genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60694407--60694513	47	2.3	47	86	0	151	17	18	21	42	1.90
60694641--60694726	18	4.7	18	82	1	100	37	8	12	41	1.73
60694638--60694726	36	2.4	37	81	1	126	37	8	13	40	1.76
60698616--60698652	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
60699210--60699385	46	3.8	46	76	12	189	20	19	29	30	1.97
60699207--60699377	93	1.8	93	93	0	297	20	19	29	29	1.97
60702919--60703085	43	3.9	43	82	5	187	28	15	24	31	1.96
60706228--60706280	26	2.0	26	92	7	90	22	20	22	33	1.97
60710459--60710650	93	2.1	93	88	0	294	35	21	9	33	1.85
60711290--60711316	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
60716234--60716293	24	2.4	25	83	8	77	35	21	20	23	1.96
60716236--60716361	43	2.7	45	77	13	132	34	19	20	25	1.96
60725822--60726000	27	6.6	27	83	5	182	29	28	14	27	1.95
60725848--60725998	82	1.9	81	85	4	214	28	28	15	27	1.96
60726546--60726570	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
60733719--60733897	27	6.6	27	82	5	182	28	27	15	27	1.96
60733745--60733895	82	1.9	81	85	4	214	27	27	16	27	1.97
60734444--60734468	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
60755115--60755293	27	6.6	27	84	5	191	29	28	15	26	1.96
60755137--60755292	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60758913--60758968	22	2.6	22	85	2	69	44	0	16	39	1.47
60759312--60759470	42	3.7	41	72	12	129	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60763896--60764015	38	3.1	37	79	7	123	30	22	21	25	1.99
60763867--60764015	76	1.9	80	81	8	182	32	22	20	24	1.98
60767160--60767242	33	2.5	33	94	0	139	26	13	9	50	1.72
60767185--60767240	20	3.2	20	67	32	63	25	16	10	48	1.78
60767146--60767274	33	4.1	33	82	8	137	28	11	11	48	1.75
60773388--60773426	14	2.8	14	84	0	51	41	10	17	30	1.83
60773972--60774008	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
60774020--60774074	22	2.7	21	83	8	60	50	0	0	49	1.00
60775739--60775777	17	2.3	17	95	0	69	43	15	38	2	1.60
60784479--60784548	30	2.5	28	84	9	90	32	20	5	41	1.75
60786894--60786930	17	2.1	19	85	10	51	51	5	21	21	1.68
60786986--60787048	29	2.2	29	100	0	126	57	12	15	14	1.66
60787892--60787926	17	2.0	18	88	5	54	28	8	5	57	1.52
60802958--60803118	46	3.5	44	82	9	171	21	30	21	26	1.98
60810531--60810744	46	4.6	45	78	9	200	22	30	20	27	1.98
60810531--60810752	94	2.4	92	81	8	247	22	30	19	26	1.98
60817418--60817443	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
60826282--60826382	53	2.0	50	80	9	114	34	5	1	57	1.34
60826449--60826494	23	2.0	22	87	4	65	32	4	8	54	1.51
60826523--60826561	19	2.1	19	95	0	69	30	12	5	51	1.62
60826607--60826657	18	2.7	18	78	18	59	33	3	0	62	1.13
60826566--60826669	20	5.2	20	68	23	60	32	2	7	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60827033--60827087	22	2.5	23	77	14	62	34	7	3	54	1.46
60836078--60836382	73	4.2	73	85	6	400	28	16	20	33	1.95
60836073--60836382	147	2.1	147	86	3	455	28	16	20	34	1.94
60836292--60836613	88	3.7	87	80	9	363	28	16	18	36	1.92
60838480--60838525	23	2.0	22	87	4	65	32	4	8	54	1.51
60838555--60838593	19	2.1	19	95	0	69	30	12	5	51	1.62
60838646--60838692	24	2.0	25	84	15	66	38	4	0	57	1.18
60839012--60839070	24	2.5	22	82	17	75	30	5	5	59	1.41
60850201--60850511	100	3.1	100	93	0	532	30	21	23	23	1.99
60853182--60853342	70	2.3	72	91	2	272	11	33	3	51	1.55
60856309--60856375	33	2.0	33	94	0	116	25	13	22	38	1.90
60856510--60856543	13	2.8	12	91	8	52	38	0	0	61	0.96
60856843--60856875	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
60856822--60856942	58	2.1	57	83	7	149	43	0	4	52	1.20
60857617--60857719	50	2.1	50	98	0	197	32	7	13	46	1.72
60858514--60858547	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
60859414--60859447	11	3.1	11	100	0	68	35	11	8	44	1.72
60860657--60860696	20	2.0	20	85	0	53	50	15	10	25	1.74
60865562--60865587	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
60866471--60866504	6	5.5	6	86	6	50	0	23	0	76	0.79
60866471--60866503	13	2.6	13	90	4	50	0	24	0	75	0.80
60866930--60866972	13	2.9	16	80	16	56	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60874011--60874058	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
60881034--60881066	12	2.8	12	95	4	59	60	18	0	21	1.36
60882926--60883108	47	4.0	45	84	9	199	32	27	19	21	1.97
60882931--60883108	94	1.9	92	85	4	241	32	26	19	20	1.97
60886093--60886153	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
60891876--60892054	51	3.5	51	86	6	231	28	29	14	27	1.95
60896507--60896771	40	6.6	40	86	3	300	26	28	20	24	1.99
60896507--60896718	80	2.6	80	90	0	334	26	28	20	23	1.99
60896703--60896780	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
60903004--60903183	40	4.6	39	82	10	206	25	27	22	25	2.00
60903004--60903183	78	2.3	80	82	8	217	25	27	22	25	2.00
60916669--60916840	40	4.3	40	85	2	195	24	28	22	25	1.99
60916825--60916902	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60918195--60918379	79	2.3	81	82	7	227	26	27	22	23	1.99
60918176--60918379	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	24	2.00
60920076--60920260	40	4.7	40	80	6	207	25	22	27	25	2.00
60920129--60920293	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
60924418--60924464	24	2.0	23	84	16	60	38	8	17	36	1.80
60926247--60926285	14	2.9	13	77	7	51	41	12	17	28	1.87
60927077--60927271	53	3.6	53	75	4	142	22	25	15	36	1.94
60929984--60930021	19	2.0	19	100	0	76	42	26	10	21	1.85
60933181--60933300	60	2.0	61	86	6	172	27	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60933181--60933329	60	2.5	60	82	7	169	26	25	20	28	1.99
60933322--60933367	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
60934006--60934052	24	2.0	24	86	0	67	36	4	38	21	1.73
60935469--60935580	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
60935469--60935580	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
60942368--60942656	50	5.7	50	75	5	226	24	17	26	31	1.97
60942412--60942663	101	2.5	100	81	3	303	24	17	26	30	1.97
60942376--60942695	150	2.1	152	83	2	385	24	16	27	31	1.96
60948111--60948151	21	2.0	21	95	0	73	36	21	9	31	1.86
60954458--60954737	49	5.8	48	68	11	162	28	18	27	25	1.98
60968483--60968731	49	5.0	50	76	1	223	25	17	26	30	1.97
60968488--60968668	101	1.8	100	85	1	254	27	17	24	30	1.97
60968929--60968958	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
60971436--60971512	40	1.9	40	86	5	111	35	25	15	23	1.94
60977381--60977743	46	7.7	48	72	13	172	25	28	17	28	1.97
60977573--60977743	46	3.7	46	79	6	175	23	28	18	29	1.97
60981922--60982042	40	2.9	40	79	9	109	33	28	13	23	1.93
60989176--60989209	17	2.0	17	100	0	68	41	5	17	35	1.74
60989327--60989401	17	4.0	18	76	11	62	61	2	1	34	1.18
60991095--60991312	46	4.8	45	78	7	192	25	20	31	23	1.98
60991095--60991349	90	2.8	90	79	5	262	25	19	30	24	1.98
60993799--60993855	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60993797--60993867	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
60993808--60993862	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
60993912--60994036	24	5.2	24	89	3	182	31	24	19	24	1.98
60993912--60994036	47	2.6	48	86	5	182	31	24	19	24	1.98
60994248--60994311	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
61001446--61001710	40	6.7	40	89	4	358	26	27	21	24	1.99
61001446--61001710	119	2.2	121	85	4	369	26	27	21	24	1.99
61003446--61003502	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
61003444--61003514	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
61003455--61003509	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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