genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89384187--89384347	49	3.3	49	74	12	154	26	18	29	26	1.98
89391261--89391298	5	7.8	5	94	5	69	18	0	0	81	0.69
89391345--89391380	16	2.2	17	90	5	56	61	8	22	8	1.51
89394897--89395138	50	4.8	50	81	3	252	24	19	25	30	1.98
89394948--89395131	101	1.8	101	91	0	305	25	20	25	29	1.99
89394969--89395175	101	2.0	101	79	0	216	26	19	25	28	1.99
89412313--89412664	175	2.0	172	92	3	591	19	15	21	44	1.86
89415392--89415434	11	3.8	11	81	6	59	67	0	2	30	1.03
89415387--89415433	23	2.0	23	100	0	94	63	0	4	31	1.13
89419675--89419717	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
89420318--89420353	7	5.0	7	89	3	54	55	13	5	25	1.60
89420302--89420343	14	3.0	14	86	13	52	57	14	0	28	1.38
89421303--89421435	48	2.8	46	81	8	144	53	5	8	33	1.53
89422543--89422762	70	3.1	70	81	5	246	50	11	2	35	1.51
89423652--89423697	21	2.1	22	84	11	60	50	2	6	41	1.40
89426243--89426284	19	2.3	18	84	12	50	50	2	4	42	1.36
89427360--89427428	21	3.3	21	85	2	77	53	10	24	11	1.68
89433044--89433073	16	1.9	16	93	6	53	56	0	6	36	1.26
89460535--89460751	46	4.7	46	78	9	210	28	19	29	22	1.98
89475689--89475786	48	2.0	48	90	0	151	37	12	5	44	1.64
89478328--89478466	39	3.6	39	80	5	165	44	21	5	28	1.75
89481822--89481928	51	2.1	52	94	1	189	31	7	24	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89481822--89481928	26	4.2	26	91	2	180	31	7	24	36	1.83
89483368--89483431	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
89483537--89483676	54	2.6	53	88	2	199	18	21	23	36	1.95
89483536--89483676	27	5.2	27	80	6	162	18	21	23	36	1.95
89483536--89483694	27	5.9	27	77	11	157	19	22	22	35	1.96
89486083--89486129	24	1.9	25	87	12	71	34	6	0	59	1.23
89486274--89486322	22	2.4	21	83	16	59	32	6	0	61	1.21
89486253--89486390	13	11.2	12	70	23	69	34	3	0	60	1.19
89486314--89486402	19	5.1	17	68	24	53	35	1	1	61	1.11
89486264--89486403	17	8.2	17	67	21	55	35	2	0	60	1.17
89486325--89486388	28	2.3	28	84	10	78	35	1	1	60	1.15
89497961--89498751	206	3.8	206	88	1	1142	31	17	21	29	1.96
89500508--89500571	28	2.3	28	84	10	78	35	1	1	60	1.15
89500499--89500573	11	6.1	12	73	23	59	36	1	1	61	1.13
89500500--89500565	17	4.0	17	71	22	52	36	1	1	60	1.15
89500913--89500969	18	3.4	16	75	20	55	35	3	0	61	1.13
89500914--89500954	15	2.5	17	76	11	50	34	4	0	60	1.18
89505474--89505556	21	4.0	21	77	0	85	37	16	7	38	1.77
89509978--89510125	63	2.3	63	80	12	165	23	28	16	31	1.96
89512431--89512460	16	1.9	15	93	6	51	60	10	13	16	1.59
89523263--89523359	49	2.0	49	87	4	142	21	18	30	28	1.97
89527211--89527264	22	2.3	23	84	6	65	44	16	18	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89532872--89532934	28	2.1	30	82	8	76	58	9	11	20	1.60
89533806--89534035	39	5.9	38	86	4	268	28	11	24	35	1.91
89537083--89537169	43	2.0	43	88	0	129	31	32	9	27	1.88
89537761--89537811	24	2.3	21	80	10	57	1	27	0	70	0.98
89541071--89541101	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
89544854--89544893	14	2.9	14	81	11	55	40	0	12	47	1.41
89544908--89544946	10	3.9	10	87	12	62	17	7	2	71	1.21
89546430--89546563	43	3.1	43	78	9	139	32	23	15	27	1.95
89554340--89554425	27	3.2	27	82	15	115	18	23	23	34	1.96
89556567--89556604	19	2.0	19	94	0	67	44	10	18	26	1.82
89556848--89556995	57	2.6	57	82	5	190	31	16	21	30	1.96
89558891--89559213	167	1.9	167	87	2	470	30	13	17	39	1.87
89565968--89566005	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
89576066--89576105	20	2.0	20	100	0	80	25	25	15	35	1.94
89578380--89578407	13	2.2	13	100	0	56	53	0	21	25	1.46
89580450--89580531	27	3.0	27	78	8	85	34	19	24	21	1.97
89580477--89580616	67	2.1	67	83	2	172	30	21	28	19	1.97
89583084--89583532	54	8.3	54	87	1	612	41	20	7	30	1.80
89583084--89583532	27	16.6	27	82	1	506	41	20	7	30	1.80
89583084--89583585	81	6.2	79	75	8	366	41	20	8	30	1.81
89583516--89583576	27	2.3	27	85	0	86	37	19	11	31	1.87
89583631--89583951	27	11.9	27	87	1	430	35	17	22	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89584370--89584559	6	30.8	6	74	15	156	18	18	13	48	1.80
89584398--89584468	19	3.8	19	83	10	101	16	19	16	46	1.84
89584373--89584437	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
89584392--89584547	37	4.4	37	75	15	166	19	18	14	48	1.82
89584435--89584542	25	4.6	25	76	15	104	19	18	13	48	1.81
89584370--89584508	62	2.2	62	96	0	260	19	18	14	47	1.82
89584401--89584493	19	4.6	19	73	21	91	19	19	13	47	1.82
89591013--89591064	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
89609199--89609245	23	2.0	23	91	0	76	25	36	8	29	1.86
89612452--89612556	53	2.0	53	83	3	131	39	18	23	19	1.92
89619579--89619817	41	5.8	41	87	6	290	27	20	24	27	1.99
89619589--89619817	123	1.9	123	85	7	322	27	19	24	27	1.99
89628741--89628774	12	2.9	12	86	4	52	32	2	0	64	1.08
89628899--89628956	30	1.9	30	86	6	82	56	6	6	29	1.51
89639306--89639396	44	2.1	44	97	0	173	26	14	16	42	1.86
89639613--89639667	13	4.5	13	82	13	80	49	12	0	38	1.41
89639610--89639654	23	2.0	23	100	0	90	46	13	0	40	1.43
89640254--89640283	7	4.1	7	91	8	51	16	0	0	83	0.65
89640254--89640283	15	2.1	14	93	6	51	16	0	0	83	0.65
89640551--89640617	23	3.4	19	76	17	57	56	2	0	40	1.14
89643390--89643433	23	1.9	23	90	0	70	50	22	15	11	1.76
89648128--89648183	28	2.0	28	100	0	112	35	28	3	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89650418--89650443	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
89670682--89670830	41	3.6	41	85	3	183	22	32	14	30	1.94
89678136--89678293	48	3.3	47	81	7	187	25	25	18	29	1.98
89679885--89680008	40	3.1	39	81	5	126	25	23	27	24	2.00
89679885--89680008	39	3.1	40	81	7	130	25	23	27	24	2.00
89693429--89693725	40	7.5	40	89	2	413	25	27	23	22	2.00
89701572--89701679	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
89704151--89704272	43	2.9	41	81	11	131	29	24	15	30	1.96
89706848--89706893	21	2.2	21	100	0	92	26	21	21	30	1.99
89711230--89711267	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
89712845--89712924	42	2.0	41	82	9	101	27	36	18	17	1.94
89713761--89713879	42	2.8	42	81	5	132	33	26	11	28	1.91
89717803--89717845	21	2.0	21	86	8	61	58	11	4	25	1.52
89718971--89719017	22	2.1	22	92	0	76	27	21	31	19	1.97
89718980--89719027	22	2.2	22	84	0	60	27	20	33	18	1.96
89720990--89721161	49	3.6	49	78	4	140	23	27	19	29	1.98
89721802--89721840	16	2.4	16	87	8	53	20	2	0	76	0.90
89722832--89722884	28	2.0	27	85	14	74	28	9	1	60	1.38
89724059--89724097	19	2.0	20	90	5	62	17	20	0	61	1.34
89728550--89728635	45	1.9	45	85	4	120	37	20	13	27	1.91
89755150--89755363	94	2.3	94	81	3	234	23	26	20	29	1.99
89760894--89761111	46	4.7	45	78	12	185	26	28	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89766585--89766646	20	3.3	20	67	28	64	19	20	24	35	1.96
89766585--89766656	35	2.1	35	100	0	144	22	19	23	34	1.96
89768503--89768572	30	2.3	30	90	4	106	44	24	15	15	1.86
89779432--89779467	15	2.3	16	90	4	56	50	25	0	25	1.50
89781287--89781378	45	2.0	45	100	0	184	23	8	13	54	1.66
89785890--89785949	24	2.7	23	87	10	88	48	13	0	38	1.42
89785903--89785956	24	2.2	24	96	0	99	46	11	1	40	1.50
89785903--89785968	24	2.8	24	90	4	89	48	10	1	39	1.47
89787992--89788090	49	2.0	49	100	0	198	35	20	14	30	1.92
89788396--89788431	15	2.4	15	90	0	54	47	2	2	47	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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