genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23323608--23323651	20	2.2	20	88	12	63	22	6	0	70	1.11
23324083--23324262	63	2.9	63	86	0	243	34	31	7	26	1.85
23326017--23326076	30	2.0	30	100	0	120	43	20	0	36	1.52
23338932--23338992	24	2.5	24	100	0	122	26	36	18	19	1.94
23342151--23342210	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
23344376--23344445	25	2.7	26	91	2	106	24	32	20	22	1.97
23349004--23349052	21	2.3	21	96	0	89	46	4	8	40	1.52
23349948--23350012	13	5.0	13	82	0	76	33	21	4	40	1.74
23352958--23353044	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
23353145--23353357	67	3.2	66	66	19	159	47	3	3	45	1.35
23353101--23353366	137	1.9	138	89	0	417	48	4	3	44	1.38
23353249--23353283	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23353135--23353349	70	3.1	69	66	11	170	46	3	3	46	1.36
23353134--23353452	137	2.3	138	81	8	339	47	4	3	45	1.39
23353225--23353552	156	2.1	156	96	0	602	47	6	3	42	1.45
23353405--23353453	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
23353405--23353459	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
23353604--23353694	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
23353675--23353743	16	4.2	16	92	3	120	37	36	0	26	1.57
23353675--23353743	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
23354867--23354999	38	3.3	38	67	20	106	29	18	17	34	1.94
23354867--23355025	85	1.9	85	91	0	264	30	19	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23355551--23355718	29	6.0	28	84	6	198	60	5	14	19	1.55
23359937--23360015	41	2.0	40	94	2	140	22	1	21	54	1.52
23365062--23365113	24	2.2	24	89	0	77	57	7	1	32	1.38
23368603--23368661	29	2.0	29	100	0	118	61	6	10	22	1.51
23372850--23372879	7	4.4	7	91	8	53	43	0	26	30	1.55
23381786--23381824	18	2.2	18	95	0	69	25	7	58	7	1.52
23390827--23391000	46	3.8	45	78	10	190	21	21	28	28	1.98
23390823--23390994	93	1.8	93	92	0	290	20	21	30	27	1.98
23397261--23397314	21	2.6	21	96	0	99	27	31	25	14	1.95
23414050--23414105	28	2.0	28	96	0	103	39	16	7	37	1.76
23414103--23414247	38	3.8	38	90	0	218	37	28	20	13	1.90
23415515--23415554	16	2.6	15	88	7	62	17	10	0	72	1.11
23419301--23419472	40	4.3	40	86	2	222	26	26	22	25	2.00
23419301--23419525	80	2.8	80	83	6	262	25	26	22	25	2.00
23423412--23423595	78	2.3	81	83	7	225	25	27	22	24	2.00
23423393--23423595	40	5.1	39	79	10	207	24	27	22	25	2.00
23431266--23431447	78	2.3	81	83	6	221	24	28	21	25	1.99
23431247--23431449	40	5.1	40	81	7	227	24	27	22	25	2.00
23439159--23439343	40	4.7	40	80	6	207	24	27	23	24	2.00
23439159--23439343	79	2.3	80	81	7	207	24	27	23	24	2.00
23445625--23446049	142	3.0	142	87	5	604	42	7	5	44	1.55
23451462--23451697	45	5.2	45	85	1	312	25	24	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23467623--23467738	44	2.6	44	77	12	119	25	30	18	25	1.98
23467755--23467890	47	2.9	47	77	9	152	22	30	19	27	1.98
23467717--23467890	94	1.9	93	87	3	260	21	32	18	27	1.97
23476059--23476091	14	2.4	14	94	0	57	21	18	0	60	1.36
23479034--23479205	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
23479027--23479202	46	3.8	46	80	12	216	29	29	20	20	1.98
23483391--23483435	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
23486251--23486426	46	3.8	45	76	10	176	20	20	30	28	1.98
23486247--23486417	93	1.8	93	92	0	288	21	21	30	27	1.98
23488329--23488375	23	2.0	23	87	0	67	19	29	19	31	1.96
23494081--23494112	16	2.0	16	93	0	55	21	6	40	31	1.78
23496342--23496394	26	2.0	26	100	0	106	33	22	15	28	1.94
23496523--23496613	45	2.0	45	97	0	173	35	6	17	40	1.76
23499345--23499604	80	3.3	79	93	4	447	22	23	27	26	1.99
23499345--23499637	40	7.5	40	85	8	390	23	23	27	25	2.00
23507441--23507738	40	7.5	40	87	4	401	23	23	27	25	2.00
23507441--23507705	80	3.3	80	96	0	494	22	23	27	26	1.99
23512311--23512383	26	2.8	25	77	8	65	41	8	16	34	1.78
23520078--23520156	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23520275--23520726	47	9.4	47	89	3	643	29	29	8	32	1.87
23523919--23524194	40	6.9	40	82	2	261	24	28	22	24	2.00
23523919--23524196	120	2.3	121	81	3	303	24	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23524504--23524582	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23524564--23524666	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
23526518--23526596	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23526715--23527021	47	6.4	47	86	4	389	28	28	8	33	1.87
23530215--23530490	40	6.9	40	82	2	261	24	28	22	24	2.00
23530215--23530492	120	2.3	121	81	3	303	24	28	22	24	1.99
23530800--23530878	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23530860--23530962	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
23532815--23532893	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23533012--23533318	47	6.4	47	86	4	389	28	28	8	33	1.87
23540651--23540675	13	1.9	13	100	0	50	36	32	24	8	1.84
23541102--23541165	29	2.2	30	81	13	80	31	9	0	59	1.29
23541121--23541167	19	2.5	20	80	16	55	27	10	0	61	1.29
23542684--23542767	26	3.4	25	73	18	70	20	10	2	66	1.33
23553341--23553409	34	2.0	34	100	0	138	26	5	11	56	1.57
23570859--23570893	18	2.0	17	94	5	61	40	14	11	34	1.82
23578166--23578226	30	2.0	31	96	3	115	37	22	9	29	1.87
23583908--23583966	31	1.9	31	100	0	118	32	11	16	38	1.86
23585533--23585582	22	2.3	23	79	10	59	42	6	4	48	1.46
23587007--23587100	47	2.0	47	100	0	188	44	25	4	25	1.72
23587515--23587587	25	2.9	25	81	0	83	30	21	26	21	1.99
23587550--23587646	25	3.9	25	84	0	113	36	18	24	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23587515--23587644	50	2.6	50	80	2	127	33	18	26	21	1.96
23587555--23587665	50	2.2	50	82	3	125	36	17	25	20	1.94
23592450--23592735	3	94.7	3	67	24	124	33	3	2	60	1.29
23592659--23592735	20	3.9	21	79	19	85	36	2	0	61	1.10
23592621--23592733	16	7.2	15	73	25	76	35	2	0	61	1.16
23592660--23592717	26	2.2	27	82	14	77	32	3	0	63	1.11
23592402--23592717	173	1.8	169	84	11	430	31	3	3	61	1.31
23604996--23605494	72	6.8	72	84	5	538	31	16	18	34	1.92
23605002--23605759	149	5.1	145	81	9	758	30	16	19	34	1.94
23605014--23605759	221	3.3	218	82	8	881	30	16	19	33	1.94
23605530--23605759	73	3.2	71	80	7	257	28	16	20	34	1.94
23605618--23605947	178	1.9	175	84	6	441	30	16	21	31	1.96
23607462--23607750	3	93.3	3	68	19	109	32	5	4	57	1.41
23607823--23607864	17	2.5	17	80	7	50	33	4	0	61	1.17
23607922--23607952	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
23610818--23610907	40	2.3	39	82	3	110	36	36	13	13	1.84
23616449--23616487	16	2.5	16	91	4	62	69	7	10	12	1.37
23618592--23618645	24	2.3	23	81	15	58	59	5	0	35	1.21
23620598--23620634	20	1.9	20	88	5	58	81	2	2	13	0.92
23621802--23621856	25	2.2	26	78	15	62	50	5	1	41	1.36
23625824--23625856	15	2.2	15	89	10	50	3	15	0	81	0.80
23629503--23629677	49	3.5	49	86	3	269	25	19	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23629498--23629690	100	1.9	100	97	0	368	25	20	25	27	1.99
23631857--23632016	54	2.9	53	82	7	185	32	15	26	25	1.96
23636609--23636645	11	2.9	13	80	19	51	45	0	2	51	1.15
23637570--23637594	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23651544--23651575	16	2.1	15	94	5	55	53	9	0	37	1.34
23665471--23665546	38	1.9	39	89	10	120	19	19	25	35	1.95
23666741--23666791	19	2.7	19	87	6	77	19	17	45	17	1.86
23667380--23667448	27	2.6	27	92	0	120	28	27	4	39	1.76
23667484--23667739	27	9.4	27	80	5	203	39	18	9	31	1.83
23667415--23667659	54	4.6	54	75	7	194	38	20	9	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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