genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82032084--82032109	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
82037658--82037877	47	4.7	48	78	12	167	24	31	18	25	1.97
82037666--82037832	46	3.6	46	80	14	148	25	31	17	24	1.97
82038535--82038582	8	6.1	8	80	4	62	60	8	14	16	1.57
82038535--82038582	23	2.0	24	92	4	80	60	8	14	16	1.57
82038552--82038586	16	2.2	16	100	0	70	65	5	11	17	1.43
82040291--82040328	18	2.2	17	90	4	58	71	2	0	26	1.00
82055123--82055287	85	1.9	85	83	4	215	29	24	17	27	1.97
82055668--82055734	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
82055680--82055737	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
82060814--82061057	49	4.9	49	78	4	238	29	26	18	25	1.98
82060827--82061057	100	2.3	99	82	2	275	29	26	18	24	1.98
82061391--82061448	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
82061638--82061696	30	2.0	29	83	9	75	28	27	6	37	1.82
82064824--82064959	56	2.4	56	97	0	254	30	25	15	27	1.96
82072441--82072549	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
82072756--82072949	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
82080373--82080557	40	4.6	39	82	7	196	23	22	28	26	1.99
82080373--82080552	79	2.3	80	84	7	233	23	22	28	25	1.99
82083721--82083868	41	3.5	42	80	12	142	28	27	17	26	1.98
82083712--82083871	45	3.8	41	80	7	133	29	28	17	25	1.97
82089844--82089972	46	2.8	47	90	2	199	31	28	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82100991--82101168	40	4.5	39	92	4	268	23	22	26	26	2.00
82109074--82109277	40	5.1	40	94	0	338	24	21	26	27	1.99
82113064--82113366	40	7.6	40	95	0	527	22	26	19	31	1.98
82121771--82122016	40	6.2	40	95	1	428	21	27	20	30	1.98
82121771--82122060	120	2.6	118	88	9	428	22	27	20	30	1.98
82121771--82122060	40	7.8	34	87	10	200	22	27	20	30	1.98
82132013--82132054	14	3.0	14	80	10	50	45	2	7	45	1.44
82149825--82149868	22	2.0	22	90	0	70	59	0	0	40	0.98
82150299--82150326	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
82152627--82152651	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
82154749--82154807	27	2.2	27	100	0	118	49	15	11	23	1.77
82154669--82154910	135	1.8	133	98	1	466	38	11	15	33	1.85
82155229--82155284	27	2.0	28	89	3	87	46	12	5	35	1.65
82155655--82155714	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
82157287--82157320	13	2.6	13	100	0	68	35	0	38	26	1.57
82161488--82161550	22	2.9	22	78	4	74	61	4	14	19	1.49
82164909--82164951	19	2.3	19	88	4	61	48	18	2	30	1.60
82166951--82167277	50	6.5	50	95	0	537	35	15	22	26	1.94
82167257--82167315	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
82167270--82167361	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
82167317--82167384	31	2.2	31	83	0	82	26	19	26	27	1.99
82173869--82174142	50	5.5	50	91	0	440	36	16	21	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82174121--82174269	31	4.8	31	92	0	235	27	18	27	26	1.98
82174289--82174410	47	2.6	47	82	1	147	30	15	24	29	1.96
82182574--82182672	36	2.8	36	72	3	103	29	21	18	31	1.97
82185479--82185505	10	2.7	10	100	0	54	37	22	18	22	1.95
82187855--82187887	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
82190211--82190248	14	2.7	14	87	0	58	23	21	50	5	1.69
82191463--82191494	16	2.0	16	93	0	55	31	15	12	40	1.85
82191738--82191763	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
82193668--82193737	5	13.6	5	80	10	79	58	1	0	40	1.07
82193674--82193729	16	3.6	16	81	13	73	60	1	0	37	1.07
82196378--82196408	16	1.9	16	93	0	53	45	16	25	12	1.83
82196619--82196703	29	3.0	29	82	1	109	27	12	31	28	1.93
82202631--82202709	21	3.7	21	76	17	81	59	0	2	37	1.11
82202626--82202708	5	16.4	5	75	15	73	57	0	2	39	1.12
82206564--82206597	13	2.8	12	91	8	59	41	14	8	35	1.77
82212894--82213003	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
82221004--82221098	25	3.8	25	73	15	72	28	22	20	29	1.98
82225763--82225848	10	8.6	10	71	20	56	41	0	2	55	1.12
82230211--82230273	13	4.8	13	77	14	67	34	4	22	38	1.75
82233220--82233733	95	5.4	94	80	5	525	36	14	18	30	1.90
82233139--82233720	190	3.1	189	82	4	661	37	13	18	29	1.90
82233221--82233733	285	1.8	285	81	4	640	37	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82246214--82246276	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
82246243--82246272	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
82256775--82256827	26	2.0	27	85	3	72	41	7	7	43	1.61
82266886--82266914	6	4.8	6	100	0	58	31	0	51	17	1.45
82267962--82268036	39	1.9	39	81	7	91	38	17	14	29	1.89
82273417--82273451	14	2.5	14	90	0	52	40	2	22	34	1.69
82279128--82279183	20	2.8	19	75	17	51	39	3	3	53	1.36
82285690--82285859	39	4.3	39	93	3	272	25	22	27	24	2.00
82285638--82285865	78	2.9	79	84	10	279	26	22	27	23	2.00
82301610--82301697	44	2.0	44	84	8	117	35	14	18	31	1.91
82301680--82302087	94	4.3	93	75	7	313	35	18	18	27	1.94
82301658--82302085	188	2.3	188	81	4	479	35	17	18	27	1.94
82301739--82302152	94	4.4	93	79	3	418	36	18	18	26	1.94
82303428--82303458	15	2.1	15	93	0	53	19	12	0	67	1.22
82303430--82303468	15	2.6	15	87	0	51	17	12	0	69	1.19
82304039--82304084	19	2.6	17	82	6	56	23	10	4	60	1.47
82307886--82307910	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
82308279--82308335	26	2.1	27	84	9	73	50	1	1	45	1.22
82311020--82311244	40	5.6	40	83	3	290	26	28	22	23	1.99
82311020--82311244	83	2.8	80	84	2	290	26	28	22	23	1.99
82319310--82319534	40	5.6	40	79	5	247	26	26	21	24	2.00
82319310--82319534	83	2.8	80	82	2	272	26	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82326585--82326641	24	2.5	23	78	13	55	22	15	5	56	1.60
82327724--82327756	7	4.9	7	85	7	50	54	0	0	45	0.99
82328021--82328054	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
82329187--82329240	6	8.7	6	76	15	56	74	3	1	20	1.07
82333349--82333378	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
82333504--82333537	13	2.6	14	90	9	54	29	0	35	35	1.58
82334919--82334959	21	1.9	22	90	5	66	17	0	36	46	1.48
82335046--82335173	41	3.2	41	89	2	197	17	21	23	36	1.95
82335046--82335222	81	2.2	82	79	7	200	18	19	22	40	1.92
82335046--82335244	41	4.9	41	81	6	176	18	20	22	38	1.93
82335518--82335586	25	2.7	26	80	13	72	52	5	2	39	1.41
82336498--82336529	15	2.1	15	94	0	55	53	6	12	28	1.62
82355488--82355550	27	2.2	29	81	10	78	34	0	23	41	1.55
82358888--82358948	29	2.1	29	85	11	81	40	1	3	54	1.27
82358924--82358992	21	3.3	20	82	11	86	43	0	4	52	1.21
82358966--82359028	27	2.3	27	86	5	81	38	0	3	58	1.14
82359418--82359456	16	2.5	15	84	8	51	33	0	0	66	0.92
82364745--82364788	18	2.5	18	85	3	63	50	36	0	13	1.42
82365203--82365245	10	4.0	11	82	11	54	72	2	0	25	0.97
82366227--82366274	24	2.0	23	88	4	69	41	6	2	50	1.39
82366556--82366626	23	3.3	22	74	18	60	32	2	9	54	1.48
82368151--82368222	36	2.0	35	97	2	135	5	13	11	69	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82368158--82368233	36	2.1	36	87	4	109	10	13	6	69	1.35
82374116--82374193	41	1.9	41	83	0	102	41	19	19	20	1.91
82374551--82374610	30	2.0	30	96	0	111	51	20	5	23	1.66
82381878--82382189	46	6.7	45	76	14	205	27	18	29	24	1.98
82382018--82382189	96	1.8	93	86	6	247	26	18	29	25	1.98
82381929--82382189	46	5.6	47	76	13	222	27	18	29	24	1.98
82385523--82385551	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
82392797--82392826	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
82400002--82400036	18	1.9	18	100	0	70	17	5	37	40	1.73
82408820--82408852	13	2.6	13	90	4	50	48	6	0	45	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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