genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56416828--56416872	24	1.9	23	82	13	56	13	15	20	51	1.76
56422206--56422238	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
56425389--56425573	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
56425389--56425573	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
56425442--56425606	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
56430389--56430415	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
56430897--56431074	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56430898--56431053	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56430894--56431074	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
56434475--56434542	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
56434364--56434691	174	1.9	174	94	0	584	30	24	14	30	1.95
56434647--56434722	29	2.6	30	83	12	104	27	28	14	28	1.95
56435803--56435827	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
56443970--56444144	47	3.8	45	79	8	154	27	20	30	21	1.98
56443970--56444144	94	1.9	93	81	8	212	27	20	30	21	1.98
56458201--56458365	47	3.5	46	77	7	161	26	19	30	24	1.98
56464531--56464567	18	2.1	18	100	0	74	32	40	5	21	1.76
56467508--56467620	27	4.2	27	86	3	131	38	20	22	19	1.94
56471299--56471456	45	3.5	45	79	7	178	20	13	31	34	1.92
56473774--56473830	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
56475073--56475104	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
56475049--56475104	15	3.6	16	80	7	62	69	0	26	3	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56476728--56476879	27	5.6	27	87	0	223	39	20	9	30	1.84
56476728--56476897	27	6.3	27	81	6	168	40	20	8	31	1.83
56476728--56476897	54	3.1	54	87	3	234	40	20	8	31	1.83
56476728--56476897	81	2.1	81	84	6	220	40	20	8	31	1.83
56476909--56477039	29	4.6	28	74	14	106	43	16	9	30	1.79
56477065--56477315	27	9.3	27	87	0	315	29	22	5	41	1.78
56477065--56477315	81	3.1	81	87	0	351	29	22	5	41	1.78
56477328--56477784	27	17.0	27	87	2	573	34	20	20	24	1.96
56478469--56478525	27	2.2	26	90	3	87	17	24	21	36	1.94
56478685--56478775	6	14.8	6	70	17	62	20	18	14	46	1.84
56478662--56478733	31	2.3	31	90	2	108	20	15	11	52	1.72
56478697--56478761	25	2.6	25	92	0	103	20	20	13	46	1.84
56478690--56478766	25	2.7	29	76	19	90	20	19	12	46	1.83
56480692--56480839	27	5.5	27	82	3	165	43	18	8	29	1.80
56480882--56481079	27	7.3	27	83	0	207	29	21	7	42	1.79
56480882--56481079	81	2.4	81	88	1	281	29	21	7	42	1.79
56481078--56481170	27	3.4	27	79	4	107	37	19	10	32	1.86
56483286--56483429	46	3.1	44	74	15	123	29	29	19	21	1.98
56484777--56484869	38	2.4	38	98	0	177	25	44	13	16	1.85
56485707--56485759	27	2.0	27	92	0	88	22	16	22	37	1.94
56485722--56485879	27	5.8	27	87	3	201	25	10	24	39	1.86
56485871--56485940	27	2.6	27	82	8	97	38	7	21	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56485762--56485917	82	1.9	83	80	4	181	30	8	23	37	1.85
56486997--56487458	27	17.2	26	87	3	523	33	20	21	24	1.97
56488155--56488206	27	1.9	27	84	7	70	23	23	19	34	1.96
56488351--56488410	31	1.9	31	96	0	111	21	16	13	48	1.80
56488385--56488442	25	2.3	25	84	0	71	20	18	13	46	1.83
56488378--56488435	25	2.7	19	71	26	53	20	18	12	48	1.80
56488422--56488456	12	2.9	12	91	0	52	22	14	11	51	1.74
56500521--56500670	22	6.6	23	87	5	191	30	19	24	26	1.98
56501720--56501770	27	1.9	26	84	4	66	31	21	29	17	1.96
56509586--56509740	48	3.3	48	75	10	165	21	29	18	30	1.97
56515612--56515849	42	5.6	42	74	9	180	31	24	16	26	1.96
56515612--56515880	85	3.1	85	81	6	267	30	24	17	27	1.97
56515872--56515994	48	2.5	49	80	7	144	26	23	17	31	1.97
56523064--56523088	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
56523377--56524008	44	14.4	44	86	4	794	22	31	16	29	1.96
56523781--56523879	51	1.9	51	85	0	135	20	31	16	32	1.94
56523970--56524192	87	2.6	87	89	5	333	27	26	17	28	1.98
56524288--56524412	61	2.0	64	89	7	195	37	12	16	32	1.87
56528154--56528201	19	2.5	19	93	0	87	41	16	20	20	1.90
56528164--56528217	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
56530217--56530242	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
56530318--56530355	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56531227--56531266	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
56533663--56533710	20	2.2	20	78	10	51	20	6	18	54	1.65
56542164--56542233	34	2.1	34	100	0	140	47	11	20	21	1.81
56546733--56546765	16	2.1	16	100	0	66	24	12	24	39	1.89
56548009--56548069	33	1.9	31	83	12	79	27	21	24	26	1.99
56548096--56548205	43	2.5	43	81	7	125	31	18	23	26	1.97
56548137--56548239	43	2.4	43	85	3	136	27	18	26	28	1.98
56551869--56552041	93	1.9	93	88	2	267	20	19	30	30	1.97
56551874--56552048	46	3.8	46	74	14	162	20	18	29	31	1.96
56556665--56557168	47	10.7	47	97	0	911	31	8	28	30	1.87
56557286--56557364	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56559207--56559280	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56559590--56559945	40	8.9	40	83	2	369	25	22	27	25	2.00
56563337--56563881	47	11.7	47	97	0	1015	31	8	28	30	1.87
56563516--56563596	22	3.5	23	66	11	67	30	9	28	30	1.89
56563846--56563913	36	1.9	36	88	5	104	32	10	30	26	1.90
56564036--56564114	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56565942--56566018	31	2.5	31	82	4	93	51	14	14	19	1.75
56565931--56565965	6	5.8	6	87	12	54	48	17	17	17	1.81
56566137--56566196	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
56566470--56566574	27	3.9	27	88	1	140	25	21	18	34	1.96
56566566--56566744	27	6.7	26	77	5	110	30	8	23	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56566564--56566723	81	2.0	81	80	2	178	31	10	22	36	1.87
56568691--56568774	6	13.7	6	70	18	57	50	15	15	19	1.79
56568675--56568774	31	3.3	31	76	4	96	51	15	15	19	1.77
56568700--56568775	19	4.1	19	70	14	52	51	14	15	18	1.77
56568897--56568956	27	2.3	26	85	2	75	38	20	18	23	1.93
56569226--56569369	27	5.3	27	86	3	166	24	20	19	36	1.95
56569348--56569536	81	2.3	80	72	5	184	31	8	22	36	1.85
56569406--56569530	27	4.6	26	81	5	99	28	9	22	39	1.85
56575646--56575701	15	3.7	15	83	7	78	10	16	12	60	1.58
56575642--56575701	30	2.0	30	90	6	95	10	15	16	58	1.63
56577728--56577787	30	2.0	30	90	0	93	35	8	25	31	1.85
56578210--56578379	46	3.7	46	77	17	190	21	21	28	28	1.99
56578207--56578377	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.99
56578911--56578940	13	2.3	13	100	0	60	16	0	13	70	1.18
56581280--56581385	37	2.9	37	97	0	194	23	32	19	24	1.98
56581526--56581949	48	8.8	48	97	0	767	30	27	6	35	1.81
56585394--56585761	188	2.0	187	81	6	440	29	16	19	34	1.94
56585860--56585891	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
56586253--56586305	21	2.5	21	84	0	70	20	1	26	50	1.58
56586347--56586423	32	2.5	30	72	8	75	25	3	23	46	1.69
56586402--56586469	21	3.2	21	79	6	66	26	1	22	50	1.58
56587350--56587433	40	2.1	40	86	0	114	25	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56587150--56587424	148	1.9	148	80	1	327	24	19	22	33	1.97
56589636--56589676	20	2.1	20	86	4	57	19	29	34	17	1.94
56595249--56595478	50	4.7	47	76	9	203	24	30	19	26	1.98
56595249--56595474	100	2.3	97	81	7	253	24	30	19	26	1.98
56600581--56600685	43	2.4	43	85	0	129	27	13	29	29	1.94
56607567--56607678	24	4.8	23	80	14	115	32	16	21	29	1.96
56611710--56611767	28	2.1	28	100	0	116	27	24	10	37	1.88
56615044--56615098	23	2.3	24	87	3	76	36	16	18	29	1.92
56617937--56618018	27	3.0	27	100	0	164	36	23	7	32	1.82
56621147--56621176	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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