genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51815211--51815325	48	2.4	47	84	5	124	25	22	25	26	2.00
51819143--51819237	41	2.3	41	96	0	172	14	43	23	18	1.87
51820203--51820375	46	3.7	46	81	10	160	21	29	20	28	1.98
51822901--51823028	39	3.3	39	89	0	202	21	26	21	31	1.98
51825573--51825759	39	4.7	40	86	4	263	26	21	27	24	1.99
51825573--51825782	40	5.3	40	85	5	259	27	21	27	23	1.99
51828749--51828859	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
51828772--51828916	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
51842041--51842258	40	5.5	40	91	2	316	24	28	24	22	1.99
51845687--51845864	27	6.6	27	81	3	187	26	14	27	30	1.95
51845688--51845843	82	1.9	81	85	3	215	26	14	27	30	1.95
51845684--51845864	82	2.2	81	81	2	211	27	14	27	30	1.95
51848098--51848144	24	2.0	24	95	0	85	27	17	19	36	1.93
51848037--51848224	103	1.8	104	88	3	290	27	21	23	27	1.99
51848059--51848184	64	2.0	63	89	4	191	26	20	23	29	1.99
51848122--51848248	40	3.2	40	93	0	218	25	21	25	27	1.99
51848122--51848281	40	4.0	40	84	5	200	26	21	25	26	1.99
51848122--51848281	80	2.0	79	87	6	234	26	21	25	26	1.99
51851539--51851665	46	2.8	44	80	9	132	21	26	22	29	1.99
51857304--51857360	27	2.1	27	84	9	73	21	24	15	38	1.92
51857484--51857537	24	2.3	23	84	9	65	16	25	24	33	1.96
51861074--51861100	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51862506--51862605	52	1.9	53	87	2	148	32	20	8	40	1.81
51874876--51874911	18	2.0	18	89	10	56	50	19	0	30	1.48
51875270--51875388	39	3.1	39	86	0	139	28	23	20	27	1.99
51878936--51879035	28	3.5	28	74	9	87	28	29	19	24	1.98
51878936--51879067	57	2.3	58	85	3	180	27	28	20	23	1.99
51879073--51879306	40	5.9	40	93	3	386	26	28	22	21	1.99
51880945--51880969	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
51881339--51881457	39	3.1	39	86	0	157	30	23	18	27	1.98
51884982--51885081	28	3.5	28	74	9	87	28	29	19	24	1.98
51884982--51885113	57	2.3	58	85	3	180	27	28	20	23	1.99
51885119--51885354	40	5.9	40	93	1	395	26	28	23	21	1.99
51887017--51887041	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
51887412--51887530	39	3.1	39	86	0	157	30	23	18	27	1.98
51891229--51891270	21	2.0	21	95	0	75	35	14	26	23	1.93
51897654--51897699	22	2.1	22	84	4	58	15	28	30	26	1.96
51899767--51900083	29	10.9	29	75	6	95	23	25	14	35	1.93
51899869--51900083	29	7.4	29	78	8	188	24	26	13	35	1.93
51899781--51900083	115	2.6	116	82	3	333	24	26	13	36	1.92
51907534--51907758	40	5.6	39	82	5	229	24	21	27	26	1.99
51907615--51907777	40	4.1	40	85	3	118	24	21	29	24	1.99
51907580--51907791	80	2.7	80	81	7	202	26	20	27	25	1.99
51915485--51915709	40	5.7	40	81	7	244	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51915485--51915709	80	2.8	80	81	6	269	25	22	26	25	2.00
51919624--51919685	22	2.8	22	87	0	88	32	27	27	12	1.93
51921436--51921502	27	2.5	27	82	4	82	23	28	10	37	1.88
51921585--51921656	26	2.7	27	80	4	74	23	25	11	40	1.87
51924606--51924638	17	2.0	16	94	5	57	24	24	0	51	1.48
51940859--51940933	6	12.3	6	78	13	82	49	14	18	17	1.80
51940885--51940978	25	3.5	25	77	16	98	45	14	20	19	1.85
51940880--51940961	31	2.6	31	94	0	137	46	14	20	18	1.84
51941102--51941209	27	4.0	26	83	5	126	36	21	23	19	1.95
51941102--51941207	54	2.0	53	84	1	140	35	20	23	19	1.96
51941367--51941418	22	2.4	22	80	0	59	30	21	25	23	1.99
51941516--51941595	27	3.0	26	87	3	106	35	21	23	20	1.96
51941819--51942074	27	9.5	27	88	0	343	27	21	16	34	1.95
51941835--51942077	81	3.0	81	91	0	387	27	20	17	34	1.95
51943916--51943985	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
51943916--51944013	28	3.5	28	88	2	126	30	28	14	26	1.95
51956852--51956931	22	3.6	22	77	5	81	66	0	5	28	1.13
51956783--51956960	3	61.0	3	70	7	116	59	1	6	32	1.31
51961396--51961424	15	1.9	15	100	0	58	3	20	41	34	1.69
51961472--51961499	3	9.3	3	100	0	56	0	32	35	32	1.58
51961418--51961481	27	2.4	27	97	0	119	7	20	39	32	1.81
51976116--51976149	15	2.3	15	89	0	50	44	8	17	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51983262--51983331	28	2.5	28	86	9	90	28	14	25	31	1.95
51989354--51989399	10	4.5	10	83	2	56	47	23	2	26	1.63
51991425--51991462	18	2.1	18	100	0	76	50	10	15	23	1.75
51992552--51992913	47	7.6	47	91	3	580	29	30	8	32	1.86
51992552--51992913	96	3.8	95	93	2	584	29	30	8	32	1.86
51993138--51993280	40	3.6	40	84	7	175	25	27	21	24	1.99
52000593--52000686	46	2.0	46	100	0	188	44	10	8	36	1.70
52004359--52004405	11	4.5	11	78	7	53	48	23	2	25	1.62
52011011--52011110	40	2.5	39	83	6	121	29	15	23	33	1.94
52035821--52035870	11	4.7	10	78	11	55	24	2	2	72	1.06
52035862--52035915	27	2.0	27	85	3	74	48	0	0	51	1.00
52035875--52035931	18	3.1	19	82	10	64	42	0	1	56	1.10
52035875--52035930	19	3.1	18	84	7	60	42	0	1	55	1.10
52040276--52040600	23	14.1	23	84	3	217	45	19	14	20	1.85
52040276--52040600	46	7.1	46	80	7	284	45	19	14	20	1.85
52040276--52040600	69	4.7	69	78	6	325	45	19	14	20	1.85
52054381--52054511	40	3.3	40	88	2	192	22	20	28	28	1.99
52054381--52054548	40	4.2	38	80	9	158	23	20	27	27	1.99
52056954--52056984	16	1.9	16	93	0	53	58	3	19	19	1.53
52062802--52062987	40	4.7	40	87	5	227	25	26	22	25	2.00
52067432--52067577	40	3.7	40	83	7	172	23	21	27	26	1.99
52067432--52067610	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52075339--52075537	40	5.1	37	82	10	197	25	22	27	25	2.00
52075339--52075518	39	4.6	39	83	10	210	24	22	27	25	2.00
52075376--52075551	79	2.3	74	81	9	194	27	20	26	25	1.99
52080425--52080673	47	5.3	47	83	6	294	27	29	16	26	1.97
52080426--52080680	93	2.7	94	84	7	331	27	29	16	26	1.96
52080413--52080672	140	1.9	139	85	7	357	26	29	16	27	1.97
52081081--52081139	30	2.0	30	83	6	75	32	25	1	40	1.66
52095554--52095641	42	2.1	42	87	4	124	29	20	18	31	1.96
52103409--52103508	29	3.4	30	80	13	111	29	32	13	26	1.93
52103397--52103508	58	1.9	57	85	7	154	27	31	14	26	1.95
52105013--52105045	16	2.0	17	94	5	59	6	0	42	51	1.26
52105011--52105040	8	3.8	8	90	0	51	10	0	36	53	1.35
52106175--52106397	27	8.3	27	74	7	150	38	22	8	30	1.85
52106301--52106424	27	4.6	26	79	13	103	41	22	7	28	1.80
52106301--52106425	54	2.3	54	85	8	157	41	22	7	28	1.80
52106436--52106487	27	1.9	27	88	7	79	42	13	9	34	1.77
52106541--52106605	27	2.4	27	82	10	80	33	20	26	20	1.96
52107425--52107494	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
52107450--52107521	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
52113590--52113628	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
52113679--52113819	24	6.0	24	84	6	155	30	22	20	26	1.98
52150246--52150352	54	2.0	54	96	0	196	33	9	18	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52150339--52150502	43	3.8	42	75	17	140	24	17	25	32	1.97
52150711--52150776	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
52153990--52154193	43	4.8	41	73	7	174	31	23	16	28	1.96
52153990--52154196	85	2.4	85	96	0	378	31	23	15	28	1.95
52154485--52154541	29	2.0	29	80	16	66	19	31	10	38	1.86
52160829--52160944	39	3.0	39	92	0	187	22	19	29	28	1.98
52160829--52160981	39	3.9	39	85	0	117	22	19	30	28	1.98
52167456--52167581	39	3.2	39	96	0	225	21	20	30	27	1.98
52167456--52167651	39	5.0	39	85	6	220	20	20	29	29	1.98
52170621--52170681	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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