genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72551029--72551207	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.86
72552467--72552696	40	5.8	40	92	0	352	24	27	23	24	2.00
72552754--72552828	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
72555282--72555403	22	5.3	22	64	21	70	24	29	12	33	1.92
72555254--72555532	47	5.9	47	91	0	400	25	30	10	33	1.89
72555275--72555532	141	1.8	141	93	1	446	25	30	11	32	1.91
72557947--72558637	47	14.4	47	91	3	986	32	8	28	29	1.88
72557947--72558578	145	4.4	145	91	4	1019	32	8	28	29	1.87
72558756--72558834	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
72560179--72560255	23	3.3	23	63	22	61	29	32	9	28	1.88
72560183--72560492	47	6.6	47	92	2	471	27	30	10	32	1.89
72560448--72560544	30	3.2	31	68	21	96	30	30	8	29	1.86
72560478--72560504	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
72560431--72560600	60	3.0	60	83	15	254	32	28	7	31	1.84
72560493--72560610	49	2.5	47	91	5	200	31	28	6	33	1.83
72560389--72560600	109	2.0	107	94	1	370	31	28	7	32	1.85
72561874--72562052	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
72565610--72565653	20	2.3	19	92	4	70	50	0	27	22	1.50
72566995--72567131	47	2.9	47	96	1	247	45	4	24	24	1.71
72571163--72571210	24	2.0	24	91	0	78	37	16	8	37	1.79
72573906--72574058	40	3.9	40	89	1	229	24	28	20	26	1.99
72581916--72582069	40	3.9	40	90	0	238	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72585772--72585949	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72585793--72585948	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72600531--72600584	21	2.5	22	82	5	67	18	9	1	70	1.23
72600614--72600688	3	25.0	3	77	10	73	28	2	5	64	1.29
72600618--72600691	18	4.1	18	81	11	89	25	2	6	64	1.31
72611108--72611168	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
72612086--72612833	44	16.5	45	69	13	232	30	18	22	28	1.97
72612048--72612395	184	1.9	183	88	1	527	31	16	22	29	1.96
72612079--72612529	45	9.9	44	68	16	165	31	16	22	29	1.96
72612048--72612538	184	2.7	181	80	8	471	31	16	22	29	1.96
72612319--72612942	95	6.8	93	71	14	235	30	17	22	28	1.97
72612503--72612713	94	2.3	89	81	7	228	31	19	22	26	1.98
72612449--72612973	44	11.6	44	69	14	187	30	18	21	28	1.97
72612267--72612973	227	3.1	225	73	13	667	30	18	22	28	1.97
72617975--72618050	21	3.6	21	76	16	68	27	15	34	22	1.95
72623960--72624171	40	5.3	40	87	6	243	23	20	27	28	1.99
72627539--72627629	23	4.0	23	85	8	73	26	20	18	34	1.96
72627552--72627632	23	3.6	22	91	6	119	23	20	19	35	1.96
72627798--72627842	20	2.2	20	92	0	72	37	4	22	35	1.74
72633246--72633270	11	2.3	11	100	0	50	44	0	28	28	1.55
72636659--72636874	40	5.5	40	85	6	273	23	28	24	24	2.00
72644825--72644972	40	3.7	40	87	5	219	23	29	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72644793--72644968	79	2.2	79	85	6	225	22	28	25	23	1.99
72649642--72649677	18	1.9	19	94	5	65	75	0	25	0	0.81
72651924--72652040	58	2.0	58	100	0	234	42	13	15	28	1.85
72657140--72657225	45	1.9	45	82	0	109	46	3	6	43	1.47
72657693--72657726	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
72657729--72657767	18	2.2	18	86	9	53	66	15	0	17	1.25
72657948--72657987	11	3.6	11	82	0	53	60	7	12	20	1.56
72658738--72658762	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
72661099--72661178	26	3.0	26	76	3	79	57	6	5	31	1.45
72662950--72663017	31	2.2	31	89	0	100	33	5	19	41	1.75
72663181--72663211	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
72671774--72671892	41	2.9	41	86	6	145	29	22	19	28	1.98
72675098--72675122	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
72678610--72678684	37	2.0	37	94	0	132	30	25	13	30	1.94
72689678--72689853	46	3.8	46	71	12	144	21	21	28	28	1.98
72689675--72689846	93	1.8	93	89	0	272	22	21	28	27	1.99
72719381--72719563	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
72719382--72719565	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
72719434--72719598	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
72725289--72725471	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
72725290--72725473	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
72725342--72725506	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72727559--72727611	26	2.0	26	100	0	106	30	20	26	22	1.98
72738108--72738171	29	2.3	27	76	10	65	28	6	4	60	1.41
72738762--72738822	31	2.0	29	87	6	86	49	9	21	19	1.77
72740900--72740937	19	2.0	19	85	10	51	50	26	21	2	1.62
72742374--72742440	33	2.1	32	83	13	84	31	2	1	64	1.18
72742592--72742636	22	2.2	20	88	8	63	28	8	4	57	1.48
72758576--72758673	48	2.0	48	80	7	110	24	28	20	26	1.99
72758539--72758706	90	1.9	90	81	9	209	26	27	18	26	1.98
72758625--72758757	42	3.2	42	81	2	142	30	29	15	25	1.95
72766056--72766138	42	2.0	42	88	4	123	27	30	15	26	1.96
72766172--72766311	48	2.9	48	84	7	167	27	30	15	27	1.95
72770120--72770167	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
72770116--72770167	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
72770115--72770171	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
72770278--72770331	23	2.6	19	75	13	54	57	5	5	31	1.45
72770400--72770533	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
72771024--72771091	30	2.3	30	94	0	118	25	4	48	22	1.69
72771763--72772015	73	3.5	72	91	3	391	30	18	18	32	1.95
72771948--72772195	88	2.8	87	83	6	275	34	18	17	29	1.94
72772168--72772397	127	1.8	125	85	5	329	33	22	16	27	1.95
72772293--72772735	76	5.7	76	74	13	384	33	20	16	29	1.94
72772480--72772507	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72772399--72772583	91	2.1	88	83	7	239	37	18	17	25	1.93
72772495--72772734	75	3.2	74	84	4	311	35	20	16	28	1.94
72772293--72772876	240	2.4	240	95	0	1044	33	21	16	28	1.95
72772877--72772908	14	2.3	14	94	0	55	65	9	12	12	1.47
72772564--72773038	160	2.9	159	85	5	587	34	21	16	28	1.95
72772803--72772963	87	1.9	85	85	7	227	35	21	16	26	1.94
72781305--72781352	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
72781301--72781352	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
72781300--72781356	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
72781462--72781519	22	2.8	20	73	12	64	56	5	5	32	1.43
72781498--72781562	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
72781582--72781638	13	4.8	12	77	12	55	57	0	3	38	1.16
72781574--72781634	15	4.1	15	74	20	56	59	0	3	37	1.14
72782183--72782296	30	3.9	30	90	4	187	20	3	50	26	1.64
72782183--72782296	58	1.9	60	91	3	187	20	3	50	26	1.64
72784423--72784508	24	3.6	23	73	17	77	17	56	11	13	1.66
72784435--72784487	21	2.8	18	81	15	70	15	60	15	9	1.58
72786702--72786733	1	32.0	1	93	0	55	96	0	0	3	0.20
72787265--72787310	19	2.4	19	89	7	67	30	0	0	69	0.89
72787242--72787310	10	7.2	10	69	8	54	30	1	1	66	1.09
72788842--72789093	51	5.0	51	75	9	214	60	4	5	30	1.38
72788843--72789285	25	17.4	25	70	12	212	59	4	4	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72789012--72789045	16	2.1	16	88	0	50	58	0	2	38	1.13
72788843--72789094	26	10.0	23	71	13	112	60	4	4	30	1.37
72789164--72789208	23	1.9	24	86	4	65	55	8	4	31	1.51
72789233--72789303	25	2.8	25	71	16	65	64	1	2	30	1.16
72803279--72803321	10	4.1	10	77	11	50	55	2	2	39	1.25
72808928--72809073	38	3.9	38	80	4	143	17	23	25	32	1.97
72812779--72812937	43	3.7	42	79	12	182	33	25	17	23	1.96
72820402--72820524	43	2.9	43	82	12	130	34	26	16	23	1.95
72824102--72824168	35	1.9	35	84	0	89	38	0	1	59	1.06
72833499--72833551	24	2.3	25	81	15	69	43	3	0	52	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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