genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44045917--44045986	25	2.8	25	86	0	95	28	24	21	25	1.99
44048189--44048245	27	2.2	25	78	9	62	54	12	22	10	1.68
44050162--44050240	28	2.8	28	74	0	77	35	20	20	24	1.96
44057375--44057639	40	6.7	40	90	1	356	26	27	22	23	1.99
44065587--44065851	40	6.7	40	89	1	347	26	27	22	24	2.00
44067935--44068142	53	3.9	54	79	8	217	22	24	17	35	1.95
44067946--44068134	55	3.5	54	79	9	199	21	24	18	35	1.96
44068958--44069015	30	1.9	31	92	3	100	31	25	8	34	1.86
44074163--44074269	42	2.5	42	78	13	128	28	21	16	33	1.95
44074148--44074269	43	2.9	41	77	7	127	27	22	16	32	1.96
44076831--44076881	25	2.0	25	100	0	102	23	11	23	41	1.87
44090015--44090154	51	2.7	51	83	4	158	27	27	18	26	1.98
44090164--44090294	52	2.6	51	83	2	165	33	28	12	25	1.93
44091277--44091446	39	4.3	39	95	0	295	24	28	21	25	1.99
44105904--44106525	50	12.5	45	69	14	192	30	25	17	26	1.97
44105947--44106525	101	5.8	100	78	6	474	30	25	18	25	1.98
44105896--44106427	151	3.6	150	85	5	582	31	25	17	25	1.97
44105948--44106525	252	2.3	251	90	1	915	30	25	17	25	1.97
44106204--44106525	151	2.1	151	91	1	520	31	25	17	25	1.97
44107150--44107206	30	1.9	30	88	0	87	28	28	5	38	1.78
44109079--44109251	46	3.7	46	72	10	163	23	19	26	30	1.98
44109076--44109246	93	1.8	93	89	0	270	23	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44117164--44117483	48	6.7	48	86	2	430	27	31	17	24	1.97
44117197--44117484	96	3.0	96	92	1	488	27	30	17	24	1.97
44122959--44123000	21	2.0	22	85	4	59	38	9	19	33	1.84
44134887--44135493	300	2.0	300	96	0	1106	40	7	15	36	1.75
44140310--44140340	13	2.4	13	94	0	53	25	19	12	41	1.87
44143911--44143965	25	2.2	25	83	0	65	60	10	1	27	1.41
44143920--44143969	25	2.0	25	92	3	84	56	8	2	34	1.40
44152689--44152953	40	6.7	40	85	7	310	25	21	26	26	1.99
44152689--44152953	80	3.3	80	88	5	369	25	21	26	26	1.99
44152689--44152986	119	2.5	118	81	6	325	26	21	26	25	1.99
44152689--44152986	159	1.9	159	80	8	356	26	21	26	25	1.99
44158766--44158917	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
44158766--44158917	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
44163862--44164125	40	6.7	40	84	8	301	25	21	26	26	1.99
44163862--44164125	79	3.3	79	88	5	356	25	21	26	26	1.99
44163863--44164158	40	7.5	39	81	10	205	26	20	26	25	1.99
44168852--44168953	31	3.3	31	79	5	118	43	22	11	22	1.86
44169065--44169108	14	3.2	13	81	12	52	25	2	13	59	1.46
44172331--44172411	17	4.8	17	76	11	85	46	43	0	9	1.37
44172331--44172411	34	2.4	34	97	0	153	46	43	0	9	1.37
44174496--44174540	15	3.1	15	78	15	58	28	0	2	68	1.01
44180656--44180785	56	2.3	56	91	0	224	27	14	23	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44184817--44184864	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
44184903--44184959	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
44184901--44184963	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
44186690--44186843	28	5.5	28	96	0	265	25	12	28	33	1.92
44194852--44195004	28	5.5	28	94	2	256	26	12	28	33	1.92
44196556--44196690	24	5.6	24	87	11	188	28	20	20	30	1.97
44196883--44196946	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
44199434--44199516	27	3.1	26	89	5	112	36	21	24	18	1.95
44203627--44203691	27	2.5	25	76	14	69	20	20	20	40	1.92
44204695--44204759	31	2.1	32	97	2	123	43	26	10	20	1.84
44208604--44208632	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
44211722--44211767	23	2.0	23	100	0	92	43	4	8	43	1.55
44213309--44213457	60	2.5	62	82	7	164	27	22	19	30	1.98
44213462--44213505	19	2.2	20	84	4	54	36	25	15	22	1.94
44216794--44216860	33	2.0	33	100	0	134	35	14	14	34	1.88
44217109--44217297	40	4.7	40	89	5	292	24	25	23	25	2.00
44222863--44222941	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
44223060--44223619	47	11.7	47	92	2	870	29	29	7	33	1.86
44223110--44223188	25	3.3	25	67	16	76	31	29	6	32	1.82
44223060--44223619	96	5.9	94	91	3	870	29	29	7	33	1.86
44223060--44223619	143	3.9	143	95	0	971	29	29	7	33	1.86
44227394--44227705	40	7.8	40	92	0	489	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44228920--44228998	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
44229117--44229676	47	11.7	47	92	1	859	29	29	7	33	1.85
44229169--44229245	25	3.2	25	64	17	72	31	29	5	33	1.80
44229117--44229676	96	5.9	94	91	2	859	29	29	7	33	1.85
44229117--44229676	143	3.9	143	95	0	962	29	29	7	33	1.85
44235253--44235401	40	3.7	40	83	7	187	26	26	22	24	2.00
44238630--44238702	29	2.6	29	84	6	96	27	30	16	26	1.97
44241827--44241887	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
44241838--44241939	27	3.8	27	80	5	118	30	23	6	39	1.81
44241918--44242250	27	12.3	27	79	4	242	39	21	9	30	1.84
44242281--44242358	26	3.0	27	80	12	85	34	17	24	23	1.96
44243149--44243241	25	3.8	25	95	1	161	25	26	23	23	2.00
44243149--44243255	25	4.4	24	91	3	117	28	24	23	23	1.99
44247559--44247736	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
44247580--44247735	82	1.9	81	88	3	233	28	28	16	26	1.97
44250147--44250181	17	2.0	18	88	5	54	17	37	25	20	1.94
44250742--44250782	17	2.4	17	83	0	55	43	4	43	7	1.53
44256016--44256059	21	2.2	20	83	4	52	27	22	15	34	1.95
44260431--44260461	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
44261831--44261868	18	2.1	18	85	9	51	23	7	10	57	1.58
44265627--44265730	49	2.1	51	82	7	124	48	8	16	26	1.75
44271024--44271051	5	5.6	5	100	0	56	60	17	0	21	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44271656--44271706	23	2.4	21	87	9	68	29	0	49	21	1.50
44273772--44273822	20	2.6	21	76	14	56	52	0	1	45	1.12
44273985--44274053	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
44273985--44274053	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
44274034--44274124	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
44274289--44274323	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
44274272--44275281	120	8.4	120	98	0	1889	48	5	1	43	1.38
44274529--44274563	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
44274649--44274683	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
44275025--44275192	37	4.3	37	62	20	90	47	5	1	45	1.35
44276262--44276345	23	3.7	23	88	0	132	44	28	7	20	1.78
44276331--44276376	22	2.1	21	84	4	56	58	19	4	17	1.55
44278246--44278271	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
44282919--44282957	13	2.7	14	85	14	53	25	0	30	43	1.55
44287591--44287625	17	2.1	17	89	5	54	37	0	11	51	1.38
44289379--44289519	57	2.4	59	80	6	155	33	21	19	26	1.97
44292199--44292367	37	4.6	37	98	0	329	24	31	18	24	1.98
44292571--44293006	47	9.1	47	88	5	611	26	30	12	30	1.93
44299012--44299187	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
44299009--44299180	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
44306572--44306747	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
44306569--44306740	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44308728--44308868	65	2.2	65	96	1	257	48	4	4	42	1.42
44310475--44310517	2	22.0	2	80	4	52	46	2	4	46	1.36
44310721--44310771	2	26.0	2	84	4	50	45	3	5	45	1.46
44310721--44310771	14	3.7	14	81	2	59	45	3	5	45	1.46
44310718--44310771	16	3.5	15	80	5	63	46	3	5	44	1.44
44310438--44310933	254	2.0	246	94	3	875	38	9	14	37	1.79
44324655--44324734	31	2.6	30	88	5	108	30	8	15	46	1.75
44329730--44329797	33	2.1	33	94	0	118	23	8	39	27	1.84
44343503--44343588	44	2.0	44	86	2	120	32	10	11	45	1.75
44357272--44357328	27	2.1	27	100	0	114	38	7	14	40	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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