10	70	38	26	13	21	1.90
22295197--22295298	42	2.5	42	90	3	163	35	25	17	21	1.95
22298088--22298147	25	2.4	25	84	15	72	40	28	11	20	1.87
22298859--22298888	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
22299875--22299914	21	1.9	21	84	0	53	22	2	27	47	1.64
22306684--22306716	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
22326577--22326639	23	2.8	23	78	9	67	34	19	20	25	1.96
22326600--22326699	23	4.2	24	75	10	82	36	19	22	23	1.95
22344958--22345033	25	3.1	25	80	12	70	28	22	21	27	1.99
22344958--22345056	23	4.2	24	76	12	80	30	22	20	27	1.98
22344976--22345129	23	6.4	24	75	11	86	35	18	20	25	1.96
22348746--22348789	19	2.2	20	84	8	54	4	13	9	72	1.24
22354485--22354706	45	4.8	47	78	7	206	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22357570--22357744	46	3.8	45	77	10	174	28	29	21	21	1.98
22357577--22357749	93	1.9	93	90	2	276	27	29	21	21	1.98
22357621--22357764	46	3.1	46	75	14	152	29	28	20	22	1.98
22363817--22363993	45	3.8	48	81	3	177	24	31	18	25	1.97
22365287--22365321	16	2.1	18	89	10	56	45	11	0	42	1.40
22376558--22376631	15	5.0	15	72	8	62	10	18	16	54	1.71
22378496--22378663	92	1.8	91	87	1	246	24	19	27	28	1.99
22378506--22378670	46	3.6	46	76	16	171	23	18	28	29	1.98
22381576--22381646	15	4.7	15	80	5	81	11	19	12	56	1.66
22381567--22381646	30	2.7	30	80	7	90	11	18	15	55	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333