genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28988723--28989512	47	16.6	47	93	2	1265	32	8	29	29	1.87
28988723--28989512	96	8.3	95	93	2	1273	32	8	29	29	1.87
28989268--28989343	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
28991742--28991978	40	5.9	40	87	2	323	24	22	27	25	2.00
28995634--28996998	47	28.6	47	93	2	2167	33	8	28	29	1.86
28995634--28996998	192	7.1	191	94	2	2255	33	8	28	29	1.86
28995634--28996998	239	5.7	236	94	2	2173	33	8	28	29	1.86
28996081--28996156	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
29002295--29002342	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
29002379--29002448	20	3.5	20	92	1	115	35	11	20	32	1.88
29002495--29002614	23	5.1	23	92	4	204	28	21	20	29	1.98
29002494--29002616	24	5.2	23	92	2	192	29	21	21	28	1.98
29002493--29002614	47	2.6	47	97	0	226	28	22	20	28	1.98
29002828--29002891	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
29016822--29016930	42	2.6	42	76	11	116	31	23	16	28	1.96
29019345--29019369	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
29026701--29026885	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
29026702--29026885	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29026754--29026918	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29034138--29034322	79	2.3	81	81	9	211	24	22	27	24	2.00
29034138--29034322	40	4.7	40	83	6	198	24	22	27	24	2.00
29034191--29034355	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29037788--29037932	29	5.1	29	81	3	152	25	32	14	27	1.95
29042286--29042430	29	5.1	29	85	3	161	26	32	15	25	1.95
29043834--29043865	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
29046012--29046062	6	8.3	6	77	12	50	27	0	0	72	0.85
29046012--29046051	20	2.0	20	95	0	71	27	0	0	72	0.85
29048957--29048988	13	2.5	13	100	0	64	34	50	9	6	1.60
29056206--29056241	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
29056873--29056919	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
29057602--29057651	19	2.7	20	81	9	52	0	34	2	64	1.05
29062007--29062294	50	5.9	49	85	4	321	30	19	27	22	1.98
29070455--29070488	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
29077894--29078059	48	3.6	47	74	9	162	29	21	23	25	1.99
29084780--29084858	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29084977--29085175	47	4.2	47	88	0	245	26	31	10	32	1.89
29085135--29085205	32	2.3	31	92	2	115	22	32	12	32	1.92
29085088--29085252	79	2.1	78	95	1	294	26	32	10	30	1.90
29085167--29085719	47	11.7	47	96	0	917	28	30	9	30	1.89
29091647--29092084	47	9.2	47	89	3	642	31	8	30	29	1.86
29091647--29092084	144	3.1	141	89	3	678	31	8	30	29	1.86
29092202--29092280	37	2.1	37	83	4	97	26	18	27	26	1.98
29094142--29094330	43	4.4	43	96	0	342	22	16	34	25	1.95
29094312--29094385	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29094679--29094946	40	6.7	40	81	6	233	26	20	28	24	1.99
29094679--29094851	80	2.2	80	89	4	260	28	20	27	23	1.99
29094679--29094946	120	2.2	120	78	7	267	26	20	28	24	1.99
29098283--29098719	47	9.2	47	90	2	667	31	8	30	29	1.86
29098283--29098719	96	4.6	94	91	1	667	31	8	30	29	1.86
29098283--29098719	143	3.1	142	91	3	700	31	8	30	29	1.86
29098837--29098915	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
29101047--29101209	48	3.5	47	74	9	156	25	17	27	29	1.98
29103441--29103511	33	2.2	33	100	0	142	36	9	23	29	1.87
29105052--29105099	20	2.4	20	92	0	87	20	33	31	14	1.93
29107181--29107423	6	39.3	6	70	19	162	48	14	17	18	1.81
29107213--29107370	19	8.8	19	71	18	88	48	15	18	18	1.82
29107204--29107289	37	2.3	37	89	0	127	48	15	17	18	1.81
29107244--29107334	25	3.6	25	91	4	148	47	15	18	18	1.83
29107202--29107414	62	3.4	60	80	12	209	47	15	18	18	1.82
29107207--29107423	87	2.5	88	91	2	357	47	15	17	18	1.82
29107338--29107423	25	3.4	25	90	0	127	48	13	17	19	1.80
29107838--29108088	27	9.3	27	83	5	242	25	19	17	37	1.94
29107840--29108086	81	3.1	81	85	4	329	26	19	17	36	1.94
29107838--29108079	107	2.2	108	87	0	342	25	20	17	36	1.94
29107837--29108087	54	4.7	55	80	7	275	25	19	17	37	1.94
29108136--29108195	27	2.2	27	93	0	102	30	10	20	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29108070--29108255	81	2.3	80	78	5	196	34	9	19	37	1.83
29108179--29108517	54	6.3	54	85	2	407	32	7	18	40	1.80
29108207--29108524	107	3.0	107	86	1	422	32	7	19	40	1.80
29108207--29108517	27	11.6	27	84	1	365	32	7	18	41	1.79
29110498--29110644	6	23.8	6	74	15	104	50	12	17	19	1.78
29110546--29110641	25	3.8	25	86	6	124	45	14	19	19	1.85
29110543--29110644	31	3.5	30	81	15	133	47	13	18	20	1.83
29110498--29110641	37	3.9	37	75	11	107	50	13	17	19	1.78
29111074--29111298	107	2.1	108	88	0	344	24	20	18	36	1.95
29111090--29111303	27	8.0	27	88	2	272	23	21	18	36	1.95
29111058--29111303	54	4.6	54	82	5	275	24	20	18	36	1.95
29111087--29111303	80	2.7	79	85	4	238	23	21	18	36	1.95
29111113--29111334	107	2.1	107	83	3	286	24	19	19	36	1.95
29111345--29111846	27	18.6	27	84	1	576	31	8	19	40	1.81
29131745--29131770	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
29135116--29135183	27	2.5	27	75	17	70	52	1	2	42	1.25
29135112--29135181	16	4.8	16	68	19	55	52	1	2	42	1.24
29137663--29137688	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
29137805--29137852	25	1.9	25	100	0	96	43	12	4	39	1.62
29139173--29139197	3	8.3	3	100	0	50	36	64	0	0	0.94
29140532--29140569	18	2.1	18	85	9	51	57	0	5	36	1.21
29149692--29149783	42	2.2	42	88	0	130	35	20	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29149931--29150000	25	2.8	25	91	4	106	22	24	28	24	1.99
29150805--29150905	27	3.7	26	72	12	78	23	19	17	38	1.93
29150926--29151056	27	4.7	27	75	12	88	32	8	17	41	1.80
29150984--29151056	27	2.7	27	82	0	92	30	4	20	45	1.70
29152843--29153029	45	4.2	45	88	1	232	36	24	14	24	1.93
29152863--29153029	90	1.9	90	90	0	271	35	25	15	22	1.94
29159866--29159914	15	3.1	15	83	11	62	14	14	18	53	1.74
29165706--29165790	43	2.0	43	84	9	111	29	30	16	23	1.96
29169753--29169943	39	4.9	39	90	1	283	28	29	23	18	1.98
29169774--29169927	79	1.9	79	92	0	254	27	28	24	19	1.98
29169721--29169943	118	1.9	118	87	0	329	28	27	23	19	1.98
29170587--29170669	24	3.5	24	81	0	85	34	30	10	24	1.89
29171846--29171879	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
29173807--29173861	20	2.8	20	88	0	83	18	18	23	40	1.91
29173906--29174003	49	2.0	49	95	0	178	21	17	20	40	1.91
29197533--29197720	79	2.4	81	82	8	233	25	22	27	25	2.00
29197537--29197720	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29197589--29197753	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29202017--29202136	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
29203267--29203491	40	5.7	40	83	5	260	25	21	27	26	1.99
29212847--29212960	40	2.8	40	85	0	147	33	24	16	25	1.96
29212858--29212983	40	3.2	40	81	0	144	34	23	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29224524--29224555	13	2.3	15	89	10	50	18	31	9	40	1.83
29226032--29226057	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
29231435--29231473	8	4.9	8	80	0	51	46	25	20	7	1.77
29231721--29231807	29	3.0	29	78	5	95	28	10	29	31	1.90
29239564--29239726	40	4.1	40	83	3	211	27	27	21	23	1.99
29245095--29245159	29	2.2	29	86	0	85	26	18	29	26	1.98
29257561--29257591	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
29261862--29262054	27	7.4	27	75	10	168	34	18	21	25	1.96
29261886--29262027	75	1.9	74	85	1	194	34	19	22	23	1.96
29262410--29262492	33	2.5	33	84	3	105	28	15	22	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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