genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11927562--11927637	19	3.9	19	70	16	57	46	0	2	51	1.15
11928486--11928551	13	5.1	13	86	0	87	36	19	7	36	1.81
11935876--11935916	20	2.0	20	100	0	82	29	24	9	36	1.87
11940993--11941031	18	2.2	18	90	0	60	58	0	2	38	1.12
11941750--11941793	21	2.1	21	86	0	61	50	4	2	43	1.35
11948259--11948302	23	1.9	23	100	0	88	45	2	20	31	1.64
11949518--11949564	22	2.2	22	85	14	64	27	17	8	46	1.76
11951350--11951392	18	2.4	18	92	0	68	20	27	6	44	1.77
11951640--11951687	21	2.3	21	85	7	62	33	39	14	12	1.84
11951799--11952035	129	1.8	129	90	3	379	35	6	4	53	1.47
11955684--11955733	24	2.1	24	88	7	75	58	24	0	18	1.40
11957021--11957080	27	2.2	27	79	8	68	15	13	0	71	1.14
11966153--11966362	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
11966100--11966362	80	3.3	80	84	3	318	24	20	27	27	1.99
11966100--11966362	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	27	1.99
11974101--11974310	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
11974048--11974310	80	3.3	80	84	3	318	24	20	27	27	1.99
11974048--11974310	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	27	1.99
11977019--11977294	35	7.9	35	79	6	254	32	21	15	29	1.95
11977027--11977297	105	2.6	105	90	1	409	33	22	15	29	1.94
11983645--11983753	37	3.0	36	75	9	103	34	29	16	19	1.94
11986323--11986399	23	3.4	22	85	5	91	37	16	18	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11986323--11986399	22	3.3	23	83	5	93	37	16	18	27	1.92
11986323--11986409	45	1.9	46	81	6	106	37	17	18	26	1.92
12000095--12000266	46	3.7	46	77	13	190	20	20	30	29	1.97
12000087--12000259	93	1.9	93	93	0	301	20	21	30	27	1.98
12004267--12004298	15	2.1	16	94	5	57	31	0	18	50	1.48
12005967--12006124	27	5.9	26	79	8	165	34	20	24	20	1.96
12005985--12006124	54	2.6	54	88	2	201	35	21	23	19	1.96
12007719--12007826	26	4.2	26	92	0	189	36	25	6	32	1.81
12014115--12014181	29	2.3	28	92	2	107	38	4	16	40	1.69
12014126--12014181	14	3.9	14	90	4	94	37	5	19	37	1.75
12014639--12014687	22	2.2	22	100	0	98	46	22	4	26	1.69
12014601--12014727	68	1.9	68	94	0	227	44	22	6	26	1.77
12015569--12015623	15	3.7	15	81	13	78	60	10	16	12	1.60
12015570--12015632	15	4.3	15	81	4	74	60	14	12	12	1.60
12018576--12018745	93	1.8	93	92	0	286	28	30	19	21	1.97
12018567--12018742	46	3.8	46	78	12	198	29	30	19	21	1.97
12020355--12020415	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
12020355--12020428	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
12027787--12027845	21	2.6	23	79	20	70	30	22	18	28	1.97
12027809--12027851	21	2.0	21	82	8	52	32	23	16	27	1.96
12040865--12040918	26	2.1	26	100	0	108	42	7	0	50	1.30
12041674--12041699	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12042408--12042593	3	62.3	3	72	13	127	30	4	2	62	1.26
12042418--12042593	23	7.3	26	67	22	109	30	4	2	62	1.27
12042411--12042507	32	3.1	31	79	10	99	30	3	2	63	1.21
12049605--12049629	12	2.1	12	100	0	50	36	32	8	24	1.84
12049701--12049926	46	4.9	46	84	2	283	34	16	26	22	1.95
12050084--12050269	44	4.2	44	67	10	128	28	18	27	25	1.98
12049924--12050487	132	4.3	132	86	2	759	29	19	24	25	1.98
12049924--12050487	263	2.2	257	89	3	828	29	19	24	25	1.98
12050731--12050784	25	2.2	25	93	0	90	55	25	3	14	1.56
12051232--12051413	3	60.3	3	71	15	101	30	3	2	63	1.24
12051242--12051413	23	7.7	22	73	16	113	30	4	2	63	1.25
12051250--12051361	35	3.4	31	73	23	79	31	4	0	63	1.20
12053154--12053278	63	2.0	63	93	0	214	27	16	23	33	1.95
12053423--12053470	11	4.4	11	81	0	51	16	10	12	60	1.58
12056227--12056265	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
12060133--12060165	17	1.9	17	100	0	66	36	36	6	21	1.78
12060135--12060264	33	3.9	33	75	7	95	34	30	9	26	1.87
12060135--12060264	66	2.0	66	81	6	156	34	30	9	26	1.87
12060210--12060274	33	2.0	33	93	0	112	35	33	9	21	1.85
12078989--12079030	17	2.4	17	84	15	50	0	26	2	71	0.98
12083843--12083890	18	2.7	18	100	0	96	39	50	0	10	1.37
12083867--12083891	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12083908--12083951	20	2.2	20	87	4	61	68	2	2	27	1.14
12083921--12083958	20	1.9	20	88	0	58	73	5	2	18	1.14
12083976--12084044	9	7.7	9	83	6	68	26	5	20	47	1.72
12083984--12084044	18	3.4	18	82	8	88	24	6	21	47	1.74
12085648--12085686	4	9.5	4	83	5	51	0	25	0	74	0.82
12085639--12085681	21	2.0	21	90	0	68	0	25	0	74	0.82
12085653--12085686	17	2.0	17	88	0	50	0	23	0	76	0.79
12085648--12085699	25	2.1	25	85	0	68	0	25	3	71	1.03
12085757--12085809	5	10.6	5	95	0	97	60	1	0	37	1.08
12085751--12085862	15	7.4	15	74	12	72	51	2	2	42	1.30
12088389--12088437	22	2.2	22	96	0	89	46	20	4	28	1.68
12090660--12090703	17	2.6	17	80	16	56	56	11	6	25	1.58
12092360--12092388	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
12097729--12097761	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
12100288--12100363	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
12100589--12100627	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
12120745--12120804	17	3.4	18	79	6	61	20	6	0	73	1.05
12124503--12124616	39	3.1	39	92	7	186	28	39	5	26	1.78
12126761--12126806	23	2.0	23	86	0	65	63	13	6	17	1.50
12130367--12130442	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
12130668--12130706	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
12133372--12133400	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12136813--12136839	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
12149471--12149832	47	7.7	46	71	15	201	22	28	21	27	1.99
12149471--12149832	93	3.9	94	77	10	341	22	28	21	27	1.99
12149471--12149832	187	1.9	184	80	9	412	22	28	21	27	1.99
12152622--12152653	13	2.5	13	100	0	64	37	0	12	50	1.41
12152669--12152732	20	3.2	20	84	4	85	42	23	25	9	1.84
12155271--12155353	31	2.6	31	80	3	85	59	19	6	15	1.57
12155585--12155681	21	4.6	21	85	10	135	3	50	17	28	1.61
12161219--12161339	9	13.6	9	69	12	63	33	2	20	42	1.65
12161293--12161503	113	1.9	112	93	3	361	33	0	17	48	1.51
12161449--12161478	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
12161481--12161529	9	5.4	9	90	0	80	28	0	20	51	1.48
12161481--12161527	18	2.6	18	100	0	94	27	0	21	51	1.48
12161293--12161507	56	3.8	56	90	4	344	33	0	17	48	1.51
12161936--12162026	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
12165664--12165771	26	4.2	26	92	0	189	36	25	6	32	1.81
12167189--12167237	18	2.7	18	81	9	55	40	0	0	59	0.98
12168671--12168801	60	2.2	59	87	1	181	36	3	39	20	1.68
12168869--12169416	114	4.8	113	82	6	545	36	24	14	24	1.93
12168892--12169342	230	2.0	229	82	3	548	37	23	14	24	1.92
12170290--12170322	17	2.0	17	88	5	50	12	0	45	42	1.41
12170263--12170372	45	2.4	45	83	5	141	20	0	31	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12170377--12170512	41	3.3	40	80	8	150	19	22	23	34	1.96
12172506--12172570	20	3.1	20	75	6	58	49	1	1	47	1.20
12177742--12177802	17	3.6	17	77	0	68	37	32	14	14	1.87
12182124--12182161	19	2.0	19	89	0	58	28	7	28	34	1.85
12182889--12182931	18	2.5	17	85	7	52	34	20	16	27	1.94
12184972--12185023	25	2.1	25	100	0	104	19	9	23	48	1.78
12186789--12186818	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
12189071--12189116	22	2.1	22	95	0	83	41	8	8	41	1.67
12203376--12203408	17	1.9	17	100	0	66	24	21	6	48	1.72
12207005--12207082	25	3.1	25	86	0	102	41	10	12	35	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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