genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  251  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82794599--82794652	11	4.6	12	79	9	58	70	0	0	29	0.88
82801012--82801060	20	2.5	20	86	6	73	69	2	6	22	1.21
82801012--82801060	10	4.9	10	80	9	64	69	2	6	22	1.21
82803272--82803310	19	2.2	17	86	9	51	38	0	17	43	1.50
82805285--82805478	94	2.1	94	92	0	318	37	24	11	27	1.89
82806999--82807214	108	2.0	108	90	0	342	37	27	15	19	1.92
82811509--82811551	21	2.0	21	100	0	86	20	13	13	51	1.76
82813154--82813209	27	2.1	27	100	0	112	48	14	17	19	1.81
82814187--82814219	6	5.8	6	96	3	52	90	9	0	0	0.44
82815639--82815717	39	2.0	39	97	0	149	48	25	11	15	1.78
82817932--82817964	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
82817926--82817981	24	2.3	25	84	9	71	33	0	0	66	0.92
82821542--82821572	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
82825477--82825856	190	2.0	190	100	0	760	43	4	13	37	1.65
82828855--82828884	13	2.3	13	100	0	60	66	0	0	33	0.92
82829160--82829501	115	3.0	113	88	4	494	35	11	7	44	1.70
82829866--82829930	31	2.1	31	82	5	78	18	4	4	72	1.20
82830298--82830348	23	2.2	23	89	0	75	37	0	11	50	1.39
82830307--82830348	13	3.5	13	78	18	54	38	0	11	50	1.40
82839159--82839199	21	2.0	21	85	0	55	56	2	12	29	1.49
82839669--82839704	18	1.9	19	88	5	56	47	5	5	41	1.50
82839809--82839845	12	2.8	14	88	12	60	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82839809--82839843	6	5.5	6	87	12	52	77	0	22	0	0.78
82840472--82840520	5	9.6	5	93	2	80	36	0	18	44	1.50
82841532--82841593	25	2.4	26	89	10	92	77	8	4	9	1.12
82841540--82841591	15	3.7	15	71	28	51	75	9	5	9	1.20
82845168--82845208	21	2.0	21	90	0	64	17	34	24	24	1.96
82846415--82846476	21	3.0	20	90	4	90	40	19	25	14	1.90
82851541--82851823	18	15.3	18	68	12	126	36	14	12	36	1.84
82851541--82851823	36	7.6	36	69	13	171	36	14	12	36	1.84
82851621--82851823	18	11.3	18	73	10	137	36	14	11	36	1.83
82851622--82851823	72	2.8	71	80	6	212	37	14	11	36	1.84
82851991--82852185	45	4.3	45	90	0	291	40	21	18	18	1.92
82852581--82852641	15	3.9	16	75	12	56	37	22	0	39	1.55
82852594--82852641	5	9.2	5	86	8	51	37	25	0	37	1.56
82852605--82852641	11	3.5	11	92	3	58	40	21	0	37	1.54
82854008--82854047	9	4.4	10	84	15	52	15	17	0	67	1.23
82854008--82854047	5	8.8	5	79	20	52	15	17	0	67	1.23
82854012--82854054	13	3.3	13	84	15	54	16	13	0	69	1.19
82858315--82858341	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
82861347--82861381	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
82868022--82868074	16	3.3	16	89	0	79	39	7	24	28	1.82
82868255--82868378	58	2.1	58	88	2	178	53	3	0	43	1.17
82874426--82874497	35	2.1	35	97	0	135	25	2	26	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82878380--82878484	55	1.9	55	92	0	174	37	12	17	33	1.87
82878615--82878755	55	2.5	55	78	6	140	29	17	15	36	1.91
82888613--82888687	28	2.6	28	80	16	82	61	2	2	33	1.24
82888868--82888911	19	2.3	19	84	0	61	59	0	0	40	0.98
82888991--82889031	21	2.0	21	90	0	64	31	0	0	68	0.90
82889012--82889056	20	2.3	20	85	11	58	40	0	4	55	1.20
82889046--82889087	21	2.0	21	86	9	59	52	2	0	45	1.13
82891014--82891073	27	2.3	27	80	11	63	53	1	5	40	1.33
82902120--82902146	13	2.1	13	100	0	54	66	0	7	25	1.17
82908982--82909051	36	1.9	37	88	2	106	45	4	1	48	1.30
82910088--82910170	3	29.3	3	74	16	79	68	1	28	1	1.04
82910091--82910170	37	2.2	36	88	6	117	68	1	28	1	1.05
82910090--82910159	11	6.7	11	74	25	64	70	1	27	1	1.05
82910292--82910322	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
82912017--82912059	21	2.0	21	86	0	59	27	23	20	27	1.99
82918133--82918217	5	17.0	5	100	0	170	40	0	0	60	0.97
82918851--82918957	45	2.4	45	85	3	144	22	18	17	41	1.91
82918940--82918982	18	2.3	18	88	4	59	23	20	16	39	1.92
82919709--82919742	14	2.6	13	86	13	52	76	0	2	20	0.92
82925044--82925131	5	17.6	5	100	0	176	39	0	0	60	0.97
82925762--82925786	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
82925764--82925870	45	2.4	45	84	3	144	20	19	17	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82927567--82927612	13	3.5	13	80	14	51	54	2	0	43	1.12
82930322--82930351	15	2.0	15	93	0	51	13	23	40	23	1.90
82936971--82937233	97	2.7	97	81	0	294	27	23	18	30	1.98
82938556--82938609	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
82938863--82939092	50	4.7	49	79	5	248	26	16	25	30	1.97
82938863--82939095	99	2.4	99	82	4	265	26	17	25	30	1.97
82940833--82941073	90	2.7	88	76	9	256	26	20	20	31	1.97
82940833--82941165	179	1.9	178	88	0	504	27	21	18	32	1.97
82940830--82941118	89	3.2	88	75	6	285	27	21	20	31	1.98
82940859--82941165	89	3.4	87	74	7	278	27	21	17	33	1.96
82941017--82941513	261	1.9	262	82	4	617	26	23	19	30	1.98
82941017--82941514	132	3.8	129	78	5	473	26	23	19	30	1.98
82948314--82948442	53	2.5	53	83	6	156	26	19	26	27	1.99
82949832--82949976	38	3.8	38	84	3	166	33	23	19	24	1.97
82949832--82949976	76	1.9	76	84	0	191	33	23	19	24	1.97
82955364--82955492	46	3.0	43	86	7	163	25	30	21	22	1.99
82955485--82955647	38	4.2	38	84	1	191	29	23	22	24	1.99
82978826--82978877	16	3.2	16	94	0	95	25	1	36	36	1.67
82978858--82978948	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
82979113--82979147	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
82979304--82979336	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
82979681--82979819	59	2.4	58	87	2	197	36	21	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82986204--82986338	41	3.3	40	85	2	162	33	20	24	22	1.97
82986950--82986998	24	2.0	24	92	7	82	53	2	2	42	1.24
82987357--82987396	20	1.9	22	90	10	66	72	5	0	22	1.04
82987808--82987859	14	3.8	13	77	12	52	59	3	1	34	1.27
82989923--82990073	81	1.9	81	83	5	198	22	9	21	46	1.80
82992459--82992505	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
82993584--82993714	27	4.9	26	78	9	131	34	21	24	19	1.97
82993602--82993714	53	2.1	54	90	4	176	34	23	23	18	1.96
82993820--82993882	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
82995315--82995422	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
83000611--83000766	27	5.8	27	78	11	151	34	20	25	19	1.96
83000629--83000766	54	2.6	54	89	2	206	34	21	24	18	1.96
83000875--83000937	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
83002377--83002484	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
83005216--83005303	6	14.3	6	68	17	56	47	12	19	20	1.81
83005237--83005303	25	2.7	25	88	0	98	46	11	20	20	1.82
83005421--83005528	27	4.0	26	89	5	153	36	22	24	17	1.95
83005687--83005751	22	3.0	22	82	8	87	30	23	24	21	1.99
83006127--83006189	27	2.3	27	88	0	90	23	6	22	47	1.74
83008188--83008279	25	3.7	25	80	0	94	47	8	20	22	1.77
83008397--83008504	27	4.0	26	85	5	144	37	22	22	17	1.94
83008413--83008530	54	2.2	55	77	7	125	38	22	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83008665--83008727	22	2.9	22	79	9	74	31	23	26	17	1.97
83009102--83009245	27	5.3	27	78	3	137	27	18	16	38	1.92
83009104--83009245	54	2.6	54	85	0	176	27	18	15	38	1.91
83009282--83009477	27	7.3	26	81	5	176	28	8	21	41	1.82
83009288--83009513	81	2.8	80	78	6	213	29	7	20	42	1.80
83009282--83009513	54	4.3	52	75	8	171	28	8	21	41	1.81
83009470--83009520	27	1.9	27	88	4	77	33	7	21	37	1.82
83009335--83009513	27	6.7	27	78	8	123	30	8	19	41	1.81
83009479--83009529	27	1.9	27	84	4	68	37	5	17	39	1.74
83017459--83017521	24	2.6	24	87	0	81	26	22	6	44	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333