genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21643973--21644236	40	6.7	40	84	6	324	25	21	27	25	2.00
21643973--21644236	119	2.2	121	86	5	369	25	21	27	25	2.00
21643973--21644236	79	3.3	79	89	4	363	25	21	27	25	2.00
21645774--21645854	39	2.1	39	95	0	144	25	30	23	19	1.98
21647840--21647866	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
21648972--21649069	6	18.2	5	80	14	83	76	2	2	19	0.98
21648972--21649057	6	14.3	6	80	8	86	76	2	2	18	1.00
21648972--21649067	11	8.8	11	75	12	92	77	2	2	18	0.97
21648995--21649067	21	3.4	21	86	9	85	79	2	1	16	0.92
21658266--21658489	40	5.6	40	86	3	306	25	23	25	25	2.00
21658270--21658489	83	2.7	80	88	5	302	24	24	26	25	2.00
21658266--21658490	123	1.9	122	87	3	330	25	23	25	25	2.00
21666993--21667724	47	15.3	47	92	4	1153	29	29	8	32	1.86
21666993--21667724	241	3.1	241	96	1	1312	29	29	8	32	1.86
21670526--21670555	15	2.0	15	100	0	60	20	26	13	40	1.89
21672621--21672764	49	2.9	48	84	6	198	28	29	18	23	1.97
21672633--21672768	50	2.7	51	88	3	206	28	30	16	23	1.97
21675860--21675983	42	2.9	42	84	6	133	33	25	15	25	1.95
21677097--21677121	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
21691369--21691455	29	3.0	29	89	3	140	28	31	13	26	1.94
21691370--21691479	57	1.9	57	83	0	139	29	30	13	27	1.94
21695745--21695879	29	4.8	29	79	7	136	25	31	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21697241--21697276	16	2.2	17	90	5	56	11	5	30	52	1.59
21698984--21699067	43	2.0	42	81	11	100	27	27	17	27	1.98
21702385--21702592	53	3.9	54	80	6	206	22	23	16	37	1.94
21702409--21702592	55	3.4	54	80	5	228	22	23	16	36	1.94
21703353--21703410	30	1.9	30	92	3	98	32	24	8	34	1.86
21709729--21709786	25	2.3	25	82	11	66	65	3	10	20	1.38
21717064--21717142	24	3.3	25	83	3	92	20	15	30	34	1.93
21721269--21721457	9	20.6	9	82	4	234	34	3	20	42	1.68
21723979--21724073	27	3.4	28	88	2	120	26	11	28	33	1.91
21724004--21724087	27	3.0	27	85	5	87	29	10	25	34	1.90
21732008--21732101	27	3.4	28	89	2	127	26	12	27	32	1.93
21732033--21732116	27	3.0	27	87	5	96	30	11	23	33	1.91
21738992--21739027	18	1.9	19	88	5	56	2	19	5	72	1.17
21742056--21742098	16	2.7	16	88	0	59	51	13	23	11	1.74
21742056--21742098	8	5.4	8	80	0	50	51	13	23	11	1.74
21742118--21742155	19	2.0	19	89	0	58	15	18	36	28	1.92
21742275--21742421	28	5.1	28	76	11	138	28	12	31	27	1.93
21750622--21750684	22	2.9	21	77	13	65	33	23	22	20	1.97
21751125--21751474	27	13.0	27	79	2	227	29	8	20	41	1.81
21751127--21751474	54	6.4	54	78	2	261	29	8	20	41	1.81
21751406--21751474	26	2.6	26	88	4	93	27	7	21	43	1.79
21751456--21751539	27	3.1	27	84	0	123	30	21	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21751801--21751902	47	2.1	47	96	1	186	26	27	16	29	1.97
21752496--21752526	15	2.1	15	93	0	53	29	32	16	22	1.95
21753527--21753609	43	1.9	43	83	9	107	27	30	18	24	1.98
21754372--21754406	17	2.0	18	88	5	54	57	25	5	11	1.56
21757942--21758125	80	2.3	81	84	4	230	26	17	19	36	1.94
21757928--21758125	27	7.4	27	82	1	209	25	18	19	36	1.94
21764715--21764774	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
21765444--21765635	26	7.4	27	82	8	211	26	21	17	34	1.95
21765460--21765635	78	2.3	77	87	6	250	25	21	17	35	1.95
21789397--21789628	27	8.6	27	92	3	369	26	14	28	31	1.95
21789397--21789628	55	4.3	55	95	1	389	26	14	28	31	1.95
21797510--21797744	27	8.5	28	93	3	388	26	14	28	31	1.94
21797510--21797744	55	4.3	55	97	0	416	26	14	28	31	1.94
21802647--21802819	46	3.7	46	75	11	183	23	20	26	30	1.98
21802644--21802814	93	1.8	93	91	2	281	22	20	27	29	1.99
21812271--21812366	42	2.3	42	75	13	99	31	26	15	27	1.96
21812290--21812369	41	1.9	43	87	5	119	28	27	17	26	1.98
21812289--21812389	42	2.4	41	81	8	114	29	28	16	24	1.97
21814195--21814262	29	2.3	30	84	2	84	20	25	30	23	1.98
21820143--21820739	47	12.6	47	91	2	835	33	9	29	27	1.89
21820352--21820429	22	3.3	22	65	22	59	35	10	26	26	1.89
21820143--21820739	96	6.3	95	92	1	841	33	9	29	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21822751--21822807	23	2.4	23	85	2	69	40	17	19	22	1.91
21822751--21822819	24	3.0	23	82	4	75	37	17	20	24	1.93
21833385--21833598	40	5.4	40	92	2	326	24	21	27	26	2.00
21841265--21841480	40	5.4	40	87	4	287	24	20	26	27	1.99
21846396--21846566	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	21	1.98
21846392--21846563	46	3.7	46	78	14	201	29	27	21	20	1.98
21856988--21857205	43	5.1	43	93	1	343	31	33	22	11	1.91
21868862--21869082	56	3.9	56	89	0	316	35	22	12	29	1.91
21876960--21877109	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
21876932--21877109	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
21876933--21877088	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
21884956--21885105	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
21884928--21885105	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
21884929--21885084	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
21893035--21893072	18	2.1	18	85	9	51	26	2	0	71	1.00
21893266--21893316	21	2.5	22	76	20	56	27	5	5	60	1.43
21912206--21912230	13	1.9	13	100	0	50	8	4	0	88	0.64
21913207--21913279	6	12.0	6	85	2	83	73	2	2	20	1.08
21953391--21953423	13	2.6	13	90	4	50	27	0	18	54	1.44
21957218--21957269	6	8.7	6	93	0	77	15	1	1	80	0.88
21960189--21960221	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
21969826--21969945	60	2.0	60	93	0	204	25	16	33	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21986917--21986970	23	2.3	23	77	0	72	20	33	22	24	1.97
21992434--21992578	75	1.9	75	97	0	272	31	2	18	46	1.63
21993657--21993706	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
21995622--21995879	40	6.5	40	87	2	333	25	27	23	22	2.00
22003780--22003997	40	5.5	40	90	2	298	24	28	23	22	1.99
22009155--22009203	23	2.1	23	81	7	55	22	53	2	22	1.57
22012092--22012258	46	3.7	45	79	13	198	22	20	27	29	1.99
22019669--22019837	46	3.7	46	77	10	191	23	19	27	29	1.98
22019662--22019832	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	28	1.99
22021684--22021718	17	2.0	18	88	5	54	20	45	22	11	1.82
22035325--22035590	40	6.7	40	88	3	317	27	20	25	26	1.99
22042383--22042648	80	3.3	80	86	5	360	26	20	25	26	1.99
22042383--22042648	40	6.7	40	89	3	326	26	20	25	26	1.99
22042383--22042681	80	3.7	79	84	6	338	27	20	25	26	1.99
22042436--22042681	120	2.1	119	84	8	313	28	19	25	26	1.99
22046384--22046415	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
22050439--22050484	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
22050446--22050490	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
22054670--22054744	27	2.8	27	82	13	77	26	18	16	38	1.91
22055062--22055103	19	2.2	19	91	0	66	28	28	9	33	1.88
22060664--22060743	24	3.3	24	74	8	72	20	30	18	31	1.96
22060612--22060755	24	5.8	24	66	11	67	20	28	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22061504--22061549	22	2.1	22	91	0	74	13	6	13	67	1.41
22072458--22072800	50	6.8	50	76	6	327	29	25	18	27	1.98
22072407--22072838	150	2.9	149	88	2	594	30	25	18	26	1.98
22094561--22094614	23	2.4	21	77	17	54	64	0	27	7	1.20
22099476--22099659	67	2.8	64	76	8	194	29	16	29	23	1.97
22112202--22112265	32	2.0	32	90	0	101	34	23	14	28	1.93
22113141--22113199	16	3.6	16	75	11	57	32	11	13	42	1.81
22117766--22117809	3	14.7	3	95	0	79	2	0	29	68	1.02
22120273--22120321	25	2.0	25	91	0	80	36	22	14	26	1.92
22120434--22120528	25	3.8	25	92	0	154	25	24	23	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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