genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84384660--84384691	15	2.1	15	94	0	55	40	18	9	31	1.83
84397680--84397713	16	2.1	16	100	0	68	50	0	17	32	1.47
84408547--84408804	40	6.5	40	92	1	394	24	22	27	25	2.00
84410200--84410385	41	4.6	41	89	3	252	24	25	24	25	2.00
84410230--84410383	81	1.9	82	91	4	258	25	25	24	24	2.00
84419304--84419561	40	6.5	40	91	1	394	24	22	27	25	2.00
84421552--84421616	32	2.0	32	93	0	112	30	32	13	23	1.93
84422076--84422117	15	2.8	15	96	0	75	26	42	21	9	1.83
84426545--84426783	48	5.0	48	89	0	325	19	15	29	35	1.93
84447971--84448142	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
84447973--84448195	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
84447971--84448195	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
84448127--84448204	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
84452446--84452493	23	2.1	23	100	0	96	29	4	35	31	1.76
84457581--84457739	43	3.7	43	84	5	207	22	17	27	32	1.96
84460450--84460577	63	2.0	63	98	0	247	29	21	26	21	1.99
84463507--84463752	40	6.2	40	95	0	431	27	26	23	22	2.00
84465128--84465153	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
84465559--84465682	27	4.6	27	75	12	103	41	24	8	26	1.82
84465610--84465708	27	3.7	27	79	5	101	41	22	8	28	1.82
84465705--84465762	27	2.1	27	83	0	71	36	22	5	36	1.77
84465701--84465808	54	2.0	54	81	0	126	34	22	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84465715--84466088	27	13.9	27	87	1	480	30	20	8	40	1.81
84466323--84466374	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
84466594--84466715	6	19.8	6	67	14	61	20	18	11	49	1.78
84466594--84466672	31	2.5	31	83	0	104	21	17	11	49	1.78
84466685--84466724	12	3.4	11	89	6	53	17	10	15	57	1.64
84466616--84466703	37	2.4	37	88	0	131	20	20	12	46	1.82
84471171--84471226	29	1.9	29	96	0	103	39	14	21	25	1.91
84471323--84471458	43	3.2	43	70	11	109	24	19	22	33	1.97
84476796--84476976	43	4.2	43	86	4	233	27	17	24	30	1.97
84485574--84485603	15	1.9	16	93	6	53	40	20	0	40	1.52
84486333--84486450	44	2.7	43	80	8	123	33	27	12	25	1.92
84499854--84499892	21	1.9	21	89	5	62	10	23	41	25	1.86
84501364--84501696	48	6.9	47	76	8	292	28	18	27	25	1.98
84501364--84501696	146	2.3	147	90	2	519	28	18	27	25	1.98
84501364--84501694	98	3.4	97	76	9	296	29	17	27	25	1.98
84503900--84503963	22	3.2	21	66	25	57	42	32	1	23	1.64
84503900--84503980	38	2.1	38	97	0	153	41	34	1	22	1.62
84504958--84505013	18	3.1	18	86	0	85	26	19	16	37	1.92
84510264--84510289	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
84510277--84510498	43	5.2	43	87	4	315	24	14	28	31	1.95
84525090--84525123	16	2.1	16	100	0	68	23	29	11	35	1.90
84533962--84533994	16	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84536584--84536650	33	2.0	33	100	0	134	56	5	8	28	1.53
84537184--84537223	21	1.9	21	85	10	55	25	7	10	57	1.57
84537926--84537969	20	2.2	20	100	0	88	47	9	9	34	1.67
84538493--84538543	16	3.0	17	80	13	52	47	3	1	47	1.32
84540445--84540561	62	1.9	59	82	5	144	48	4	5	41	1.45
84541770--84541801	11	2.9	11	95	0	55	34	6	18	40	1.76
84542959--84543089	46	2.8	48	78	12	164	22	20	27	29	1.98
84544878--84545191	46	6.7	48	73	15	230	23	28	19	28	1.98
84544882--84545190	93	3.3	92	77	13	278	23	29	19	28	1.98
84544874--84545195	139	2.3	140	80	10	354	23	29	19	27	1.98
84545512--84545570	30	2.0	30	93	0	100	25	23	13	37	1.92
84546588--84546622	18	1.9	18	88	0	52	37	2	5	54	1.39
84547611--84547672	31	2.0	31	90	0	97	25	17	11	45	1.82
84547808--84547882	22	3.4	22	73	14	82	60	10	14	14	1.60
84556860--84557010	40	3.8	40	93	0	248	27	29	20	22	1.99
84567287--84567510	47	4.8	48	77	10	214	29	19	28	22	1.98
84567242--84567509	46	5.7	46	77	10	163	29	19	27	23	1.98
84567247--84567509	140	1.9	141	84	4	352	29	19	27	23	1.98
84572513--84572572	30	2.0	30	83	0	75	30	26	6	36	1.82
84580753--84580830	38	2.1	37	92	7	131	44	15	8	30	1.77
84583247--84583470	40	5.6	40	86	4	301	26	27	21	24	2.00
84591395--84591610	40	5.5	40	86	6	273	22	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84595182--84595220	20	1.9	21	89	5	62	41	12	15	30	1.85
84606390--84606488	28	3.5	29	84	4	105	30	26	16	27	1.96
84614259--84614379	39	3.1	39	89	0	188	22	23	29	24	1.99
84620318--84620356	19	2.1	19	100	0	78	56	15	5	23	1.59
84630222--84630353	54	2.4	54	97	0	246	27	18	25	28	1.98
84632676--84632723	25	1.9	25	87	8	71	29	6	0	64	1.18
84640953--84641012	25	2.6	21	70	25	50	26	8	0	65	1.21
84640955--84641002	25	1.9	25	87	8	71	29	6	0	64	1.18
84651837--84651867	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84651834--84651873	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84651988--84652243	55	4.8	53	81	8	222	22	25	16	35	1.95
84652035--84652235	108	1.8	110	87	4	300	23	25	16	34	1.95
84659348--84659378	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84659345--84659384	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84659570--84659825	55	4.8	54	79	8	233	22	25	16	36	1.94
84659617--84659817	108	1.8	110	85	4	282	23	25	15	34	1.95
84664035--84664198	74	2.2	73	90	4	256	23	14	33	29	1.93
84673790--84673885	27	3.7	26	86	5	133	28	21	23	26	1.99
84678050--84678224	52	3.5	50	86	4	235	27	13	30	29	1.94
84678050--84678224	51	3.5	51	87	4	239	27	13	30	29	1.94
84684093--84684117	13	1.9	13	100	0	50	24	32	32	12	1.91
84695692--84695763	28	2.5	29	86	2	101	29	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84703480--84703577	29	3.4	28	91	1	142	30	27	14	27	1.95
84705178--84705242	28	2.3	28	89	0	94	29	9	29	32	1.88
84705488--84705520	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
84709889--84710145	47	5.4	47	85	6	331	34	9	29	26	1.88
84712571--84712644	38	1.9	38	86	5	105	31	18	25	24	1.98
84712703--84713099	40	9.9	40	92	0	632	26	21	26	25	2.00
84716493--84716796	47	6.4	47	90	3	416	33	9	30	26	1.88
84716647--84716768	22	5.3	22	62	21	61	34	11	29	24	1.91
84719171--84719200	14	2.1	14	93	0	51	20	6	10	63	1.47
84719904--84719939	16	2.2	16	90	0	54	27	5	2	63	1.30
84725940--84725986	18	2.6	18	76	6	51	19	8	0	72	1.10
84728125--84728162	18	2.2	17	90	4	58	23	7	31	36	1.84
84728945--84729006	14	4.7	14	69	15	60	33	4	0	61	1.17
84728934--84729014	38	2.1	38	97	0	153	37	3	1	58	1.24
84729218--84729242	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
84734154--84734328	46	3.8	45	76	7	181	29	28	20	22	1.98
84734162--84734333	93	1.8	93	91	0	281	28	28	20	22	1.99
84744184--84744680	87	5.7	87	66	14	297	33	19	19	27	1.96
84744086--84744631	175	3.1	175	93	0	923	34	20	19	25	1.96
84746469--84746499	12	2.6	12	100	0	62	35	0	0	64	0.94
84746466--84746520	16	3.6	16	83	9	62	34	0	1	63	1.05
84749973--84750128	40	3.9	40	79	5	163	30	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84750076--84750330	101	2.5	101	87	5	363	30	18	22	28	1.98
84750175--84750435	140	1.8	139	83	6	337	29	18	22	29	1.97
84751207--84751275	35	2.0	35	82	5	86	36	2	4	56	1.34
84751408--84751573	43	3.9	43	84	1	217	24	16	30	28	1.96
84752662--84752809	40	3.7	39	83	1	161	33	21	20	23	1.97
84752662--84752809	80	1.9	80	82	2	190	33	21	20	23	1.97
84752816--84753200	141	2.7	141	85	5	481	31	20	21	27	1.98
84752994--84753101	40	2.8	40	80	8	116	26	23	24	25	2.00
84753971--84754039	35	2.0	35	82	5	86	36	1	5	56	1.32
84754172--84754332	43	3.7	42	79	6	189	24	16	30	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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