genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55970675--55970898	40	5.7	40	82	8	237	25	26	20	26	1.99
55971976--55972002	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
55991158--55991335	27	6.6	27	82	3	178	30	28	15	26	1.96
55991179--55991334	82	1.9	81	86	3	224	30	28	15	26	1.96
55997643--55997828	40	4.7	40	91	2	277	25	28	21	24	1.99
56000582--56000733	27	5.6	27	89	2	223	30	29	13	26	1.94
56000582--56000733	55	2.8	54	89	2	232	30	29	13	26	1.94
56000582--56000733	82	1.9	82	90	0	241	30	29	13	26	1.94
56008394--56008539	40	3.7	40	87	3	188	27	28	20	23	1.99
56023348--56023565	40	5.5	40	91	2	307	26	27	22	23	2.00
56027083--56027113	14	2.3	13	94	5	53	19	6	12	61	1.53
56033781--56033817	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
56039562--56039611	26	1.9	26	83	0	64	16	16	24	44	1.86
56039897--56039998	29	3.6	29	86	4	136	28	29	15	26	1.96
56039888--56039998	58	1.9	57	87	1	159	27	29	16	27	1.97
56040070--56040103	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
56041514--56041552	16	2.4	17	95	4	71	12	5	33	48	1.63
56043031--56043225	40	4.9	40	81	7	227	24	28	23	24	2.00
56056171--56056268	28	3.5	28	94	1	162	26	13	28	31	1.94
56056171--56056281	28	4.0	27	89	3	125	28	12	26	32	1.93
56062007--56062215	38	5.5	40	84	11	264	23	27	22	25	2.00
56069188--56069403	40	5.4	40	89	2	294	26	25	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56076399--56076613	40	5.4	40	89	3	303	26	26	21	24	2.00
56080566--56080649	26	3.4	25	85	8	100	29	22	21	26	1.99
56087011--56087370	47	7.6	47	92	2	576	28	30	8	33	1.86
56087011--56087370	96	3.8	94	92	2	594	28	30	8	33	1.86
56087182--56087257	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
56087011--56087370	143	2.5	143	95	0	643	28	30	8	33	1.86
56087595--56087737	40	3.6	40	83	7	166	25	28	21	23	1.99
56089893--56090009	27	4.3	27	93	3	180	32	30	12	23	1.92
56089893--56090009	55	2.1	55	93	0	198	32	30	12	23	1.92
56094431--56094700	40	6.8	40	93	0	423	24	28	22	23	1.99
56096925--56097428	47	10.6	47	90	3	767	28	29	7	33	1.86
56096925--56097428	96	5.3	95	91	2	798	28	29	7	33	1.86
56097653--56097745	40	2.3	40	89	7	136	29	26	20	23	1.99
56097620--56097746	40	3.2	39	79	10	134	28	25	19	25	1.99
56101924--56102045	43	2.8	44	82	4	151	27	18	23	31	1.97
56101930--56102070	43	3.3	42	75	16	146	29	16	23	31	1.96
56103802--56103977	46	3.8	45	78	10	194	22	21	28	28	1.99
56103798--56103969	93	1.8	93	92	0	290	22	21	29	27	1.99
56114110--56115144	516	2.0	516	95	0	1874	34	11	20	33	1.89
56116165--56116196	16	2.0	16	100	0	64	31	0	31	37	1.58
56122523--56122616	28	3.2	27	71	21	82	26	29	18	25	1.98
56122520--56122655	60	2.2	60	79	13	154	28	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56125207--56125245	17	2.3	17	86	8	53	69	0	10	20	1.17
56128416--56128475	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
56142614--56142797	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
56142614--56142794	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
56153531--56153572	21	2.0	22	86	13	61	35	4	23	35	1.76
56155700--56155761	23	2.7	23	82	5	72	20	25	16	37	1.93
56157190--56157235	8	5.8	8	84	0	56	47	19	23	8	1.77
56157190--56157235	24	1.9	24	90	0	74	47	19	23	8	1.77
56157450--56157525	29	2.7	28	83	4	98	31	11	28	27	1.92
56157450--56157534	28	3.0	28	82	3	98	29	11	30	28	1.92
56164827--56164930	40	2.6	39	86	6	138	24	24	27	24	2.00
56183130--56183275	43	3.4	44	77	7	122	30	15	21	32	1.94
56190447--56190485	21	1.9	20	85	15	53	35	2	23	38	1.68
56190778--56190920	43	3.3	44	87	3	202	26	13	25	33	1.94
56193601--56193717	43	2.8	42	73	7	110	25	16	25	32	1.96
56205029--56205061	17	1.9	17	100	0	66	30	15	30	24	1.95
56205046--56205225	48	3.7	49	80	6	195	26	16	26	30	1.97
56209394--56209565	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
56209341--56209563	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
56209421--56209598	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
56228417--56228468	22	2.3	22	86	3	68	30	25	30	13	1.94
56228511--56228568	24	2.3	25	82	5	64	37	22	25	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56231536--56231579	18	2.6	17	86	10	56	29	6	25	38	1.81
56231546--56231591	18	2.6	18	89	6	67	30	10	23	34	1.89
56233418--56233450	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
56234940--56235087	50	2.9	52	80	8	187	26	18	25	29	1.98
56237136--56237321	41	4.6	41	87	4	218	26	24	25	23	2.00
56242878--56242918	21	2.1	18	86	13	55	65	4	2	26	1.25
56243521--56243559	10	4.0	10	80	6	53	56	2	0	41	1.13
56244040--56244064	10	2.5	10	100	0	50	20	32	20	28	1.97
56247084--56247116	17	2.0	17	88	5	50	54	18	9	18	1.69
56250230--56250344	25	4.6	25	93	2	196	28	11	11	48	1.73
56250230--56250375	50	2.9	50	87	4	197	26	12	10	50	1.73
56251196--56251282	45	1.9	45	88	4	131	25	22	25	26	2.00
56259010--56259152	40	3.5	40	83	8	155	26	24	25	23	2.00
56259008--56259179	40	4.3	39	78	7	143	25	23	25	25	2.00
56266915--56267059	40	3.6	40	84	4	175	24	24	26	24	2.00
56298431--56298610	40	4.6	39	81	7	195	27	22	26	23	2.00
56298431--56298610	79	2.3	79	83	5	213	27	22	26	23	2.00
56309466--56309509	20	2.3	20	88	7	65	13	36	29	20	1.91
56311411--56311466	27	2.1	27	93	0	94	28	28	16	26	1.97
56315678--56315802	62	2.0	62	100	0	250	31	20	17	30	1.96
56327153--56327258	37	2.9	37	94	0	176	24	31	18	25	1.98
56327399--56327878	48	9.8	48	94	3	816	30	28	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56327399--56327878	200	2.5	192	91	5	816	30	28	6	35	1.81
56327399--56327878	248	1.9	248	96	0	888	30	28	6	35	1.81
56331582--56331801	40	5.6	40	84	4	268	25	26	23	24	2.00
56339555--56339592	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
56348329--56348437	40	2.7	40	97	0	209	26	22	27	22	1.99
56358010--56358285	47	5.8	47	93	1	435	32	8	30	28	1.87
56358010--56358285	96	2.9	94	91	3	435	32	8	30	28	1.87
56358404--56358482	37	2.1	37	83	0	104	24	16	31	27	1.96
56361075--56361291	40	5.5	39	87	5	269	24	21	27	26	1.99
56361070--56361291	80	2.8	79	89	4	324	25	21	26	26	2.00
56365098--56365219	43	2.9	43	80	7	124	36	22	14	26	1.93
56365121--56365219	42	2.3	44	84	5	123	37	22	14	26	1.92
56371943--56371974	12	2.7	12	100	0	64	31	18	34	15	1.93
56373937--56374628	47	14.6	47	90	3	1075	29	29	8	33	1.87
56373937--56374628	143	4.9	142	91	4	1067	29	29	8	33	1.87
56373937--56374628	190	3.7	190	94	2	1169	29	29	8	33	1.87
56378435--56378613	40	4.5	40	93	2	299	27	28	18	24	1.98
56380027--56380714	47	14.6	47	91	2	1103	29	29	8	33	1.87
56380027--56380714	143	4.9	141	92	2	1103	29	29	8	33	1.87
56380027--56380714	190	3.6	190	95	0	1188	29	29	8	33	1.87
56384520--56384698	40	4.5	40	93	2	299	27	28	18	24	1.98
56386111--56386803	47	14.6	47	92	2	1116	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56386111--56386803	143	4.9	141	93	2	1116	28	29	8	33	1.87
56386111--56386803	190	3.6	190	95	0	1201	28	29	8	33	1.87
56390612--56390790	40	4.5	40	92	2	290	27	27	19	24	1.99
56392204--56392896	47	14.6	47	92	2	1116	29	29	8	33	1.87
56392204--56392896	143	4.9	141	93	2	1116	29	29	8	33	1.87
56392204--56392896	190	3.6	190	95	0	1201	29	29	8	33	1.87
56398045--56398259	40	5.4	40	87	4	251	23	22	29	25	1.99
56406175--56406389	40	5.4	40	86	6	271	23	21	29	25	1.99
56413022--56413056	17	2.1	17	94	0	61	34	2	40	22	1.69
56416520--56416622	28	3.7	28	84	5	127	25	33	15	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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