genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23064700--23064730	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
23065109--23065139	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
23065126--23065194	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
23071666--23072727	530	2.0	529	96	0	1962	35	13	21	29	1.91
23072705--23072834	46	2.9	44	82	6	136	30	16	26	25	1.97
23074536--23074566	14	2.2	14	100	0	62	0	61	0	38	0.96
23074842--23074878	8	4.5	8	86	6	56	16	2	0	81	0.81
23074808--23074878	17	4.1	16	78	12	61	18	4	0	77	0.93
23077781--23077828	23	2.1	23	96	0	87	31	10	4	54	1.53
23081474--23081645	45	3.9	45	86	8	214	26	29	20	23	1.99
23082454--23082594	47	3.0	46	90	2	212	46	14	11	27	1.78
23085074--23085156	4	24.3	3	88	9	51	27	2	0	69	1.00
23085063--23085143	16	5.2	16	81	16	66	24	3	0	71	1.02
23085070--23085155	12	7.2	12	83	12	74	26	2	0	70	0.99
23085100--23085140	4	10.2	4	100	0	82	24	0	0	75	0.80
23085074--23085156	20	4.6	17	81	17	73	27	2	0	69	1.00
23090419--23090571	57	2.7	57	76	9	152	33	18	16	31	1.93
23092074--23092160	6	14.5	6	86	4	113	13	1	5	79	0.97
23101376--23101428	21	2.4	23	81	15	67	5	24	0	69	1.09
23106696--23106854	43	3.7	43	77	7	162	25	18	25	30	1.98
23110740--23110801	31	2.0	31	93	0	106	29	12	11	46	1.77
23112987--23113013	11	2.5	11	100	0	54	51	0	25	22	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23113151--23113185	11	3.0	12	83	8	54	57	2	0	40	1.14
23120724--23120785	27	2.3	26	83	8	72	41	14	11	32	1.81
23123458--23123515	30	1.9	30	85	0	80	22	37	27	12	1.89
23126478--23126585	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
23132436--23132460	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
23139078--23139132	26	2.1	26	90	6	85	49	14	9	27	1.73
23139137--23139184	12	4.4	12	78	21	52	54	4	0	41	1.20
23139139--23139192	20	2.7	21	86	11	78	53	5	0	40	1.24
23139145--23139210	19	3.4	19	81	6	71	51	6	0	42	1.26
23139157--23139209	27	2.0	27	82	14	65	52	5	0	41	1.25
23144445--23144489	22	2.2	20	84	8	54	37	11	2	48	1.51
23149272--23149312	22	2.0	20	86	13	57	53	2	9	34	1.47
23153544--23153574	16	1.9	16	93	0	53	70	0	9	19	1.14
23153707--23153745	16	2.4	17	86	4	53	71	5	5	17	1.23
23159086--23159132	19	2.5	18	82	6	58	80	2	6	10	0.96
23159295--23159359	3	22.7	3	76	14	66	66	0	33	0	0.92
23159289--23159357	16	4.1	17	81	14	81	63	1	34	0	1.03
23159295--23159355	8	7.9	8	75	25	60	65	0	34	0	0.93
23159295--23159384	27	3.2	26	73	19	74	64	0	35	0	0.94
23159407--23159469	14	4.4	14	75	13	58	68	0	31	0	0.90
23159412--23159469	19	3.4	17	76	17	50	65	0	34	0	0.93
23159805--23159848	14	3.0	14	77	9	52	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23159835--23159873	17	2.3	17	86	0	51	79	2	7	10	1.02
23159968--23160212	133	1.9	130	83	4	321	55	7	8	29	1.56
23159910--23161216	297	4.6	278	76	14	1129	56	6	7	29	1.53
23160486--23160527	13	3.2	13	74	12	50	66	2	11	19	1.34
23160611--23160647	13	2.8	13	87	0	56	75	0	2	21	0.92
23160055--23161046	297	3.5	280	82	9	1176	56	6	7	29	1.52
23160586--23161224	142	4.4	142	87	6	838	56	6	7	29	1.53
23160163--23160932	413	1.8	416	87	6	1157	56	6	7	30	1.52
23159902--23161224	710	1.9	690	83	8	1718	55	6	7	29	1.54
23164360--23164648	49	6.1	49	90	6	461	32	7	31	28	1.86
23164360--23164648	96	3.0	97	92	5	450	32	7	31	28	1.86
23167761--23167900	72	1.9	72	91	2	228	20	26	20	32	1.97
23173011--23173105	37	2.5	38	82	3	120	52	12	2	32	1.51
23173189--23173229	18	2.3	18	88	12	59	0	36	0	63	0.95
23173189--23173237	19	2.7	19	84	12	59	0	36	0	63	0.95
23173376--23173419	18	2.4	18	85	7	54	6	6	6	79	1.06
23173376--23173425	19	2.6	19	78	15	57	8	6	8	78	1.11
23176370--23176926	79	7.1	79	91	3	772	32	15	12	39	1.84
23176282--23176872	158	3.7	158	88	4	778	32	15	12	39	1.85
23176920--23177081	83	2.0	83	83	9	206	32	11	9	45	1.74
23177097--23177208	59	1.9	59	83	3	145	25	9	13	51	1.71
23184965--23185009	23	2.0	23	90	0	72	40	4	8	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23189935--23190131	84	2.5	73	82	16	286	40	24	6	28	1.79
23189960--23190129	84	2.0	84	98	0	331	40	26	4	28	1.76
23190132--23190169	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
23194426--23194460	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
23208205--23208282	41	1.9	41	100	0	156	33	15	14	37	1.87
23210945--23211240	27	11.0	27	81	4	310	40	18	8	31	1.81
23211477--23211559	41	2.0	41	90	0	130	22	19	28	28	1.98
23212048--23212073	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
23214774--23215106	27	12.3	27	74	8	198	40	20	9	30	1.83
23214774--23215089	54	5.8	54	75	8	223	40	19	9	30	1.83
23214774--23215080	81	3.8	81	80	7	266	41	20	8	29	1.82
23215347--23215467	41	3.0	41	93	0	206	20	21	30	27	1.98
23215626--23215674	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
23215958--23215983	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
23224921--23225057	40	3.5	40	90	4	199	24	29	23	23	1.99
23237518--23237552	18	1.9	19	88	11	56	22	28	14	34	1.93
23244246--23244491	56	4.4	56	84	2	341	28	14	22	34	1.93
23244246--23244522	56	4.9	56	83	3	326	28	14	23	34	1.93
23247424--23247450	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
23249283--23249313	12	2.6	12	100	0	62	29	9	16	45	1.79
23250990--23251078	27	3.2	27	81	9	101	32	22	24	20	1.98
23250965--23251078	55	2.1	55	80	9	126	35	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23250979--23251078	28	3.6	27	81	5	103	32	21	26	21	1.98
23251184--23251274	28	3.3	28	89	7	134	30	6	27	35	1.82
23258826--23258939	55	2.1	56	81	8	135	35	21	23	20	1.96
23258851--23258939	27	3.2	27	82	7	108	32	22	23	21	1.98
23259046--23259138	28	3.3	28	95	3	161	30	7	27	34	1.85
23261846--23262081	56	4.2	56	92	0	382	28	13	23	34	1.93
23265046--23265123	41	1.9	41	97	0	147	43	14	14	28	1.83
23272394--23272617	40	5.6	39	82	5	218	27	27	20	24	1.99
23272392--23272617	80	2.8	79	82	5	242	27	27	20	24	1.99
23272394--23272617	120	1.9	119	83	4	290	27	27	20	24	1.99
23272548--23272625	40	1.9	41	82	10	97	28	26	20	24	1.99
23279496--23279718	40	5.6	39	82	5	207	27	27	20	24	1.99
23279494--23279718	80	2.8	79	82	6	231	28	28	20	24	1.99
23279496--23279718	120	1.9	119	82	4	279	27	27	20	24	1.99
23284617--23284722	42	2.4	45	84	6	128	35	24	13	26	1.92
23286773--23286813	18	2.3	18	91	0	64	26	17	21	34	1.95
23291749--23291821	28	2.6	28	88	0	110	35	9	26	28	1.88
23293765--23294029	29	9.6	29	74	10	214	17	17	36	28	1.93
23293794--23293983	57	3.3	57	92	0	317	18	18	34	28	1.95
23293735--23293895	86	1.9	86	93	0	277	18	16	36	29	1.93
23293737--23293980	29	8.6	28	73	6	132	18	18	34	28	1.94
23293965--23294005	20	2.0	20	95	0	73	17	19	39	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23293908--23294050	77	1.9	77	95	0	259	18	19	34	27	1.95
23299018--23299096	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
23308131--23308403	94	2.9	93	79	8	304	24	30	17	27	1.97
23308131--23308403	46	5.8	47	78	9	224	24	30	17	27	1.97
23311619--23311648	9	3.3	9	90	0	51	53	0	0	46	1.00
23314872--23314929	28	2.1	28	83	6	73	25	22	8	43	1.82
23318118--23318153	18	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
23318239--23318397	83	2.0	80	84	10	209	55	13	5	25	1.59
23318679--23318722	17	2.5	17	89	10	63	65	2	0	31	1.05
23323516--23323555	21	1.9	21	84	0	53	37	27	0	35	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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