Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   

This is table  68  of  333  ( 39894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20549085--20549110
12
2.2
12
100
0
52
69
0
0
30
0.89
20556194--20556289
29
3.3
29
83
1
122
29
32
12
26
1.93
20561757--20561934
52
3.5
51
86
6
238
29
14
29
27
1.95
20564426--20564600
40
4.4
40
93
2
282
26
27
21
24
1.99
20587783--20587820
18
2.1
19
85
5
51
28
13
0
57
1.36
20596351--20596396
23
2.0
23
100
0
92
43
26
8
21
1.81
20605074--20605289
50
4.3
50
82
3
265
28
12
22
37
1.90
20605134--20605274
25
5.6
25
71
16
103
25
13
24
36
1.92
20608199--20608396
55
3.7
53
81
6
211
21
24
18
35
1.96
20608199--20608404
108
1.9
107
86
6
288
22
25
17
34
1.96
20612180--20612236
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
20612178--20612240
20
3.2
20
95
0
117
36
12
19
31
1.89
20612294--20612437
24
6.0
24
88
8
204
29
20
21
27
1.98
20612631--20612694
31
2.1
31
87
0
92
40
15
21
21
1.91
20616828--20616973
40
3.7
40
80
7
163
23
21
28
26
1.99
20621923--20622283
47
7.6
47
97
0
659
31
8
29
30
1.87
20622005--20622179
22
7.5
23
61
11
70
31
9
28
30
1.88
20622401--20622479
37
2.1
37
90
0
122
24
18
31
25
1.98
20627748--20627795
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
20627832--20627894
20
3.2
20
88
8
101
34
14
19
31
1.91
20627948--20628090
47
3.0
49
89
9
215
30
20
21
27
1.98
20627948--20628090
23
6.0
24
88
10
213
30
20
21
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20628288--20628347
31
1.9
31
89
0
93
38
16
21
23
1.93
20630983--20631159
27
6.5
27
82
3
176
29
27
15
27
1.96
20631003--20631158
82
1.9
81
88
3
233
28
28
15
27
1.96
20646626--20646667
15
2.9
15
82
3
50
73
14
4
7
1.21
20660566--20660732
43
3.9
43
83
3
194
32
25
13
27
1.94
20670319--20670347
15
1.9
15
100
0
58
55
6
3
34
1.44
20677569--20677655
35
2.5
36
77
9
108
4
21
3
70
1.21
20681389--20681505
25
4.7
25
77
4
94
29
23
22
25
1.99
20681391--20681505
50
2.3
49
79
8
115
28
23
21
26
1.99
20694531--20694750
39
5.7
40
81
10
217
25
26
21
25
2.00
20694531--20694750
77
2.8
79
78
8
236
25
26
21
25
2.00
20700726--20700930
27
7.6
26
82
8
180
26
15
29
28
1.96
20700727--20700930
54
3.7
54
82
5
207
25
15
29
28
1.96
20700725--20700905
82
2.2
82
82
4
215
26
16
29
27
1.97
20700727--20700930
109
1.9
109
81
4
250
25
15
29
28
1.96
20705815--20706038
40
5.7
40
85
6
280
25
26
21
25
2.00
20705815--20706038
79
2.8
80
84
8
273
25
26
21
25
2.00
20712378--20712422
20
2.2
20
84
7
56
46
4
6
42
1.50
20713993--20714023
14
2.3
14
94
5
55
16
3
0
80
0.83
20715549--20715732
50
3.7
50
83
1
235
28
27
17
26
1.98
20715549--20715732
101
1.8
99
88
2
278
28
27
17
26
1.98
20717466--20717507
18
2.2
20
87
8
61
54
9
7
28
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20718045--20718087
20
2.2
20
84
16
54
69
13
16
0
1.19
20719212--20719291
23
3.5
22
83
8
88
31
2
5
61
1.31
20721421--20721460
19
2.1
19
95
0
71
32
5
22
40
1.76
20724233--20724288
12
5.0
11
72
10
51
82
3
10
3
0.92
20724233--20724301
20
3.3
20
78
8
66
78
5
11
4
1.07
20726159--20726635
226
2.1
226
94
0
819
30
19
22
28
1.97
20726788--20726881
44
2.1
45
84
5
120
29
15
24
29
1.96
20727502--20727542
17
2.5
16
80
4
55
46
39
0
14
1.45
20729398--20729464
10
6.6
10
72
8
55
31
5
2
59
1.36
20729393--20729461
20
3.6
19
77
12
63
33
7
2
56
1.42
20731858--20731908
22
2.2
25
82
10
63
29
1
3
64
1.22
20745123--20745696
69
8.3
69
75
4
318
20
21
24
33
1.97
20747523--20747643
39
3.1
39
97
0
224
22
32
25
19
1.98
20749298--20749665
69
5.3
69
79
6
336
18
22
24
34
1.96
20749483--20749778
138
2.2
137
81
7
343
19
21
23
34
1.97
20760093--20760125
14
2.4
14
90
5
50
54
0
42
3
1.15
20764908--20764950
20
2.2
20
83
8
52
4
25
18
51
1.66
20769282--20769423
27
5.3
26
81
4
122
35
20
23
21
1.96
20769282--20769417
54
2.5
54
84
4
159
34
20
23
21
1.97
20771040--20771200
26
6.2
26
94
1
261
36
24
5
32
1.79
20775172--20775307
27
5.0
28
83
9
133
34
22
23
19
1.96
20775172--20775307
54
2.5
54
85
4
168
34
22
23
19
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20776931--20777092
26
6.2
26
95
0
270
36
24
5
33
1.79
20776931--20777092
78
2.1
78
97
0
306
36
24
5
33
1.79
20783192--20783230
15
2.6
15
95
0
69
43
12
2
41
1.56
20786363--20786444
43
1.9
43
97
0
155
43
4
19
31
1.72
20793706--20793745
17
2.3
18
86
4
55
20
42
25
12
1.86
20793817--20793858
17
2.5
17
92
0
66
16
45
26
11
1.82
20804155--20804208
27
2.0
27
88
0
81
37
31
18
12
1.89
20810236--20810268
16
2.1
16
94
0
57
57
3
6
33
1.38
20811310--20811364
27
2.0
27
100
0
110
49
10
18
21
1.78
20812201--20812248
11
4.4
11
79
10
53
81
2
8
8
0.96
20812199--20812254
28
2.0
27
86
10
78
80
1
8
8
0.98
20823215--20823289
27
2.9
27
86
7
75
18
8
17
56
1.65
20823233--20823288
27
2.1
27
100
0
112
17
3
17
60
1.50
20832079--20832218
27
5.2
28
89
5
175
35
22
24
18
1.96
20833764--20833899
26
5.2
26
94
0
236
36
25
5
33
1.78
20836637--20836678
22
1.9
22
90
0
66
45
9
7
38
1.64
20839195--20839254
15
3.9
15
78
4
66
73
3
0
23
0.98
20839601--20839640
10
3.8
10
83
9
53
60
0
2
37
1.11
20839572--20839638
25
2.8
25
82
11
86
56
0
5
37
1.24
20844939--20845047
26
4.2
26
91
2
157
33
5
23
36
1.78
20844947--20845047
51
2.0
52
90
2
159
31
5
24
37
1.80
20846832--20847118
137
2.1
137
94
1
504
25
17
24
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20849912--20850031
60
2.0
60
98
0
231
35
19
15
30
1.92
20853074--20853118
19
2.3
20
78
17
51
33
2
2
62
1.20
20853689--20853727
20
2.0
20
84
0
51
43
7
20
28
1.79
20857622--20857733
43
2.6
43
80
4
129
21
15
29
33
1.94
20864421--20864449
14
2.1
14
100
0
58
13
13
0
72
1.13
20872786--20872840
27
2.0
28
82
3
67
32
9
0
58
1.30
20872907--20872954
22
2.1
22
84
7
60
31
4
0
64
1.12
20872917--20872951
12
2.9
12
91
0
61
25
2
0
71
1.00
20873265--20873307
22
2.0
22
90
0
68
20
2
2
74
1.04
20876409--20876472
31
2.1
31
96
0
119
54
3
23
18
1.58
20880592--20880776
40
4.7
40
82
6
207
25
28
22
23
2.00
20880594--20880776
79
2.3
81
81
7
205
25
27
22
24
2.00
20888668--20888851
40
4.6
40
79
10
198
25
28
22
23
1.99
20888668--20888852
79
2.3
81
80
8
209
25
28
22
23
1.99
20897287--20897464
27
6.6
27
84
3
205
29
28
15
26
1.96
20897308--20897463
82
1.9
81
88
3
233
29
28
15
26
1.96
20900337--20901237
207
4.4
207
92
1
1477
31
17
21
28
1.97
20902768--20902823
28
2.0
28
82
0
67
32
8
0
58
1.29
20902874--20902915
17
2.5
17
80
3
50
35
4
0
59
1.19
20902890--20902937
22
2.1
22
84
7
60
31
4
0
64
1.12
20902900--20902934
12
2.9
12
91
0
61
25
2
0
71
1.00
20903232--20903274
22
2.0
22
90
0
68
20
2
2
74
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20910923--20910989
33
2.0
33
100
0
134
40
2
26
29
1.71
20916835--20916872
14
2.7
14
87
0
58
57
2
5
34
1.35
20917032--20917136
7
15.0
7
69
15
58
61
0
3
34
1.14
20916976--20917150
15
10.9
16
65
25
61
60
1
5
32
1.29
20917039--20917136
41
2.4
41
76
19
98
62
0
4
33
1.14
20927422--20927451
15
1.9
16
93
6
53
13
6
6
73
1.24
20928422--20928480
18
3.2
18
75
13
57
79
3
3
13
0.98
20928539--20928598
22
2.7
22
77
10
59
76
1
10
11
1.09
20928671--20928699
14
2.0
15
93
6
51
79
0
0
20
0.74
20930453--20930489
18
2.1
18
94
0
65
13
21
13
51
1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333