genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19556285--19556486	89	2.3	88	83	7	248	35	19	14	30	1.92
19556285--19556940	44	14.5	44	70	13	255	32	21	15	31	1.94
19556279--19556527	133	1.9	133	84	6	335	34	20	14	30	1.93
19556285--19556531	89	2.8	87	80	10	234	34	20	14	30	1.92
19556491--19556808	94	3.4	93	73	12	303	30	22	15	31	1.95
19556416--19556895	183	2.6	183	84	3	549	31	21	15	31	1.94
19556585--19556892	89	3.4	88	71	14	241	30	21	16	31	1.95
19556560--19556990	227	1.9	227	80	6	498	30	21	17	31	1.96
19563580--19563612	17	1.9	17	93	0	57	72	0	6	21	1.05
19566348--19566433	43	2.0	43	100	0	172	30	9	16	44	1.79
19566350--19566418	22	3.2	22	62	25	56	27	10	18	43	1.82
19569380--19569404	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
19578019--19578108	45	2.0	45	97	0	171	34	6	3	55	1.42
19579112--19579150	20	2.0	20	94	0	69	48	17	12	20	1.80
19581879--19581915	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19581965--19581997	9	3.7	9	84	15	50	42	24	9	24	1.83
19583378--19583428	25	2.0	25	85	7	68	39	15	13	31	1.87
19584364--19584400	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
19586099--19586281	40	4.6	40	81	6	203	23	22	27	26	1.99
19586099--19586278	79	2.3	80	81	9	217	23	22	28	25	1.99
19586099--19586306	79	2.6	78	76	13	203	24	21	27	26	1.99
19604803--19605091	47	6.1	47	87	3	362	33	11	29	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19605065--19605201	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
19608635--19609089	48	9.5	48	95	0	793	33	7	28	30	1.84
19609259--19609361	37	2.8	37	92	0	170	24	21	30	24	1.99
19611189--19611225	18	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
19611334--19611380	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
19612141--19612169	15	1.9	15	100	0	58	48	13	10	27	1.75
19613453--19613494	7	6.3	7	78	10	52	54	0	4	40	1.21
19613457--19613505	13	3.8	13	94	5	82	53	2	6	38	1.38
19616631--19616663	17	1.9	17	93	0	57	57	9	27	6	1.53
19617022--19617095	7	10.3	7	92	5	121	27	1	1	70	1.04
19617411--19617501	37	2.5	37	90	0	137	23	15	50	10	1.75
19617597--19617659	14	4.4	14	72	4	54	47	26	1	23	1.61
19617760--19617890	47	2.8	46	79	9	156	22	0	29	48	1.50
19617902--19618031	41	3.2	41	90	8	203	20	21	23	34	1.96
19618076--19618102	12	2.2	12	100	0	54	48	29	14	7	1.71
19624297--19624468	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
19624297--19624466	40	4.3	39	87	5	207	25	21	27	25	1.99
19624324--19624501	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
19635032--19635154	46	2.7	43	81	7	120	28	18	28	24	1.98
19643386--19643494	56	1.9	56	87	3	157	29	14	25	30	1.95
19651936--19652113	27	6.6	27	82	3	169	29	28	15	26	1.96
19660072--19660247	27	6.6	27	81	6	169	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19660072--19660246	54	3.3	53	83	4	199	29	28	15	26	1.96
19668200--19668377	27	6.6	27	82	3	169	29	28	15	26	1.96
19673714--19674038	48	6.6	49	83	15	413	32	7	28	32	1.84
19673651--19674020	109	3.6	108	81	17	372	31	7	29	31	1.85
19674017--19674064	24	2.0	23	88	4	69	35	2	31	31	1.70
19675074--19675498	100	4.3	96	87	6	552	27	27	16	28	1.97
19675084--19675498	49	8.5	48	77	6	368	26	27	16	28	1.97
19702415--19702472	29	2.0	29	100	0	116	17	37	6	37	1.76
19707137--19707314	27	6.6	27	84	3	205	29	27	15	26	1.96
19707158--19707313	82	1.9	81	88	3	233	29	27	16	26	1.96
19725122--19725209	43	2.1	43	89	2	133	27	31	18	22	1.97
19727204--19727440	49	4.8	49	80	6	289	29	27	17	25	1.97
19727217--19727445	100	2.3	99	87	5	320	30	27	17	25	1.97
19742752--19742798	16	2.9	16	78	12	51	59	0	0	40	0.97
19743067--19743122	16	3.5	16	80	0	67	32	14	5	48	1.66
19749922--19749989	21	3.2	21	85	0	100	20	23	36	19	1.95
19752156--19752326	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
19752151--19752323	46	3.7	46	77	13	192	28	27	21	21	1.99
19754722--19754784	15	4.1	16	78	12	69	57	12	15	14	1.66
19757748--19757918	93	1.8	93	92	0	288	29	27	19	22	1.98
19757740--19757915	46	3.8	47	77	12	193	30	27	19	22	1.98
19762329--19762588	27	9.6	27	83	0	313	38	20	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19762329--19762589	54	4.8	54	86	1	362	38	20	8	32	1.83
19762329--19762634	81	3.8	80	80	4	319	38	20	8	31	1.84
19762329--19762659	54	6.1	54	79	5	330	38	20	9	32	1.84
19762572--19762632	27	2.3	27	91	0	104	39	21	9	29	1.85
19762572--19762695	27	4.6	27	76	6	90	37	21	9	31	1.86
19762680--19762910	27	8.6	27	86	0	327	33	20	20	24	1.97
19763358--19763419	22	2.8	22	85	7	81	22	22	20	33	1.97
19763584--19763678	27	3.5	27	85	5	111	18	24	20	36	1.95
19763815--19763959	6	23.3	6	69	21	86	19	15	15	48	1.81
19763815--19763950	31	4.5	31	84	11	185	19	16	15	49	1.80
19763844--19763942	25	3.7	25	80	15	108	19	18	16	46	1.84
19766618--19766668	5	10.2	5	95	0	93	39	1	0	58	1.09
19773227--19773284	17	3.3	18	79	13	59	43	1	3	51	1.28
19773241--19773284	18	2.5	19	85	10	58	38	2	4	54	1.33
19774389--19774440	25	2.1	25	92	0	86	48	13	9	28	1.74
19774785--19774850	34	1.9	34	90	0	105	42	25	4	27	1.74
19775000--19775214	106	2.0	106	92	1	360	40	18	12	28	1.87
19775859--19777490	816	2.0	814	87	4	2383	32	13	20	33	1.91
19782835--19782988	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
19790162--19790312	28	5.5	28	93	3	238	32	28	12	26	1.93
19793794--19793953	40	4.0	40	96	0	284	22	21	27	28	1.99
19805529--19805581	28	1.9	28	88	3	81	37	18	24	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19805522--19805603	27	3.0	26	79	8	83	35	21	24	18	1.96
19805712--19805774	26	2.3	26	83	5	72	36	9	20	33	1.85
19806676--19806795	56	2.1	56	95	0	213	45	10	22	22	1.82
19808252--19808801	47	11.6	47	91	2	768	33	9	29	27	1.88
19811050--19811431	40	9.6	40	81	6	332	25	21	28	25	1.99
19811211--19811439	119	1.9	120	86	0	325	24	21	28	25	1.99
19811206--19811431	79	2.8	80	87	3	294	24	21	28	25	1.99
19812712--19812831	56	2.1	56	96	0	222	44	10	23	22	1.83
19814285--19814646	47	7.6	49	91	4	539	33	8	29	28	1.87
19814285--19814646	96	3.8	96	90	3	545	33	8	29	28	1.87
19816916--19816947	16	2.0	16	93	0	55	59	6	28	6	1.46
19822543--19822573	16	2.0	15	93	6	53	25	3	12	58	1.50
19823546--19823656	27	4.1	26	85	7	141	36	21	24	17	1.94
19823547--19823653	54	2.0	54	88	3	162	37	20	24	17	1.94
19824844--19824876	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
19833341--19833512	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98
19833333--19833508	46	3.8	46	76	12	180	29	28	19	22	1.98
19835432--19835520	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
19835432--19835514	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
19835443--19835520	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
19837957--19838122	40	4.2	40	82	0	199	27	26	20	25	1.99
19839556--19839598	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19839556--19839594	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
19847302--19847344	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
19847302--19847340	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
19847628--19847654	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
19854372--19854414	12	3.8	11	82	11	52	69	2	2	25	1.12
19867411--19867460	24	2.0	25	92	3	84	26	34	28	12	1.92
19872601--19872743	71	2.0	71	98	0	277	30	16	16	37	1.91
19874140--19874391	46	5.3	47	78	11	241	22	30	20	26	1.98
19885478--19885531	25	2.2	25	93	0	90	25	18	20	35	1.95
19891868--19892273	54	7.6	54	77	10	390	23	24	17	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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