genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78077237--78077480	40	6.1	40	84	6	282	25	27	22	25	2.00
78085197--78085296	51	2.0	51	89	0	155	28	32	25	15	1.95
78086428--78086503	21	3.5	21	66	16	55	38	25	13	23	1.91
78086413--78086499	45	1.9	45	95	0	156	39	24	12	24	1.90
78092781--78092994	43	5.0	44	81	4	249	28	14	24	31	1.95
78094248--78094277	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
78096187--78096357	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
78096179--78096354	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
78106863--78106945	27	3.3	27	61	22	70	34	4	27	32	1.78
78106824--78107136	47	6.6	47	91	3	461	34	9	29	26	1.88
78115044--78115085	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
78118890--78118981	39	2.4	39	86	0	130	31	19	23	25	1.98
78134777--78134961	79	2.3	81	81	7	209	24	23	28	24	2.00
78134777--78134968	40	4.8	40	80	6	185	25	22	28	23	2.00
78134830--78134994	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
78142716--78142900	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
78142717--78142900	40	4.6	39	80	9	194	25	23	27	23	2.00
78142769--78142933	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
78150140--78150412	48	5.7	47	81	5	244	22	28	21	27	1.99
78150142--78150425	96	3.0	96	82	5	315	23	28	20	26	1.99
78151341--78151422	40	2.1	39	83	2	101	25	14	28	31	1.95
78154203--78154346	43	3.3	43	75	9	130	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78162542--78162712	25	6.8	25	87	0	225	28	15	10	46	1.78
78163532--78163751	45	5.0	45	88	2	304	23	20	28	27	1.99
78170141--78170321	25	7.2	25	92	0	299	28	12	11	48	1.75
78171156--78171510	45	8.0	45	92	1	556	23	21	27	26	1.99
78173804--78173961	50	3.4	47	73	12	137	29	15	28	25	1.96
78175632--78175751	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
78176880--78177104	40	5.7	40	83	5	260	24	21	27	26	2.00
78176887--78177137	79	3.2	78	79	8	249	26	20	26	26	1.99
78176887--78177137	119	2.1	119	79	7	260	26	20	26	26	1.99
78184762--78184953	40	4.8	40	84	6	230	25	21	28	24	1.99
78185883--78186577	47	14.7	47	93	4	1127	29	29	8	32	1.86
78186125--78186203	25	3.3	25	63	10	65	34	26	6	32	1.82
78185883--78186577	192	3.7	190	93	3	1167	29	29	8	32	1.86
78185883--78186711	239	3.6	239	89	7	1267	29	29	8	32	1.87
78186499--78186649	72	2.1	72	98	0	293	32	28	5	33	1.80
78186546--78186602	25	2.3	25	100	0	114	36	28	0	35	1.58
78186571--78186711	47	3.0	47	97	2	264	30	29	8	31	1.87
78192693--78192846	28	5.5	28	94	0	247	26	13	28	31	1.94
78200628--78200829	27	7.4	27	91	3	307	26	13	29	31	1.94
78200628--78200829	82	2.5	82	91	2	318	26	13	29	31	1.94
78218712--78218862	43	3.5	43	78	6	119	28	22	19	29	1.98
78226421--78226468	25	1.9	25	91	0	78	35	20	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78226503--78226574	20	3.7	19	83	10	92	36	12	19	31	1.89
78226619--78226689	26	2.8	26	87	4	110	26	23	21	28	1.99
78232276--78232398	43	2.9	42	75	7	131	31	26	17	24	1.97
78243813--78243837	11	2.3	11	100	0	50	28	0	20	52	1.47
78246651--78246801	49	3.1	48	76	11	144	28	15	25	30	1.96
78248942--78248966	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
78249509--78249563	29	2.0	28	82	7	67	40	3	27	29	1.73
78261336--78261573	47	5.1	47	93	0	395	33	11	28	26	1.92
78261336--78261619	94	3.0	94	88	2	401	33	11	28	26	1.91
78261336--78261619	141	2.0	141	86	2	401	33	11	28	26	1.91
78269521--78269612	44	2.1	44	95	0	166	42	15	21	20	1.89
78279524--78279605	42	2.0	42	82	4	103	19	36	26	17	1.94
78287027--78287252	27	8.4	27	80	1	229	25	15	18	39	1.91
78287027--78287252	81	2.8	81	83	1	292	25	15	18	39	1.91
78289881--78289993	42	2.7	42	80	2	104	43	17	22	16	1.88
78328815--78328979	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
78328762--78328953	40	4.8	40	80	6	194	25	21	27	25	2.00
78333910--78334060	27	5.6	27	80	6	135	27	29	15	27	1.96
78338520--78338702	79	2.3	81	82	7	214	24	22	28	24	2.00
78338520--78338704	40	4.7	40	82	6	216	23	22	28	24	1.99
78341387--78341609	40	5.6	40	86	7	310	25	26	23	24	2.00
78341387--78341609	82	2.8	80	88	6	310	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78341387--78341609	122	1.8	119	89	4	349	25	26	23	24	2.00
78344952--78344985	17	1.9	17	88	5	50	17	26	8	47	1.77
78357804--78357988	41	4.6	41	85	5	225	22	21	28	27	1.99
78357790--78357989	81	2.5	78	81	8	231	22	21	28	27	1.99
78357790--78358015	81	2.8	78	78	11	226	23	20	28	27	1.99
78359825--78359918	48	2.0	48	86	0	134	27	25	20	26	1.99
78372506--78372568	15	4.3	14	73	11	54	57	14	11	17	1.65
78372506--78372563	30	1.9	30	82	0	71	56	15	10	17	1.66
78388400--78388456	28	2.0	28	100	0	114	31	17	12	38	1.87
78393956--78393980	13	1.9	13	100	0	50	20	40	32	8	1.81
78394202--78394228	13	2.1	13	100	0	54	40	14	22	22	1.90
78401878--78401904	13	2.1	13	100	0	54	40	14	22	22	1.90
78403532--78403581	25	2.0	25	100	0	100	40	12	12	36	1.79
78404170--78404214	20	2.2	21	80	11	58	42	13	4	40	1.64
78405615--78405643	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
78408303--78408437	23	5.7	24	75	8	98	17	22	18	40	1.91
78426657--78426698	21	2.0	20	86	4	57	52	16	0	30	1.44
78426801--78426830	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
78429829--78429915	42	2.1	42	100	0	174	31	26	6	35	1.83
78431593--78431637	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
78433628--78433760	40	3.3	39	75	6	124	27	21	21	30	1.98
78433833--78433927	40	2.4	40	87	0	136	41	24	13	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78434162--78434207	21	2.2	21	88	0	65	47	19	2	30	1.61
78434434--78434470	12	3.2	12	88	7	51	43	0	10	45	1.39
78437718--78437757	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
78437865--78438203	187	1.8	188	83	8	458	33	19	17	30	1.95
78440987--78441036	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
78441846--78441973	9	13.6	9	78	9	130	46	20	0	32	1.56
78441863--78441940	39	2.0	39	94	0	138	46	20	0	33	1.51
78441857--78441949	48	1.9	48	88	0	141	45	21	0	33	1.52
78441859--78441971	57	2.0	57	91	0	181	46	22	0	30	1.58
78443806--78443831	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
78447856--78447975	43	2.8	42	80	7	127	37	17	17	27	1.92
78448270--78448349	42	1.9	42	82	5	99	20	26	33	20	1.96
78450073--78451909	916	2.0	918	99	0	3597	31	20	19	28	1.97
78454039--78454442	47	8.6	47	93	1	646	32	8	29	29	1.87
78454039--78454442	190	2.1	190	93	1	681	32	8	29	29	1.87
78462265--78462305	21	2.0	21	85	9	57	29	12	19	39	1.88
78462417--78462547	47	2.8	48	91	1	201	22	16	29	32	1.96
78488026--78488177	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
78488026--78488177	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
78505542--78505566	13	1.9	13	100	0	50	0	40	20	40	1.52
78509458--78509586	45	2.8	47	81	10	149	20	30	22	26	1.99
78515365--78515411	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78515833--78515926	23	4.0	23	81	2	98	37	23	5	34	1.78
78521252--78521329	23	3.4	22	81	13	95	30	0	5	64	1.15
78521259--78521355	8	11.9	8	85	12	99	29	0	6	63	1.18
78522809--78522887	28	2.9	28	86	1	115	8	17	20	53	1.70
78524414--78524685	47	5.7	48	77	10	215	22	28	20	29	1.98
78550826--78550868	22	1.9	23	90	4	70	34	16	39	9	1.80
78552901--78552970	6	11.8	6	79	14	67	18	1	0	80	0.80
78552906--78552990	5	16.8	5	79	18	88	21	1	0	77	0.83
78552906--78552990	36	2.4	37	88	7	122	21	1	0	77	0.83
78552995--78553042	24	2.0	24	95	0	87	37	8	6	47	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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