genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70066658--70066706	24	2.0	24	100	0	98	48	0	20	30	1.50
70073662--70073868	53	3.8	53	75	8	204	35	15	25	23	1.94
70084342--70084593	55	4.7	54	78	8	223	36	16	25	21	1.94
70084784--70084814	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
70088892--70088947	28	2.0	29	85	3	78	21	41	19	17	1.91
70092555--70092596	18	2.3	19	80	12	52	23	4	9	61	1.45
70095031--70095138	47	2.3	47	100	0	216	55	4	12	27	1.56
70099220--70099258	18	2.1	18	85	4	51	58	0	28	12	1.34
70102535--70102684	42	3.6	42	75	0	131	32	15	25	27	1.95
70104817--70104857	20	2.0	20	100	0	82	36	14	24	24	1.93
70107200--70107278	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
70107181--70107377	47	4.1	47	88	2	277	31	10	30	27	1.90
70107496--70107574	37	2.1	37	90	0	122	25	17	30	26	1.97
70113989--70114163	85	2.1	85	93	2	298	33	6	25	33	1.83
70114175--70114373	42	4.6	42	80	3	182	29	14	25	30	1.95
70117485--70117530	22	2.1	22	84	8	58	50	23	0	26	1.50
70119651--70119679	12	2.3	13	94	5	51	48	27	3	20	1.66
70129814--70130131	46	6.8	47	71	13	162	31	18	27	22	1.97
70145285--70145442	68	2.3	67	96	0	271	31	14	29	24	1.94
70145319--70145516	68	2.9	67	85	8	201	34	15	28	21	1.94
70147033--70147208	27	6.5	27	84	3	201	30	27	14	27	1.95
70147052--70147207	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70155127--70155304	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70155148--70155303	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70164529--70164847	46	6.7	49	74	10	231	26	19	29	24	1.98
70171033--70171086	27	2.0	27	85	3	74	46	0	3	50	1.19
70171389--70171429	21	2.0	21	85	0	55	51	0	2	46	1.14
70172426--70172502	33	2.3	33	84	6	93	41	0	19	38	1.52
70178072--70178265	39	5.0	39	91	0	298	22	22	29	25	1.99
70181741--70181864	55	2.3	55	84	2	160	25	32	21	20	1.98
70186408--70186469	28	2.2	28	80	11	74	22	20	22	33	1.97
70188650--70188764	55	2.1	56	80	11	130	34	23	23	18	1.96
70188675--70188764	27	3.2	27	80	13	103	32	25	23	18	1.97
70188870--70188934	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
70192532--70192772	40	6.1	40	79	12	239	23	23	27	25	2.00
70192572--70192755	79	2.3	79	89	0	271	23	23	27	25	2.00
70207521--70207666	39	3.8	38	87	0	202	27	29	19	23	1.98
70214485--70214612	27	4.7	27	89	3	186	30	21	8	39	1.84
70214600--70214788	27	7.0	27	76	7	114	41	20	7	30	1.79
70214659--70214788	54	2.4	54	85	3	174	40	20	8	30	1.82
70214778--70214910	27	5.0	27	85	1	160	35	17	21	26	1.95
70214778--70214906	53	2.4	53	85	2	161	35	16	21	26	1.94
70215113--70215182	25	2.8	25	82	0	86	30	24	20	25	1.99
70215138--70215209	24	3.0	24	78	13	67	31	22	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70215404--70215487	31	2.7	31	92	1	143	32	19	26	22	1.97
70216389--70216425	17	2.2	16	90	4	56	0	27	0	72	0.84
70216483--70216519	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
70216507--70216545	18	2.0	20	85	9	55	35	2	0	61	1.10
70221878--70222055	40	4.5	41	88	6	251	25	26	23	24	2.00
70228351--70228572	123	1.8	123	96	0	417	36	22	13	26	1.92
70235002--70235065	32	2.0	32	96	0	119	32	21	14	31	1.93
70235214--70235263	22	2.3	23	86	6	68	18	10	8	64	1.48
70237385--70237600	46	4.7	45	81	11	217	22	30	20	26	1.98
70237333--70237600	94	2.9	94	81	9	307	23	30	19	26	1.98
70243067--70243143	40	1.9	40	89	0	118	28	16	23	31	1.96
70261849--70262291	48	9.2	48	94	2	737	35	6	27	30	1.82
70264055--70264114	30	2.0	30	93	0	102	38	6	25	30	1.81
70264537--70264709	46	3.7	46	76	13	192	22	20	27	29	1.99
70264534--70264704	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
70274713--70274922	46	4.5	45	77	13	169	24	27	17	30	1.97
70274704--70274922	93	2.3	93	80	9	223	24	27	18	30	1.98
70281984--70282097	47	2.4	46	79	12	108	28	29	14	28	1.95
70297437--70297653	40	5.5	40	90	4	325	23	23	27	25	2.00
70299534--70299994	230	2.0	230	100	0	922	29	18	19	32	1.96
70311559--70311751	38	5.1	38	89	3	248	21	22	25	30	1.99
70311749--70311878	45	2.9	45	84	6	167	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70317707--70317746	20	2.0	20	95	0	71	30	12	15	42	1.83
70319878--70320019	57	2.5	58	79	5	146	31	20	18	29	1.96
70325157--70325343	48	3.7	48	79	14	223	27	29	18	24	1.98
70325193--70325343	58	2.8	58	81	13	180	29	29	17	23	1.97
70325321--70325383	30	2.2	28	83	11	74	25	30	17	26	1.97
70325273--70325421	77	1.9	78	86	1	210	28	28	16	25	1.97
70327330--70327375	23	1.9	25	86	8	69	26	4	4	65	1.30
70328513--70328558	19	2.3	20	92	7	85	56	0	19	23	1.42
70329190--70329253	18	3.5	19	69	16	53	32	0	1	65	1.02
70331809--70332109	150	2.0	150	96	0	557	30	23	18	28	1.97
70339086--70339136	25	2.0	25	96	0	93	17	9	15	56	1.65
70343264--70343305	16	2.6	16	100	0	84	50	7	7	35	1.57
70344360--70344476	51	2.3	51	91	2	191	33	14	22	29	1.94
70347571--70347604	18	1.9	18	88	5	52	8	20	0	70	1.13
70352862--70353030	48	3.6	45	81	10	162	26	17	32	23	1.97
70358206--70358288	40	2.1	40	97	0	157	32	27	12	27	1.92
70358259--70358484	95	2.3	98	87	5	316	23	30	18	26	1.98
70358259--70358495	50	4.8	50	83	8	299	23	30	18	27	1.97
70360475--70360549	37	2.0	38	94	2	134	30	21	8	40	1.82
70367571--70367609	5	7.8	5	83	11	53	79	2	0	17	0.84
70369990--70370016	7	3.9	7	100	0	54	0	14	0	85	0.61
70373966--70373991	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70378380--70378404	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
70379010--70379038	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
70386348--70386385	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
70395492--70395525	13	2.6	13	95	0	59	20	20	26	32	1.97
70396571--70396619	21	2.3	21	76	13	55	53	6	0	40	1.26
70398912--70399093	28	6.5	28	95	0	294	26	12	27	32	1.93
70407190--70407371	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
70422839--70423020	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
70428442--70428492	13	3.9	13	76	0	57	35	7	23	33	1.84
70428653--70428700	8	5.6	9	75	24	50	43	0	0	56	0.99
70428653--70428711	19	3.1	19	90	7	84	44	0	0	55	0.99
70430575--70430680	26	4.3	26	65	29	70	59	16	1	22	1.46
70430631--70430752	41	3.2	41	60	21	102	59	16	4	20	1.53
70430533--70430843	72	4.3	72	93	1	500	55	15	5	23	1.59
70431272--70431355	18	4.7	18	93	0	150	41	10	11	35	1.77
70432284--70432353	21	3.3	21	75	11	79	47	7	10	35	1.65
70432278--70432339	22	2.7	23	76	14	65	51	4	6	37	1.49
70434398--70434437	21	1.9	21	100	0	80	55	5	30	10	1.54
70434994--70435030	19	1.9	19	89	10	58	48	0	0	51	1.00
70434995--70435036	19	2.2	19	83	8	50	52	2	0	45	1.13
70435013--70435077	24	2.6	25	78	11	71	60	1	0	38	1.07
70435443--70435498	15	3.6	16	86	9	64	64	0	1	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70436824--70437307	202	2.4	202	85	2	657	32	11	15	40	1.83
70437476--70437637	46	3.6	45	74	8	150	24	6	20	48	1.72
70437645--70437728	29	2.9	29	90	1	123	28	7	26	38	1.82
70437730--70437827	29	3.4	29	94	0	169	34	17	14	33	1.90
70442275--70442354	5	16.6	5	82	12	105	58	0	1	40	1.06
70442282--70442346	13	5.0	13	83	11	80	60	0	1	38	1.07
70445757--70445825	20	3.5	19	82	9	75	28	5	7	57	1.49
70445768--70445830	20	3.2	20	86	0	81	25	6	7	60	1.48
70445832--70445879	16	2.8	18	81	12	57	39	0	0	60	0.97
70445999--70446041	22	1.9	23	90	4	70	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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