genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64518142--64518201	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
64518738--64518791	24	2.2	24	80	0	63	35	1	40	22	1.65
64520218--64520325	27	4.0	27	90	1	155	15	24	22	37	1.93
64527560--64527599	9	4.6	9	87	6	64	65	0	0	35	0.93
64531339--64531390	18	2.8	19	75	11	54	34	0	0	65	0.93
64531341--64531397	27	2.1	28	83	9	73	31	0	0	68	0.90
64532273--64532440	30	5.8	29	73	18	136	39	1	20	39	1.60
64532294--64532346	22	2.4	22	87	0	70	39	1	22	35	1.65
64532339--64532439	28	3.3	34	77	22	116	36	0	19	42	1.58
64532320--64532437	64	1.9	58	83	10	146	37	1	21	39	1.63
64532360--64532440	28	2.8	28	88	3	117	39	1	18	40	1.59
64532495--64532865	126	3.0	125	86	4	498	40	16	14	29	1.87
64536347--64536381	18	1.9	18	100	0	70	40	0	28	31	1.57
64536445--64536527	30	2.8	30	86	0	112	15	13	37	33	1.86
64537984--64538067	25	3.3	24	70	14	78	64	3	2	29	1.23
64537979--64538087	53	2.1	53	92	1	184	61	4	1	32	1.27
64542928--64543088	71	2.3	71	100	0	322	47	15	11	24	1.79
64546283--64546343	11	5.7	10	81	12	68	29	26	0	44	1.55
64546289--64546352	21	2.9	21	84	11	67	26	25	1	46	1.61
64546310--64546358	21	2.3	20	83	13	55	28	18	2	51	1.58
64548044--64548086	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
64551619--64552059	126	3.5	126	91	0	697	27	17	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64552541--64552601	30	2.0	30	93	0	104	52	14	8	24	1.69
64553522--64553593	31	2.2	33	85	7	94	20	2	23	52	1.59
64554115--64554195	42	1.9	42	87	5	119	20	37	27	14	1.92
64562621--64562689	24	2.8	24	84	4	75	23	18	18	39	1.93
64562647--64562713	24	2.8	24	90	0	98	19	20	20	38	1.93
64564738--64564799	31	2.0	31	93	0	106	33	11	20	33	1.89
64565162--64565201	17	2.4	17	86	0	53	37	30	15	17	1.90
64570877--64570978	51	2.0	51	88	1	152	48	10	9	31	1.71
64572119--64572174	14	4.0	14	88	4	78	42	5	30	21	1.75
64572120--64572183	28	2.3	28	89	5	94	40	3	31	25	1.71
64575075--64575246	43	4.0	43	78	11	165	30	28	16	24	1.97
64575930--64575981	27	1.9	27	100	0	104	23	23	9	44	1.82
64576293--64576321	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
64576534--64576656	45	2.7	45	89	2	176	40	27	8	23	1.83
64578180--64578218	20	2.0	20	94	0	69	35	17	0	46	1.49
64579518--64579640	41	2.9	41	89	4	183	28	21	1	48	1.59
64582273--64582331	25	2.3	26	85	5	75	40	1	0	57	1.09
64583839--64583987	42	3.5	42	82	6	178	29	16	23	30	1.96
64586841--64586897	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
64609173--64609316	40	3.6	39	82	7	153	32	25	17	25	1.97
64617605--64617641	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
64624916--64624952	5	7.8	5	82	11	51	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64624912--64624947	18	2.1	17	89	5	54	50	0	0	50	1.00
64626325--64626485	46	3.5	46	77	14	186	21	21	28	28	1.99
64627846--64627924	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
64628045--64628523	49	10.0	49	91	3	728	29	30	8	31	1.87
64628043--64628526	96	5.0	96	91	3	762	28	30	8	31	1.87
64636032--64636262	49	4.8	49	93	3	380	30	27	7	34	1.85
64636249--64636276	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
64636200--64636324	62	2.0	63	96	1	234	30	29	8	32	1.86
64636151--64636373	111	2.0	112	97	0	421	30	29	8	32	1.86
64636102--64636398	160	1.9	161	97	0	569	30	28	8	32	1.87
64636263--64636398	49	2.8	49	96	1	256	30	28	8	32	1.87
64640021--64640400	159	2.4	159	92	0	607	26	26	21	25	1.99
64640021--64640400	40	9.5	40	89	1	530	26	26	21	25	1.99
64640021--64640400	80	4.8	80	91	0	600	26	26	21	25	1.99
64641859--64642089	49	4.8	49	93	3	380	30	27	7	34	1.85
64642076--64642103	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
64642027--64642151	62	2.0	63	96	1	234	30	29	8	32	1.86
64641978--64642200	111	2.0	112	97	0	421	30	29	8	32	1.86
64641929--64642225	160	1.9	161	97	0	569	30	28	8	32	1.87
64642090--64642225	49	2.8	49	96	1	256	30	28	8	32	1.87
64648265--64648436	93	1.8	93	92	2	292	20	20	30	28	1.98
64648269--64648443	46	3.8	46	75	15	180	20	20	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64650938--64650967	14	2.1	14	93	0	51	56	20	0	23	1.42
64661728--64661752	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
64662443--64662774	47	7.0	46	77	10	273	25	20	31	23	1.98
64662440--64662772	94	3.5	93	79	13	315	25	20	30	23	1.98
64693638--64693775	70	2.0	70	94	0	240	28	12	14	44	1.81
64699206--64699520	94	3.3	95	83	8	365	26	29	18	25	1.98
64699206--64699520	48	6.6	48	86	6	374	26	29	18	25	1.98
64703609--64703643	14	2.5	14	95	0	61	37	17	0	45	1.48
64707074--64707438	48	7.6	48	86	2	450	26	28	17	26	1.98
64723532--64723715	67	2.8	63	75	11	167	29	17	29	22	1.97
64728685--64728727	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
64740583--64740682	50	2.0	52	86	7	143	23	19	19	39	1.93
64740577--64740798	56	4.0	57	77	14	230	29	17	16	37	1.91
64740588--64740798	111	1.8	111	84	7	280	28	17	17	36	1.92
64743777--64743827	6	8.7	6	78	8	52	45	1	15	37	1.58
64743797--64743843	23	2.0	23	84	8	60	44	2	12	40	1.54
64743780--64743833	17	3.1	18	79	12	60	40	1	16	40	1.59
64744021--64744097	28	2.7	28	87	2	91	58	1	7	32	1.35
64744038--64744081	17	2.6	17	81	0	61	63	0	4	31	1.14
64744218--64744364	40	3.5	39	69	23	118	61	2	13	22	1.42
64744272--64744305	17	2.0	17	94	0	59	52	2	14	29	1.56
64744377--64744435	23	2.6	21	77	15	64	67	1	13	16	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64744411--64744449	16	2.3	17	86	8	53	66	5	12	15	1.41
64744329--64744792	120	3.9	116	74	16	384	58	3	12	25	1.50
64744479--64744512	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
64744710--64744770	32	1.9	32	93	0	104	54	8	16	21	1.68
64744749--64744791	20	2.2	20	83	8	52	62	4	11	20	1.46
64746117--64746339	89	2.5	89	88	2	315	59	12	4	23	1.52
64746814--64747013	56	3.6	56	80	11	214	45	16	14	24	1.84
64746851--64747011	52	3.0	53	83	7	191	43	16	14	25	1.86
64746866--64747061	56	3.6	54	79	10	195	41	18	17	21	1.90
64746858--64747061	108	1.9	108	80	8	236	41	18	17	22	1.90
64751764--64751892	46	2.8	46	90	0	195	20	21	28	29	1.98
64757384--64757425	20	2.2	20	87	12	61	28	21	0	50	1.49
64758056--64758112	15	3.9	15	83	2	71	50	8	0	40	1.33
64764470--64764533	32	2.0	32	93	0	110	23	15	28	32	1.95
64765615--64765655	20	2.0	20	90	0	64	48	21	21	7	1.74
64765888--64765937	25	2.0	25	100	0	100	52	12	4	32	1.57
64769815--64769878	31	2.1	31	100	0	128	34	15	17	32	1.91
64770829--64770982	42	3.6	42	84	3	202	30	17	24	27	1.97
64770827--64770982	85	1.8	84	86	4	224	30	17	24	27	1.98
64774834--64774909	37	2.1	37	97	0	143	18	18	21	42	1.90
64780858--64780902	23	2.0	22	91	4	72	40	42	8	8	1.67
64788337--64788477	9	14.8	9	70	16	61	35	4	2	58	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64788331--64788380	19	2.7	18	84	12	66	40	0	0	60	0.97
64788331--64788378	18	2.6	17	87	9	60	39	0	0	60	0.97
64788343--64788407	28	2.3	28	81	5	69	43	3	1	52	1.26
64788373--64788493	49	2.5	48	78	15	135	35	4	2	57	1.34
64788402--64788477	29	2.6	30	77	4	84	28	5	2	63	1.30
64788407--64788476	20	3.6	20	76	14	58	28	5	2	62	1.32
64788453--64788509	17	3.1	17	80	12	51	35	1	1	61	1.17
64795967--64796140	46	3.8	46	77	10	183	22	20	28	28	1.99
64795962--64796133	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	27	1.99
64799080--64799129	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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