genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68424371--68424430	27	2.2	27	90	0	102	41	6	13	38	1.70
68428292--68428600	169	1.8	169	92	0	519	35	8	15	40	1.77
68438892--68438940	22	2.3	20	80	13	53	40	0	2	57	1.10
68443123--68443153	14	2.2	14	100	0	62	32	12	19	35	1.90
68443887--68443960	28	2.7	28	77	10	73	27	28	20	24	1.99
68443944--68444010	29	2.4	28	82	2	80	34	22	17	25	1.96
68444641--68444692	27	1.9	27	92	7	88	30	17	21	30	1.96
68447965--68448064	40	2.5	40	87	4	132	25	22	29	24	1.99
68455827--68455964	40	3.5	40	92	3	217	23	23	28	23	1.99
68464886--68464916	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
68475803--68475875	6	11.7	6	79	13	58	20	1	1	76	0.93
68475803--68475869	19	3.5	19	83	6	73	22	0	1	76	0.87
68475828--68475869	20	2.2	19	91	8	68	28	0	0	71	0.86
68480128--68480317	45	4.2	45	76	7	172	23	16	12	46	1.81
68481419--68481456	18	2.1	19	90	5	60	10	0	7	81	0.87
68490062--68490092	6	5.0	6	92	7	53	0	16	32	51	1.44
68490062--68490092	13	2.5	12	94	5	53	0	16	32	51	1.44
68498018--68498065	21	2.5	20	80	10	55	35	0	4	60	1.16
68500398--68500436	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
68513258--68513479	46	4.8	46	82	7	270	21	20	28	29	1.98
68513304--68513472	93	1.8	93	92	0	284	21	21	28	27	1.99
68516417--68516496	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68516408--68516495	30	3.0	30	80	11	92	10	18	14	56	1.65
68518871--68519092	46	4.8	46	81	7	270	22	21	27	28	1.99
68518917--68519085	93	1.8	93	90	2	277	23	21	27	27	1.99
68521382--68521416	18	1.9	18	88	0	52	45	5	20	28	1.73
68525453--68525532	40	2.0	40	85	9	108	17	22	43	16	1.87
68532784--68532985	48	4.3	48	70	11	175	29	25	18	26	1.98
68540796--68540829	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
68551590--68551656	32	2.1	32	97	0	125	25	0	22	52	1.47
68551594--68551669	32	2.4	31	86	8	91	25	1	23	50	1.57
68587408--68587432	12	2.1	12	100	0	50	32	16	20	32	1.94
68601846--68601983	42	3.2	43	80	12	126	31	23	18	26	1.97
68601870--68601990	44	2.8	45	82	6	126	31	25	18	24	1.97
68617003--68617075	35	2.1	35	94	0	128	17	28	10	42	1.83
68620276--68620502	46	4.9	47	77	11	182	28	18	30	22	1.98
68620281--68620444	46	3.6	45	85	6	190	28	18	29	23	1.98
68620276--68620474	90	2.2	92	78	11	221	28	19	30	21	1.97
68624581--68624692	31	3.6	31	97	1	208	28	27	17	25	1.98
68624719--68624852	42	3.2	42	96	0	250	33	19	14	32	1.92
68625000--68625057	25	2.3	25	88	5	82	25	22	27	24	2.00
68625879--68625942	27	2.4	27	84	10	78	23	21	15	39	1.92
68625986--68626037	27	1.9	27	84	0	68	36	11	15	36	1.84
68625995--68626103	27	4.0	27	77	13	89	32	7	16	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68626070--68626197	27	4.8	27	79	12	122	31	7	20	40	1.81
68626187--68626384	27	7.3	27	87	0	279	40	9	23	26	1.85
68626187--68626384	81	2.4	81	95	0	360	40	9	23	26	1.85
68628274--68628313	19	2.1	19	90	0	62	20	15	27	37	1.92
68630046--68630223	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
68630047--68630202	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
68630043--68630223	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
68637599--68637632	11	3.2	10	88	12	50	0	17	0	82	0.67
68638872--68638945	3	24.7	3	92	0	85	22	6	0	70	1.11
68639842--68639899	25	2.3	25	82	11	66	55	3	3	37	1.34
68640657--68640714	30	2.0	30	83	10	75	46	13	6	32	1.70
68643422--68643620	25	8.0	25	90	3	303	28	10	11	49	1.72
68644439--68644734	45	6.6	45	88	5	415	23	22	26	27	1.99
68650169--68650295	45	2.9	44	81	8	118	24	26	22	25	2.00
68650612--68650822	43	4.9	43	91	1	334	29	32	25	12	1.93
68650815--68650898	38	2.2	38	85	4	116	30	25	21	22	1.98
68685562--68685631	25	2.7	25	75	4	68	47	2	0	50	1.16
68685924--68685955	13	2.4	14	90	10	50	50	0	3	46	1.17
68686280--68686326	14	3.6	14	72	21	57	29	0	2	68	1.02
68686283--68686328	24	1.9	24	100	0	92	28	0	4	67	1.10
68687324--68687973	249	2.6	251	87	1	912	38	14	18	28	1.90
68687324--68687976	126	5.2	126	87	1	868	38	14	18	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68694411--68694487	37	2.1	37	100	0	154	24	23	10	41	1.85
68696986--68697028	15	2.9	15	80	19	54	44	9	6	39	1.64
68720940--68720983	21	2.2	20	88	12	63	9	0	34	56	1.31
68742895--68743014	43	2.8	42	79	2	141	29	24	15	31	1.95
68752833--68752914	41	2.0	41	100	0	164	53	19	19	7	1.68
68754329--68754370	6	6.8	6	94	5	75	0	16	14	69	1.20
68756023--68756055	15	2.2	15	100	0	66	30	6	6	57	1.47
68763499--68763566	25	2.7	25	90	0	100	25	25	23	26	2.00
68764841--68764894	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
68764856--68764892	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
68764987--68765030	21	2.2	20	87	4	61	45	0	0	54	0.99
68765512--68765584	36	2.0	36	100	0	146	35	5	8	50	1.55
68779212--68779435	40	5.7	40	85	6	287	24	22	28	25	2.00
68779212--68779435	78	2.8	79	85	5	283	24	22	28	25	2.00
68779212--68779432	118	1.9	119	83	6	297	24	22	28	24	2.00
68787270--68787494	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
68787270--68787527	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
68792992--68793160	46	3.7	44	80	10	153	26	18	31	23	1.97
68793277--68793369	45	2.1	45	100	0	186	35	10	22	31	1.89
68800348--68800465	46	2.6	42	81	13	121	28	21	25	24	1.99
68810479--68810651	47	3.7	47	81	9	210	22	28	18	30	1.97
68810486--68810700	94	2.3	93	85	6	283	23	28	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68810533--68810700	47	3.6	45	78	15	164	23	29	17	28	1.97
68813299--68813340	14	3.0	14	80	13	50	47	0	0	52	1.00
68813374--68813412	20	2.0	20	94	0	69	53	0	0	46	1.00
68818756--68818806	25	2.0	25	100	0	102	43	11	21	23	1.85
68824344--68824368	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
68829864--68829990	63	2.0	63	100	0	254	32	18	12	36	1.89
68836707--68836836	64	2.0	64	93	0	224	37	22	13	26	1.91
68849689--68850355	140	4.9	130	79	7	522	29	22	20	26	1.99
68849802--68850369	140	4.1	139	82	2	654	30	22	20	26	1.98
68851108--68851145	20	1.9	20	84	10	51	47	0	18	34	1.49
68851957--68852012	24	2.3	24	79	11	62	14	25	19	41	1.89
68853852--68854058	53	3.8	54	76	3	211	20	25	16	37	1.94
68860163--68860221	30	2.0	30	100	0	118	47	10	3	38	1.54
68860859--68861054	55	3.6	54	77	3	207	17	25	19	37	1.94
68860848--68861054	53	3.8	54	77	3	220	18	25	19	36	1.94
68874527--68874625	35	2.7	37	76	6	94	31	9	15	44	1.77
68874564--68874687	35	3.6	34	77	8	115	31	8	16	42	1.79
68874524--68874687	70	2.3	72	79	2	179	31	10	16	42	1.82
68874621--68874705	35	2.4	35	86	2	107	29	12	18	38	1.88
68876952--68877024	36	2.0	36	97	0	137	47	27	9	15	1.76
68881803--68881849	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
68884176--68884222	22	2.1	22	85	14	62	31	0	23	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68884211--68884249	21	1.9	20	84	5	51	56	2	0	41	1.13
68884416--68884491	15	4.5	15	72	23	62	21	0	28	50	1.49
68884317--68884577	140	1.9	139	91	4	436	33	1	18	45	1.59
68884483--68884523	22	1.9	21	90	5	64	39	0	17	43	1.49
68884591--68885159	126	4.5	126	90	0	843	36	17	17	27	1.93
68888731--68888765	18	1.9	18	88	0	52	34	11	28	25	1.91
68888825--68888886	30	2.1	30	84	6	81	9	17	41	30	1.82
68889383--68889408	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
68890551--68890612	11	5.8	10	79	9	61	45	0	27	27	1.54
68892095--68892143	18	2.5	20	69	30	52	53	6	0	40	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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