genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67983852--67983883	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
67983905--67984231	100	3.3	100	87	1	422	26	15	26	30	1.96
67983905--67984231	50	6.5	50	82	2	368	26	15	26	30	1.96
67985354--67985397	17	2.6	17	92	0	70	38	15	15	29	1.89
67985699--67985919	94	2.4	95	80	2	250	27	19	29	23	1.98
67985751--67985921	47	3.7	46	75	11	159	27	18	29	23	1.98
67989425--67989594	46	3.7	46	77	10	184	30	28	19	22	1.98
67989430--67989600	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
67990018--67990077	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
67990250--67990308	24	2.4	25	86	11	86	42	15	0	42	1.46
67994243--67994299	22	2.5	24	91	8	100	47	19	15	17	1.83
67997072--67997242	93	1.8	93	88	0	261	29	28	20	22	1.98
67997662--67997720	29	2.0	30	86	3	84	30	25	8	35	1.86
68002783--68002911	47	2.8	46	77	16	149	27	21	30	20	1.98
68002783--68002938	48	3.3	47	72	15	133	28	21	30	19	1.98
68002783--68002955	94	1.8	94	86	2	249	27	20	31	20	1.98
68019646--68019830	40	4.6	40	93	1	309	26	27	22	23	2.00
68025965--68026403	50	8.7	50	77	3	389	26	18	26	29	1.98
68026009--68026403	101	3.9	99	78	3	369	26	18	26	28	1.98
68025965--68026401	151	2.9	151	88	1	606	26	18	26	29	1.98
68034498--68034595	43	2.3	43	80	7	126	33	28	14	23	1.94
68034552--68034728	95	1.8	97	88	8	272	23	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68034552--68034723	50	3.6	46	77	11	170	23	29	18	27	1.98
68037697--68037732	18	2.0	18	100	0	72	33	16	5	44	1.71
68042899--68043062	82	2.0	79	92	3	274	35	20	10	32	1.87
68044112--68044369	112	2.4	104	82	12	305	44	8	10	36	1.69
68050403--68050442	19	2.0	19	85	9	53	47	5	0	47	1.24
68051226--68051264	17	2.3	17	86	8	53	61	0	0	38	0.96
68052096--68052250	77	2.0	77	100	0	310	29	7	16	46	1.75
68074717--68074761	21	2.1	22	87	4	65	31	8	17	42	1.80
68077231--68077438	45	4.6	45	81	4	197	36	15	19	29	1.92
68077237--68077456	90	2.4	89	80	3	235	37	15	17	28	1.91
68077531--68077627	34	2.9	34	81	3	106	44	16	12	26	1.83
68077885--68077911	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
68080559--68080590	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
68083986--68084021	5	7.2	5	100	0	72	80	0	0	19	0.71
68086021--68086183	43	3.8	43	85	0	227	28	29	16	25	1.97
68086419--68086492	31	2.4	31	84	13	100	66	1	2	29	1.14
68091496--68091533	14	2.7	14	83	0	58	50	23	0	26	1.50
68092068--68092099	7	4.6	7	96	0	55	46	50	0	3	1.17
68092153--68092337	41	4.5	41	85	4	257	30	25	17	26	1.98
68092149--68092337	81	2.3	83	88	6	280	29	25	19	25	1.98
68105665--68105802	52	2.7	51	83	8	176	35	26	15	22	1.94
68109249--68109292	21	2.1	21	83	8	54	54	9	9	27	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68111507--68111948	150	3.0	147	84	4	563	23	30	19	27	1.98
68111510--68111948	50	8.9	50	84	5	511	23	30	18	27	1.98
68115253--68115419	47	3.6	46	73	14	146	24	28	20	25	1.99
68115206--68115461	93	2.8	93	81	7	274	24	29	20	25	1.99
68122372--68122495	44	2.7	47	80	10	150	28	30	18	22	1.97
68131637--68131955	48	6.6	48	77	7	290	28	19	28	23	1.98
68131632--68131955	96	3.4	98	82	5	344	28	20	28	23	1.99
68131624--68131955	144	2.3	144	86	2	443	28	19	28	24	1.99
68139318--68139648	144	2.3	144	85	2	414	27	18	29	25	1.98
68139331--68139650	48	6.7	48	76	5	254	27	18	29	24	1.98
68154870--68154908	21	1.9	20	84	5	51	38	7	7	46	1.61
68157531--68157573	20	2.0	22	86	8	63	30	0	6	62	1.21
68157624--68157656	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
68162666--68162707	22	1.9	22	85	0	57	28	4	47	19	1.69
68162748--68162785	20	1.9	20	88	0	58	26	15	28	28	1.96
68163793--68163922	43	3.0	42	79	7	154	29	26	15	28	1.96
68174579--68174611	17	1.9	17	100	0	66	42	6	30	21	1.77
68177271--68177366	48	2.0	48	97	0	183	33	15	16	34	1.91
68177698--68177783	43	2.0	43	100	0	172	32	27	9	30	1.88
68184508--68184570	29	2.2	30	83	11	78	63	3	17	15	1.44
68186394--68186557	46	3.6	44	79	9	170	25	29	16	28	1.97
68194081--68194206	47	2.7	46	83	7	146	23	27	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68194614--68194682	34	2.1	33	97	2	129	23	24	8	43	1.82
68194618--68194693	34	2.2	34	93	4	127	25	26	7	40	1.82
68197160--68197238	29	2.8	30	74	16	87	36	20	20	22	1.95
68204604--68204663	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
68214978--68215155	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
68235432--68235461	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
68236768--68236975	42	4.9	42	75	12	169	17	28	33	20	1.95
68237184--68237262	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
68237280--68238139	43	20.2	43	79	5	729	15	31	34	17	1.92
68237267--68238116	85	10.0	85	83	3	992	15	32	34	17	1.92
68237267--68238116	256	3.3	254	86	3	1075	15	32	34	17	1.92
68246040--68246247	42	4.9	42	75	12	169	17	28	33	20	1.95
68246457--68246535	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
68246553--68247412	43	20.2	43	79	5	729	15	31	34	17	1.92
68246540--68247389	85	10.0	85	83	3	992	15	32	34	17	1.92
68246540--68247389	256	3.3	254	86	3	1075	15	32	34	17	1.92
68264664--68264841	27	6.6	27	83	3	162	29	28	15	27	1.96
68264664--68264841	54	3.3	54	80	8	184	29	28	15	27	1.96
68269586--68269795	50	4.2	50	76	6	201	32	11	16	39	1.84
68269586--68269801	100	2.2	100	83	4	265	31	12	17	38	1.86
68278795--68278964	93	1.8	93	90	0	277	29	29	20	21	1.98
68278786--68278961	46	3.8	46	77	12	189	30	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68278887--68278972	46	1.9	45	83	4	111	32	29	17	20	1.96
68285180--68285231	25	2.1	25	85	0	68	42	13	7	36	1.73
68299891--68299931	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
68301284--68301558	48	5.7	47	77	3	210	25	19	29	24	1.98
68301287--68301552	96	2.8	96	80	5	315	26	19	29	24	1.98
68308940--68309159	41	5.3	41	85	4	273	19	18	24	38	1.93
68308940--68309160	84	2.7	84	84	5	272	19	18	23	38	1.93
68311580--68311804	48	4.7	48	73	8	172	28	20	28	21	1.98
68311624--68311804	96	1.9	96	83	0	236	29	19	29	22	1.98
68316073--68316256	48	3.8	49	79	6	221	27	19	27	25	1.99
68317125--68317286	81	2.0	81	98	0	315	30	24	26	18	1.98
68320621--68320664	14	2.8	16	86	10	56	31	0	4	63	1.14
68334013--68334096	30	2.8	30	92	0	141	32	10	27	29	1.90
68334431--68334655	94	2.4	93	83	7	258	28	19	29	22	1.98
68340354--68340418	30	2.1	31	83	8	80	43	3	3	50	1.33
68346773--68346854	5	15.6	5	75	12	67	37	1	2	58	1.19
68346772--68346854	18	4.5	18	74	19	64	37	1	2	59	1.19
68353013--68353148	46	3.0	46	86	2	184	19	22	16	41	1.90
68358145--68358326	46	4.0	45	86	4	229	21	23	14	40	1.91
68366787--68366819	17	1.9	17	88	11	50	33	0	18	48	1.48
68375849--68375944	43	2.3	43	87	5	133	32	16	22	28	1.96
68378134--68378179	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68381386--68381448	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
68381572--68381604	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
68384100--68384157	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
68386656--68386725	35	2.0	35	97	0	131	31	8	12	47	1.72
68388814--68389113	149	2.0	149	100	0	600	29	19	10	40	1.85
68389945--68390073	61	2.1	61	91	1	206	49	16	9	24	1.75
68391110--68391148	13	3.1	13	88	3	62	38	12	7	41	1.72
68392045--68392076	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
68396884--68396915	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
68410188--68410212	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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