genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36060218--36060250	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
36060813--36061149	43	7.9	43	91	0	496	22	26	20	29	1.99
36066248--36066369	42	2.9	42	74	2	127	29	24	17	28	1.97
36076573--36076694	43	2.9	42	83	11	160	31	25	14	28	1.95
36080588--36080760	93	1.9	93	95	2	312	27	28	21	21	1.99
36080581--36080756	46	3.8	46	77	14	200	28	28	21	21	1.98
36080633--36080775	46	3.1	46	70	22	120	29	27	20	23	1.99
36084962--36085535	294	2.0	291	88	2	855	29	19	16	33	1.94
36095211--36095338	6	20.8	6	68	16	66	45	15	18	20	1.86
36095220--36095362	31	4.6	31	86	0	178	47	16	17	18	1.83
36095771--36096207	27	16.2	27	80	7	215	26	20	17	35	1.95
36095771--36096208	54	8.1	54	82	5	474	26	20	17	36	1.94
36095770--36096207	81	5.4	81	82	4	481	26	20	18	35	1.95
36096189--36096532	54	6.4	54	73	6	214	31	9	20	38	1.84
36095770--36096261	81	6.1	80	80	6	433	26	19	18	35	1.94
36096189--36096322	27	5.0	27	83	0	133	30	8	20	39	1.84
36096219--36096538	27	11.8	26	75	9	128	31	8	20	38	1.83
36096191--36096532	81	4.2	80	72	10	239	31	9	20	38	1.84
36098494--36098573	31	2.5	31	85	2	115	50	12	17	20	1.78
36098981--36099364	27	14.3	27	84	1	448	25	19	18	36	1.94
36099347--36099461	27	4.3	27	82	0	122	33	6	22	36	1.81
36099413--36099476	27	2.4	27	91	0	101	39	6	20	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36099487--36099608	27	4.5	27	80	4	138	28	8	21	41	1.81
36099486--36099608	54	2.3	54	85	2	158	29	8	21	41	1.81
36104731--36104756	11	2.4	11	100	0	52	46	11	15	26	1.80
36120979--36121126	39	3.8	38	82	3	170	28	27	20	23	1.99
36126724--36126793	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
36126724--36126821	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
36135432--36135562	39	3.4	38	82	6	156	29	29	18	22	1.97
36135447--36135579	39	3.4	39	81	4	160	31	28	16	23	1.96
36146107--36146276	45	3.9	44	81	10	190	29	27	18	24	1.98
36146102--36146266	86	1.9	84	85	7	226	29	27	18	24	1.98
36167717--36167799	40	2.1	39	81	2	94	28	26	16	27	1.97
36172190--36172367	27	6.6	27	82	5	171	29	26	15	28	1.96
36172211--36172366	82	1.9	81	85	3	215	28	26	16	28	1.97
36179089--36179124	17	2.1	17	100	0	72	33	22	5	38	1.77
36181018--36181110	19	5.1	19	69	12	68	48	12	9	29	1.73
36181008--36181136	54	2.4	54	90	0	195	44	13	9	32	1.76
36183255--36183292	18	2.1	18	95	0	67	57	18	7	15	1.62
36183746--36183824	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
36183942--36184448	47	10.7	47	96	1	888	30	29	8	31	1.87
36184283--36184363	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
36184120--36184388	25	11.4	24	60	17	80	32	27	7	32	1.85
36187962--36188317	40	8.9	40	82	4	371	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36188627--36188705	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
36190612--36190690	37	2.1	37	88	4	115	24	32	18	24	1.97
36190808--36191359	47	11.7	47	96	0	973	30	29	8	30	1.88
36191277--36191357	45	1.9	40	100	0	117	30	29	9	29	1.89
36194896--36195126	40	5.8	39	78	5	196	35	29	18	16	1.92
36196994--36197120	46	2.7	46	86	4	157	22	29	18	29	1.97
36196994--36197160	46	3.6	45	79	9	142	22	28	19	28	1.98
36210555--36210658	53	2.0	53	94	0	181	27	21	12	38	1.89
36212147--36212225	31	2.5	31	93	0	131	25	25	18	30	1.98
36212253--36212340	42	2.1	42	89	0	131	36	18	13	31	1.90
36212485--36212580	25	3.8	25	86	8	133	26	26	25	22	2.00
36212473--36212577	26	4.2	25	80	8	108	26	26	23	22	2.00
36212485--36212581	51	1.9	51	91	8	162	25	25	24	23	2.00
36213384--36213467	27	3.1	27	87	3	116	21	26	21	30	1.98
36213529--36213864	27	12.4	27	78	6	139	33	8	19	38	1.81
36213619--36213811	54	3.6	53	78	4	190	28	8	22	40	1.82
36213752--36213932	80	2.2	81	76	0	184	37	7	20	34	1.81
36213763--36213918	53	2.9	54	85	1	188	40	7	20	31	1.81
36213761--36213918	27	5.9	27	89	1	174	39	7	20	31	1.81
36215928--36216116	44	4.3	43	73	15	122	34	12	24	28	1.92
36221559--36221622	31	2.1	31	93	0	110	37	10	23	28	1.89
36228288--36228325	20	1.9	20	84	10	51	18	5	2	73	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36237711--36237775	16	4.4	16	66	25	52	23	23	1	52	1.56
36237715--36237753	15	2.6	14	80	11	51	23	23	0	53	1.46
36237699--36237781	43	1.9	43	90	0	130	27	20	1	50	1.56
36238985--36239020	15	2.5	15	90	4	56	33	5	0	61	1.19
36242571--36242788	39	5.5	40	91	3	338	27	27	21	23	1.99
36251076--36251292	40	5.5	40	92	2	352	26	26	23	23	2.00
36251076--36251292	117	1.8	118	91	2	357	26	26	23	23	2.00
36253414--36253507	44	2.2	42	90	9	154	31	27	19	21	1.97
36261243--36261286	23	1.9	23	100	0	88	18	9	15	56	1.65
36261349--36261397	22	2.2	22	85	0	62	30	20	14	34	1.92
36262030--36262071	15	2.6	17	77	14	52	50	0	0	50	1.00
36264677--36264733	28	2.0	28	100	0	114	29	14	17	38	1.89
36273743--36273767	13	1.9	13	100	0	50	12	32	32	24	1.91
36286450--36286523	34	2.2	34	92	4	123	29	22	24	22	1.99
36288907--36289004	44	2.3	42	82	8	117	24	20	24	30	1.98
36288908--36289066	43	3.7	43	73	10	146	23	18	26	30	1.98
36298134--36298213	29	2.8	29	84	3	90	42	16	15	26	1.87
36299366--36299427	20	3.3	19	69	17	58	35	24	8	32	1.85
36299359--36299439	36	2.2	36	95	0	144	33	24	6	35	1.81
36299582--36299840	140	1.8	140	82	4	333	22	28	18	30	1.98
36306014--36306217	27	7.6	27	83	1	203	29	13	17	39	1.88
36306538--36306595	30	1.9	30	89	0	89	22	24	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36306561--36306601	18	2.3	18	100	0	82	21	21	9	46	1.80
36309551--36309603	21	2.5	21	100	0	106	20	30	18	30	1.97
36321298--36321996	140	5.1	137	83	7	699	45	5	8	41	1.57
36321587--36321802	71	3.1	71	64	22	182	43	4	9	42	1.57
36339529--36339778	124	2.0	124	87	1	358	44	5	7	42	1.55
36339653--36340095	140	3.2	138	90	0	661	45	4	7	41	1.54
36342019--36342435	49	8.8	42	94	2	294	28	28	8	33	1.87
36341952--36342626	47	13.6	49	83	10	770	28	28	8	33	1.87
36342365--36342508	73	2.0	72	91	2	236	25	30	11	32	1.91
36342412--36342459	24	2.0	24	100	0	96	20	33	16	29	1.95
36342316--36342555	120	2.0	120	98	0	462	27	30	10	32	1.89
36342267--36342603	169	2.0	167	94	2	586	28	28	9	33	1.88
36342436--36342626	49	4.0	48	92	3	305	30	27	7	34	1.85
36342436--36342626	96	2.0	96	94	3	339	30	27	7	34	1.85
36348315--36348370	28	2.0	28	100	0	112	42	14	7	35	1.73
36349117--36349238	46	2.7	46	90	0	181	29	27	21	21	1.98
36349661--36349720	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
36357228--36357274	6	7.5	6	90	9	76	80	2	0	17	0.80
36357293--36357341	9	5.6	9	87	4	73	28	10	16	44	1.80
36357292--36357341	26	1.9	26	95	0	91	30	10	16	44	1.80
36357302--36357334	17	1.9	17	100	0	66	27	12	18	42	1.85
36390452--36390555	50	2.1	50	96	1	192	37	25	3	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36396601--36396706	29	3.7	29	93	0	167	28	30	18	22	1.98
36401119--36401233	29	4.0	29	82	2	135	28	28	15	26	1.96
36401110--36401220	58	1.9	57	85	1	150	27	29	16	26	1.97
36403684--36403857	47	3.7	46	74	11	140	26	26	18	28	1.98
36403683--36403856	94	1.9	94	86	4	253	26	26	18	28	1.98
36420838--36421014	47	3.8	48	81	10	222	23	30	19	26	1.98
36420839--36421058	94	2.3	92	83	8	248	24	29	19	27	1.98
36420838--36421060	47	4.7	47	76	13	178	23	29	19	27	1.98
36424593--36424620	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
36427205--36427244	4	10.0	4	100	0	80	25	0	0	75	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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