genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98060566--98060623	30	1.9	30	86	6	82	20	29	31	18	1.97
98061229--98061328	49	2.0	49	98	0	191	35	14	28	23	1.93
98065307--98065353	22	2.1	22	84	7	60	14	4	0	80	0.85
98066036--98066110	27	2.8	26	82	11	80	33	1	8	57	1.36
98066053--98066112	27	2.2	27	87	0	84	33	1	10	55	1.43
98066309--98066365	23	2.5	22	78	13	62	45	5	14	35	1.67
98070467--98070506	19	2.1	19	100	0	80	17	32	35	15	1.91
98072277--98072549	46	5.8	46	78	10	243	23	30	19	27	1.98
98072273--98072547	94	3.0	93	82	9	355	23	29	18	28	1.98
98075226--98075283	24	2.5	24	91	2	91	39	12	8	39	1.73
98084675--98084756	32	2.6	30	84	11	94	41	3	6	48	1.45
98089076--98089107	15	2.1	15	100	0	64	46	12	0	40	1.42
98096801--98096861	30	2.0	30	100	0	122	13	13	26	47	1.79
98098611--98098685	37	2.1	36	87	5	107	56	4	5	34	1.41
98098630--98098677	19	2.6	18	77	6	51	60	2	4	33	1.27
98102478--98102513	7	5.1	7	93	0	54	33	11	11	44	1.75
98107796--98107916	63	1.9	63	89	0	188	27	25	19	28	1.98
98109432--98109472	20	2.1	19	86	4	55	56	0	12	31	1.36
98109590--98109639	24	2.0	25	84	3	66	56	0	0	44	0.99
98109757--98109800	23	1.9	23	95	0	79	38	0	18	43	1.50
98122279--98122325	20	2.4	20	89	3	69	44	10	8	36	1.70
98123778--98123839	23	2.7	24	70	7	56	27	27	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98124079--98124117	16	2.5	15	83	4	51	25	15	2	56	1.52
98138715--98138812	39	2.5	39	93	0	169	13	25	24	36	1.92
98138733--98138797	21	3.2	21	70	12	73	12	24	21	41	1.87
98140024--98140065	22	1.9	22	85	0	57	42	2	19	35	1.64
98140525--98140644	42	2.8	42	82	5	152	30	15	25	30	1.95
98140533--98140644	43	2.6	42	81	5	145	29	14	25	31	1.94
98142227--98142265	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
98144364--98144423	16	3.4	16	68	27	50	36	16	23	23	1.94
98144360--98144434	37	2.0	37	97	0	141	37	17	21	24	1.94
98144396--98144673	46	6.0	46	93	0	441	41	15	23	20	1.90
98145706--98145738	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
98146023--98146158	46	3.0	46	89	2	184	22	23	14	39	1.91
98150067--98150114	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
98153819--98153893	6	12.5	6	91	0	114	13	49	2	34	1.56
98156925--98156970	22	2.1	21	84	4	56	52	2	0	45	1.13
98156941--98156986	20	2.2	22	88	7	69	45	0	0	54	0.99
98157526--98157565	17	2.4	17	87	8	55	60	0	0	40	0.97
98157547--98157599	14	3.9	13	95	5	88	47	1	0	50	1.12
98157547--98157599	27	2.0	27	92	7	90	47	1	0	50	1.12
98162919--98162964	18	2.6	18	96	0	83	26	10	8	54	1.64
98169639--98169675	19	1.9	19	100	0	74	54	5	13	27	1.61
98175496--98175547	16	3.2	16	70	24	54	26	1	36	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98175479--98175547	33	2.1	33	97	0	129	28	2	34	33	1.72
98175479--98175535	17	3.4	17	71	22	57	29	3	35	31	1.75
98176972--98177506	264	2.0	264	93	1	921	23	16	18	41	1.90
98179422--98179536	33	3.5	32	82	5	131	28	26	13	32	1.93
98179422--98179577	65	2.4	64	81	5	161	28	23	13	33	1.93
98179445--98179577	65	2.0	66	82	4	162	30	22	14	33	1.93
98179455--98179685	33	6.7	33	76	13	155	32	22	11	34	1.90
98179598--98179625	11	2.5	11	100	0	56	50	17	10	21	1.77
98179565--98179658	44	2.1	44	100	0	188	36	20	9	34	1.85
98182112--98182466	187	1.9	187	83	5	459	26	19	23	30	1.98
98190835--98190889	27	2.0	27	86	13	78	60	0	3	36	1.15
98191254--98191297	18	2.4	19	81	14	56	25	2	9	63	1.35
98201691--98201733	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
98202201--98202301	41	2.5	41	82	3	116	41	12	20	24	1.88
98205243--98205325	43	1.9	43	85	0	112	30	30	18	21	1.97
98206479--98206506	5	5.6	5	100	0	56	39	21	17	21	1.93
98210859--98210907	24	2.1	24	88	3	73	18	6	51	24	1.69
98211277--98211315	9	4.2	9	86	3	51	33	12	15	38	1.85
98216429--98216464	18	2.0	18	89	10	56	50	0	5	44	1.25
98216869--98216922	26	2.1	27	87	12	80	38	0	1	59	1.08
98216871--98216919	19	2.5	20	75	21	59	36	0	2	61	1.08
98217071--98217109	20	2.0	20	84	0	51	74	7	12	5	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98219275--98219313	18	2.2	18	90	0	60	17	38	28	15	1.91
98224638--98224903	94	2.9	92	79	6	279	25	21	30	23	1.99
98224679--98224944	47	5.6	48	74	14	196	25	21	30	22	1.99
98224638--98224944	47	6.5	46	73	12	180	26	21	29	22	1.99
98226487--98226530	22	2.0	22	91	8	72	56	2	4	36	1.32
98229432--98229673	48	5.0	48	93	1	387	37	6	25	30	1.81
98242625--98242659	9	3.8	9	92	3	52	62	0	0	37	0.95
98242632--98242665	10	3.5	10	92	4	52	55	0	0	44	0.99
98243665--98243689	13	1.9	13	100	0	50	32	28	8	32	1.86
98247786--98247836	17	3.0	16	83	11	57	60	1	5	31	1.31
98247867--98247923	20	2.8	19	72	17	53	61	1	7	29	1.32
98247929--98247971	20	2.0	21	86	8	61	51	4	6	37	1.50
98248261--98248315	10	5.6	10	85	8	60	56	0	3	40	1.17
98254319--98254351	17	1.9	18	88	11	52	18	6	3	72	1.18
98255260--98255316	28	2.0	28	96	0	105	45	10	12	31	1.76
98256119--98256159	21	2.0	21	85	9	57	41	2	12	43	1.55
98259913--98259960	24	2.0	24	87	0	69	25	6	2	66	1.26
98259922--98259967	23	2.0	24	82	4	58	23	10	2	63	1.38
98260672--98260701	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
98264123--98264204	26	3.2	26	83	0	92	20	19	21	37	1.94
98264210--98264264	25	2.3	23	78	6	56	18	29	23	29	1.98
98272716--98272891	46	3.8	46	79	12	198	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98272724--98272895	93	1.8	93	92	0	290	29	28	20	20	1.98
98275317--98275402	43	2.0	43	100	0	172	20	13	13	51	1.76
98275319--98275386	21	3.2	21	66	25	61	19	14	13	52	1.73
98276367--98276480	56	2.0	56	96	0	210	26	13	19	41	1.88
98285334--98285389	5	11.2	5	96	0	103	19	19	17	42	1.89
98291689--98291731	18	2.3	18	84	4	50	13	37	4	44	1.65
98294744--98294995	55	4.8	53	80	8	257	35	17	25	21	1.95
98294748--98294948	108	1.8	110	89	6	320	34	17	25	22	1.96
98295187--98295217	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
98310665--98310707	21	2.0	21	100	0	86	34	23	4	37	1.76
98327845--98327923	36	2.2	36	93	0	131	7	24	13	54	1.65
98327888--98327913	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
98328861--98328886	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
98328892--98329361	148	3.2	147	90	6	798	44	14	16	24	1.85
98328930--98329361	138	3.1	138	92	4	729	42	15	17	25	1.88
98329928--98329960	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
98329983--98330049	14	4.9	14	78	7	66	23	0	41	34	1.55
98329995--98330048	26	2.1	26	85	0	72	24	0	44	31	1.54
98329994--98330032	19	2.0	20	90	10	62	20	0	48	30	1.50
98330326--98330379	7	7.7	7	75	8	56	20	0	46	33	1.51
98330326--98330378	20	2.5	20	82	14	63	20	0	45	33	1.52
98330700--98330753	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98330738--98330836	47	2.1	48	96	1	182	46	7	0	46	1.30
98331156--98331195	16	2.7	15	88	7	55	20	35	0	45	1.51
98335563--98335771	43	4.9	43	92	0	310	23	17	26	32	1.97
98341027--98341649	120	5.2	120	99	0	1219	44	2	5	48	1.37
98341238--98341272	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98341358--98341392	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98341478--98341512	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98341598--98341632	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98341868--98341920	16	3.2	16	91	2	88	35	37	1	24	1.67
98343633--98343681	24	2.0	25	88	4	73	42	10	2	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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