genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14734763--14734810	17	2.8	18	78	12	57	35	0	2	62	1.07
14738182--14738232	24	2.1	24	88	0	75	47	5	35	11	1.65
14738190--14738264	24	3.1	24	86	0	96	42	5	38	13	1.67
14738203--14738271	24	2.9	23	82	8	75	44	5	34	14	1.69
14739555--14739649	21	4.6	21	80	5	88	28	9	9	52	1.65
14739555--14739649	42	2.3	40	85	7	120	28	9	9	52	1.65
14739622--14739666	20	2.2	20	84	0	54	31	8	4	55	1.51
14748551--14748853	151	2.0	151	99	0	597	31	19	19	29	1.97
14751815--14751848	17	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
14754605--14754664	30	2.0	30	96	0	111	33	21	21	23	1.97
14755583--14755624	23	1.9	23	85	9	61	40	0	11	47	1.40
14755833--14755978	40	3.6	40	86	1	193	26	17	23	32	1.96
14755833--14755939	41	2.7	40	91	1	160	26	18	23	31	1.97
14757193--14757577	145	2.6	144	83	6	470	42	9	5	42	1.60
14757747--14757771	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14766966--14767034	17	4.1	17	75	5	68	27	4	0	68	1.09
14767007--14767062	22	2.7	22	75	10	64	28	0	3	67	1.07
14767008--14767059	21	2.6	21	77	19	58	30	0	3	65	1.10
14770803--14771014	105	2.0	105	100	0	424	33	10	20	34	1.87
14777195--14777230	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
14777398--14777478	21	3.8	20	77	6	72	33	25	24	16	1.96
14777384--14777489	42	2.5	43	81	6	135	36	24	21	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14777410--14777479	21	3.2	21	91	4	113	32	27	25	14	1.94
14777848--14777888	15	2.8	14	89	10	64	48	12	0	39	1.41
14778044--14778071	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
14778868--14778900	9	3.7	9	92	8	50	6	12	3	78	1.04
14782433--14782721	44	6.5	44	79	6	287	30	16	27	25	1.97
14782938--14782976	8	4.9	8	90	0	51	79	0	2	17	0.84
14784304--14784403	7	13.6	7	69	18	53	32	1	2	65	1.11
14784462--14784528	24	2.9	24	71	4	57	32	4	0	62	1.15
14784500--14784560	11	5.8	11	73	21	51	31	1	3	63	1.20
14784504--14784560	21	2.8	19	80	15	69	31	1	3	63	1.22
14796720--14796758	20	2.0	20	89	0	60	46	17	10	25	1.80
14807129--14807258	47	2.8	47	84	4	156	21	15	28	34	1.94
14812348--14812395	25	1.9	25	95	0	87	35	14	16	33	1.89
14812676--14812768	24	3.8	24	77	5	80	31	18	23	26	1.97
14821729--14821753	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
14822869--14822929	25	2.4	27	75	8	65	59	0	11	29	1.33
14837356--14837414	26	2.3	26	90	0	91	35	23	6	33	1.82
14838936--14839026	23	3.9	23	89	2	137	35	17	24	23	1.95
14864391--14864461	24	3.0	24	89	0	106	25	38	2	33	1.71
14870690--14870802	27	4.2	26	79	11	120	38	22	23	15	1.92
14870690--14870802	54	2.1	54	86	6	158	38	22	23	15	1.92
14872217--14872281	24	2.8	24	90	2	96	24	36	3	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14872727--14872759	14	2.3	15	89	5	50	24	30	0	45	1.53
14874817--14874848	13	2.5	13	94	0	55	15	31	34	18	1.93
14881706--14881746	22	1.9	21	90	5	64	34	2	2	60	1.23
14883976--14884084	54	2.0	54	100	0	218	29	14	22	33	1.94
14890268--14890306	21	1.9	20	89	5	60	20	25	38	15	1.92
14892055--14892111	30	1.9	30	92	0	96	28	28	12	31	1.93
14894197--14894520	47	6.8	49	71	11	217	25	29	18	27	1.98
14897347--14897475	46	2.8	46	91	0	204	21	20	27	30	1.98
14900409--14900464	15	3.7	15	83	7	78	12	16	12	58	1.62
14910174--14910271	19	5.2	19	92	7	164	35	15	10	38	1.81
14910174--14910271	36	2.6	37	90	9	153	35	15	10	38	1.81
14910688--14911169	87	5.5	85	67	15	288	28	19	19	32	1.96
14910728--14911310	175	3.3	175	91	0	909	26	20	20	33	1.97
14910787--14911256	88	5.4	85	66	17	237	26	19	20	33	1.96
14910690--14911310	87	7.1	87	66	17	254	27	20	19	32	1.97
14911261--14911576	132	2.4	132	91	4	503	26	23	17	32	1.97
14911273--14911576	44	6.9	44	72	8	244	26	24	17	32	1.96
14911403--14911571	89	1.9	88	83	7	218	27	25	16	30	1.97
14912447--14912504	19	3.0	18	85	12	71	3	15	1	79	0.95
14912449--14912509	12	5.4	11	75	11	52	1	13	1	83	0.79
14915049--14915175	40	3.2	40	87	5	136	25	25	22	26	2.00
14915081--14915175	40	2.4	40	96	1	174	23	25	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14926885--14926938	26	2.1	26	100	0	108	38	0	24	37	1.56
14927370--14927541	67	2.6	66	82	7	170	32	16	28	22	1.95
14932062--14932128	27	2.5	27	85	2	100	19	16	20	43	1.88
14935648--14935827	28	6.6	27	94	2	288	31	28	13	26	1.94
14935648--14935827	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
14935648--14935827	83	2.2	82	93	1	306	31	28	13	26	1.94
14937657--14937725	27	2.6	25	88	4	84	28	28	14	27	1.95
14941487--14941620	39	3.4	39	95	0	232	23	31	26	18	1.98
14941487--14941677	39	4.9	40	88	3	223	26	31	23	18	1.98
14945160--14945190	4	7.8	4	100	0	62	0	22	0	77	0.77
14947923--14948056	39	3.4	39	93	0	223	23	29	26	20	1.99
14947923--14948103	39	4.6	39	87	4	181	25	29	24	20	1.99
14947923--14948095	78	2.2	78	83	2	222	24	29	24	20	1.99
14950309--14950481	46	3.7	46	74	13	183	21	20	27	30	1.98
14950306--14950476	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98
14958169--14958323	68	2.4	64	79	8	161	26	28	16	29	1.97
14958991--14959051	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
14962433--14962654	56	4.0	56	84	1	248	35	24	11	28	1.91
14962433--14962654	112	2.0	112	83	1	284	35	24	11	28	1.91
14966460--14966617	39	4.1	39	93	0	262	27	22	24	26	2.00
14970133--14970169	18	2.1	19	85	10	51	27	16	10	45	1.80
14972290--14972441	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14975134--14975181	12	4.2	12	86	7	73	70	0	0	29	0.87
14977597--14977690	28	3.3	28	85	2	134	28	30	13	26	1.94
14986670--14986728	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
14989661--14989823	44	3.8	43	70	12	120	31	25	16	26	1.96
14989660--14989836	85	2.1	85	93	0	300	31	24	17	26	1.97
14989705--14989836	41	3.1	42	76	15	146	32	25	17	25	1.97
14994087--14994152	23	2.6	26	76	18	84	36	22	27	13	1.92
15003389--15003455	27	2.4	27	78	11	73	43	13	16	26	1.85
15006659--15006761	43	2.4	42	82	6	116	32	25	16	26	1.96
15011850--15011893	14	3.0	14	80	6	52	43	6	0	50	1.29
15019561--15019664	43	2.4	43	81	0	118	31	23	15	29	1.95
15024545--15024799	55	4.8	55	81	7	255	21	25	17	35	1.95
15024543--15024792	108	2.4	110	82	8	304	22	25	17	34	1.96
15026470--15026645	46	3.8	45	77	11	187	21	21	29	27	1.98
15026467--15026637	93	1.8	93	91	2	281	21	21	29	26	1.99
15029539--15029579	15	2.7	15	100	0	82	12	14	9	63	1.52
15031972--15032146	46	3.8	45	77	10	185	20	22	28	28	1.98
15031969--15032139	93	1.8	93	92	0	288	21	22	28	27	1.99
15035030--15035085	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
15044786--15044883	19	5.2	19	92	7	164	35	15	10	38	1.81
15044786--15044883	36	2.6	37	90	9	153	35	15	10	38	1.81
15045299--15045780	87	5.5	85	67	15	288	28	19	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15045339--15045921	175	3.3	175	91	0	909	26	20	20	33	1.97
15045398--15045867	88	5.4	85	66	17	237	26	19	20	33	1.96
15045301--15045921	87	7.1	87	66	17	254	27	20	19	32	1.97
15045872--15046187	132	2.4	132	91	4	503	26	23	17	32	1.97
15045884--15046187	44	6.9	44	72	8	244	26	24	17	32	1.96
15046014--15046182	89	1.9	88	83	7	218	27	25	16	30	1.97
15047072--15047107	18	2.0	18	89	10	56	5	13	2	77	1.05
15047080--15047132	12	4.3	12	81	13	56	1	15	0	83	0.74
15047094--15047132	20	1.9	19	90	10	60	0	15	0	84	0.62
15049734--15049830	40	2.4	40	100	0	194	24	24	22	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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