genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3163760--3163810	25	2.0	25	100	0	102	27	31	23	17	1.97
3166362--3166392	12	2.6	12	100	0	62	32	0	0	67	0.91
3174848--3175028	62	2.9	62	81	4	179	40	18	4	35	1.72
3176355--3176416	2	31.0	2	96	0	115	0	48	0	51	1.00
3177315--3177522	103	2.0	103	100	0	416	38	14	9	37	1.79
3181965--3182006	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
3181956--3181997	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
3181940--3182256	157	2.0	157	94	1	555	47	5	3	43	1.41
3182308--3182398	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
3182379--3182430	16	3.2	16	100	0	104	38	36	0	25	1.56
3189212--3189261	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
3204386--3204420	18	1.9	18	94	0	61	40	0	48	11	1.39
3205796--3205842	20	2.3	21	85	7	62	63	2	2	31	1.18
3208315--3208393	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
3211440--3211513	30	2.4	31	82	8	89	32	0	0	67	0.91
3211440--3211513	15	4.9	15	73	15	62	32	0	0	67	0.91
3211475--3211512	16	2.4	17	82	13	53	28	0	0	71	0.87
3213397--3213440	4	10.8	4	97	2	79	0	22	0	77	0.77
3213610--3213657	24	2.0	25	83	4	62	22	6	16	54	1.65
3215316--3215353	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
3216527--3216571	8	5.5	8	82	15	56	8	6	0	84	0.78
3222900--3223001	50	2.0	50	100	0	204	27	15	8	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3234396--3234441	23	2.0	23	86	0	65	6	13	2	78	1.04
3237830--3237869	18	2.2	19	86	4	55	50	2	0	47	1.14
3256966--3257047	44	1.9	44	85	5	114	30	30	17	21	1.96
3264320--3264441	46	2.7	45	92	3	201	29	28	19	22	1.98
3264322--3264462	46	3.1	45	85	6	128	29	29	19	21	1.98
3266920--3267083	44	3.7	42	77	16	170	21	19	29	29	1.98
3266916--3267082	91	1.8	91	91	5	275	21	19	29	29	1.98
3267306--3267343	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
3273202--3273370	47	3.6	47	87	7	229	24	19	27	28	1.99
3274844--3275108	45	6.0	45	91	2	385	24	21	26	27	1.99
3281943--3282118	46	3.8	46	80	12	225	20	20	29	29	1.98
3281940--3282111	93	1.8	93	97	0	326	20	20	29	28	1.98
3286670--3286719	24	2.1	24	88	0	73	16	24	20	40	1.91
3295627--3295798	46	3.7	46	77	14	210	22	20	27	29	1.98
3295624--3295793	92	1.8	93	96	1	315	21	21	28	28	1.99
3298320--3298362	20	2.1	20	83	12	52	27	2	18	51	1.59
3302200--3302238	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
3302200--3302246	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
3302365--3302395	16	1.9	16	100	0	62	25	0	19	54	1.44
3304568--3304661	28	3.4	28	89	2	127	32	27	12	26	1.93
3307479--3307621	6	23.3	6	72	14	105	50	14	16	18	1.78
3307502--3307621	37	3.2	37	86	0	159	50	15	16	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3307511--3307618	19	5.8	19	78	12	107	49	15	17	17	1.81
3314371--3314423	27	2.0	27	88	3	81	37	20	22	18	1.94
3314954--3315284	27	12.3	27	92	0	466	25	22	19	32	1.98
3315269--3315394	27	4.7	27	79	3	101	28	7	21	42	1.81
3315296--3315802	27	18.9	27	77	8	214	33	8	21	36	1.84
3315386--3315583	81	2.4	81	85	1	281	39	7	22	30	1.82
3315379--3315624	108	2.3	108	83	5	336	38	8	21	31	1.84
3315595--3315796	53	3.8	51	79	10	199	28	9	20	41	1.84
3319584--3319706	22	5.3	22	64	27	67	31	13	29	25	1.94
3319563--3319843	141	2.0	141	88	2	422	33	11	28	25	1.91
3319563--3319803	47	5.1	47	94	0	419	34	11	27	26	1.91
3319827--3319953	46	2.8	46	93	0	218	34	9	32	23	1.87
3321022--3321066	22	2.0	23	91	4	74	42	20	17	20	1.90
3321257--3321374	23	4.6	26	87	7	131	45	33	4	16	1.67
3321271--3321377	28	4.0	28	86	7	134	45	30	3	19	1.68
3353463--3353524	27	2.3	27	94	0	106	37	16	22	24	1.94
3365183--3365296	28	4.1	28	78	5	106	32	25	12	29	1.92
3365526--3365560	16	2.2	16	89	0	52	11	22	17	48	1.79
3365518--3365556	8	4.9	8	87	0	51	12	25	20	41	1.88
3375371--3375633	40	6.6	40	88	3	318	24	20	27	27	1.99
3383308--3383437	39	3.4	37	79	9	100	27	20	26	25	1.99
3383352--3383550	39	5.3	39	82	11	211	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3383459--3383550	38	2.3	40	87	3	125	22	20	29	27	1.99
3401752--3401953	103	2.0	103	98	0	395	42	10	11	36	1.75
3402310--3402353	10	4.2	10	80	11	52	38	0	4	56	1.20
3402514--3402568	27	2.0	27	100	0	110	50	14	18	16	1.77
3402840--3402874	4	8.8	4	93	0	61	51	0	2	45	1.16
3404339--3404400	31	2.0	31	100	0	124	41	6	12	38	1.69
3412527--3412570	21	2.1	21	82	0	52	4	56	11	27	1.53
3416638--3416692	22	2.5	22	79	2	58	41	0	27	30	1.56
3418294--3418345	18	2.9	18	91	0	86	36	13	9	40	1.77
3420861--3420913	26	2.0	26	81	0	61	37	20	3	37	1.71
3424346--3424388	6	7.2	6	100	0	86	16	0	51	32	1.45
3431877--3432062	26	7.2	26	91	0	300	32	7	23	36	1.83
3438995--3439155	26	6.2	26	87	5	227	32	7	23	36	1.83
3438995--3439155	52	3.1	52	91	2	252	32	7	23	36	1.83
3445120--3445152	6	5.5	6	92	0	57	33	3	48	15	1.60
3453488--3453528	19	2.3	18	84	12	50	48	0	2	48	1.14
3453692--3453752	13	4.1	15	68	16	54	49	3	4	42	1.40
3453707--3453769	32	2.0	32	84	6	85	49	3	4	42	1.39
3466288--3466320	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
3468352--3468408	28	2.0	28	96	0	105	49	3	19	28	1.65
3469166--3469232	30	2.2	30	76	5	73	40	13	8	37	1.76
3470249--3470346	48	2.0	48	100	0	196	46	6	14	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3472319--3472439	23	5.2	23	69	16	88	23	12	16	47	1.81
3472304--3472441	47	3.0	46	86	4	188	23	11	17	47	1.80
3473801--3473835	9	3.9	9	84	0	52	51	2	2	42	1.31
3473801--3473835	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
3474793--3474828	17	2.1	17	100	0	72	36	11	5	47	1.63
3486047--3486073	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
3486581--3486656	40	1.9	40	83	5	100	34	32	14	18	1.91
3488175--3488433	2	131.0	2	78	2	218	1	57	0	40	1.06
3489366--3489495	38	3.2	38	63	23	93	51	16	4	26	1.64
3490724--3490839	54	2.1	54	81	12	132	46	3	7	42	1.49
3493144--3493252	54	2.0	54	100	0	218	48	20	9	22	1.77
3495851--3495954	56	1.9	54	86	7	149	20	18	21	40	1.92
3496678--3496703	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
3513497--3513521	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
3513646--3513696	24	2.2	23	83	16	61	33	9	1	54	1.44
3513742--3513777	18	2.0	18	100	0	72	44	0	5	50	1.25
3540014--3540047	10	3.3	10	91	4	50	70	0	8	20	1.13
3542149--3542181	16	2.1	16	100	0	66	51	18	24	6	1.68
3543017--3543082	19	3.2	21	82	6	64	36	19	9	34	1.84
3543034--3543185	19	8.2	19	86	8	215	36	15	9	38	1.80
3543023--3543185	36	4.4	37	82	10	181	37	15	9	37	1.80
3543034--3543185	54	2.7	55	90	4	243	36	15	9	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3543034--3543181	73	2.0	74	87	7	212	36	15	9	38	1.80
3544250--3544406	79	2.0	79	88	0	233	43	16	10	29	1.81
3547669--3547700	16	2.1	15	94	5	55	46	0	3	50	1.17
3555838--3555881	22	2.0	23	95	4	81	38	25	18	18	1.92
3556072--3556146	28	2.6	29	82	2	98	48	30	5	16	1.68
3567118--3567289	75	2.4	73	80	8	199	34	22	11	32	1.89
3567123--3567289	35	4.6	38	78	11	163	34	22	10	32	1.89
3570245--3570472	46	5.0	46	90	1	314	22	25	14	38	1.92
3588179--3589107	465	2.0	467	96	0	1718	31	13	19	35	1.90
3595843--3595901	31	1.9	31	89	3	84	52	13	10	23	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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