genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24527941--24528001	26	2.3	27	81	18	74	62	0	9	27	1.27
24534731--24534763	15	2.2	15	100	0	66	48	15	12	24	1.78
24535170--24535255	43	2.0	43	88	0	127	32	31	17	18	1.94
24538714--24538844	29	4.6	29	75	3	95	26	31	12	29	1.92
24548719--24548800	43	1.9	43	97	0	155	29	30	20	19	1.97
24550415--24550482	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
24550304--24550631	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
24550584--24550662	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
24555752--24555828	27	2.8	26	78	7	73	37	20	23	18	1.94
24555937--24555999	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
24556997--24557029	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
24563579--24563687	27	4.0	26	78	10	103	39	22	21	17	1.92
24565687--24565843	53	2.9	54	85	6	205	28	21	13	36	1.91
24566859--24566893	16	2.2	16	100	0	70	40	5	22	31	1.78
24567071--24567194	58	2.1	58	83	2	151	50	3	1	45	1.27
24572280--24572428	22	6.6	22	74	8	81	30	19	22	27	1.98
24572298--24572420	22	5.5	21	75	12	104	34	18	21	26	1.96
24572298--24572420	45	2.7	43	77	12	131	34	18	21	26	1.96
24572312--24572420	45	2.4	45	84	3	148	35	16	22	25	1.94
24578100--24578277	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24578101--24578256	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24578097--24578277	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24586351--24586528	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24586352--24586507	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24586348--24586528	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24588647--24588723	40	1.9	41	83	2	102	14	37	25	22	1.92
24589999--24590098	51	2.0	51	86	4	139	32	25	17	26	1.97
24594964--24595196	49	4.7	49	81	4	254	26	17	26	29	1.98
24594967--24595196	100	2.3	98	85	5	293	26	17	26	30	1.98
24600663--24600805	49	2.8	51	84	2	191	25	20	24	29	1.99
24602405--24602610	40	5.2	40	91	1	299	22	21	28	28	1.99
24607015--24607172	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
24611562--24611818	40	6.5	40	90	1	349	22	27	23	26	1.99
24611589--24611822	40	5.9	40	92	0	380	23	27	22	26	1.99
24619524--24619753	40	5.8	40	92	0	363	22	27	23	26	1.99
24637586--24637758	85	2.0	85	97	2	330	26	28	9	35	1.87
24644942--24644999	29	2.2	26	85	14	75	34	27	18	18	1.95
24649845--24649942	51	1.9	51	82	0	124	37	9	5	47	1.57
24650107--24650168	31	2.0	31	87	0	88	41	12	14	30	1.83
24650584--24650626	20	2.2	21	84	12	56	67	2	0	30	1.03
24651639--24651722	41	2.0	41	100	0	168	35	22	19	22	1.96
24651892--24651925	17	2.0	17	94	0	59	61	5	20	11	1.50
24654005--24654034	13	2.3	13	100	0	60	23	0	30	46	1.52
24654021--24654104	42	2.0	42	93	4	143	35	7	22	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24658988--24659341	47	7.4	47	90	2	546	33	8	29	28	1.87
24658988--24659341	96	3.7	96	91	2	572	33	8	29	28	1.87
24663323--24663361	20	2.0	20	85	10	53	35	17	2	43	1.63
24696403--24696441	13	2.9	14	88	11	55	10	17	0	71	1.12
24697752--24697801	23	2.2	23	85	0	64	42	14	10	34	1.78
24697761--24697807	23	2.0	23	95	0	85	44	10	8	36	1.70
24698686--24698789	27	3.9	27	69	5	77	35	24	8	31	1.86
24698774--24698914	27	5.2	27	83	2	167	33	17	22	26	1.96
24698774--24698916	54	2.6	54	86	2	189	33	17	22	26	1.96
24699309--24699366	22	2.6	22	86	5	73	18	25	24	31	1.98
24699690--24699820	6	21.3	6	70	16	90	20	18	13	47	1.82
24699690--24699775	25	3.5	25	76	10	97	20	17	13	47	1.82
24699695--24699811	43	2.7	43	86	7	157	20	18	13	47	1.83
24701772--24701875	27	3.9	27	67	5	75	35	24	8	31	1.86
24701867--24701968	27	3.8	27	85	0	132	35	18	20	25	1.95
24703795--24704058	40	6.7	40	87	7	335	25	20	27	26	1.99
24703847--24704091	120	2.1	118	84	6	316	25	20	27	26	1.99
24705517--24705574	22	2.6	22	86	5	73	18	25	24	31	1.98
24705898--24705977	6	13.0	6	72	15	65	18	17	16	47	1.83
24705901--24705964	25	2.6	25	87	0	83	17	18	17	46	1.84
24705929--24705993	19	3.5	19	79	12	80	18	21	13	46	1.84
24705929--24706007	37	2.1	37	90	0	122	18	20	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24706957--24707183	44	4.8	46	78	10	219	24	29	17	28	1.97
24710469--24710510	15	2.8	16	82	10	52	7	4	7	80	1.00
24737922--24737951	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
24740597--24740767	93	1.8	93	96	0	315	29	28	20	21	1.98
24740592--24740764	46	3.7	46	78	13	210	30	27	20	21	1.98
24742334--24742588	48	5.3	48	84	2	307	30	28	14	25	1.95
24742356--24742588	96	2.4	96	92	0	376	30	28	14	25	1.95
24757161--24757268	52	2.1	52	100	0	216	29	11	25	34	1.90
24765655--24765838	41	4.6	41	84	5	198	23	22	26	27	2.00
24765641--24765839	80	2.5	80	81	7	215	23	22	27	27	1.99
24787005--24787189	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
24786986--24787189	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
24794957--24795140	40	4.6	40	76	10	180	25	27	21	26	2.00
24794957--24795141	79	2.3	82	82	5	218	25	27	21	25	2.00
24798745--24798967	40	5.6	40	82	10	237	25	27	21	25	2.00
24798745--24798968	79	2.8	80	86	7	289	25	27	21	25	2.00
24809409--24809532	66	1.9	66	82	0	158	30	19	21	28	1.98
24810528--24810561	17	2.0	17	94	0	59	52	8	17	20	1.71
24810935--24810985	21	2.4	21	80	9	68	23	35	5	35	1.79
24813691--24813803	27	4.2	26	84	8	136	16	23	23	37	1.94
24813691--24813803	55	2.1	54	86	5	156	16	23	23	37	1.94
24818398--24818465	28	2.4	28	92	0	109	27	30	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24818454--24818548	40	2.4	40	82	3	102	33	27	16	22	1.95
24825955--24826023	28	2.5	28	90	0	102	28	34	13	23	1.92
24826008--24826104	40	2.4	40	84	0	122	32	24	17	24	1.97
24829983--24830018	17	2.1	17	100	0	72	19	36	16	27	1.93
24832483--24832770	144	2.0	144	99	0	567	26	25	12	36	1.91
24838102--24838186	41	2.1	41	88	0	125	21	40	18	20	1.92
24839185--24839400	46	4.7	45	77	12	183	23	29	18	28	1.98
24846342--24846420	42	1.9	41	94	0	131	29	35	22	12	1.91
24847210--24847430	95	2.3	95	80	14	242	25	28	19	25	1.99
24847210--24847527	94	3.4	96	76	12	277	25	28	19	26	1.99
24847201--24847521	46	6.8	47	74	12	200	25	28	19	26	1.99
24849709--24849915	64	3.2	65	80	8	217	22	28	16	32	1.96
24850622--24850682	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24857953--24858130	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
24857954--24858109	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
24857950--24858130	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
24875032--24875084	21	2.5	23	82	11	60	30	26	9	33	1.88
24878647--24878691	22	2.0	22	100	0	90	60	4	22	13	1.51
24878688--24878769	39	2.1	39	93	0	137	57	7	24	10	1.58
24883843--24884119	137	2.0	137	99	0	545	36	11	20	31	1.89
24893572--24893960	48	8.1	48	97	0	733	35	5	26	31	1.81
24894107--24894215	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24908181--24908356	40	4.4	40	80	6	207	26	27	21	24	1.99
24908181--24908351	79	2.2	79	86	4	229	27	26	21	24	1.99
24922058--24922302	47	5.2	47	87	6	313	31	8	31	29	1.86
24922058--24922302	93	2.6	93	86	3	330	31	8	31	29	1.86
24922418--24922496	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
24926229--24926296	22	2.9	24	70	16	79	51	17	22	8	1.72
24926736--24926886	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
24930018--24930284	40	6.7	40	90	4	364	25	20	27	26	1.99
24930022--24930317	40	7.5	40	89	4	363	25	21	27	25	1.99
24935278--24935371	47	2.0	48	87	2	136	22	18	31	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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