genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29262411--29262502	33	2.8	34	79	9	100	30	17	22	29	1.97
29263611--29263741	40	3.3	40	87	0	181	38	24	15	22	1.92
29279808--29279873	32	2.0	32	83	13	82	63	7	10	18	1.49
29279828--29279887	32	1.9	32	86	3	86	60	6	13	20	1.55
29289834--29289860	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
29307707--29307767	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29311786--29311821	19	1.9	19	88	5	56	41	16	0	41	1.48
29312120--29312178	30	2.0	30	82	0	73	27	23	8	40	1.83
29316548--29316608	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29318047--29318095	25	2.0	25	83	0	62	40	12	8	38	1.72
29321418--29321529	28	4.0	28	84	2	127	25	11	31	31	1.91
29321416--29321526	56	2.0	57	83	5	145	26	11	31	30	1.92
29337027--29337058	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
29340545--29340596	24	2.2	24	92	0	86	17	23	21	38	1.93
29340585--29340683	22	4.5	22	79	3	92	34	19	20	26	1.96
29348151--29348259	22	4.9	22	86	7	148	33	19	22	24	1.97
29348151--29348259	45	2.4	43	82	11	139	33	19	22	24	1.97
29352100--29352190	44	2.1	44	95	0	164	41	25	12	20	1.87
29355237--29355355	39	3.1	39	93	0	202	21	28	24	26	1.99
29371104--29371227	52	2.4	51	94	1	221	25	24	16	34	1.95
29371104--29371227	24	4.7	27	81	16	163	25	24	16	34	1.95
29376017--29376095	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29376214--29376476	47	5.6	47	91	3	402	29	29	8	33	1.87
29380877--29380944	34	2.0	34	100	0	136	35	11	11	41	1.78
29381256--29381520	46	5.6	46	76	9	207	27	20	29	22	1.98
29381251--29381526	94	2.9	94	78	11	298	27	20	28	22	1.99
29393951--29393995	23	2.0	23	86	8	65	28	20	4	46	1.69
29412323--29412362	21	1.9	21	94	0	71	25	37	27	10	1.88
29423104--29423230	47	2.7	48	84	7	152	23	17	32	26	1.97
29430174--29430293	47	2.6	44	81	12	134	30	16	29	24	1.97
29433793--29433834	21	2.0	21	95	0	75	38	14	16	30	1.89
29442066--29442154	40	2.2	40	95	0	160	29	29	19	22	1.98
29449772--29449820	25	2.0	25	87	0	71	32	8	16	42	1.77
29451920--29452495	288	2.0	286	97	0	1098	28	23	25	22	1.99
29469483--29469542	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
29473347--29473396	25	2.1	24	85	10	68	42	8	2	48	1.44
29478026--29478810	47	16.6	47	93	2	1116	28	29	9	33	1.88
29478026--29478810	143	5.5	143	93	2	1153	28	29	9	33	1.88
29480077--29480255	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
29480871--29480984	27	4.2	27	81	2	113	31	24	7	36	1.82
29481020--29481203	27	6.7	27	72	9	106	40	17	8	32	1.81
29481624--29481670	20	2.3	20	92	0	76	25	23	38	12	1.90
29481633--29481671	20	2.0	20	100	0	78	20	25	38	15	1.92
29482024--29482090	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29482140--29482262	52	2.4	50	88	8	185	26	21	25	26	1.99
29482140--29482262	26	4.8	26	85	1	160	26	21	25	26	1.99
29482408--29482499	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
29482523--29482632	31	3.5	31	93	0	184	30	16	25	28	1.97
29484976--29485073	27	3.6	27	76	16	80	43	20	7	28	1.78
29485028--29485133	27	3.8	28	75	17	94	45	16	6	31	1.73
29485961--29486027	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
29486077--29486238	52	3.2	52	91	4	242	29	21	21	27	1.99
29486077--29486238	26	6.3	26	87	2	215	29	21	21	27	1.99
29486371--29486462	42	2.2	42	88	0	130	29	14	20	35	1.92
29486486--29486595	31	3.5	31	96	0	202	29	17	26	27	1.97
29488841--29489097	27	9.6	27	75	8	132	38	21	8	31	1.83
29489076--29489154	30	2.8	28	73	19	74	41	13	10	34	1.79
29489971--29490026	20	2.8	20	91	0	94	41	10	17	30	1.84
29490076--29490237	26	6.3	26	89	2	233	27	20	22	29	1.99
29490361--29490452	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
29490476--29490585	31	3.5	31	96	0	202	29	17	26	27	1.97
29492310--29492369	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
29492319--29492352	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
29493707--29493758	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
29493752--29493790	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
29496122--29496181	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29496131--29496164	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
29499918--29500026	28	3.9	28	79	7	96	30	31	13	24	1.94
29502073--29502097	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
29503352--29503400	25	2.0	25	87	0	71	36	8	14	40	1.75
29504048--29504075	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
29504396--29504444	24	2.0	24	100	0	98	44	0	8	46	1.33
29504589--29504638	21	2.2	23	82	10	59	38	6	16	40	1.73
29505138--29505192	23	2.4	23	84	6	76	25	21	20	32	1.97
29506063--29506131	22	3.1	22	77	8	77	20	23	15	40	1.91
29512853--29513221	47	7.7	46	76	16	224	27	18	30	22	1.98
29512940--29513044	55	1.9	55	96	0	192	29	17	31	21	1.96
29512890--29513078	101	1.9	103	86	4	276	29	19	30	21	1.97
29513004--29513123	46	2.6	44	85	10	145	25	19	30	25	1.98
29516459--29516488	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
29525255--29525314	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
29534822--29534859	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
29535089--29535259	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
29535084--29535256	46	3.7	46	78	10	199	30	27	20	21	1.98
29539433--29539721	48	6.0	48	78	1	290	27	18	28	25	1.98
29539434--29539711	96	2.9	96	88	3	407	28	17	28	25	1.98
29540758--29540812	28	1.9	28	85	10	76	18	23	41	16	1.89
29541579--29541629	21	2.4	22	90	3	77	15	29	35	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29541594--29541649	21	2.7	21	86	5	69	17	30	33	17	1.94
29545399--29545574	46	3.8	46	78	11	198	21	17	30	30	1.96
29545398--29545566	93	1.8	93	90	2	277	21	17	30	30	1.97
29560480--29560507	13	2.2	13	100	0	56	32	7	14	46	1.71
29561341--29561417	24	3.2	24	78	9	75	19	31	2	46	1.63
29563619--29563656	15	2.4	16	82	8	51	57	18	5	18	1.58
29566210--29566240	16	1.9	16	100	0	62	38	25	22	12	1.90
29567199--29567264	7	9.4	7	75	9	55	21	0	3	75	0.93
29567193--29567247	8	7.2	8	82	17	73	23	0	1	74	0.91
29567193--29567247	22	2.4	23	88	8	62	23	0	1	74	0.91
29569209--29569428	40	5.6	40	81	4	241	25	26	23	24	2.00
29576174--29576368	27	7.4	27	84	5	247	34	18	22	24	1.96
29576174--29576368	53	3.7	54	86	4	247	34	18	22	24	1.96
29577120--29577171	27	1.9	27	84	0	68	21	25	21	32	1.98
29583770--29583965	27	7.3	27	80	4	207	36	20	18	23	1.95
29583766--29583965	54	3.7	54	84	0	247	36	20	19	23	1.95
29583766--29583965	81	2.5	81	87	0	283	36	20	19	23	1.95
29584706--29584765	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
29586714--29586899	40	4.7	40	77	9	146	19	27	16	36	1.93
29586717--29586892	80	2.2	80	78	4	185	19	27	17	35	1.94
29592526--29592592	35	1.9	35	85	11	93	37	20	8	32	1.84
29593183--29593248	31	2.1	31	94	0	114	53	21	9	16	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29593183--29593267	31	2.7	31	85	1	98	58	18	7	15	1.59
29593502--29593557	21	2.7	21	82	0	76	3	50	17	28	1.63
29593959--29593987	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
29599048--29599159	9	12.4	9	90	0	152	27	0	26	44	1.60
29599046--29599159	27	4.2	27	90	0	174	28	0	26	44	1.60
29599429--29599487	14	3.9	15	75	12	50	57	0	0	42	0.98
29599458--29599517	20	3.0	20	70	4	59	56	1	0	41	1.09
29599441--29599521	29	3.0	26	78	17	76	55	1	0	43	1.07
29599431--29599496	29	2.3	29	89	5	98	57	0	0	42	0.98
29599434--29599517	15	6.2	13	72	16	64	54	1	0	44	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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