genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65162917--65162954	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
65165444--65165485	6	7.3	6	78	10	52	21	0	2	76	0.90
65165444--65165485	22	1.9	22	90	0	66	21	0	2	76	0.90
65165447--65165481	16	2.2	16	89	0	52	20	0	2	77	0.90
65169220--65169288	30	2.3	29	83	14	79	40	1	2	55	1.24
65171417--65171633	46	4.7	46	86	1	265	39	14	23	22	1.91
65171894--65171940	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
65174534--65174602	30	2.3	29	83	14	79	40	1	2	55	1.24
65176732--65176949	46	4.7	46	88	1	285	40	14	23	21	1.90
65177210--65177256	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
65180770--65180903	47	2.9	47	81	0	169	26	23	16	33	1.96
65182766--65182881	57	2.0	57	83	6	146	31	15	20	32	1.94
65182786--65182895	57	1.9	57	81	7	134	31	16	21	30	1.95
65185110--65185143	14	2.4	14	95	0	59	41	20	0	38	1.53
65189784--65189809	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
65199855--65199902	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
65199950--65200005	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
65199939--65200005	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
65200054--65200173	23	5.0	24	82	7	147	31	20	20	26	1.98
65200055--65200173	24	5.0	23	83	9	143	31	21	21	26	1.98
65200055--65200173	47	2.5	47	86	6	152	31	21	21	26	1.98
65200366--65200429	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65206490--65206545	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
65206479--65206545	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
65206595--65206713	24	5.0	24	88	5	170	29	21	21	26	1.99
65206907--65206970	31	2.1	31	84	0	83	39	15	20	25	1.92
65208217--65208309	39	2.4	39	82	12	111	27	25	17	29	1.97
65216150--65216327	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
65216151--65216306	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
65216147--65216327	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
65223450--65223719	48	5.6	48	84	1	335	27	28	17	26	1.98
65223450--65223719	144	1.9	145	85	2	382	27	28	17	26	1.98
65227369--65227594	97	2.4	96	79	6	257	26	29	15	27	1.96
65227369--65227642	94	2.9	93	77	10	274	26	29	16	28	1.97
65230192--65230216	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
65230854--65230886	14	2.4	14	95	5	59	39	6	0	54	1.25
65230954--65230985	16	1.9	17	93	6	57	31	0	3	65	1.08
65239951--65239988	15	2.5	15	100	0	76	34	15	0	50	1.45
65243207--65243243	19	1.9	19	94	0	65	45	2	16	35	1.61
65243567--65243591	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
65243900--65243928	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
65244790--65244829	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
65246438--65246541	26	4.0	26	92	0	163	33	8	22	35	1.85
65253943--65254213	43	6.3	43	88	0	371	26	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65254172--65254322	56	2.7	56	90	2	232	27	13	25	33	1.94
65254271--65254361	43	2.1	43	87	0	128	27	12	26	34	1.92
65254214--65254420	99	2.1	99	81	1	245	26	14	26	33	1.94
65256485--65256630	31	4.7	31	95	0	249	29	24	17	28	1.97
65256849--65256942	25	3.8	25	90	1	136	25	23	25	25	2.00
65257751--65257852	27	3.8	27	72	14	84	24	19	18	37	1.94
65257859--65257911	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
65257869--65258162	27	10.9	27	77	9	113	31	8	18	40	1.81
65257869--65257949	29	2.9	28	85	7	103	35	9	13	40	1.78
65257845--65258155	54	5.8	52	76	7	246	31	9	19	40	1.83
65257956--65258162	80	2.6	79	84	5	272	29	8	20	41	1.82
65264100--65264130	7	4.4	7	100	0	62	12	45	12	29	1.80
65287642--65287737	48	2.0	48	95	0	174	28	5	23	42	1.75
65288823--65288875	26	2.0	26	100	0	106	15	18	18	47	1.83
65291655--65291788	68	2.0	68	86	0	187	30	16	25	27	1.97
65309732--65309788	30	1.9	30	82	7	71	50	12	5	31	1.62
65311306--65311384	3	27.3	3	80	12	76	3	31	0	64	1.11
65311325--65311386	20	3.1	19	75	15	63	4	25	0	69	1.08
65311323--65311384	23	2.5	24	82	14	74	4	27	0	67	1.10
65311314--65311392	26	3.1	25	78	7	86	5	27	0	67	1.12
65311301--65311384	14	5.9	14	76	12	73	3	30	0	65	1.10
65313800--65313859	30	2.0	30	96	0	111	16	21	3	58	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65315030--65315071	9	4.6	9	80	16	50	76	2	21	0	0.90
65316199--65316271	18	3.7	18	74	25	76	52	1	24	21	1.55
65316185--65316270	42	2.0	42	95	0	154	50	3	23	23	1.65
65316189--65316256	21	3.2	21	69	29	54	48	4	25	22	1.69
65316244--65316301	20	3.1	19	82	9	66	50	0	25	24	1.50
65316769--65316862	21	4.6	20	72	6	71	37	18	24	20	1.94
65316761--65316851	41	2.2	41	84	0	110	39	18	25	16	1.91
65316851--65316915	21	3.1	21	63	8	51	44	18	18	18	1.87
65317734--65317768	17	2.1	17	100	0	70	71	11	5	11	1.30
65319201--65319490	118	2.5	118	89	0	438	35	16	16	31	1.91
65324053--65324084	15	2.1	15	100	0	64	43	18	12	25	1.85
65325224--65325258	17	2.1	16	89	5	52	37	5	0	57	1.23
65339682--65339706	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
65342807--65342875	21	3.4	21	74	11	81	13	23	21	42	1.88
65342789--65342877	39	2.3	39	98	0	169	13	23	23	39	1.90
65347874--65347937	32	2.0	32	100	0	128	31	12	21	34	1.91
65348422--65348992	70	8.2	70	80	0	460	26	18	26	28	1.98
65348422--65348946	210	2.5	209	79	1	530	26	18	26	28	1.98
65348479--65348992	210	2.4	210	80	1	539	26	18	26	29	1.98
65350279--65350413	40	3.4	40	80	4	137	38	17	24	20	1.93
65351532--65351782	70	3.6	70	77	3	182	27	17	24	30	1.97
65352545--65352583	21	2.0	21	85	10	55	38	7	12	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65354217--65354384	46	3.6	44	78	10	151	25	30	17	26	1.97
65357677--65357798	23	5.2	23	75	9	104	29	19	23	27	1.98
65357695--65357798	23	4.4	24	77	9	106	31	18	24	25	1.97
65362295--65362331	18	2.1	17	90	5	56	35	0	18	45	1.50
65363698--65363738	3	13.7	3	89	0	64	31	36	2	29	1.71
65365159--65365440	72	3.9	71	88	4	395	54	15	7	23	1.66
65365875--65365936	18	3.4	18	90	0	97	35	11	16	37	1.84
65367629--65367831	41	4.9	41	91	0	307	31	23	24	21	1.99
65368858--65368896	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
65371750--65371778	12	2.3	13	94	5	51	89	0	10	0	0.48
65373135--65373241	43	2.5	43	89	6	155	23	18	28	29	1.98
65376124--65376164	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
65376127--65376166	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
65376184--65376251	9	7.6	9	86	0	91	26	8	20	44	1.81
65376184--65376252	36	1.9	36	90	0	111	26	8	20	44	1.80
65377574--65377631	31	1.9	30	89	3	89	37	0	1	60	1.07
65386467--65386497	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
65388126--65388320	93	2.1	92	87	4	277	44	4	3	47	1.39
65388353--65388386	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
65388353--65388391	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
65388357--65388396	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
65388476--65388610	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65388352--65388570	120	1.8	119	89	6	345	40	3	5	50	1.44
65388578--65388619	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
65388569--65388866	154	1.9	156	95	2	546	47	5	3	44	1.41
65388719--65388753	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
65388986--65389024	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
65388999--65389055	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
65390843--65391113	130	2.1	132	84	4	352	32	19	15	31	1.94
65402940--65403141	45	4.6	45	67	6	142	30	18	23	27	1.98
65402940--65403319	132	2.9	132	90	2	568	29	20	24	26	1.99
65406273--65406571	130	2.3	131	83	4	345	28	19	18	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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