genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61003559--61003665	24	4.4	24	96	1	178	29	22	21	26	1.99
61003872--61003935	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
61005504--61005571	35	1.9	35	96	0	127	41	7	26	25	1.81
61006980--61007043	31	2.1	31	85	8	87	56	10	6	26	1.57
61007073--61007115	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
61009439--61009470	16	2.0	16	93	0	55	46	6	3	43	1.44
61023068--61023157	40	2.2	40	92	0	153	37	21	21	20	1.94
61023068--61023192	40	3.1	40	84	2	135	36	20	17	24	1.94
61023936--61023970	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
61023979--61024052	14	5.2	14	73	4	60	18	4	40	36	1.70
61024201--61024226	7	3.7	7	100	0	52	15	0	38	46	1.46
61024252--61024298	15	3.1	15	84	0	58	21	0	25	53	1.46
61025168--61025271	40	2.6	40	83	10	117	35	11	21	31	1.89
61025552--61025597	3	15.7	3	90	4	76	67	0	32	0	0.91
61025590--61025633	20	2.5	16	80	20	52	45	0	54	0	0.99
61029386--61029415	8	3.8	8	95	0	51	26	20	10	43	1.83
61030364--61030510	43	3.5	43	78	1	154	27	17	25	29	1.97
61030396--61030517	41	2.9	41	80	4	129	29	17	24	28	1.97
61042066--61042190	46	2.7	45	83	2	151	36	27	19	17	1.94
61047533--61047970	47	9.2	47	91	3	687	31	7	31	29	1.86
61047545--61047966	144	2.9	144	95	0	731	31	7	31	29	1.86
61047533--61047970	191	2.3	191	92	3	706	31	7	31	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61048091--61048166	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
61050022--61050210	43	4.4	43	97	0	342	24	14	33	26	1.95
61050192--61050265	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
61050558--61050783	40	5.7	40	81	4	217	26	21	28	23	1.99
61050719--61050795	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
61054139--61054576	47	9.2	47	90	3	678	31	8	31	29	1.86
61054151--61054572	144	2.9	144	94	0	722	31	8	31	29	1.86
61054139--61054576	191	2.3	191	91	3	697	31	8	31	29	1.86
61054697--61054772	37	2.1	37	87	0	107	23	18	31	26	1.97
61074426--61074904	48	9.9	48	75	8	409	27	18	28	26	1.98
61074426--61074906	144	3.3	143	84	4	556	27	18	28	26	1.98
61074433--61074907	96	4.9	96	82	5	453	27	18	28	26	1.98
61079307--61079339	18	1.9	17	88	11	50	6	24	45	24	1.75
61080844--61080966	46	2.7	45	82	5	131	24	29	17	28	1.98
61084529--61084621	3	31.0	3	97	0	177	0	32	0	67	0.91
61084643--61084688	19	2.4	19	92	0	74	39	6	23	30	1.80
61087001--61087039	19	2.1	19	85	4	53	46	15	0	38	1.46
61087688--61087792	25	4.3	23	84	3	86	37	20	22	19	1.95
61087706--61087792	25	3.5	25	90	0	138	37	19	21	20	1.94
61088404--61088445	21	2.0	21	85	0	57	45	11	2	40	1.54
61095310--61095487	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	29	1.96
61095311--61095466	82	1.9	81	86	3	224	26	16	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61095307--61095487	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.96
61103205--61103382	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
61103206--61103361	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
61103202--61103382	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
61106814--61106847	12	2.8	12	91	8	52	76	0	23	0	0.79
61106771--61106842	31	2.3	31	73	4	74	70	4	22	2	1.17
61106806--61106846	16	2.6	16	78	17	50	75	0	24	0	0.80
61109457--61109509	25	2.2	25	82	3	63	26	24	22	26	2.00
61137547--61137572	12	2.2	12	100	0	52	15	23	30	30	1.95
61138484--61138585	37	2.8	37	84	0	123	43	26	11	18	1.85
61146807--61146905	41	2.5	40	81	3	117	37	20	30	12	1.89
61147908--61147947	13	3.0	14	82	17	50	40	5	0	55	1.22
61150921--61151021	49	2.1	49	96	0	184	33	19	8	37	1.83
61153365--61153429	9	7.1	9	78	1	67	47	0	1	50	1.10
61153377--61153424	18	2.7	18	100	0	96	45	0	0	54	0.99
61153699--61153759	18	3.3	17	77	18	59	31	0	0	68	0.89
61158293--61158464	45	3.8	45	94	0	292	21	22	29	26	1.99
61161623--61162098	47	10.1	47	93	1	792	32	9	29	28	1.88
61162217--61162294	37	2.1	36	86	6	104	25	19	30	24	1.98
61181363--61181395	15	2.1	16	94	5	59	57	0	33	9	1.30
61183344--61183477	44	3.1	42	80	8	135	23	14	26	35	1.93
61183344--61183456	44	2.7	41	81	9	136	23	14	26	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61183344--61183477	42	3.1	42	78	10	128	23	14	26	35	1.93
61183397--61183490	42	2.2	42	80	1	107	27	18	23	30	1.97
61204904--61204991	44	2.0	44	82	4	106	26	15	26	31	1.96
61209315--61209426	27	4.2	26	77	7	107	39	21	21	17	1.93
61210865--61210929	24	2.7	24	95	0	112	21	40	6	32	1.78
61217196--61217307	27	4.2	26	78	7	107	38	20	22	18	1.93
61217545--61217584	16	2.5	16	87	0	53	37	5	25	32	1.77
61217831--61217863	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
61222046--61222110	32	2.0	32	93	0	112	16	23	7	52	1.70
61222312--61222338	12	2.2	12	100	0	54	59	33	0	7	1.25
61225369--61225394	13	2.0	13	100	0	52	30	0	61	7	1.24
61225329--61225434	53	2.0	53	88	0	158	43	5	41	9	1.61
61226904--61226977	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
61230505--61230692	40	4.7	40	94	0	313	21	27	20	30	1.98
61231858--61231886	13	2.2	13	100	0	58	51	17	0	31	1.45
61239144--61239331	40	4.7	40	94	0	313	21	27	20	30	1.98
61245039--61245123	44	1.9	44	80	4	100	22	20	28	29	1.98
61246509--61246533	13	1.9	13	100	0	50	16	32	32	20	1.94
61252979--61253070	44	2.1	45	93	2	159	22	18	27	31	1.97
61271414--61271441	8	3.5	8	100	0	56	25	0	39	35	1.56
61271432--61271554	61	2.0	61	92	3	203	21	18	14	45	1.85
61275045--61275111	33	2.0	33	97	0	125	40	19	7	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61281566--61281687	6	19.8	6	70	14	70	49	13	18	19	1.79
61281566--61281687	37	3.5	37	73	13	121	49	13	18	19	1.79
61281578--61281687	31	3.4	31	74	14	103	47	13	19	20	1.82
61282121--61282261	27	5.2	27	86	0	183	26	20	17	34	1.95
61284324--61284385	6	10.2	6	74	10	54	50	12	19	17	1.78
61284324--61284417	37	2.5	37	82	0	107	48	11	19	20	1.79
61284336--61284445	31	3.4	31	70	14	85	47	11	19	21	1.81
61284883--61285017	27	5.0	27	87	0	180	24	21	19	34	1.96
61287010--61287094	34	2.5	34	98	0	161	27	25	23	23	2.00
61287680--61287793	27	4.2	27	78	4	131	27	17	16	38	1.91
61287653--61287786	54	2.5	54	84	4	189	25	20	17	37	1.93
61290715--61290739	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
61307053--61307229	27	6.5	27	84	1	192	26	15	27	30	1.96
61307049--61307229	82	2.2	81	83	4	231	27	15	27	30	1.96
61325709--61325882	43	4.0	43	74	12	151	24	15	25	33	1.95
61326864--61326913	6	8.3	6	80	8	57	52	12	16	20	1.75
61326890--61326969	31	2.6	31	83	0	97	50	12	16	21	1.78
61327405--61327947	27	20.1	27	84	1	642	41	7	20	30	1.80
61327930--61328150	27	8.2	27	79	4	180	29	8	21	40	1.83
61327417--61328049	81	7.8	81	81	3	269	39	7	20	32	1.81
61328001--61328150	27	5.6	27	87	0	194	29	8	22	40	1.82
61330580--61330734	43	3.6	43	90	1	222	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61331177--61331268	33	2.8	33	84	0	112	39	17	20	22	1.93
61353277--61353305	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
61354413--61354671	45	5.8	45	85	0	322	25	22	10	41	1.86
61354981--61355005	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
61372164--61372261	28	3.5	28	94	1	171	27	13	27	31	1.94
61372164--61372274	28	4.0	27	89	3	134	29	12	25	32	1.93
61380142--61380264	55	2.2	57	91	2	196	27	12	26	33	1.92
61380142--61380264	28	4.4	28	92	2	194	27	12	26	33	1.92
61382904--61383022	45	2.6	47	79	14	133	32	17	26	22	1.96
61382989--61383218	50	4.8	49	70	14	169	27	18	30	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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