Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  1  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1265--1348
24
3.5
23
83
6
105
34
27
14
23
1.94
6390--6440
20
2.5
20
90
0
75
43
7
23
25
1.81
9159--9201
21
2.1
20
82
4
50
67
6
6
18
1.37
18566--19269
364
1.9
362
89
1
1086
35
15
8
39
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23777--24177
123
3.3
122
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2
563
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49
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1.76
23705--24177
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1.9
249
83
5
625
18
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50
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23980--24154
42
4.2
41
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19
103
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9
49
22
1.76
24099--24246
69
2.1
69
87
0
206
17
10
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12.3
3
100
0
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67
0
0
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2.1
12
100
0
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40
36
8
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10.7
3
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6
57
36
0
0
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11.0
3
100
0
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33
0
0
66
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16
2.8
15
86
6
59
30
6
0
62
1.21
35810--35841
13
2.6
13
90
9
50
25
6
3
65
1.31
36003--36062
22
2.8
21
80
5
59
18
6
6
68
1.35
36012--36066
19
2.8
20
77
17
62
18
5
7
69
1.32
35798--36018
3
74.3
3
65
15
66
31
8
2
57
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39958--39988
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2.1
15
100
0
62
54
0
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1.26
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205
4.9
205
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3
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18
23
29
1.97
47660--48644
402
2.4
405
91
3
1572
29
18
22
29
1.97
49714--49752
3
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3
100
0
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0
0
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0.92
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2.8
15
86
6
59
30
6
0
62
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
50138--50169
13
2.6
13
90
9
50
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6
3
65
1.31
50331--50391
22
2.8
22
80
2
61
18
6
6
68
1.33
50126--50346
3
74.3
3
65
15
75
31
8
2
57
1.42
56511--56870
135
2.7
135
92
0
605
14
8
53
23
1.69
56511--57343
270
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1261
15
9
52
22
1.70
56528--56888
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5.3
69
67
10
249
15
8
53
22
1.69
56628--57343
252
2.8
256
89
3
1062
15
9
53
22
1.70
56873--57343
135
3.5
135
94
0
807
16
9
53
21
1.70
56752--57002
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2.1
117
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0
430
14
8
53
23
1.69
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3.0
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401
15
9
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22
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56986--57020
18
1.9
18
88
0
52
17
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1.72
57121--57155
18
1.9
18
88
0
52
17
14
54
14
1.72
56874--57343
69
6.9
69
67
7
280
16
9
52
21
1.70
56511--57257
387
1.9
387
93
0
1280
15
9
52
22
1.70
57285--57314
12
2.5
12
88
0
51
13
0
63
23
1.29
56873--57335
66
6.9
66
67
10
247
16
9
52
21
1.71
57303--57365
30
2.1
30
88
5
92
22
7
50
19
1.72
57393--57449
24
2.4
24
82
5
71
7
8
56
28
1.56
56566--57386
252
3.1
267
81
7
890
16
9
53
21
1.70
64262--64312
25
2.0
25
100
0
102
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11
15
23
1.78
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145
2.2
145
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1
502
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22
10
28
1.88
67500--67539
6
6.7
6
94
0
71
50
30
2
17
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
70087--70478
6
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6
89
7
596
17
1
32
48
1.55
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68
2.2
67
84
8
181
23
8
20
47
1.76
70460--70596
63
2.1
65
90
4
215
24
10
21
43
1.84
77175--77240
31
2.1
31
85
0
87
45
10
9
34
1.70
77661--77929
144
1.9
143
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4
398
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10
7
44
1.65
80048--80321
91
3.0
91
82
6
313
43
11
17
27
1.84
88790--88837
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2.2
21
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10
71
33
18
2
45
1.61
90395--90477
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2.0
41
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0
157
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15
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90486--90537
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2.3
24
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65
53
0
1
44
1.11
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5
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0
0
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2.0
22
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2
2
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1.9
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10
79
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10
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22
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0
0
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0
94
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8
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28
1.87
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6
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0
80
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0
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205
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28
16
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1.97
120129--120279
53
2.8
53
89
4
214
29
27
16
25
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121758--121790
15
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16
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50
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137127--137161
18
1.9
18
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0
52
37
8
8
45
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
139057--139095
20
2.0
20
100
0
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12
20
1.50
159373--159425
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2.0
27
100
0
106
20
33
37
7
1.81
159443--159484
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1.9
22
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19
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0
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159570--159608
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16
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12
53
61
0
38
0
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2.6
279
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9
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58
7
6
27
1.50
160121--160830
142
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142
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0
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0
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15
43
1.85
173653--173750
49
2.0
49
100
0
196
32
24
12
30
1.92
174676--174710
3
11.7
3
100
0
70
31
0
34
34
1.58
176357--176386
14
2.1
14
93
6
51
20
10
0
70
1.16
181123--181194
37
1.9
37
83
10
94
58
6
5
29
1.47
183253--183463
88
2.4
87
85
6
266
32
20
17
29
1.96
183403--183866
75
6.1
73
76
12
411
31
22
18
27
1.97
183340--183951
238
2.6
236
85
6
841
33
21
18
27
1.96
183852--183882
16
1.9
16
93
0
53
64
6
12
16
1.47
183777--183951
89
2.0
90
93
1
298
37
20
17
24
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
198387--198477
27
3.5
26
76
10
87
50
4
10
34
1.58
198627--198718
43
2.1
43
84
7
116
56
5
5
32
1.45
199007--199033
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
199151--199203
3
17.3
3
84
3
70
60
7
0
32
1.25
199656--199701
16
2.9
16
86
0
56
50
0
50
0
1.00
200215--200272
22
2.6
22
81
10
73
15
6
51
25
1.68
200792--200824
15
2.2
15
94
0
57
69
3
6
21
1.24
200746--201164
89
4.7
89
80
6
458
36
18
17
28
1.93
201056--201089
13
2.5
14
90
9
61
64
0
11
23
1.26
201073--201308
72
3.2
73
83
6
296
31
21
19
27
1.97
201153--201962
164
4.9
164
90
3
1142
32
21
18
28
1.96
201312--201804
75
6.2
75
73
12
374
31
21
18
29
1.96
201397--201561
89
1.9
89
89
0
258
30
20
19
29
1.97
201784--201818
14
2.5
14
100
0
70
57
5
20
17
1.60
201714--201975
89
2.9
90
87
2
395
36
19
16
27
1.93
204269--204314
16
2.9
16
86
0
56
50
0
50
0
1.00
204829--204884
22
2.5
22
85
0
76
14
7
51
26
1.67
206729--206783
27
2.0
27
96
0
101
38
7
9
45
1.64
210378--210410
13
2.4
14
90
10
50
45
0
0
54
0.99
216993--217386
200
2.0
200
100
0
788
37
27
16
18
1.92
219589--219913
131
2.5
131
90
2
503
26
17
20
36
1.94
221156--221198
18
2.4
18
80
0
50
79
4
4
11
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
223970--224328
46
7.6
46
81
12
276
34
14
22
29
1.93
223984--224085
52
2.0
52
88
0
150
34
12
22
30
1.92
224037--224118
38
2.2
38
97
0
155
31
14
19
34
1.92
223970--224365
98
4.3
92
77
16
358
34
14
21
28
1.93
224120--224328
52
4.1
51
87
9
293
35
14
22
27
1.93
224292--224401
37
3.0
37
94
1
195
37
16
21
24
1.93
225656--225897
49
4.9
49
95
0
421
23
16
30
29
1.96
229019--229377
46
7.6
46
81
12
276
34
14
22
29
1.93
229033--229134
52
2.0
52
88
0
150
34
12
22
30
1.92
229086--229167
38
2.2
38
97
0
155
31
14
19
34
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333