genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102461568--102461639	20	3.5	20	79	5	74	31	0	5	62	1.18
102475582--102475679	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
102475896--102476051	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
102478353--102478486	46	2.9	46	87	4	189	21	29	19	29	1.98
102478353--102478525	94	1.9	92	83	7	224	23	28	19	28	1.98
102487522--102487635	46	2.5	46	94	0	201	29	22	14	33	1.93
102492742--102492768	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
102494953--102495149	41	4.8	41	92	5	308	28	20	22	27	1.99
102495364--102495427	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
102495371--102495444	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
102501312--102501345	18	1.9	17	88	5	50	47	2	5	44	1.42
102512886--102512935	26	1.9	26	95	0	91	30	32	26	12	1.92
102512854--102513115	103	2.6	103	91	2	413	30	30	20	18	1.97
102513435--102513499	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
102513442--102513499	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
102520268--102520523	104	2.4	105	94	1	444	29	29	21	19	1.97
102520869--102520926	30	1.9	30	82	0	71	29	24	8	37	1.85
102526025--102526076	20	2.6	20	93	0	95	19	38	30	11	1.87
102530261--102530437	46	3.8	46	92	0	291	40	14	25	20	1.90
102530699--102530744	23	1.9	25	82	8	60	54	0	15	30	1.41
102531207--102531234	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
102532652--102532682	15	2.1	15	93	0	53	51	16	9	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102534220--102534493	46	6.0	46	89	0	361	21	24	14	40	1.90
102534225--102534497	92	3.0	92	89	0	402	21	24	13	40	1.89
102540705--102540779	30	2.6	29	81	10	91	38	0	6	54	1.27
102544145--102544195	25	2.1	25	88	3	77	33	11	25	29	1.91
102544508--102544580	20	3.6	21	77	15	73	53	9	15	21	1.70
102544902--102544933	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
102544902--102544932	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
102549467--102549580	56	2.0	57	84	5	151	62	8	14	14	1.54
102549549--102549654	40	2.5	41	82	11	119	58	8	14	18	1.61
102549575--102549661	20	4.3	21	78	14	92	58	8	14	18	1.60
102549466--102549640	20	8.7	19	69	19	90	59	8	16	16	1.60
102549697--102549741	20	2.2	20	84	11	56	60	2	17	20	1.47
102549704--102549741	20	1.9	20	89	10	60	57	0	21	21	1.40
102549808--102549845	20	2.0	20	85	10	53	60	0	18	21	1.36
102550140--102550179	21	1.9	21	84	0	53	65	5	12	17	1.44
102553789--102554034	3	82.3	3	67	13	71	60	3	6	29	1.39
102553887--102553924	20	1.9	20	88	0	58	55	5	2	36	1.37
102553987--102554034	19	2.6	18	87	9	69	64	0	4	31	1.12
102555482--102556291	132	6.1	133	83	3	669	25	22	20	31	1.98
102555732--102555935	45	4.6	45	68	10	141	25	22	21	30	1.98
102555662--102556293	132	4.8	132	87	2	732	24	22	20	31	1.98
102555829--102556289	44	10.4	44	65	11	154	24	23	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102558848--102558916	27	2.5	28	83	6	97	59	4	4	31	1.37
102561343--102561447	18	5.5	18	68	16	68	38	21	22	17	1.93
102561345--102561445	39	2.6	39	90	4	159	39	20	23	15	1.91
102569252--102569353	18	5.3	18	70	17	71	38	22	24	14	1.92
102569253--102569353	39	2.6	39	93	0	175	38	22	24	13	1.91
102571576--102571869	131	2.2	131	92	0	489	30	20	19	29	1.97
102571976--102572090	45	2.6	44	85	1	149	28	22	19	29	1.98
102572159--102572283	64	2.0	64	95	0	223	37	15	16	31	1.89
102583854--102583922	27	2.5	27	79	11	86	60	2	2	33	1.26
102588911--102588957	23	2.0	23	100	0	94	27	8	17	46	1.76
102594319--102594359	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
102598840--102598886	23	2.0	23	100	0	94	27	8	17	46	1.76
102602020--102602062	16	2.9	14	80	16	50	65	0	4	30	1.13
102609463--102609499	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
102609499--102609527	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
102611660--102611795	46	3.0	46	87	2	184	38	13	24	22	1.91
102613982--102614144	42	3.7	42	75	12	148	33	26	10	29	1.90
102614038--102614144	49	2.2	49	93	1	178	33	27	10	28	1.89
102614150--102614243	47	2.0	48	87	4	138	34	22	14	28	1.94
102614133--102614295	53	3.2	52	76	16	126	33	24	12	29	1.93
102628365--102628405	21	2.0	21	85	0	55	51	2	21	24	1.60
102638668--102638806	59	2.4	59	92	0	224	36	12	18	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102639203--102639256	21	2.6	21	91	5	83	22	7	42	27	1.80
102639973--102640147	84	2.1	80	85	5	233	42	20	8	28	1.81
102639973--102640147	43	4.2	42	86	4	241	42	20	8	28	1.81
102641788--102641836	15	3.2	15	88	2	71	36	38	6	18	1.76
102642121--102642512	64	6.2	63	89	2	493	47	14	12	26	1.79
102642382--102642486	32	3.2	34	66	24	98	44	12	17	25	1.83
102642654--102642801	12	11.8	12	67	13	66	52	13	8	25	1.69
102643330--102643402	31	2.4	29	82	8	92	21	10	20	46	1.81
102644793--102644854	20	3.0	20	75	17	56	20	1	19	58	1.48
102644836--102646183	674	2.0	675	95	0	2439	33	14	15	36	1.88
102649673--102649729	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
102650102--102650209	21	5.0	22	82	10	107	14	22	25	37	1.93
102650114--102650209	21	4.5	21	86	2	120	13	21	27	37	1.91
102650101--102650209	42	2.5	42	83	2	128	15	22	25	36	1.93
102653172--102653279	44	2.4	44	85	3	135	29	22	13	34	1.93
102653619--102653676	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
102654161--102654192	4	8.0	4	100	0	64	0	25	0	75	0.81
102654252--102654284	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
102654293--102654364	5	14.4	5	75	20	62	55	4	1	38	1.28
102654294--102654336	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
102654300--102654365	24	2.7	24	81	9	71	57	4	1	36	1.28
102672491--102672537	16	3.0	16	72	15	53	31	34	4	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102679734--102679767	15	2.3	15	89	0	50	8	14	20	55	1.65
102683641--102684097	223	2.1	223	97	0	871	41	19	14	24	1.89
102686600--102686632	7	4.9	7	88	7	50	60	3	0	36	1.12
102686594--102686632	20	2.0	19	90	5	60	58	2	0	38	1.12
102686600--102686632	13	2.4	14	90	5	50	60	3	0	36	1.12
102686902--102686938	17	2.1	18	85	14	51	43	5	0	51	1.24
102688294--102688325	9	3.6	9	91	0	55	43	21	9	25	1.82
102688345--102688391	6	7.5	6	86	9	67	17	0	4	78	0.90
102688350--102688388	20	2.0	20	94	0	69	20	0	5	74	1.01
102691197--102691461	131	2.0	131	88	1	397	27	17	16	38	1.92
102692032--102692068	18	2.1	18	94	0	65	24	13	16	45	1.83
102695059--102695172	57	2.0	57	100	0	228	38	22	7	31	1.81
102699561--102699703	71	2.0	71	98	0	277	47	6	7	37	1.59
102705216--102705288	29	2.4	29	81	4	83	31	6	5	56	1.49
102705591--102705633	21	2.0	21	100	0	86	48	13	13	23	1.79
102705598--102705643	21	2.2	21	84	7	58	58	8	13	19	1.60
102715770--102715796	14	1.9	14	100	0	54	51	11	22	14	1.73
102717961--102718008	20	2.5	21	86	10	59	39	12	12	35	1.81
102717969--102718008	20	2.0	20	95	0	71	35	12	15	37	1.85
102718085--102718158	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
102718218--102718255	18	2.1	19	90	5	60	34	7	7	50	1.61
102719430--102719473	17	2.6	17	85	7	54	61	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102722686--102722791	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	34	1.47
102723160--102723276	16	6.9	17	72	19	59	57	1	4	36	1.29
102723474--102723512	3	13.0	3	88	0	60	66	0	2	30	1.05
102723626--102723659	6	5.5	6	86	6	50	52	11	2	32	1.53
102724144--102724179	11	3.2	11	88	4	54	50	0	50	0	1.00
102726509--102726596	25	3.5	25	96	0	158	29	30	13	26	1.94
102743452--102743515	31	2.1	31	96	0	119	43	18	10	26	1.83
102744301--102744327	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
102751694--102751749	25	2.2	26	90	3	87	58	0	0	41	0.98
102762191--102762305	57	2.0	57	96	0	212	30	7	18	43	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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