genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53852314--53852348	16	2.2	16	94	0	61	8	22	20	48	1.76
53857768--53857829	26	2.4	26	94	0	106	24	22	27	25	2.00
53860127--53860167	22	1.9	22	90	5	66	36	31	26	4	1.78
53861006--53861035	14	2.1	14	93	0	51	53	13	0	33	1.40
53860651--53861100	232	1.9	232	94	0	801	39	18	12	29	1.87
53862562--53862697	29	4.8	28	78	7	123	25	32	15	27	1.95
53873013--53873086	31	2.4	31	93	0	121	16	25	36	21	1.94
53880448--53880713	130	2.1	130	99	0	525	41	6	23	28	1.80
53882018--53882199	40	4.6	40	93	2	296	24	22	26	26	2.00
53884262--53884408	29	5.2	29	81	4	149	27	31	13	27	1.94
53884477--53884513	19	2.0	19	89	5	58	13	37	18	29	1.90
53884624--53884660	16	2.3	16	95	0	65	13	24	13	48	1.78
53895033--53895061	13	2.2	13	100	0	58	65	13	6	13	1.45
53902956--53902984	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
53907852--53907877	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
53917480--53917600	61	2.0	61	87	6	174	39	16	20	23	1.92
53917448--53917660	67	3.3	67	78	11	228	35	16	23	23	1.95
53918777--53918812	17	2.2	16	90	5	54	33	22	8	36	1.84
53927528--53928124	47	12.6	47	91	3	876	28	28	9	33	1.88
53927528--53928124	96	6.3	94	92	2	876	28	28	9	33	1.88
53931414--53931500	37	2.3	37	88	2	120	25	20	11	42	1.86
53933449--53933540	28	3.4	27	82	10	109	35	13	23	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53939325--53939415	28	3.4	28	82	11	120	36	13	24	26	1.92
53939439--53939637	51	3.9	51	92	1	319	31	13	25	29	1.94
53950797--53950842	5	9.0	5	97	2	83	78	0	2	19	0.86
53958565--53958626	21	3.0	21	90	2	90	19	32	35	12	1.90
53959892--53960061	46	3.7	45	80	10	157	25	29	16	28	1.97
53972124--53972299	46	3.8	45	72	10	149	20	19	29	30	1.97
53977587--53977762	46	3.8	45	78	10	185	21	21	28	28	1.98
53980190--53980245	26	2.2	26	96	0	103	51	8	14	25	1.70
53984967--53985144	40	4.5	40	91	3	263	23	23	28	25	1.99
53988765--53988806	21	2.0	21	81	9	50	33	23	4	38	1.76
53989651--53989807	43	3.7	43	79	3	163	32	24	16	26	1.96
53993743--53993829	43	2.0	43	90	0	138	35	25	13	25	1.93
54000660--54000837	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
54000661--54000816	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
54000657--54000837	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
54006266--54006326	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
54014331--54014741	47	8.6	49	91	2	608	28	29	8	33	1.86
54014331--54014741	145	2.9	145	92	1	659	28	29	8	33	1.86
54014646--54014740	49	2.1	42	76	22	104	29	28	8	33	1.86
54018016--54018283	40	6.7	40	87	2	360	24	26	23	25	2.00
54020508--54021155	47	13.6	47	91	2	954	28	29	8	33	1.87
54020490--54021155	237	2.8	237	95	1	1170	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54021060--54021154	49	2.1	42	76	22	104	29	28	8	33	1.86
54023493--54023596	43	2.4	43	77	0	109	31	15	21	31	1.94
54026392--54026416	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
54028557--54028623	30	2.3	29	82	7	73	74	4	10	10	1.20
54043606--54043771	43	3.9	42	80	3	165	27	15	26	31	1.95
54044523--54044570	23	2.1	23	85	11	64	16	4	22	56	1.58
54052449--54052629	72	2.5	72	80	7	197	24	19	27	28	1.99
54056550--54056629	40	2.0	40	100	0	160	32	12	20	35	1.90
54060138--54060193	23	2.5	24	83	11	66	39	0	14	46	1.44
54060373--54060475	23	4.5	22	75	20	77	22	23	18	35	1.95
54060361--54060467	45	2.3	45	81	10	119	23	21	18	36	1.95
54060420--54060507	23	3.6	25	77	7	65	29	22	21	26	1.99
54060636--54060720	20	4.3	19	76	7	71	30	11	17	40	1.86
54063425--54064450	47	21.6	47	94	2	1732	29	29	8	32	1.86
54063425--54064450	380	2.7	380	95	1	1808	29	29	8	32	1.86
54065881--54065905	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54068090--54068482	40	9.8	40	87	2	547	27	27	19	24	1.99
54069945--54070684	47	15.6	47	93	2	1246	29	29	8	32	1.87
54069945--54070684	239	3.1	236	94	2	1268	29	29	8	32	1.87
54072098--54072122	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54078947--54079017	30	2.4	29	83	2	88	36	16	18	28	1.93
54085418--54085569	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54085418--54085569	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
54094026--54094177	27	5.6	27	90	2	214	26	13	28	30	1.94
54094026--54094177	55	2.8	55	87	2	225	26	13	28	30	1.94
54094026--54094177	82	1.9	82	91	0	250	26	13	28	30	1.94
54096649--54096800	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
54096649--54096800	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
54099828--54099852	13	1.9	13	100	0	50	44	32	16	8	1.76
54101604--54101686	30	2.8	30	94	3	141	22	25	19	32	1.97
54101903--54101973	25	2.8	25	93	0	124	25	22	25	26	2.00
54102021--54102057	10	3.6	10	92	7	65	29	18	18	32	1.96
54105029--54105289	39	6.7	40	88	6	335	25	22	27	24	2.00
54110198--54110349	27	5.6	27	90	2	223	30	28	13	26	1.94
54110198--54110349	55	2.8	54	88	2	223	30	28	13	26	1.94
54116259--54116327	25	2.8	25	88	0	93	28	24	21	24	1.99
54116374--54116413	10	3.9	10	87	6	62	30	22	17	30	1.97
54117145--54117239	45	2.1	45	96	0	172	38	27	8	25	1.84
54123581--54123936	57	6.2	57	92	1	570	29	35	17	17	1.93
54124475--54124569	45	2.1	45	92	0	154	40	26	9	24	1.85
54135437--54135468	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
54145545--54145662	42	2.8	42	77	10	125	33	11	22	33	1.90
54148188--54148248	30	2.0	30	90	0	95	36	8	24	31	1.85
54156254--54156753	48	10.6	48	85	5	642	27	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54156538--54156619	41	2.0	41	82	0	101	29	20	21	28	1.98
54156704--54156794	42	2.2	42	82	7	114	27	17	25	29	1.97
54162730--54162917	40	4.7	40	89	1	288	26	27	22	23	2.00
54170802--54170948	40	3.7	40	87	4	208	26	27	21	24	1.99
54170802--54170948	79	1.9	80	85	4	208	26	27	21	24	1.99
54174482--54174583	29	3.6	29	85	1	134	26	16	29	27	1.97
54174482--54174592	57	1.9	57	85	1	150	27	15	29	27	1.96
54178891--54179003	29	4.0	29	82	6	133	25	16	30	27	1.97
54180682--54180787	29	3.7	29	83	6	126	27	29	16	27	1.97
54183830--54183934	29	3.7	29	79	13	110	26	30	17	25	1.97
54191429--54191466	15	2.5	15	95	0	67	21	5	18	55	1.62
54201039--54201096	9	5.9	10	79	15	59	31	10	22	36	1.88
54201038--54201104	20	3.3	20	85	0	89	32	11	20	34	1.90
54201154--54201300	24	6.2	23	87	3	195	29	21	21	27	1.99
54201155--54201298	47	3.1	46	87	2	198	28	22	21	27	1.99
54201154--54201292	71	2.0	71	92	0	233	27	23	22	27	1.99
54208286--54208346	20	3.0	20	90	0	104	32	13	19	34	1.90
54208396--54208535	24	6.0	24	83	4	178	27	23	20	28	1.99
54208396--54208481	23	3.7	23	83	6	84	29	26	19	24	1.99
54208397--54208538	47	3.0	46	85	3	178	28	23	19	28	1.98
54208754--54208817	31	2.1	30	85	11	85	39	15	21	23	1.92
54214411--54214471	30	2.1	30	84	3	79	29	22	8	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54218371--54218431	30	2.0	30	83	0	77	31	24	8	36	1.85
54219595--54219628	10	3.4	10	100	0	68	20	8	20	50	1.75
54221261--54227237	48	124.9	48	72	11	3406	26	18	25	30	1.98
54221261--54227237	96	62.4	96	72	11	3782	26	18	25	30	1.98
54221261--54227237	144	41.6	144	72	11	3796	26	18	25	30	1.98
54221704--54221762	29	2.1	28	83	3	73	25	10	30	33	1.89
54221567--54221908	173	2.0	173	85	2	463	26	17	25	30	1.97
54222154--54222411	133	1.9	133	82	3	322	28	18	24	28	1.98
54222106--54222459	181	2.0	181	79	1	395	27	17	25	29	1.98
54222493--54222551	29	2.0	29	83	0	73	23	6	32	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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