genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17274205--17274243	19	2.1	19	95	0	69	33	17	20	28	1.96
17276929--17276958	16	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
17277032--17277077	22	2.2	22	84	7	60	34	4	6	54	1.46
17281471--17281498	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
17282795--17282832	18	2.1	18	100	0	76	60	5	18	15	1.53
17291780--17291830	17	3.0	17	88	5	68	15	19	29	35	1.93
17292269--17292309	20	2.0	20	90	0	64	41	17	4	36	1.71
17298120--17298234	18	6.3	18	73	4	88	41	16	8	33	1.79
17298130--17298237	36	3.0	36	79	1	101	40	15	8	35	1.78
17298433--17298553	53	2.3	53	84	2	154	44	20	15	19	1.86
17308079--17308135	28	2.0	28	96	0	105	42	8	10	38	1.71
17312833--17312874	21	2.0	21	100	0	84	33	4	28	33	1.78
17321908--17321962	27	2.0	27	96	0	101	18	16	21	43	1.88
17328584--17328834	126	2.0	126	95	0	448	32	20	26	20	1.97
17329809--17329841	17	1.9	17	100	0	66	48	0	12	39	1.40
17341756--17341798	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
17347669--17347706	19	2.0	20	84	5	51	65	5	21	7	1.38
17351403--17351431	13	2.1	14	93	6	51	17	27	55	0	1.42
17352030--17352084	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
17352051--17352123	27	2.9	25	79	16	80	34	1	1	63	1.12
17352096--17352137	17	2.4	18	80	15	52	33	2	0	64	1.07
17353764--17353793	5	5.8	5	96	4	51	16	0	20	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17360562--17360600	17	2.3	17	100	0	78	20	5	12	61	1.50
17362391--17362417	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
17379812--17379935	24	5.0	24	84	7	158	39	14	19	26	1.90
17379811--17379946	52	2.7	52	86	4	181	38	14	20	26	1.91
17379970--17380168	51	3.9	51	89	1	310	30	15	26	28	1.96
17380635--17380668	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
17382683--17382794	27	4.1	27	82	10	131	36	21	24	17	1.95
17382683--17382794	54	2.1	54	86	3	154	36	21	24	17	1.95
17390561--17390671	27	4.1	26	80	7	105	36	20	24	18	1.94
17390561--17390671	54	2.1	54	82	3	134	36	20	24	18	1.94
17393057--17393234	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
17393083--17393233	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
17420757--17420802	19	2.4	19	77	0	56	17	4	6	71	1.24
17421629--17421686	29	2.0	29	82	0	71	29	5	5	60	1.40
17421726--17421764	18	2.3	17	86	8	53	30	0	0	69	0.89
17429377--17429424	23	2.2	21	81	7	51	29	14	0	56	1.39
17431886--17432018	40	3.3	40	84	2	160	30	22	18	29	1.97
17432938--17432976	19	2.1	19	90	0	60	33	20	15	30	1.94
17437385--17437438	28	2.0	27	85	10	74	20	16	5	57	1.59
17443320--17443358	20	1.9	20	84	5	51	35	17	2	43	1.63
17444658--17444690	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
17445758--17445822	28	2.3	28	89	0	94	33	26	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17445928--17446017	27	3.2	28	78	7	103	20	24	23	32	1.98
17445938--17446028	27	3.2	28	79	4	85	21	26	19	31	1.98
17445928--17446042	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
17446481--17446519	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
17448593--17448745	52	2.9	52	83	4	200	30	27	17	24	1.97
17453004--17453034	16	1.9	16	100	0	62	35	25	0	38	1.56
17453231--17453485	55	4.8	54	80	7	256	21	24	17	36	1.94
17453278--17453478	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	34	1.96
17458933--17459050	52	2.2	52	83	4	157	30	28	16	24	1.96
17460681--17460793	41	2.7	43	80	14	121	28	28	19	23	1.98
17467284--17467521	49	4.8	49	79	9	284	26	17	25	30	1.97
17470251--17470289	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
17473038--17473283	49	4.9	50	83	2	307	25	18	26	28	1.98
17473143--17473226	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
17476305--17476378	30	2.4	31	90	4	123	29	25	18	25	1.98
17476402--17476493	42	2.2	42	94	0	157	40	21	10	27	1.87
17476638--17476786	26	5.8	26	89	0	221	26	21	23	28	1.99
17476836--17476891	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
17476836--17476911	40	1.9	38	84	10	100	34	18	9	38	1.83
17476836--17476892	20	2.8	20	97	0	105	33	19	10	36	1.86
17477593--17477670	27	2.9	28	79	9	81	23	23	19	34	1.96
17477811--17478018	80	2.6	81	83	2	231	28	8	22	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17477701--17478023	27	12.0	27	77	7	217	30	8	20	39	1.83
17478011--17478300	27	10.7	27	89	0	400	40	10	21	27	1.86
17482976--17483064	44	2.0	44	93	0	151	33	16	11	38	1.85
17488899--17488951	16	3.2	16	86	2	70	43	15	3	37	1.64
17503212--17503261	17	2.9	17	76	5	55	28	0	0	72	0.86
17510875--17510899	8	3.1	8	100	0	50	52	12	0	36	1.39
17511482--17511534	16	3.2	16	89	5	88	26	0	35	37	1.57
17511515--17511605	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17511767--17511801	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17511782--17511969	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
17511750--17512042	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
17511866--17511917	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
17511983--17512265	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
17512083--17512143	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
17512090--17512233	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
17512058--17512265	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
17512083--17512225	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
17512108--17512246	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
17514172--17514596	104	4.1	104	91	1	647	40	16	11	31	1.83
17515861--17515897	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
17515909--17515964	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
17516708--17516741	8	4.2	8	84	0	50	20	0	5	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17522907--17522939	13	2.5	13	95	0	57	27	48	24	0	1.51
17529030--17529081	27	1.9	27	84	0	68	42	7	11	38	1.70
17529330--17529574	49	4.9	49	82	2	283	24	19	27	28	1.98
17535682--17535745	32	2.0	32	100	0	128	28	15	21	34	1.94
17544266--17544309	16	2.6	17	85	7	54	22	6	0	70	1.11
17544495--17544586	48	1.9	48	95	0	166	31	7	23	36	1.83
17544490--17544594	48	2.2	48	87	1	165	32	8	24	34	1.86
17545332--17545386	18	3.2	18	77	10	53	76	5	3	14	1.10
17548694--17548735	21	2.0	21	85	0	57	45	14	19	21	1.85
17555277--17555317	17	2.4	17	91	0	64	43	12	4	39	1.63
17557659--17557713	21	2.6	21	77	5	58	16	29	30	23	1.96
17561020--17561060	21	2.0	21	95	0	73	12	19	36	31	1.89
17561019--17561073	21	2.6	21	85	0	65	12	21	36	29	1.91
17562953--17563023	36	2.0	36	91	0	115	35	11	25	28	1.90
17585000--17585047	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
17585083--17585149	20	3.3	20	91	4	109	37	10	17	34	1.85
17585094--17585149	11	5.5	11	71	16	57	37	10	17	33	1.85
17585199--17585270	25	2.8	26	78	4	74	25	19	23	31	1.98
17593260--17593326	20	3.3	20	91	4	109	34	10	20	34	1.87
17593271--17593326	11	5.5	11	71	16	57	33	10	21	33	1.88
17593376--17593499	26	4.8	26	92	2	189	27	20	22	29	1.99
17600675--17600776	27	3.8	27	74	10	82	37	20	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17600701--17600776	27	2.8	29	78	15	90	35	19	21	23	1.96
17616838--17616891	20	2.7	20	91	0	90	20	24	31	24	1.98
17619027--17619057	6	5.2	6	100	0	62	16	0	0	83	0.64
17622704--17622758	22	2.4	21	82	14	65	65	0	5	29	1.15
17623782--17624038	95	2.7	95	84	0	336	24	17	23	34	1.96
17625261--17625302	20	2.2	19	83	12	50	23	0	26	50	1.50
17625421--17625455	17	2.0	18	88	5	54	28	0	5	65	1.15
17626472--17626507	17	2.1	17	94	0	63	41	2	19	36	1.66
17634013--17634085	14	4.9	16	66	23	52	46	0	35	17	1.49
17633999--17634091	29	3.2	29	75	13	109	49	0	34	16	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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