genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72174837--72175286	90	5.0	90	89	1	697	26	26	15	31	1.95
72175145--72175284	45	3.1	45	65	19	110	27	25	15	30	1.96
72175203--72175361	75	2.1	76	94	1	275	28	26	16	27	1.97
72175279--72175407	45	2.9	44	69	20	115	27	28	16	27	1.97
72186436--72186647	119	1.8	113	81	6	262	52	12	5	29	1.61
72186689--72186723	18	1.9	18	88	0	52	71	5	2	20	1.19
72187095--72187230	7	18.4	7	70	20	82	65	0	1	32	1.07
72187088--72187228	26	5.4	25	75	20	139	64	1	1	32	1.11
72187103--72187229	67	1.9	67	87	6	188	65	0	1	32	1.08
72187147--72187250	33	3.2	32	75	14	97	60	1	0	36	1.14
72187261--72187310	16	3.3	16	78	15	54	68	0	0	32	0.90
72187105--72187300	20	10.1	20	67	20	78	62	1	2	34	1.14
72187470--72187527	30	1.9	30	82	6	73	56	6	13	22	1.61
72191922--72191999	38	2.1	38	95	0	138	15	11	25	47	1.79
72205825--72205850	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
72214712--72214738	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
72219711--72219791	38	2.1	38	83	0	99	18	11	19	50	1.76
72220056--72220136	38	2.1	38	83	0	99	19	13	20	45	1.84
72219422--72220400	341	2.9	344	90	0	1529	28	11	16	43	1.83
72222599--72222634	17	2.1	18	89	5	56	11	41	36	11	1.76
72222579--72222775	103	1.9	103	85	2	270	17	35	28	18	1.94
72243390--72243477	40	2.2	40	80	8	99	46	2	3	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72245293--72245319	14	1.9	14	100	0	54	81	11	7	0	0.87
72245660--72245692	17	1.9	17	93	0	57	45	3	24	27	1.68
72245851--72245930	28	2.8	29	86	3	117	16	3	32	47	1.64
72247138--72247299	80	2.0	80	93	0	279	38	16	10	33	1.83
72249724--72249947	40	5.6	40	86	3	288	24	23	25	26	2.00
72249728--72249947	83	2.7	79	86	6	282	23	24	26	25	2.00
72251879--72252088	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
72259824--72260033	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
72266646--72266848	40	5.2	40	88	5	272	27	26	22	24	2.00
72297344--72297605	40	6.6	40	86	4	350	24	22	26	26	2.00
72317331--72317369	14	2.8	14	76	0	51	30	12	2	53	1.52
72317116--72317764	126	5.2	126	84	2	795	29	16	16	38	1.90
72318428--72318460	16	2.1	16	94	0	57	54	6	3	36	1.41
72319356--72319393	19	2.0	19	94	0	67	28	10	13	47	1.76
72319467--72319536	36	1.9	36	86	11	99	40	4	1	54	1.29
72321001--72321042	21	2.0	21	100	0	84	47	14	0	38	1.44
72322315--72322528	47	4.6	49	76	7	196	23	28	18	29	1.98
72331898--72331969	37	1.9	37	91	0	117	22	33	20	23	1.97
72332103--72332208	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
72335604--72335683	28	2.8	28	77	7	90	26	30	20	23	1.98
72335862--72335997	43	3.2	43	91	0	218	30	32	24	13	1.93
72337858--72337963	48	2.2	48	91	0	167	33	26	5	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72341766--72341813	17	2.8	18	75	6	55	64	0	0	35	0.94
72344402--72344441	18	2.2	19	90	4	64	55	0	17	27	1.43
72348049--72348086	14	2.8	14	88	11	53	65	2	0	31	1.06
72347960--72348566	240	2.5	233	78	12	699	46	6	9	37	1.62
72349187--72349237	21	2.3	23	76	6	61	37	1	7	52	1.42
72349186--72349237	23	2.3	24	70	12	56	36	1	7	53	1.41
72349051--72349324	144	1.9	145	86	4	396	41	5	9	42	1.61
72350236--72350297	27	2.3	27	88	0	88	35	8	6	50	1.58
72357117--72357178	30	2.1	30	93	0	106	35	22	14	27	1.93
72365413--72365470	24	2.4	24	85	5	73	36	13	24	25	1.92
72366799--72366853	16	3.4	16	75	9	58	23	12	27	36	1.91
72367856--72367895	17	2.3	18	82	8	55	15	22	40	22	1.91
72374117--72374159	21	2.0	22	86	4	61	51	13	2	32	1.54
72376193--72376268	28	2.7	28	85	0	116	26	27	10	35	1.89
72376305--72376383	40	2.0	40	82	9	99	34	22	16	26	1.95
72379924--72379950	8	3.4	8	100	0	54	29	0	11	59	1.32
72382509--72382581	36	2.0	36	82	10	87	42	2	30	24	1.69
72385570--72385629	27	2.2	27	79	5	68	28	18	23	30	1.98
72388248--72388414	46	3.6	46	77	13	189	28	29	19	22	1.98
72388256--72388426	93	1.8	93	91	0	279	27	28	21	22	1.99
72388253--72388442	46	4.1	45	73	20	117	27	28	20	23	1.99
72390905--72390955	23	2.4	20	75	21	50	25	9	21	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72391249--72391300	27	2.0	27	81	7	63	19	23	21	36	1.95
72393261--72393322	31	2.0	31	100	0	124	38	12	19	29	1.89
72393948--72393976	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
72394046--72394076	14	2.2	14	100	0	62	58	0	41	0	0.98
72395920--72395949	11	2.7	11	94	0	51	40	16	0	43	1.48
72395888--72395949	32	1.9	32	83	6	81	38	16	3	41	1.64
72396085--72396183	48	2.1	48	86	7	139	34	7	6	52	1.53
72397806--72397848	18	2.4	18	92	0	68	18	25	11	44	1.84
72400951--72401458	126	4.0	126	87	0	712	28	18	17	36	1.93
72401979--72402048	20	3.6	20	73	19	76	42	27	0	30	1.56
72401993--72402072	38	2.2	36	85	12	103	42	26	0	31	1.56
72412970--72413041	30	2.5	28	80	8	81	43	4	4	48	1.41
72415837--72415948	51	2.2	51	90	0	170	29	16	25	28	1.96
72422512--72422623	51	2.2	51	93	0	188	31	16	24	28	1.96
72438214--72438295	41	2.0	41	100	0	164	21	9	19	48	1.77
72441755--72441798	22	2.0	22	90	0	70	59	0	2	38	1.10
72441809--72441845	19	2.1	19	85	14	53	54	2	5	37	1.38
72442789--72442836	21	2.3	21	82	10	62	37	0	4	58	1.18
72448757--72448925	46	3.6	46	77	13	159	28	18	28	23	1.98
72448757--72448973	46	4.7	43	76	14	141	29	19	28	23	1.98
72453854--72454020	46	3.6	45	78	9	176	26	17	30	24	1.97
72453896--72454047	46	3.3	46	77	10	143	27	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72456125--72456188	31	2.1	31	97	2	121	32	3	17	46	1.63
72457531--72457572	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
72460509--72460851	76	4.5	76	92	2	530	42	8	13	35	1.75
72460509--72460851	153	2.2	152	90	3	530	42	8	13	35	1.75
72460796--72461142	173	2.0	172	96	0	631	42	11	11	34	1.77
72464296--72464363	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
72464795--72464855	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
72468519--72468620	40	2.6	40	89	3	145	10	17	26	45	1.81
72471865--72471911	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
72472260--72472542	101	2.8	101	88	1	397	26	18	24	31	1.97
72472260--72472592	50	6.6	50	75	8	316	26	18	24	30	1.98
72472803--72472834	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
72480500--72480734	48	4.9	47	81	7	224	27	18	28	25	1.98
72480513--72480737	96	2.3	95	82	5	256	28	19	28	24	1.98
72504681--72504783	45	2.3	45	93	0	170	26	21	11	40	1.87
72506636--72506763	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
72506636--72506763	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
72514609--72514736	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
72514609--72514736	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
72519324--72519384	27	2.3	27	86	11	81	19	21	11	47	1.81
72522048--72522214	47	3.6	45	78	7	163	28	19	28	23	1.98
72522046--72522358	49	6.6	47	74	9	217	28	18	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72523123--72523257	55	2.5	55	84	4	166	20	18	30	30	1.97
72525690--72525963	145	1.9	145	96	0	512	31	23	15	29	1.95
72525948--72526019	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
72531364--72531416	18	2.9	18	91	5	81	20	20	13	45	1.84
72531878--72531914	18	2.1	18	89	0	56	43	0	8	48	1.32
72537729--72537761	15	2.2	15	100	0	66	30	18	12	39	1.87
72549152--72549273	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
72549124--72549767	47	13.6	47	92	1	888	27	29	9	33	1.88
72549268--72549345	25	3.2	25	67	17	74	32	33	6	28	1.82
72549248--72549323	24	3.2	24	64	23	61	26	34	10	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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