genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74961313--74961488	54	3.3	53	82	5	219	40	20	10	28	1.85
74961498--74961669	27	6.4	27	84	0	218	31	19	6	42	1.77
74961459--74961645	81	2.3	81	83	3	234	32	19	8	40	1.81
74961498--74961668	81	2.1	81	91	0	270	31	19	7	42	1.78
74961621--74961787	27	6.2	26	77	5	97	40	21	5	31	1.77
74961630--74961760	54	2.4	54	82	2	147	41	19	5	32	1.74
74961689--74961789	27	3.7	27	85	2	114	43	23	5	26	1.77
74961772--74962101	27	12.3	27	83	3	353	35	17	20	26	1.95
74961772--74962101	54	6.1	54	84	4	389	35	17	20	26	1.95
74961780--74962073	134	2.2	135	88	3	441	35	17	20	27	1.94
74962528--74962592	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
74962751--74962824	27	2.8	27	85	2	96	17	21	21	39	1.93
74962972--74963029	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
74962961--74963105	6	23.3	6	68	21	77	20	17	14	48	1.81
74962961--74963063	31	3.3	31	95	1	179	20	16	14	48	1.81
74962990--74963090	25	3.8	25	80	7	103	18	18	14	47	1.83
74965132--74965197	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
74967329--74967404	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
74967525--74967883	47	7.6	47	91	1	547	29	30	7	32	1.86
74967525--74967883	190	1.9	190	92	0	610	29	30	7	32	1.86
74971313--74971428	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
74971329--74971590	40	6.6	40	80	8	225	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74971339--74971590	80	3.2	78	80	9	251	24	28	20	26	1.99
74971878--74971956	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
74971938--74972169	43	5.4	43	99	0	446	27	34	14	23	1.94
74974022--74974097	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
74974218--74974623	47	8.6	47	92	1	605	29	30	7	31	1.86
74974218--74974623	190	2.1	190	92	0	672	29	30	7	31	1.86
74977809--74977888	33	2.5	32	79	16	85	46	13	21	18	1.84
74977865--74977968	33	3.2	32	80	15	124	37	13	22	26	1.91
74977970--74978174	31	6.5	31	85	2	250	27	14	29	28	1.95
74978238--74978302	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
74978357--74978430	34	2.2	34	90	0	112	27	12	27	33	1.92
74996728--74996754	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
75001583--75001730	40	3.7	40	93	0	251	21	27	20	31	1.98
75021751--75021800	25	2.0	25	84	0	64	32	24	22	22	1.98
75021838--75021894	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75021836--75021906	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
75021847--75021901	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
75021951--75022127	24	7.4	24	90	3	268	28	21	21	28	1.99
75021951--75022120	47	3.6	47	91	1	286	28	21	20	28	1.98
75021951--75022127	71	2.5	71	88	4	266	28	21	21	28	1.99
75022334--75022397	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
75029216--75029437	40	5.6	39	84	7	261	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75029214--75029437	79	2.8	80	82	8	278	25	28	21	24	1.99
75030566--75030741	56	3.1	56	95	0	325	23	22	8	45	1.80
75031619--75031685	32	2.1	33	97	2	127	41	26	8	22	1.83
75036573--75036790	40	5.5	40	84	5	255	25	27	21	26	1.99
75036540--75036790	119	2.1	119	81	7	287	25	26	20	27	1.99
75037924--75038043	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
75040495--75040551	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75040493--75040563	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
75040504--75040558	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
75040610--75040729	23	5.1	23	90	4	195	29	20	20	29	1.98
75040609--75040736	24	5.4	23	89	3	184	29	20	21	28	1.98
75040607--75040729	47	2.6	47	96	0	219	29	21	20	29	1.98
75040943--75041006	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
75042565--75042701	60	2.3	60	85	8	172	28	20	25	25	1.99
75042565--75042734	60	2.8	61	80	11	156	28	20	25	26	1.99
75044067--75044102	11	3.3	11	100	0	72	33	19	11	36	1.87
75045945--75045982	16	2.4	16	95	0	67	52	21	18	7	1.70
75046203--75046314	29	3.9	29	91	4	181	29	16	26	26	1.97
75046626--75046678	27	2.0	27	85	3	72	49	22	13	15	1.79
75054358--75054389	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
75054355--75054543	50	3.7	50	82	2	189	25	17	25	30	1.98
75054355--75054637	51	5.5	51	79	3	178	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75060069--75060195	50	2.5	51	87	3	177	36	14	22	26	1.93
75060171--75060319	31	4.8	31	89	0	208	27	18	26	27	1.98
75060341--75060559	47	4.7	49	82	10	205	28	14	26	30	1.95
75060480--75060593	42	2.7	42	86	2	149	32	14	23	28	1.95
75080469--75080518	21	2.3	21	89	6	73	14	26	26	34	1.94
75080484--75080529	21	2.2	21	88	0	65	15	28	26	30	1.96
75081884--75081923	22	1.9	21	90	10	64	17	25	35	22	1.95
75087494--75087531	16	2.3	17	86	4	51	71	7	7	13	1.31
75087955--75087986	13	2.5	13	95	5	57	59	0	15	25	1.36
75088717--75088751	17	2.1	17	88	0	52	40	2	17	40	1.64
75088926--75088967	18	2.3	19	80	19	54	11	16	11	59	1.61
75090004--75090073	23	3.2	23	80	8	92	47	0	1	51	1.09
75090051--75090140	35	2.7	33	81	6	110	41	0	3	55	1.16
75090106--75090157	23	2.4	22	80	6	61	48	0	1	50	1.12
75090250--75090339	20	4.5	21	78	14	93	54	0	0	45	0.99
75090304--75090594	33	8.9	32	69	18	145	55	3	1	39	1.25
75090285--75090411	19	6.8	20	68	23	66	60	0	0	37	1.08
75090373--75090442	22	3.1	22	80	8	79	57	2	0	40	1.14
75090514--75090549	13	2.8	14	88	12	51	58	0	0	41	0.98
75090560--75090617	22	2.4	24	80	13	66	55	3	1	39	1.27
75090643--75090693	5	10.2	5	87	8	61	74	0	3	21	0.98
75090321--75090720	195	2.1	195	81	5	452	57	3	2	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75090686--75090768	44	1.9	43	82	2	103	71	2	9	16	1.24
75092993--75093303	152	2.0	154	88	5	470	32	14	15	37	1.87
75096450--75096531	43	1.9	44	83	11	109	60	3	2	32	1.27
75103207--75103314	34	3.2	34	76	13	98	26	23	21	28	1.99
75125290--75125451	43	3.8	42	76	10	148	35	23	17	24	1.95
75125291--75125451	86	1.9	85	83	6	209	35	23	16	24	1.95
75132644--75132902	46	5.6	46	72	13	237	30	29	18	22	1.97
75132653--75132915	93	2.8	93	93	1	440	29	29	18	22	1.97
75138266--75138529	93	2.9	92	94	0	456	28	29	20	21	1.98
75138260--75138525	46	5.8	46	75	11	265	29	28	19	21	1.98
75139623--75140009	212	1.8	210	86	3	553	36	19	10	33	1.86
75141587--75141684	28	3.5	28	76	9	92	28	17	28	25	1.97
75159444--75159503	28	2.1	29	87	3	86	26	13	31	28	1.94
75171010--75171196	47	3.9	47	91	1	284	32	8	31	28	1.87
75172579--75172959	40	9.6	40	91	2	554	24	21	28	26	1.99
75176635--75176823	49	3.9	49	88	4	278	32	8	30	28	1.87
75178996--75179106	57	2.0	57	85	5	154	27	28	14	28	1.95
75178993--75179104	28	4.0	28	80	4	118	28	28	14	28	1.95
75179168--75179201	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
75186436--75186474	20	1.9	21	89	5	62	28	17	28	25	1.98
75187082--75187149	20	3.4	20	73	15	77	35	17	5	41	1.74
75187073--75187152	40	2.0	40	100	0	160	37	17	5	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75192068--75192092	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
75197385--75197418	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
75201622--75201665	18	2.4	18	85	7	54	36	0	40	22	1.54
75201795--75201945	77	2.0	76	92	3	250	26	8	9	55	1.60
75202128--75202245	7	16.6	7	71	10	62	38	37	0	23	1.55
75202128--75202258	35	3.7	35	77	7	104	39	36	0	23	1.55
75202194--75202243	15	3.4	15	72	10	50	42	38	0	20	1.52
75202154--75202245	36	2.6	36	80	3	105	40	38	0	21	1.54
75202157--75202281	43	2.9	44	79	3	121	44	33	0	22	1.53
75202128--75202281	14	10.9	14	68	15	50	41	35	0	23	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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