genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13472467--13472502	5	7.0	5	87	6	54	58	0	0	41	0.98
13475882--13475907	10	2.6	10	100	0	52	23	11	30	34	1.90
13479327--13479356	16	1.9	16	93	6	53	33	23	6	36	1.81
13486781--13486995	63	3.3	62	68	23	161	39	12	15	32	1.85
13486538--13487122	134	4.4	134	84	3	710	39	13	16	31	1.86
13486890--13487334	233	1.9	233	83	0	584	40	14	14	30	1.86
13487017--13487228	99	2.1	99	84	0	262	41	14	13	30	1.85
13487126--13487368	134	1.8	134	88	0	378	39	15	13	31	1.86
13488090--13488120	16	1.9	16	100	0	62	54	6	6	32	1.51
13493036--13493090	21	2.5	21	80	11	58	60	1	5	32	1.30
13500577--13500630	25	2.3	25	75	18	62	53	7	3	35	1.47
13505247--13505290	18	2.4	18	85	7	54	25	9	0	65	1.21
13512891--13512931	13	3.1	14	79	10	50	17	17	17	48	1.81
13519901--13519993	3	31.3	3	71	10	57	55	3	6	34	1.41
13526066--13526094	14	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
13526062--13526094	14	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
13526060--13526097	15	2.6	14	84	16	51	55	0	0	44	0.99
13541394--13541470	32	2.4	32	85	10	104	25	3	2	67	1.21
13541411--13541462	19	2.9	17	72	13	50	19	1	0	78	0.84
13541734--13541758	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
13544463--13544519	18	3.2	17	75	9	60	33	0	1	64	1.04
13544444--13544520	18	4.3	17	72	18	59	32	0	3	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13545555--13545802	124	2.0	124	96	0	460	31	18	23	27	1.98
13562461--13562728	104	2.6	105	92	1	441	19	20	30	29	1.97
13579832--13579874	23	1.9	22	90	4	68	39	2	0	58	1.11
13590086--13590125	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
13595157--13595197	2	20.5	2	94	0	73	53	46	0	0	1.00
13595700--13595761	21	3.0	21	69	9	54	48	14	20	16	1.81
13597678--13598006	162	2.0	162	88	1	500	41	14	4	39	1.68
13601007--13601056	23	2.2	23	85	7	66	30	0	6	64	1.18
13601479--13601531	25	2.1	25	85	0	70	39	15	24	20	1.91
13602405--13602633	27	8.5	27	80	2	192	39	21	9	29	1.85
13602405--13602616	54	3.9	54	87	2	284	39	22	9	29	1.85
13602419--13602616	80	2.5	79	83	3	243	39	21	9	29	1.85
13602405--13602616	107	2.0	108	86	0	300	39	22	9	29	1.85
13602655--13602970	27	11.7	27	89	2	438	34	16	20	27	1.95
13603189--13603258	25	2.8	25	91	0	113	25	27	22	24	2.00
13604360--13604389	14	2.1	14	100	0	60	20	6	20	53	1.67
13615100--13615152	26	2.0	26	85	7	72	37	22	13	26	1.91
13621380--13621422	15	3.0	15	83	10	54	13	11	13	60	1.59
13624054--13624105	18	2.8	19	72	13	54	48	0	23	28	1.51
13629431--13629474	22	2.0	23	86	4	63	29	4	4	61	1.36
13629471--13629514	18	2.4	18	84	3	52	29	0	4	65	1.12
13629462--13629534	20	3.7	20	75	14	53	27	0	6	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13631020--13631102	39	2.1	39	97	0	157	38	8	21	31	1.83
13633298--13633340	21	2.1	21	87	8	63	48	6	18	25	1.73
13634658--13634700	18	2.3	19	84	4	52	60	25	2	11	1.43
13641064--13641102	18	2.1	18	90	4	60	51	25	12	10	1.71
13641610--13641735	59	2.1	59	92	0	207	38	13	19	27	1.90
13642284--13642323	21	1.9	21	85	10	55	52	7	5	35	1.51
13644885--13644945	6	9.8	6	94	1	68	59	0	24	16	1.37
13644884--13644947	12	5.2	12	86	5	83	60	0	23	15	1.34
13644885--13644947	18	3.4	18	84	4	81	60	0	23	15	1.35
13657343--13657416	25	3.0	25	89	0	112	39	17	5	37	1.73
13657355--13657416	12	4.9	13	71	15	58	40	16	6	37	1.74
13657422--13657476	28	2.0	27	82	3	65	54	9	9	27	1.62
13667004--13667039	8	4.5	8	92	0	63	44	22	22	11	1.84
13667552--13667589	20	1.9	20	100	0	76	34	13	21	31	1.91
13667640--13667712	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
13667639--13667719	24	3.4	24	93	5	137	29	19	22	28	1.98
13667927--13667990	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
13670296--13670380	42	2.0	42	97	0	161	22	17	48	11	1.80
13678042--13678093	6	8.2	6	81	10	59	78	3	0	17	0.89
13682505--13682558	23	2.4	23	96	3	101	40	24	3	31	1.72
13683541--13683566	9	2.9	9	100	0	52	46	0	19	34	1.50
13687162--13687192	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13687272--13687302	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
13690523--13690579	16	3.6	16	79	9	62	19	29	3	47	1.66
13692537--13692661	46	2.7	45	81	6	142	21	27	20	31	1.98
13698658--13698692	17	2.1	17	100	0	70	34	22	11	31	1.90
13700360--13700456	46	2.1	46	98	0	185	36	21	13	28	1.91
13703861--13704000	60	2.3	61	88	1	210	37	14	2	46	1.56
13703875--13703969	30	3.2	30	69	11	86	38	12	3	45	1.58
13704825--13704862	15	2.4	17	82	13	53	26	0	0	73	0.83
13710616--13710641	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
13720610--13720924	157	2.0	157	98	0	612	37	21	11	30	1.88
13722026--13722138	46	2.5	46	91	2	176	33	23	6	37	1.80
13722302--13722465	43	3.8	42	76	9	152	32	26	17	23	1.96
13731661--13731753	18	5.2	18	85	0	132	29	23	15	32	1.95
13736662--13736693	8	4.2	8	84	15	50	40	0	0	59	0.97
13738750--13738798	24	2.1	22	81	7	53	34	2	4	59	1.28
13739330--13739373	19	2.3	19	88	0	61	43	47	0	9	1.35
13740027--13740074	24	2.0	24	100	0	96	25	20	8	45	1.79
13742700--13742724	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13745541--13745594	27	2.0	27	92	7	92	37	18	5	38	1.74
13748337--13748370	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
13754837--13755027	64	3.0	63	92	0	301	30	15	15	38	1.89
13755085--13756245	180	6.5	180	86	3	1524	30	18	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13765145--13765177	14	2.3	15	94	5	59	36	0	6	57	1.23
13769949--13770054	42	2.5	42	86	8	153	28	23	11	36	1.89
13774175--13774218	22	2.0	22	90	0	70	29	2	0	68	1.02
13777373--13777424	20	2.6	20	90	0	68	21	26	34	17	1.95
13778080--13778131	25	1.9	28	81	14	65	21	5	0	73	1.04
13779793--13779885	6	15.5	6	82	6	91	16	5	3	75	1.12
13779793--13779923	12	10.9	11	71	12	66	17	6	3	72	1.20
13796670--13796726	28	2.0	28	89	0	87	49	7	15	28	1.71
13801767--13801807	20	2.0	20	100	0	82	51	4	14	29	1.63
13805291--13805357	33	2.0	33	100	0	134	20	17	8	52	1.72
13808171--13808246	37	2.1	37	100	0	152	50	17	13	19	1.78
13811880--13811976	46	2.1	46	90	0	158	42	17	12	27	1.85
13812221--13812259	19	2.1	19	85	9	53	38	7	0	53	1.30
13816846--13816885	20	2.0	20	85	0	53	42	20	7	30	1.79
13831477--13831580	51	2.0	51	96	0	190	34	14	24	26	1.94
13837256--13837300	15	3.2	15	75	18	60	60	4	0	35	1.17
13837247--13837308	27	2.3	27	91	2	99	64	3	1	30	1.19
13842195--13842234	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
13844780--13844871	46	2.0	46	91	4	150	33	14	16	35	1.88
13846609--13846662	3	18.3	3	78	17	60	62	0	3	33	1.12
13846871--13846905	15	2.3	16	85	14	56	62	0	5	31	1.18
13847245--13847307	17	3.5	17	72	10	54	57	6	6	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13847619--13847654	15	2.4	14	86	13	54	55	2	2	38	1.29
13848331--13848382	21	2.6	20	76	17	54	76	0	7	15	0.99
13848330--13848379	18	2.9	17	85	8	57	76	0	10	14	1.03
13850151--13850196	21	2.2	21	88	0	65	36	21	15	26	1.93
13851138--13851219	19	4.5	19	71	11	64	7	18	4	69	1.30
13851360--13851400	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
13851359--13851420	29	2.1	31	82	11	76	58	1	0	40	1.08
13851839--13851868	15	1.9	16	93	6	53	36	0	6	56	1.26
13851896--13851962	22	3.0	21	80	12	71	37	0	11	50	1.39
13863074--13863152	37	2.1	37	86	4	115	36	24	8	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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