genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97066399--97066528	22	6.0	22	69	15	85	34	2	1	61	1.18
97066658--97066707	17	2.9	17	80	8	57	34	0	2	64	1.05
97066663--97066704	18	2.4	17	88	8	57	35	0	2	61	1.09
97078816--97079288	44	10.8	44	88	1	680	29	14	27	28	1.95
97080796--97080932	5	29.0	5	69	17	80	35	2	0	61	1.14
97080761--97080915	10	14.8	10	68	24	81	32	1	1	63	1.17
97080798--97080927	22	6.0	22	71	15	94	35	2	0	61	1.14
97081070--97081108	17	2.2	19	86	13	57	38	0	0	61	0.96
97090730--97090897	27	6.3	27	84	5	81	28	25	8	37	1.86
97090747--97091264	27	18.9	27	81	6	596	27	22	9	40	1.85
97090838--97091002	89	1.9	88	87	6	244	26	22	9	41	1.83
97091276--97091443	27	6.2	27	82	2	194	37	18	17	26	1.93
97091280--97091470	54	3.5	54	79	2	204	36	18	19	25	1.95
97091284--97091444	81	2.0	82	86	4	229	37	19	18	25	1.94
97091284--97091469	81	2.3	81	84	3	214	36	17	19	25	1.94
97091670--97091752	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
97092063--97092136	27	2.8	27	84	10	82	16	24	22	36	1.94
97092254--97092434	6	29.8	6	78	14	194	18	17	14	49	1.80
97092280--97092429	79	1.9	79	86	10	218	18	16	15	50	1.79
97092279--97092455	30	5.9	30	83	9	166	18	16	14	49	1.79
97109783--97109925	39	3.7	39	85	0	187	43	19	5	31	1.74
97121011--97121057	23	2.0	23	84	8	60	44	14	0	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97122463--97122591	47	2.7	47	86	3	161	28	30	17	24	1.97
97128237--97128349	43	2.6	43	81	2	147	33	23	14	29	1.93
97151335--97151396	31	2.0	31	100	0	124	51	9	19	19	1.74
97154651--97154686	3	12.0	3	87	0	54	30	5	0	63	1.17
97159423--97159545	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
97159423--97159545	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
97159448--97159558	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
97167733--97167855	55	2.2	56	88	2	176	27	12	26	33	1.92
97167758--97167854	28	3.5	28	92	1	160	28	12	25	32	1.92
97167758--97167868	28	4.0	27	84	5	98	30	11	24	33	1.91
97174550--97174648	6	16.8	6	95	3	148	72	0	10	17	1.10
97178120--97178153	14	2.4	14	90	5	50	26	5	11	55	1.58
97181884--97181989	55	1.9	55	82	0	131	24	26	30	18	1.98
97186752--97186783	15	2.1	15	100	0	64	37	18	6	37	1.76
97188701--97188758	29	2.0	30	86	3	82	13	25	37	22	1.91
97196501--97196543	22	2.0	22	95	0	77	44	11	4	39	1.62
97199587--97199636	3	16.7	3	95	0	91	32	0	2	66	1.03
97202319--97202388	33	2.2	30	80	9	77	20	35	27	17	1.94
97205341--97205372	15	2.1	16	94	5	57	40	18	3	37	1.67
97208382--97208517	36	3.6	37	85	7	152	39	7	16	36	1.76
97208384--97208517	19	7.2	19	80	8	141	39	7	15	37	1.76
97208384--97208517	55	2.4	55	89	2	205	39	7	15	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97208433--97208534	19	5.2	21	85	8	94	37	6	17	38	1.77
97212247--97212402	79	2.0	79	100	0	312	16	26	30	26	1.97
97215599--97215655	25	2.3	25	96	0	105	40	3	3	52	1.35
97216122--97216157	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
97216195--97216237	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
97219111--97219162	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
97219123--97219273	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
97219192--97219415	104	2.2	104	92	1	369	31	31	18	17	1.95
97219744--97219807	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
97219751--97219807	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
97226745--97226966	104	2.2	102	92	3	365	31	31	18	18	1.95
97227292--97227355	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
97227299--97227355	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
97231772--97231907	62	2.2	63	86	1	184	22	30	24	22	1.99
97232572--97233017	229	1.9	229	85	2	610	34	19	19	26	1.95
97239337--97239487	62	2.4	62	83	5	180	23	29	23	23	1.99
97243942--97244055	42	2.7	42	82	2	113	28	25	17	28	1.98
97247879--97248124	125	2.0	125	95	0	438	47	11	10	30	1.74
97248300--97248364	5	12.6	5	74	18	53	63	3	0	33	1.10
97248397--97248453	20	2.9	18	74	20	53	52	1	1	43	1.21
97249769--97249802	11	3.0	11	86	4	50	14	0	2	82	0.79
97250016--97250125	44	2.5	44	89	2	168	28	26	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97250642--97250787	44	3.3	44	82	1	159	24	26	15	34	1.94
97250016--97251051	221	4.7	220	85	4	1204	28	23	16	31	1.96
97250894--97251006	44	2.6	43	81	6	129	27	24	15	32	1.95
97261832--97262010	43	4.2	43	92	2	283	30	31	24	13	1.93
97267120--97267191	25	2.9	23	77	20	74	62	2	0	34	1.10
97267128--97267189	27	2.3	27	86	8	83	64	3	0	32	1.09
97267123--97267188	5	13.6	5	75	12	57	63	3	0	33	1.10
97267079--97267184	14	7.7	15	65	24	63	59	2	0	37	1.12
97267121--97267189	23	2.9	23	76	19	70	63	2	0	33	1.09
97267452--97267510	31	1.9	31	82	3	75	59	6	11	22	1.56
97273297--97273333	18	2.1	18	100	0	74	48	0	10	40	1.38
97274779--97274901	42	3.0	42	83	5	135	31	21	13	33	1.92
97274980--97275846	431	2.0	430	98	0	1662	32	21	13	32	1.92
97283529--97283706	18	9.9	18	76	17	106	37	11	13	37	1.81
97283528--97283706	35	5.0	36	87	6	247	37	11	13	37	1.80
97283528--97283706	53	3.3	54	89	3	256	37	11	13	37	1.80
97283536--97283706	88	1.9	90	93	2	301	38	11	12	37	1.80
97289458--97289510	22	2.5	21	85	8	72	83	0	11	5	0.81
97289465--97289512	7	6.6	7	81	13	53	83	0	12	4	0.79
97290450--97290576	43	3.0	42	70	15	109	32	23	22	22	1.98
97290702--97292024	207	6.4	207	93	0	2128	29	17	23	29	1.97
97291245--97291419	87	2.0	88	80	7	196	30	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97290702--97292024	413	3.2	414	92	0	2155	29	17	23	29	1.97
97292384--97292491	17	5.9	19	84	10	145	36	12	15	36	1.85
97292395--97292491	35	2.7	36	91	3	160	36	12	14	37	1.84
97292418--97292500	19	4.4	20	81	13	65	39	10	14	34	1.81
97302561--97302620	31	1.9	31	83	6	77	36	11	13	38	1.81
97305935--97305967	14	2.3	15	89	5	50	27	0	3	69	1.03
97313645--97313723	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
97313842--97314145	47	6.5	47	91	0	464	28	30	8	32	1.87
97322105--97322676	220	2.6	220	90	0	894	33	18	21	26	1.96
97322442--97322602	89	1.8	87	89	2	250	32	19	21	25	1.97
97324333--97324367	15	2.3	15	90	5	52	28	0	2	68	1.04
97344860--97345087	46	5.0	46	90	1	305	39	13	23	22	1.90
97361262--97361307	20	2.3	20	85	7	58	17	19	2	60	1.46
97365236--97365417	46	4.0	46	91	1	258	22	23	13	40	1.90
97369133--97369207	15	4.6	15	76	16	69	0	29	0	70	0.87
97369170--97369223	26	2.2	24	86	6	72	0	33	1	64	1.04
97369175--97369221	21	2.3	20	79	13	51	0	36	2	61	1.08
97369509--97369595	3	28.0	3	69	19	54	28	5	5	59	1.43
97390935--97391019	19	4.2	21	90	4	70	35	18	10	35	1.86
97390952--97391032	19	4.2	19	96	3	144	35	17	9	37	1.83
97392872--97392917	19	2.4	19	85	3	65	45	15	15	23	1.84
97393824--97393894	26	2.7	26	84	4	81	23	25	22	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97393846--97393895	26	1.9	26	95	0	91	22	20	22	36	1.96
97400487--97400562	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
97400516--97400594	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
97400537--97400592	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
97400523--97400594	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
97400965--97401089	45	2.8	45	89	3	173	28	29	10	32	1.90
97401113--97401328	78	2.8	78	89	0	333	25	23	19	31	1.98
97413056--97413090	17	2.1	17	89	5	54	65	0	0	34	0.93
97413393--97413466	17	4.4	15	83	12	60	36	17	10	35	1.85
97413378--97413468	19	4.9	19	91	5	143	36	15	10	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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