genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37531019--37531245	118	1.9	119	85	6	318	25	29	22	21	1.99
37534223--37534389	83	2.0	83	98	0	325	37	8	22	31	1.85
37537799--37537850	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
37552309--37552430	60	2.0	60	95	0	217	33	7	27	31	1.84
37564506--37564575	19	3.7	19	73	5	70	31	7	21	40	1.80
37564505--37564579	38	1.9	39	86	2	107	32	6	21	40	1.79
37572569--37572608	19	2.1	19	85	0	53	25	25	20	30	1.99
37574549--37574699	43	3.5	42	79	8	146	29	25	19	25	1.99
37576705--37576875	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
37576697--37576872	46	3.8	46	80	10	196	28	28	21	22	1.99
37578741--37578829	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37578741--37578820	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
37578752--37578829	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
37582947--37582997	20	2.5	20	96	0	93	29	23	9	37	1.87
37585406--37585463	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
37585406--37585466	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
37589809--37589933	39	3.2	39	90	2	198	26	28	20	24	1.99
37597631--37597683	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
37601325--37601520	78	2.5	77	81	6	209	29	28	20	21	1.98
37601395--37601520	39	3.2	39	94	0	216	26	28	21	23	1.99
37608430--37608692	40	6.6	40	88	2	343	27	28	20	23	1.99
37611338--37611490	78	2.0	78	81	5	184	26	28	19	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37611386--37611497	39	2.9	38	91	2	161	28	27	19	24	1.99
37614885--37615140	47	5.4	47	90	0	386	31	9	30	28	1.88
37614882--37615140	141	1.8	141	91	0	428	32	9	30	28	1.88
37615354--37615404	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
37619044--37619296	47	5.4	47	89	0	371	32	8	31	28	1.86
37619041--37619296	141	1.8	141	93	0	449	32	8	31	28	1.86
37647206--37647314	10	10.7	10	67	29	54	63	0	2	33	1.15
37647206--37647288	36	2.4	33	86	8	103	65	1	2	31	1.13
37647239--37647268	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
37647263--37647310	23	2.1	22	84	3	60	64	0	4	31	1.12
37647253--37647314	10	6.0	10	74	18	56	61	0	3	35	1.12
37647239--37647321	33	2.5	33	75	15	80	65	0	3	31	1.10
37647262--37647327	20	3.0	23	70	17	59	59	0	6	34	1.22
37648336--37648482	40	3.7	40	91	0	231	32	26	20	20	1.97
37650700--37650783	10	8.3	10	66	21	50	39	2	1	57	1.20
37650803--37650894	18	4.7	19	70	18	55	39	5	0	55	1.23
37651470--37651527	29	2.0	28	96	3	107	44	6	6	41	1.58
37652818--37652951	45	2.9	47	80	12	152	27	20	29	21	1.98
37654322--37654721	204	2.0	204	97	0	764	35	7	11	47	1.66
37658480--37658575	44	2.2	44	81	3	113	29	28	22	19	1.98
37658555--37658914	43	8.5	43	88	4	536	31	33	24	11	1.90
37658555--37658914	85	4.2	86	90	3	570	31	33	24	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37663321--37663502	78	2.3	81	83	10	225	25	28	21	24	1.99
37663319--37663502	40	4.7	40	81	11	218	25	28	21	23	1.99
37664630--37664805	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
37671261--37671462	40	5.1	40	80	11	213	25	29	21	24	1.99
37671280--37671462	78	2.3	80	80	11	216	25	29	21	23	1.99
37672318--37672493	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
37673864--37674116	43	6.0	43	92	4	383	32	32	24	11	1.90
37673864--37674116	126	2.0	129	92	3	424	32	32	24	11	1.90
37674081--37674143	27	2.3	27	94	0	117	33	34	23	7	1.84
37690921--37690995	31	2.4	30	82	10	80	37	0	32	30	1.58
37697739--37697777	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
37704404--37704442	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
37716317--37716407	43	2.1	45	93	4	159	43	17	12	26	1.84
37718881--37719018	59	2.3	59	81	7	145	27	27	18	26	1.98
37719023--37719065	19	2.3	19	83	0	50	34	23	18	23	1.96
37722988--37723159	26	6.6	26	77	12	113	29	28	15	27	1.96
37723020--37723158	27	5.3	27	81	10	146	28	28	15	28	1.96
37730387--37730609	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
37739761--37739838	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
37739791--37740292	174	2.9	174	96	0	932	30	14	24	30	1.94
37743837--37743881	23	2.0	23	95	0	81	33	8	20	37	1.83
37745450--37745474	6	4.2	6	100	0	50	36	0	64	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37753139--37753310	40	4.3	40	91	2	260	23	20	26	29	1.99
37761234--37761330	40	2.5	40	89	5	144	25	23	27	22	2.00
37769260--37769432	40	4.3	40	94	2	296	23	24	27	24	2.00
37778640--37778733	34	2.8	32	79	10	100	27	26	22	23	1.99
37779051--37779107	26	2.2	26	81	9	62	29	19	19	31	1.96
37780312--37780371	15	4.4	13	74	17	59	65	0	31	3	1.09
37781115--37781143	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
37781130--37781191	25	2.4	26	81	5	72	54	4	1	38	1.31
37781927--37781990	30	2.1	30	88	0	92	31	12	15	40	1.85
37783913--37784006	42	2.2	43	84	1	118	31	23	15	28	1.96
37783894--37784050	43	3.7	44	78	8	130	31	26	15	26	1.96
37786255--37786383	49	2.6	48	78	7	136	24	29	18	27	1.98
37786256--37786436	98	1.9	97	84	3	247	23	28	19	29	1.98
37786353--37786507	48	3.2	48	78	8	181	21	26	21	30	1.98
37786353--37786530	94	1.9	95	85	1	250	23	25	19	31	1.98
37786359--37786573	94	2.3	93	82	3	243	25	25	18	31	1.97
37786450--37786568	46	2.5	46	79	12	136	27	24	16	31	1.97
37789009--37789043	18	1.9	18	88	0	52	25	20	14	40	1.90
37793218--37793432	49	4.5	46	75	10	177	24	28	20	26	1.99
37793401--37793632	46	4.9	48	73	9	190	23	26	18	31	1.98
37793401--37793623	94	2.4	93	79	8	236	22	26	19	31	1.98
37796037--37796069	16	2.0	17	88	5	50	63	6	18	12	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37799473--37799586	40	2.9	40	78	3	142	22	28	15	32	1.95
37800600--37800633	15	2.3	15	90	5	52	26	0	17	55	1.42
37801763--37801807	22	2.0	22	100	0	90	55	17	22	4	1.60
37806797--37806897	43	2.4	43	85	5	125	23	30	27	17	1.97
37820241--37820716	130	3.7	130	85	4	579	35	19	18	26	1.94
37826441--37826568	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
37826440--37826568	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
37834481--37834608	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
37834480--37834608	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
37836443--37836518	29	2.7	27	74	13	73	27	18	32	21	1.96
37840500--37840594	40	2.4	40	96	1	174	29	27	22	21	1.99
37840500--37840611	40	2.8	40	90	5	156	30	25	21	22	1.99
37849334--37849418	27	3.1	27	86	3	118	38	18	20	22	1.93
37850067--37850146	27	3.0	27	85	5	99	20	25	21	33	1.97
37857651--37857682	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
37858917--37858959	16	2.7	16	86	10	61	48	20	20	9	1.77
37859056--37859093	19	2.0	19	89	0	58	31	18	34	15	1.92
37859062--37859100	9	4.2	9	83	6	51	28	17	38	15	1.91
37859181--37859292	29	3.9	29	81	5	138	25	16	33	24	1.95
37859173--37859285	58	2.0	57	87	5	165	28	15	32	23	1.95
37863137--37863271	40	3.4	39	89	4	207	22	28	14	33	1.94
37863193--37863255	20	3.2	20	66	8	56	17	33	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37863137--37863287	80	1.9	80	86	2	214	23	27	15	34	1.94
37865294--37865324	12	2.6	12	89	0	53	51	6	25	16	1.68
37867880--37868043	43	3.8	43	69	20	128	24	18	23	32	1.97
37870515--37870553	15	2.6	15	95	0	69	15	15	15	53	1.73
37879296--37879537	99	2.4	99	79	4	254	25	18	26	29	1.98
37879293--37879524	49	4.7	50	78	7	240	25	17	27	29	1.97
37889275--37889426	37	4.1	37	91	0	223	25	30	20	23	1.98
37889589--37889727	47	3.0	47	89	0	206	26	30	11	31	1.91
37893736--37894286	40	13.8	40	92	0	816	26	27	21	25	1.99
37895548--37895699	37	4.1	37	94	0	250	25	32	20	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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