genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54564153--54564381	73	3.1	73	86	10	329	25	27	21	25	1.99
54564120--54564455	113	2.9	115	85	8	411	25	27	21	25	1.99
54564230--54564455	39	5.7	40	89	6	286	25	27	21	25	1.99
54564231--54564455	79	2.8	78	84	8	278	25	28	21	25	1.99
54571025--54571374	40	8.7	40	91	1	565	32	20	26	21	1.97
54576121--54576365	40	6.3	39	86	9	301	26	27	21	25	1.99
54576198--54576304	33	3.0	33	82	17	151	27	27	21	24	1.99
54576121--54576365	73	3.2	77	86	9	340	26	27	21	25	1.99
54576121--54576343	113	2.0	112	91	2	367	26	26	21	25	1.99
54576228--54576417	79	2.4	81	84	8	257	25	27	21	25	1.99
54594582--54594761	39	4.6	40	88	3	251	22	26	22	27	1.99
54594582--54594761	79	2.3	79	87	4	249	22	26	22	27	1.99
54610128--54610186	26	2.3	25	80	13	66	37	25	10	27	1.88
54610247--54610362	28	4.2	28	81	2	137	18	23	21	37	1.94
54610247--54610362	56	2.1	54	85	3	151	18	23	21	37	1.94
54628893--54628952	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
54629469--54629538	34	2.1	34	100	0	140	22	14	27	35	1.93
54632766--54632868	29	3.6	29	82	3	127	26	16	27	30	1.97
54635455--54635635	79	2.3	81	82	7	219	24	27	22	25	2.00
54635455--54635635	40	4.6	40	82	6	217	24	27	22	25	2.00
54646979--54647009	13	2.3	14	94	5	55	48	12	6	32	1.67
54649885--54650074	56	3.4	56	88	1	274	32	22	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54668535--54668601	32	2.1	32	97	0	125	28	16	2	52	1.58
54670568--54670656	40	2.2	40	89	0	133	28	14	26	30	1.95
54671087--54671132	22	2.1	22	95	0	83	15	19	17	47	1.82
54674065--54674370	40	7.7	40	90	3	431	26	27	21	24	1.99
54680430--54680529	50	2.0	50	100	0	200	24	18	6	52	1.67
54680435--54680554	50	2.4	50	87	2	143	26	19	5	49	1.68
54681288--54681552	40	6.7	40	87	4	349	25	28	21	24	1.99
54681288--54681552	119	2.2	120	83	6	340	25	28	21	24	1.99
54681936--54681972	18	2.1	18	100	0	74	37	16	24	21	1.93
54684295--54684351	29	2.0	29	96	0	105	24	15	19	40	1.90
54688099--54688159	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
54699205--54699336	31	4.3	31	90	0	185	32	25	12	29	1.93
54702611--54702723	40	2.7	42	87	5	160	32	27	15	23	1.95
54708878--54709024	43	3.4	43	84	1	179	33	28	14	23	1.94
54711906--54711953	19	2.8	16	82	17	69	45	16	0	37	1.48
54712120--54712182	29	2.2	29	88	0	90	26	22	14	36	1.92
54713529--54713584	28	2.0	28	92	0	94	33	5	25	35	1.79
54713844--54713979	48	2.8	48	85	2	175	30	20	22	26	1.98
54718741--54718780	10	3.4	12	80	19	57	0	47	0	52	1.00
54728160--54728271	27	4.2	27	85	5	138	36	22	23	17	1.95
54728160--54728271	54	2.1	53	89	1	170	36	22	23	17	1.95
54728902--54728979	27	2.9	28	79	12	99	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54729820--54729990	85	2.0	85	100	0	342	38	8	26	26	1.84
54731266--54731813	47	11.6	47	92	2	764	33	9	29	27	1.88
54733732--54733811	27	3.0	27	80	7	99	33	20	25	21	1.97
54733915--54733989	26	2.8	27	82	9	75	30	13	21	34	1.92
54734997--54735084	24	3.7	24	92	0	149	23	40	1	34	1.62
54746577--54746637	30	2.0	30	83	0	77	31	21	8	39	1.82
54749517--54749555	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
54751307--54751464	79	2.0	79	98	0	307	29	17	20	32	1.95
54763151--54763303	43	3.6	42	78	13	136	32	25	17	24	1.97
54763142--54763299	44	3.7	42	75	13	135	31	26	17	24	1.97
54774658--54774879	27	8.3	27	80	7	204	39	20	9	30	1.84
54774668--54774879	54	3.9	54	80	10	238	39	19	9	31	1.84
54775178--54775229	26	2.0	26	88	0	77	17	23	23	36	1.95
54775330--54775386	28	2.0	28	83	6	71	21	26	24	28	1.99
54786138--54786216	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
54786335--54786898	47	12.1	47	92	2	861	28	30	9	31	1.88
54786504--54786572	22	3.3	22	62	25	58	27	28	11	31	1.92
54793876--54793921	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
54797745--54797788	21	2.1	21	91	0	70	43	29	22	4	1.73
54798388--54798425	16	2.4	17	86	13	62	23	10	0	65	1.23
54800050--54800108	6	10.2	6	90	1	77	16	1	3	77	0.98
54802019--54802140	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54802127--54802448	55	6.0	54	80	5	319	35	17	24	22	1.95
54802122--54802435	53	5.8	53	80	2	313	34	17	24	22	1.96
54802127--54802433	108	2.8	108	89	0	452	34	17	24	22	1.96
54811619--54811651	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
54815241--54815515	149	1.8	150	84	2	374	46	15	8	29	1.75
54815934--54815986	24	2.2	24	96	0	97	54	7	9	28	1.59
54816037--54816078	20	2.1	20	82	8	50	35	9	11	42	1.74
54819452--54819490	20	2.0	20	89	0	60	48	12	2	35	1.55
54821951--54821995	23	2.0	22	82	4	54	55	6	6	31	1.52
54826873--54826958	27	3.2	27	88	0	118	20	20	46	11	1.82
54826873--54826979	27	4.0	27	81	4	117	22	21	42	13	1.87
54827092--54827127	18	1.9	19	94	5	65	69	0	27	2	1.02
54827296--54827353	27	2.1	27	80	0	62	41	1	12	44	1.51
54827310--54827361	27	1.9	27	96	0	95	42	1	15	40	1.58
54828799--54829027	126	1.8	125	90	2	370	39	17	15	27	1.90
54830640--54830675	17	2.3	15	90	9	54	8	0	47	44	1.33
54830964--54831265	85	3.6	85	91	3	493	20	25	23	29	1.99
54830963--54831355	85	4.6	87	87	2	410	21	23	23	31	1.98
54844527--54844674	40	3.7	40	94	0	251	31	20	26	21	1.98
54850852--54851034	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
54850853--54851036	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	1.99
54850905--54851069	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54857390--54857434	21	2.1	21	84	8	56	15	24	20	40	1.91
54866408--54866567	47	3.4	47	92	0	257	32	8	31	28	1.86
54866686--54866764	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54869830--54869913	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
54869834--54869927	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
54870118--54870162	22	2.0	23	91	4	74	20	15	22	42	1.89
54872955--54872994	19	2.1	19	100	0	80	20	15	5	60	1.53
54875273--54875307	18	1.9	18	94	0	61	37	14	17	31	1.89
54875972--54876061	33	2.8	32	78	11	101	27	18	34	18	1.95
54876041--54876125	33	2.6	33	78	0	98	23	16	35	24	1.95
54876944--54876978	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
54879142--54879206	27	2.4	27	78	14	71	15	50	16	16	1.78
54879581--54879624	21	2.1	21	87	8	63	43	4	0	52	1.22
54879809--54879853	22	2.0	22	83	8	56	48	2	2	46	1.26
54883134--54883179	24	1.9	24	95	0	83	39	2	0	58	1.10
54883169--54883221	23	2.3	24	78	15	58	32	5	1	60	1.31
54885949--54885974	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
54887184--54887223	21	1.9	21	85	10	55	32	2	5	60	1.32
54889997--54890035	18	2.2	18	86	9	53	64	2	0	33	1.08
54890039--54890090	24	2.2	24	86	6	72	55	5	0	38	1.24
54890739--54892118	585	2.4	577	84	4	1767	32	16	20	30	1.95
54893704--54893742	13	2.9	13	80	3	51	56	15	12	15	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54893703--54893750	19	2.5	19	77	9	53	52	16	12	18	1.75
54894868--54894910	7	6.1	7	100	0	86	41	44	0	13	1.44
54899043--54899087	17	2.6	18	86	10	67	26	8	22	42	1.83
54902390--54902597	53	3.9	54	80	4	195	23	24	16	36	1.95
54902404--54902597	55	3.6	53	79	7	194	22	23	17	36	1.95
54902997--54903058	22	2.6	25	76	21	71	59	0	1	38	1.07
54902997--54903032	8	4.4	8	89	3	54	58	0	0	41	0.98
54903053--54903090	9	4.1	10	90	10	55	76	0	15	7	1.01
54904144--54904170	6	4.5	6	100	0	54	14	14	33	37	1.88
54905176--54905309	45	2.9	46	79	9	139	23	26	17	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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