genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108673976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64803564--64804061	43	11.6	43	84	3	552	37	23	18	20	1.94
64813358--64813389	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
64813355--64813650	50	5.9	51	77	6	266	26	16	26	31	1.96
64813359--64813644	151	1.9	152	87	3	425	25	16	26	31	1.96
64813362--64813647	150	1.9	152	86	3	389	26	16	26	31	1.96
64832092--64832278	46	4.0	46	78	6	171	31	19	26	23	1.98
64833139--64833389	27	9.3	27	80	6	222	29	20	9	41	1.83
64833150--64833396	54	4.6	54	82	4	282	29	20	8	40	1.83
64833139--64833414	81	3.4	81	83	5	324	28	19	9	42	1.83
64833419--64833614	27	7.3	27	87	0	239	35	18	19	26	1.95
64833813--64833895	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
64833983--64834041	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
64834181--64834272	27	3.5	25	80	11	69	18	22	21	36	1.95
64834206--64834272	27	2.5	27	85	4	82	19	25	19	35	1.95
64834397--64834534	6	22.8	6	77	15	142	20	16	13	49	1.79
64834397--64834534	30	4.4	30	80	14	161	20	16	13	49	1.79
64838686--64838917	49	4.7	49	78	5	250	28	24	17	29	1.97
64838686--64838908	101	2.2	98	83	3	268	28	24	17	29	1.97
64839142--64839195	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
64844597--64844828	49	4.7	49	79	5	268	28	26	17	26	1.98
64844601--64844828	100	2.3	99	82	4	280	28	27	17	26	1.98
64845053--64845106	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64847138--64847291	43	3.6	43	80	11	172	31	25	18	24	1.98
64861614--64861885	46	5.8	49	77	12	202	23	27	19	29	1.98
64861616--64861877	47	5.6	46	80	8	214	24	28	18	29	1.98
64861663--64861884	94	2.4	92	81	8	236	23	27	19	28	1.98
64875587--64875643	25	2.3	25	90	0	87	26	21	24	28	1.99
64875587--64875653	25	2.7	25	83	4	82	28	20	23	26	1.99
64885544--64886069	264	2.0	264	94	0	926	42	15	12	30	1.84
64887496--64887551	25	2.2	26	76	17	64	62	0	3	33	1.12
64889299--64889490	40	4.8	40	88	3	271	22	21	29	26	1.99
64891502--64891535	16	2.2	15	89	5	50	55	2	0	41	1.15
64891603--64891658	29	1.9	29	82	7	69	53	12	7	26	1.64
64893955--64894079	29	4.3	29	85	1	153	31	29	14	24	1.95
64897970--64898027	30	1.9	30	85	0	80	20	32	29	17	1.95
64902549--64902589	22	1.9	22	90	5	66	9	9	4	75	1.17
64906270--64906303	16	2.2	15	94	5	59	17	8	0	73	1.08
64917173--64917211	14	2.7	14	88	4	51	64	2	10	23	1.37
64925186--64925370	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
64925186--64925370	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
64943173--64943357	79	2.3	81	83	7	227	25	26	22	25	2.00
64943173--64943357	40	4.7	40	79	11	193	25	26	22	25	2.00
64951193--64951365	46	3.7	46	74	10	172	20	21	28	29	1.98
64951190--64951360	93	1.8	93	91	0	279	19	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64968480--64968702	40	5.6	40	87	5	267	24	23	26	25	2.00
64968479--64968702	79	2.8	78	83	4	272	24	23	26	25	2.00
64968523--64968725	79	2.6	78	82	4	230	25	23	26	25	2.00
64980345--64980373	11	2.6	11	100	0	58	17	6	0	75	1.01
64988088--64988366	96	2.9	98	80	9	252	29	18	27	25	1.98
64988143--64988366	50	4.6	49	78	9	208	29	18	27	24	1.98
64994476--64994753	48	5.7	49	79	5	253	30	19	26	23	1.98
64996884--64996986	18	5.4	18	69	17	64	12	24	25	37	1.90
64996886--64996997	39	2.9	39	90	5	190	12	24	24	39	1.89
65002175--65002283	28	3.9	28	78	9	116	25	14	33	26	1.95
65002194--65002283	27	3.2	27	75	10	83	26	15	33	24	1.95
65004343--65004393	23	2.2	23	100	0	102	50	13	7	27	1.69
65009560--65009765	39	5.3	39	89	0	288	30	26	22	20	1.98
65018150--65018327	27	6.6	27	82	0	230	26	19	18	35	1.94
65018354--65018810	27	17.0	27	80	5	320	31	12	21	34	1.91
65018348--65018809	81	5.7	81	79	2	439	32	13	20	33	1.91
65023857--65024043	88	2.1	88	95	0	338	27	24	16	31	1.96
65024460--65024493	16	2.1	17	88	5	52	35	14	8	41	1.77
65032944--65032979	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
65037190--65037361	49	3.4	49	84	4	195	24	18	27	30	1.98
65039644--65039821	27	6.6	27	82	3	169	28	28	15	27	1.96
65043409--65043452	19	2.3	19	84	0	52	9	34	0	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65046685--65046711	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
65047893--65047960	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
65050354--65050673	46	7.0	46	94	0	507	37	14	25	22	1.92
65052012--65052128	29	4.0	29	86	0	153	27	30	13	28	1.94
65052347--65052393	16	2.9	16	87	6	60	8	17	21	53	1.70
65055311--65055344	18	1.9	18	88	5	52	35	14	11	38	1.83
65056401--65056517	29	4.0	29	84	0	117	28	29	13	28	1.94
65057879--65057947	31	2.2	31	89	0	102	18	31	36	13	1.89
65060653--65060803	73	2.1	73	91	0	239	29	15	9	45	1.78
65062238--65062311	36	2.1	36	94	0	130	31	13	13	41	1.83
65087878--65087914	11	3.4	11	88	0	56	78	0	2	18	0.87
65087882--65087912	16	1.9	16	93	0	53	80	0	3	16	0.83
65091937--65092059	47	2.6	47	78	7	142	33	26	15	25	1.95
65092014--65092165	54	2.9	52	81	5	171	30	26	16	25	1.97
65094556--65095153	72	8.3	72	76	4	476	35	21	15	27	1.94
65094556--65095153	144	4.2	144	79	4	557	35	21	15	27	1.94
65094573--65095104	216	2.5	214	82	4	622	34	21	16	27	1.95
65095532--65095590	27	2.2	27	81	0	64	27	20	22	30	1.98
65101172--65101214	19	2.3	19	80	15	54	48	4	0	46	1.22
65103965--65103992	13	2.2	13	100	0	56	0	28	0	71	0.86
65103976--65104017	10	4.1	10	79	14	50	4	28	0	66	1.12
65103965--65104018	20	2.8	18	76	13	54	3	27	0	68	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65103978--65104027	26	2.0	25	84	4	64	6	30	0	64	1.18
65105071--65105129	26	2.3	25	83	13	75	40	23	6	28	1.80
65105237--65105318	28	3.0	27	80	5	92	18	25	20	35	1.95
65112968--65113026	26	2.3	25	80	13	66	37	25	10	27	1.88
65113133--65113244	28	4.0	28	85	1	154	16	24	21	37	1.94
65123232--65123291	27	2.2	27	81	0	75	25	16	36	21	1.94
65126421--65126525	21	5.0	21	74	5	95	39	24	19	17	1.92
65127886--65127967	32	2.6	30	84	11	94	48	6	3	41	1.45
65130138--65130265	44	3.0	43	73	15	127	32	27	15	24	1.95
65133097--65133242	50	3.0	49	83	4	161	27	25	18	28	1.98
65134685--65134744	18	3.3	19	79	6	70	66	3	1	28	1.17
65134887--65134945	20	3.0	21	78	9	70	55	0	3	40	1.16
65134889--65134947	19	2.9	21	78	16	63	55	0	3	40	1.16
65135010--65135048	20	1.9	21	89	5	62	69	2	0	28	1.02
65135309--65135433	10	13.1	9	73	10	54	27	2	2	68	1.15
65135390--65135433	19	2.3	19	92	4	70	27	4	0	68	1.09
65135375--65135578	45	4.5	45	73	14	161	30	3	0	65	1.16
65135405--65135459	26	2.1	26	86	6	76	27	1	1	69	1.09
65135415--65135446	16	1.9	17	93	6	57	31	0	0	68	0.90
65135374--65135563	81	2.3	81	76	11	181	31	3	1	64	1.16
65135288--65135577	9	31.6	9	67	18	109	29	3	1	65	1.19
65135521--65135587	27	2.4	28	82	2	82	23	2	2	70	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65135538--65135587	9	5.0	10	80	9	50	24	2	2	72	1.06
65135538--65135587	20	2.6	19	83	3	64	24	2	2	72	1.06
65137039--65137067	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
65137432--65137494	26	2.4	26	91	0	90	39	19	0	41	1.51
65145612--65145845	48	4.8	48	83	1	270	29	17	26	26	1.98
65153245--65153517	48	5.6	48	81	2	287	28	17	27	25	1.98
65153235--65153519	96	2.9	96	88	1	390	28	18	27	25	1.98
65160180--65160240	28	2.2	28	96	0	113	39	6	19	34	1.78
65160515--65160540	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65160554--65160601	25	1.9	25	87	8	71	39	4	6	50	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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