genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76294227--76294468	47	5.1	47	85	5	324	26	29	11	32	1.92
76294227--76294468	98	2.5	96	88	5	346	26	29	11	32	1.92
76303303--76303449	73	2.0	75	90	2	235	32	10	6	49	1.64
76304097--76304121	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
76315073--76315148	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
76315269--76315862	47	12.6	47	93	1	945	29	30	8	31	1.86
76321971--76322040	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
76321971--76322065	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
76327066--76328266	601	2.0	601	100	0	2402	22	29	17	31	1.96
76330605--76330699	27	3.4	28	88	2	120	33	28	12	25	1.92
76332810--76332978	94	1.8	92	81	2	212	23	26	21	28	1.99
76335080--76335126	24	2.0	23	84	12	60	59	0	25	14	1.36
76341102--76341131	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
76347585--76347724	54	2.6	54	80	1	165	18	25	19	37	1.94
76347573--76347724	53	2.8	53	80	1	178	19	25	18	36	1.94
76349944--76350045	43	2.4	43	83	3	125	28	15	25	30	1.96
76365675--76365868	46	4.2	46	84	2	185	36	13	23	26	1.93
76365736--76365882	46	3.2	46	89	1	188	37	13	21	27	1.91
76366132--76366173	21	2.0	21	95	0	75	35	4	35	23	1.76
76366538--76366652	46	2.5	46	78	4	126	31	17	17	33	1.93
76369414--76369474	30	2.1	29	93	3	104	26	14	22	36	1.93
76382353--76382492	51	2.8	49	83	4	183	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76383171--76383200	8	3.8	8	90	0	51	20	13	13	53	1.72
76383168--76383207	16	2.5	16	91	0	71	17	17	12	52	1.74
76385232--76385451	46	4.8	46	79	5	214	23	30	19	25	1.98
76391902--76391950	22	2.2	20	77	19	53	51	26	4	18	1.64
76392759--76392863	43	2.4	43	87	3	149	35	24	14	25	1.93
76397794--76397884	45	2.0	45	91	0	146	36	25	14	24	1.93
76399757--76399839	43	1.9	43	90	0	130	30	30	16	22	1.96
76417000--76417048	22	2.2	20	77	19	53	51	26	4	18	1.64
76417797--76417966	43	4.0	43	75	6	148	34	24	14	26	1.94
76418551--76418654	30	3.3	30	71	21	104	47	24	3	25	1.69
76418538--76418669	65	2.0	65	94	0	228	44	24	5	25	1.74
76420093--76420133	21	1.9	22	90	5	66	41	2	21	34	1.67
76427250--76427382	46	2.9	47	85	3	171	20	20	25	33	1.97
76434298--76434430	46	2.9	47	87	3	180	20	21	24	33	1.97
76438154--76438187	17	2.0	17	94	0	59	32	29	11	26	1.92
76440941--76441118	27	6.6	26	83	6	187	26	15	28	29	1.96
76440942--76441097	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
76440941--76441118	82	2.2	81	83	3	223	26	15	28	29	1.96
76449019--76449196	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
76449020--76449175	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
76449016--76449196	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
76467383--76467558	46	3.8	46	79	10	205	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76467380--76467551	93	1.8	93	93	0	299	22	20	29	27	1.99
76471138--76471280	37	3.9	37	96	0	241	25	31	18	24	1.97
76471433--76471579	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
76471538--76471776	47	5.1	47	92	1	374	25	28	12	33	1.92
76471629--76471751	22	5.3	22	65	24	74	25	29	13	32	1.93
76479995--76480059	32	2.0	32	85	5	87	40	12	3	44	1.57
76480010--76480068	32	1.9	31	82	6	75	40	13	0	45	1.43
76480963--76481001	13	3.1	12	82	10	51	58	0	5	35	1.20
76481497--76481562	33	2.0	33	93	0	114	30	9	9	51	1.64
76483657--76483684	5	5.6	5	100	0	56	60	0	39	0	0.97
76487653--76487886	45	5.2	45	88	4	314	26	28	21	23	1.99
76491723--76491893	93	1.8	93	91	2	281	21	21	29	28	1.98
76491727--76491898	46	3.7	45	76	14	172	21	21	28	28	1.99
76499318--76499488	93	1.8	93	93	2	299	21	20	29	29	1.98
76499322--76499493	46	3.7	45	77	13	197	21	20	28	29	1.98
76501700--76501878	51	3.5	51	84	6	222	30	14	27	27	1.95
76501700--76501876	52	3.5	52	83	7	188	30	14	27	27	1.95
76505309--76505407	50	2.0	50	84	6	128	31	25	18	25	1.97
76506936--76507038	44	2.4	43	83	4	118	33	11	21	33	1.89
76512870--76512909	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
76533378--76533402	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
76536565--76537012	85	5.3	85	89	0	653	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76536598--76537015	42	9.8	42	72	13	302	27	20	22	28	1.99
76540676--76540825	75	2.0	75	96	0	273	30	22	12	35	1.91
76547386--76547453	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
76547560--76547627	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
76547729--76547807	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
76547275--76547776	174	2.9	174	97	0	950	31	24	14	29	1.95
76549381--76550271	49	18.6	49	92	2	1442	29	28	8	33	1.87
76553697--76554003	40	7.7	40	90	2	458	24	28	22	24	2.00
76556279--76556356	25	3.2	25	64	10	72	33	30	3	32	1.76
76556230--76556972	49	15.5	49	91	2	1144	29	29	8	32	1.86
76556230--76556972	96	7.8	96	90	3	1142	29	29	8	32	1.86
76556230--76556972	145	5.2	145	95	0	1264	29	29	8	32	1.86
76561141--76561266	39	3.2	39	90	0	189	22	19	29	28	1.98
76561141--76561304	39	4.2	39	84	2	179	21	21	29	27	1.99
76563929--76564078	51	3.0	51	82	1	187	24	19	26	30	1.98
76566606--76566642	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
76569271--76569459	50	3.8	49	83	1	225	26	17	25	29	1.98
76577821--76578168	43	8.3	42	74	11	268	27	20	22	29	1.99
76577816--76578224	85	4.9	85	87	3	535	27	20	23	29	1.99
76577816--76578168	169	2.1	166	89	2	537	26	20	22	29	1.99
76577816--76578216	169	2.4	166	86	3	511	27	19	23	29	1.98
76594126--76594180	15	3.7	14	83	7	56	14	10	18	56	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76597885--76598094	40	5.3	40	93	0	323	27	28	20	24	1.99
76597888--76598147	80	3.3	80	86	2	274	26	28	21	24	1.99
76597883--76598147	120	2.2	118	81	4	316	26	27	20	24	1.99
76605834--76606043	40	5.3	40	94	0	314	27	28	20	23	1.99
76605837--76606096	80	3.3	80	86	2	265	26	28	21	24	1.99
76605832--76606096	120	2.2	118	81	4	307	26	28	20	24	1.99
76607569--76607755	50	3.7	51	81	3	189	25	16	25	32	1.96
76607569--76607850	51	5.5	51	76	6	151	25	16	26	31	1.96
76610176--76610206	15	2.1	15	100	0	62	19	25	19	35	1.95
76614148--76614186	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
76615336--76615607	47	5.8	46	71	13	164	25	28	17	29	1.98
76615478--76615644	46	3.6	45	76	7	167	24	29	16	29	1.97
76615477--76615647	94	1.8	92	82	9	222	25	29	16	28	1.97
76619812--76619939	44	2.9	44	81	8	136	32	30	17	19	1.95
76621947--76622044	26	3.8	26	90	1	153	29	23	20	26	1.99
76621947--76622044	52	1.9	51	93	2	169	29	23	20	26	1.99
76622094--76622160	20	3.3	20	89	0	89	31	20	11	35	1.89
76622180--76622227	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
76631929--76632038	27	4.0	28	82	3	109	38	18	21	21	1.94
76653868--76654223	47	7.6	47	93	2	590	32	8	30	28	1.86
76653868--76654223	96	3.8	94	93	3	590	32	8	30	28	1.86
76653868--76654223	143	2.5	139	93	1	586	32	8	30	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76654342--76654516	37	4.7	37	97	0	314	24	18	31	25	1.97
76659726--76659769	22	2.0	22	86	8	63	2	15	20	61	1.45
76660883--76660930	25	2.0	24	83	4	60	31	20	18	29	1.97
76660956--76661032	20	4.0	20	83	6	88	38	9	20	31	1.84
76661082--76661191	26	4.3	26	85	6	138	30	19	21	28	1.97
76668668--76668746	20	4.2	19	83	12	92	36	10	18	34	1.85
76679511--76679575	28	2.3	28	83	0	85	36	9	23	30	1.86
76679653--76679995	39	8.8	40	89	4	296	20	22	28	28	1.98
76686033--76686084	27	1.9	27	84	0	68	25	25	15	34	1.95
76690108--76690548	47	9.6	47	86	7	600	29	29	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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